AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239007
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG244	300	DNA helicase II, putative
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG261	300	DNA polymerase III, subunit alpha (polC-2)
#3	MG263	115	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAATAGCGATAACAATTAGAACCATAACAAT	0	60	1
AAAACCAACAATCAACCTGATCCAGCTAATT	0	227	1
ATAGCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTA	0	269	1
AATTCTAATAAAGAATTAGATTGTTCTTGCT	2	13	0
ATGTGATTTGAACTATTAGATGAAATCGTTT	2	45	0
CAATCAGTTGATCTATTTGAACGTACAAAAC	2	115	1
CAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATA	2	157	1
GAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTG	2	202	1
CGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGA	2	259	1
ACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTT	3	41	1
AATGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGC	3	83	0
          ***** *****
MAP Score: 13.3891

Motif 2
ATGTTATTTAATGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGCATTACT	3	77	0
GCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA        	0	272	1
CAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAG	2	157	1
TTTACAAGAGATACTGTCAAACACCTTTATGGTTCAAGAAAAACAC	0	154	1
          ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTA	2	0	1
GATCTATTTGAACGTACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATG	2	124	1
ACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACC	0	198	1
TATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAA	3	28	1
AATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCA	2	27	1
AGCCTAATGCAATAGCGATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGAT	0	51	1
GAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAACCACAAACAAGAA	2	202	1
AAAACCAACAATCAACCTGATCCAGCTAATTTACCAGGCGTAATAG	0	227	1
TACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGATATAGTTCAATGGTAGAAC	1	23	1
GCTTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTT	0	108	0
          ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTT	3	0	1
ACAAACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGC	2	237	1
          **       ***    * **  *  *
MAP Score: 12.1173

Motif 3
GATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGATTAG	0	67	1
CTTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAA	0	120	0
AATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT    	3	96	1
AGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAAC	2	203	1
ATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAA	2	28	1
AACATACTTTTGAACCACAAACAAGAATGCAAA	2	221	1
   ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTAAAATT	3	7	1
AAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTA	2	158	1
GTACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATG	2	137	1
TTGATCTATTTGAACGTACAAAACTTGAAGATA	2	122	1
CACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTG	2	71	1
GTTCAATGGTAGAACATAACCTTGCCAAGGTTA	1	54	1
TAGCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATT	0	270	1
GATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGAAAA	2	181	1
AACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAA	0	195	1
     TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTA	1	157	0
TAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAG	1	16	1
GTGTTTTTCTTGAACCATAAAGGTGTTTGACAG	0	167	0
          ***** * *** *
MAP Score: 10.0491

Motif 4
TAGCGATAACAATTAGAACCATAACAATTTTGATTAG	0	63	1
AAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTTATGGT	0	80	0
AACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAA	0	104	0
TTTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGATACTGT	0	134	1
ATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAA	0	182	1
TGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA       	0	280	1
  GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAAC	1	8	1
AAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAAC	2	12	1
ACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGA	2	72	1
TCAGTTGATCTATTTGAACGTACAAAACTTGAAGATA	2	118	1
ATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAAC	2	187	1
ATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGA	2	253	1
AATTTTAAGATATTTAAAGTTTTAAAAAAT       	3	3	0
AAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAA	3	25	1
ATCAATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT     	3	93	1
          *** * *   ** * **
MAP Score: 8.53957

Motif 5
TTTTTTCACTAATTTAGATAAGCCTAATGCAATAGCGATAACAA	0	31	1
AACTAATCAAAATTGTTATGGTTCTAATTGTTATCGCTATTGCA	0	58	0
AAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAA	0	92	0
TATCTCTTGTAAAGCTTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAAC	0	123	0
ACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATC	0	196	1
        GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACG	1	2	1
        ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTA	2	2	1
CTAATAGTTCAAATCACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGG	2	57	1
TAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAGAGCAATCAGTTGATCTAT	2	87	1
TGAACGTACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTG	2	132	1
ATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAACAT	2	182	1
CGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCG	2	259	1
  ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAA	3	8	1
AACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAAT	3	51	1
          **   * *     ** *   ** *
MAP Score: 5.58126

Motif 6
TATCTAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCTGC	0	15	0
GATAAGCCTAATGCAATAGCGATAACAATTAGAACC	0	47	1
TAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTTA	0	84	0
TTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAAT	0	113	0
AAACACCTTTATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAA	0	172	1
AGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTT	0	190	1
AATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGATATAG	1	19	1
GTTATGTTCTACCATTGAACTATATCTGCGTTGTTA	1	38	0
      TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTAGT	1	155	0
ATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCT	2	23	1
TACACAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATAT	2	153	1
GAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGA	2	175	1
AACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGA	2	198	1
TAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGAA	2	255	1
AAAACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAA	3	17	1
TCATTAACTAATTGATTAATTACAGCATTACTTTGT	3	73	0
          **  ** **  * ***
MAP Score: 4.86691

Motif 7
TAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCTGCTATTT      	0	4	0
AATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTTATGGTTCTAATT	0	73	0
CAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAA	0	101	0
GTTTTAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGATACTGTCAAA	0	132	1
TTATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAG	0	180	1
CACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAA	0	199	1
CCAACTAGCTTAAAAACCAACAATCAACCTGATCCAGCTAATT	0	215	1
CGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGATT	1	105	1
CATCTAATAGTTCAAATCACATATGGCAAAAGATAAAAAAAAT	2	54	1
GCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAGAGCAATCAG	2	79	1
AGGTTGATGGAACAGAGCAATCAGTTGATCTATTTGAACGTAC	2	98	1
CAAACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAAC	2	238	1
TTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAAC	3	22	1
ATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGT	3	37	1
AACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTTA	3	62	1
          * **** ***           **
MAP Score: 3.83729

Motif 8
GCATTAGGCTTATCTAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCT	0	17	0
TGTTGGTTTTTAAGCTAGTTGGTTTTGATTTTAAAGTGTGTTTT	0	193	0
    TGTTATTAATTAATGAGTTTTTCCACTTCATCAAGAGCTA	0	270	0
        GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACG	1	2	1
   ATAAGCAAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGA	2	7	1
TATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCACATAT	2	34	1
TTGATGGAACAGAGCAATCAGTTGATCTATTTGAACGTACAAAA	2	101	1
AACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGAT	2	143	1
TTCAAGTTCTTTTCTAAGCTCTGTTATCTTTTTAATATCATCAA	2	179	0
CACAAACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAA	2	236	1
TTAAAAGTTAATTTTAAGATATTTAAAGTTTTAAAAAAT     	3	5	0
AAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAG	3	35	1
AAAACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTT	3	60	1
ATGCTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT	3	81	1
          *   ***  *     *  * ** *
MAP Score: 3.59806

Motif 9
AGCGAAGCGCTTAATTTTTTCACTAATTTAGATAAGCCTAA	0	17	1
ATTAGAACCATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGAT	0	74	1
CAACTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTTAGTTCTGAAAA	0	107	1
GGTTTTGATTTTAAAGTGTGTTTTTCTTGAACCATAAAGGT	0	176	0
TATTAATTAATGAGTTTTTCCACTTCATCAAGAGCTATTAC	0	266	0
CGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTTAACTTGC     	1	5	0
ATCAACTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA       	1	151	1
AAGAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCAT	2	16	1
AGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCACATATG	2	38	1
TGGAACAGAGCAATCAGTTGATCTATTTGAACGTACAAAAC	2	105	1
TCAACTTCATTTAAAACTTGTGTATCTTCAAGTTTTGTACG	2	136	0
TCTGTTATCTTTTTAATATCATCAAGTTCAACTTCATTTAA	2	163	0
GAACGTTTCATTTTGCGTTCTATTTCTTTAATTTCACGCTT	2	256	0
AAGTTAATTTTAAGATATTTAAAGTTTTAAAAAAT      	3	4	0
AATTGATTAATTACAGCATTACTTTGTTAAATAAAGTTTTC	3	59	0
          * *    **    ** ** **
MAP Score: 3.41156