AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all014_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239045
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG227	300	thymidylate synthase (thyA)
#3	MG232	92	ribosomal protein L21 (rpL21)
#4	MG238	29	trigger factor (tig)
#5	MG239	68	ATP-dependent protease La (lon)
#6	MG457	177	cell division protein (ftsH)
#7	MG459	172	conserved hypothetical protein

Motif 1
TAGTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAA	0	11	1
TATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAG	0	72	1
AAGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAAC	0	92	0
AAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTT	0	191	0
CAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA    	0	214	1
TAGCAACACGTTTAATCCCAATTCTTCTGATAA	2	117	1
ATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCA	2	231	0
TAAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAA	2	245	0
 GAAATTGTCTTTTAGACAGGTTATACATTGTA	2	278	0
CGCATAAAATTTTAATATCTGTT          	6	0	0
GGTTCAAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAAC	6	35	1
AAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAAAGTGCAA	6	50	0
TTTTCGTCACTTTATTAACACTTATTAGTTTCA	6	80	1
CACTTATTAGTTTCATTACCATTGGCAGTATAA	6	98	1
CCATTGGCAGTATAATTACAGTTAATGTAGTTC	6	116	1
 CTATGTTAGTTTTTGACCGATTTGGGTTTTTT	6	155	0
TATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA	7	27	1
TTTGGTTCACTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTA	7	43	1
AGATGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA   	7	152	1
          ******* *  **
MAP Score: 13.6369

Motif 2
GCTCCCCAGCCAAAAAAACAACCACCTATCC	2	170	1
TTTTGTAATCCAAAAAAAGTAAATTCAGGCA	7	105	0
AAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGC	2	240	1
TAGTTCAAACCAAAAAAACCCAAATCGGTCA	6	143	1
TAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTT	0	208	0
GATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAAC	0	19	0
TTTTGGATTACAAAACAACACTGTTATTTAA	7	121	1
AAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACAA	3	29	0
TAAGTAAACATAAAAAGATAATTTTCGTCAC	6	59	1
GTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAA	0	179	1
CTTAAAAGTGCAATAAAAGCCTTGAACCAAC	6	32	0
CATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACATCAG	0	30	1
TATAACCTGTCTAAAAGACAATTTC      	2	285	1
TTTGCTTTGTCTAAATAAGGATATTTGAAGT	7	63	1
          ********* *
MAP Score: 10.3916

Motif 3
CTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGA	0	17	0
CCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTTAGTGAT	0	73	0
TAAAGCATGATTACAATAAAGCAGGATTTATAATCC	0	107	0
GTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAA	0	156	1
CCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAA	0	176	1
GCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA         	1	1	0
TTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCGG	2	237	1
AAACAAGTAATTCTAACAAATTCTAACTGCTTTAAT	3	12	0
AATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCCTAATAT	3	36	1
AATTAGGGAATTTCAATAAATTTTAACACATTTCTT	5	31	0
TTTATTGCACTTTTAAGTAAACATAAAAAGATAATT	6	46	1
GCAAAATTTATTAAAGTGAACCAAAATAAAATTGAA	7	32	0
AATATCCTTATTTAGACAAAGCAAAATTTATTAAAG	7	52	0
        TGTTACAAATAATTATAATATCGCTCAT	7	154	0
          ** ***  ** *  **
MAP Score: 9.38895

Motif 4
GTAATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAACAT	0	13	1
AGCAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATTT	0	79	0
GTGGGAGCTAATTAAGCGTTTGTACCACAGCAAAAT         	1	29	1
AGCAACACGTTTAATCCCAATTCTTCTGATAATAAAGTCACTCAA	2	118	1
CCAGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCG	2	227	1
AGGGATTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAACAAATTCTAA	3	22	0
TAAAACTATCTTAATCCCTAATATATAAATTAGAAAGGCAACGGT	3	48	1
        AATTAAGTTAGCACTAGTAGATACAAAAG        	4	2	1
TTCAAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAACATAAAAAGATAATT	6	37	1
AACTGTAATTATACTGCCAATGGTAATGAAACTAATAAGTGTTAA	6	94	0
GGCAGTATAATTACAGTTAATGTAGTTCAAACCAAAAAAACCCAA	6	121	1
TCAAACCAAAAAAACCCAAATCGGTCAAAAACTAACATAG     	6	147	1
TTGACTTCAAATATCCTTATTTAGACAAAGCAAAATTTATTAAAG	7	52	0
TTGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAAACAACACTGTTATT	7	104	1
          ***   *   *     * *  * **
MAP Score: 7.70889

Motif 5
AATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAA	0	15	1
TGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTT	0	205	1
ACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATT	2	241	0
AATTTGTTAGAATTACTTGTTTTAAAACTATCT	3	26	1
GAAATTCCCTAATTAACTTTTAAAT        	5	53	1
   AACAGATATTAAAATTTTATGCGTTGGTTC	6	7	1
AGTGACGAAAATTATCTTTTTATGTTTACTTAA	6	58	0
TTTTTGACCGATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAAC	6	145	0
CTAGAGATATACTTCAATTTTATTTTGGTTCAC	7	20	1
TTTGACTTCAAATATCCTTATTTAGACAAAGCA	7	65	0
CTGTTGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAA	7	101	1
GATGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA    	7	153	1
          * ** * ******
MAP Score: 7.2066

Motif 6
TCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGA	0	17	1
AAACCAAACATAAATTTAGTGATAAAGATCATGTGCT	0	59	0
TTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAAC	0	167	1
          TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGC	1	0	1
AGGTGAAACCTAGTAGTAGTAGCAACACGTTTAATCC	2	98	1
CAGTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATA	2	228	1
TTATACAATGTATAACCTGTCTAAAAGACAATTTC  	2	275	1
AATTTGTTAGAATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAAT	3	26	1
  AATTAAGTTAGCACTAGTAGATACAAAAG      	4	8	1
TTGTGAGTGCTAAGAAATGTGTTAAAATTTATTGAAA	5	20	1
AAGGCTTTTATTGCACTTTTAAGTAAACATAAAAAGA	6	40	1
GTAATGAAACTAATAAGTGTTAATAAAGTGACGAAAA	6	80	0
TATTTAGACAAAGCAAAATTTATTAAAGTGAACCAAA	7	43	0
TAAATAAGGATATTTGAAGTCAAAAAACTGTTGCCTG	7	74	1
TGAGCGATATTATAATTATTTGTAACA          	7	155	1
          **  *  ***   ****
MAP Score: 4.46366

Motif 7
ATCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAAC	0	16	1
ACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTATAA	0	76	1
ATTTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCAGTACC	0	144	1
AAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA     	0	208	1
GCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATTTTAACAGTCA	2	231	0
TTGTTAGAATTACTTGTTTTAAAACTATCTTAATCCCTAA	3	29	1
AAAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAAAGTGCAATAAAAG	6	44	0
TTATTAACACTTATTAGTTTCATTACCATTGGCAGTATAA	6	91	1
GATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATTAACTGTAATT	6	129	0
       CTATGTTAGTTTTTGACCGATTTGGGTTTTTTT	6	154	0
ATATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATAAATTTT	7	26	1
TGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAAACAACACTGT	7	105	1
          *  ** ****  *   *  *
MAP Score: 1.13482