AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all014_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239065
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG227	300	thymidylate synthase (thyA)
#3	MG232	92	ribosomal protein L21 (rpL21)
#4	MG238	29	trigger factor (tig)
#5	MG239	68	ATP-dependent protease La (lon)
#6	MG457	177	cell division protein (ftsH)
#7	MG459	172	conserved hypothetical protein

Motif 1
TGATTACAATAAAGCAGGATTTATAATCCAA	0	105	0
TTCTAAATCTAAAGCATGATTACAATAAAGC	0	121	0
CTGTGGTACAAACGCTTAATTAGCTCCCACA	1	28	0
GGAGTTTGGTAAAGCAGGATAGGTGGTTGTT	2	186	0
GTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCGGTT	2	244	1
TAACCTGTCTAAAAGACAATTTC        	2	287	1
      ATTTAAAAGTTAATTAGGGAATTTC	5	53	0
AGTAAACATAAAAAGATAATTTTCGTCACTT	6	61	1
AAAGTGAACCAAAATAAAATTGAAGTATATC	7	25	0
TTATTTAGACAAAGCAAAATTTATTAAAGTG	7	50	0
GTAATCCAAAAAAAGTAAATTCAGGCAACAG	7	101	0
          ****** ****
MAP Score: 12.2701

Motif 2
CCGATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACATT	6	139	0
CTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAAACAAC	7	108	1
ATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA	7	28	1
AAAACCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAA	2	245	0
TCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGT	0	74	1
TAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACCA	0	147	1
TAGGTGGTTGTTTTTTTGGCTGGGGAGCCACC	2	166	0
TTCACTTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATA	7	48	1
AAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGT	0	209	1
TGACGAAAATTATCTTTTTATGTTTACTTAAA	6	57	0
          *** ***** **
MAP Score: 11.798

Motif 3
TTGTTTTGTAATCCAAAAAAAGTAAATTCA	7	109	0
CCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCT	0	176	1
GGATATTTGAAGTCAAAAAACTGTTGCCTG	7	81	1
GTGGCTCCCCAGCCAAAAAAACAACCACCT	2	167	1
ATGTAGTTCAAACCAAAAAAACCCAAATCG	6	140	1
TAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAA	2	238	1
ACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTT	0	211	0
TTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAAT	0	22	0
  TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCT	1	8	1
AATTAGGGAATTTCAATAAATTTTAACACA	5	37	0
TTAAGATAGTTTTAAAACAAGTAATTCTAA	3	32	0
TTTTTTGGATTACAAAACAACACTGTTATT	7	119	1
TATTAAAGTGAACCAAAATAAAATTGAAGT	7	30	0
AAAACAAGTAATTCTAACAAATTCTAACTG	3	19	0
CTTTTAAGTAAACATAAAAAGATAATTTTC	6	55	1
          **********
MAP Score: 10.5695

Motif 4
TTTATAAAATAATCAAGAACATCAGCACATGATCTTTATCAC	0	36	1
CAGGATTTATAATCCAACTTCATTTGAAACCAAACATAAATT	0	80	0
CCAGCTTCTAAATCTAAAGCATGATTACAATAAAGCAGGATT	0	115	0
TGTTTCAGGTAACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCT	0	164	1
AGGAGCAGGGTATCGCAAACAAGGTAACAATAATGGCATCTC	2	49	1
CAACACGTTTAATCCCAATTCTTCTGATAATAAAGTCACTCA	2	120	1
TGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACAAAATAAAAAGCGG	2	231	1
GGTTTTATACAATGTATAACCTGTCTAAAAGACAATTTC   	2	271	1
GTTTTAAAACTATCTTAATCCCTAATATATAAATTAGAAAGG	3	44	1
GTGCAATAAAAGCCTTGAACCAACGCATAAAATTTTAATATC	6	14	0
AAACCAAAAAAACCCAAATCGGTCAAAAACTAACATAG    	6	149	1
ATAATTATAATATCGCTCATCTTTAAATAACAGTGTTGTTTT	7	132	0
          ****   * **     * *  *
MAP Score: 7.72363

Motif 5
TCGTTATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAAT	0	17	1
TTAGAAGCTGGTTACTTTTGTTTCAGGTAACC	0	146	1
GAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTT	0	206	1
TGCCATTATTGTTACCTTGTTTGCGATACCCT	2	55	0
ATAGGTGGTTGTTTTTTTGGCTGGGGAGCCAC	2	167	0
CCGCTTTTTATTTTGTTTTTTTAATAAACATT	2	241	0
ACCGATTTGGGTTTTTTTGGTTTGAACTACAT	6	140	0
ATACTTCAATTTTATTTTGGTTCACTTTAATA	7	28	1
TTTAATAAATTTTGCTTTGTCTAAATAAGGAT	7	53	1
GTTGCCTGAATTTACTTTTTTTGGATTACAAA	7	103	1
TAAATAACAGTGTTGTTTTGTAATCCAAAAAA	7	119	0
          ***  *******
MAP Score: 6.64369

Motif 6
TTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGATT	0	15	0
AGTTTTTTGGAAATGGTACTGGTTACCTGA	0	168	0
CATTTTTGGAAAATTTTAAA          	1	0	0
GTGACTGTTAAAATGTTTATTAAAAAAACA	2	230	1
      ATTTAAAAGTTAATTAGGGAATTT	5	54	0
CCAACGCATAAAATTTTAATATCTGTT   	6	7	0
AGTAAACATAAAAAGATAATTTTCGTCACT	6	61	1
TGAAACTAATAAGTGTTAATAAAGTGACGA	6	83	0
ATTATACTGCCAATGGTAATGAAACTAATA	6	102	0
GTAATCCAAAAAAAGTAAATTCAGGCAACA	7	102	0
          **********
MAP Score: 2.87787