AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239027
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG244	300	DNA helicase II, putative
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG261	300	DNA polymerase III, subunit alpha (polC-2)
#3	MG263	115	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAATAGCGATAACAATTAGAACCATAACAAT	0	60	1
ACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTT	3	41	1
GAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTG	2	202	1
CGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGA	2	259	1
AATGTTCATTAACTAATTGATTAATTACAGC	3	83	0
ATGTGATTTGAACTATTAGATGAAATCGTTT	2	45	0
AATTCTAATAAAGAATTAGATTGTTCTTGCT	2	13	0
CAATCAGTTGATCTATTTGAACGTACAAAAC	2	115	1
CAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATA	2	157	1
ATAGCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTA	0	269	1
          ***** *****
MAP Score: 13.4057

Motif 2
AATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTTAT	0	83	0
TATCTCTTGTAAAGCTTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCA	0	121	0
ATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACTAGCTTAA	0	182	1
TTAACCTTGGCAAGGTTATGTTCTACCATTGAACTATATCTGCGTT	1	42	0
TTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGATAACGGGAATCGAACC	1	94	0
CTTCTTTGTAAAATCCTGATTGGTATCAACTAAGTCAGGATTTTTC	1	127	1
CTAATAGTTCAAATCACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTT	2	57	1
AAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAGAGCAATCAGTTGATC	2	82	1
GTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAGAGC	2	160	1
ACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAA	2	241	1
ATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCGCTAATTG          	2	274	1
TAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTAT	3	24	1
TTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAAC	3	65	1
          ***       **  *  *   **  *
MAP Score: 10.0109

Motif 3
AATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCA	2	22	1
TTGCGTTCTATTTCTTTAATTTCACGCTTAATTT	2	251	0
ATTGGTTATTTTTGTTTTAGTTCTGAAAAACAAG	0	119	1
TCAACCTTATTTTTTTTATCTTTTGCCATATGTG	2	71	0
CTAAGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA     	1	156	1
GATCAGGTTGATTGTTGGTTTTTAAGCTAGTTGG	0	215	0
TTTCAATTAGTTTGTTAAAAGTTAATTTTAAGAT	3	29	0
         ATTTTTTAAAACTTTAAATATCTTA	3	1	1
TAATTAATGAGTTTTTCCACTTCATCAAGAGCTA	0	270	0
TACTTTAATATTTAGTATATTTTAACTTGC    	1	6	0
AAAACTTGTGTATCTTCAAGTTTTGTACGTTCAA	2	131	0
AAAGAATTAGATTGTTCTTGCTTAT         	2	1	0
TTTACAACTGATTTTTATTGGTTATTTTTGTTTT	0	103	1
GGTTCAAAAGTATGTTCAAGTTCTTTTCTAAGCT	2	203	0
CATAACAATTTTGATTAGTTTTTTACAACTGATT	0	82	1
ACTAATCAAAATTGTTATGGTTCTAATTGTTATC	0	67	0
     AAATGTTATTTAATGTTCATTAACTAATT	3	96	0
ATTTGCATTCTTGTTTGTGGTTCAAAAGTATGTT	2	221	0
TTTAAGCTAGTTGGTTTTGATTTTAAAGTGTGTT	0	195	0
          *** **  * ****
MAP Score: 8.31482

Motif 4
GGTTATTTTTGTTTTAGTTCTGAAAAACAAG	0	122	1
AATCAAAATTGTTATGGTTCTAATTGTTATC	0	67	0
TCAAAAGTATGTTCAAGTTCTTTTCTAAGCT	2	203	0
TGCATTCTTGTTTGTGGTTCAAAAGTATGTT	2	221	0
GTCAAACACCTTTATGGTTCAAGAAAAACAC	0	169	1
TAACAACGCAGATATAGTTCAATGGTAGAAC	1	38	1
TTCATTTTGCGTTCTATTTCTTTAATTTCAC	2	260	0
ATATCATCAAGTTCAACTTCATTTAAAACTT	2	158	0
AGATGAAATCGTTTAAATTCTAATAAAGAAT	2	28	0
TTTACCAGGCGTAATAGCTCTTGATGAAGTG	0	256	1
ACGATTTCATCTAATAGTTCAAATCACATAT	2	47	1
  AAATGTTATTTAATGTTCATTAACTAATT	3	96	0
CTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATC	1	111	1
          *** *******
MAP Score: 8.27339

Motif 5
GGCTTATCTAAATTAGTGAAAAAATTAAGCGCTTCGCTGCTA	0	13	0
AGTTGTAAAAAACTAATCAAAATTGTTATGGTTCTAATTGTT	0	70	0
TCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAAATCAGTTGTAAA	0	103	0
TTTATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAACCAACT	0	179	1
ATAGCTCTTGATGAAGTGGAAAAACTCATTAATTAATAACA 	0	269	1
  GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGCAGA	1	8	1
    TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTAGTTGATACCA	1	147	0
CTATTAGATGAAATCGTTTAAATTCTAATAAAGAATTAGATT	2	22	0
CACATATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAG	2	71	1
AGGTTGATGGAACAGAGCAATCAGTTGATCTATTTGAACGTA	2	98	1
ACAAAACTTGAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTT	2	139	1
GTTGAACTTGATGATATTAAAAAGATAACAGAGCTTAGAAAA	2	172	1
CGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGT	2	259	1
AGTTAATTTTAAGATATTTAAAGTTTTAAAAAAT        	3	2	0
ACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGTAAT	3	41	1
AACTTTATTTAACAAAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTT	3	62	1
          ** * *   ***   * *   *
MAP Score: 6.63914

Motif 6
AAGATAACAGAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTG	2	193	1
GAAGATACACAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATA	2	148	1
GAACAATCTAATTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATC	2	18	1
ACCAATCAGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAG	1	111	0
   GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACAACGC	1	7	1
AACTTTAAATATCTTAAAATTAACTTTTAACAAACTAATT	3	19	1
ACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATAGAAC	2	241	1
TAATTAATCAATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT  	3	87	1
TTTGATTAGTTTTTTACAACTGATTTTTATTGGTTATTTT	0	91	1
AACTTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGT	3	40	1
ATGGCAAAAGATAAAAAAAATAAGGTTGATGGAACAGAGC	2	76	1
          *   ** *   **  ** **
MAP Score: 4.44836

Motif 7
GTAAAAAACTAATCAAAATTGTTATGGTTCT	0	77	0
TTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAA	0	115	0
TAGTTCTGAAAAACAAGCTTTACAAGAGATA	0	136	1
AGATACTGTCAAACACCTTTATGGTTCAAGA	0	162	1
GGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAA	0	184	1
AAAAACCAACAATCAACCTGATCCAGCTAAT	0	226	1
GTTATTAATTAATGAGTTTTTCCACTTCATC	0	278	0
AGGATTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGC	1	113	0
AAATTCTAATAAAGAATTAGATTGTTCTTGC	2	14	0
TAATAGTTCAAATCACATATGGCAAAAGATA	2	58	1
TGCTCTGTTCCATCAACCTTATTTTTTTTAT	2	86	0
ACAAGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGAT	2	156	1
AGAGCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTT	2	201	1
TTTGAACCACAAACAAGAATGCAAATTAAGC	2	229	1
GCGTGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATG	2	258	1
TAGAACGCAAAATGAAACGTTCTAGTCGCTA	2	275	1
TACTTTGTTAAATAAAGTTTTCAATTAGTTT	3	50	0
TGCTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAACAT	3	82	1
TCAATTAGTTAATGAACATTAAATAACATTT	3	94	1
          ****** ****
MAP Score: 2.20234

Motif 8
TTGTTTTTCAGAACTAAAACAAAAATAACCAATAAAA	0	115	0
CTTTATGGTTCAAGAAAAACACACTTTAAAATCAAAA	0	178	1
         GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAG	1	1	1
TTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCT	1	107	1
TTCTTTATTAGAATTTAAACGATTTCATCTAATAGTT	2	29	1
ATCAGTTGATCTATTTGAACGTACAAAACTTGAAGAT	2	117	1
AGTTTTAAATGAAGTTGAACTTGATGATATTAAAAAG	2	159	1
GCTTAGAAAAGAACTTGAACATACTTTTGAACCACAA	2	204	1
AACAAGAATGCAAATTAAGCGTGAAATTAAAGAAATA	2	240	1
TGAAATTAAAGAAATAGAACGCAAAATGAAACGTTCT	2	261	1
TTTTAACAAACTAATTGAAAACTTTATTTAACAAAGT	3	43	1
AAGTAATGCTGTAATTAATCAATTAGTTAATGAACAT	3	76	1
          *** ******      *
MAP Score: 2.17764