AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239085
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#1	MG309	53	lipoprotein, putative
#2	MG377	46	conserved hypothetical protein
#3	MG378	28	arginyl-tRNA synthetase (argS)
#4	MG425	188	ATP-dependent RNA helicase (deaD)
#5	MG470	43	soj protein (soj)

Motif 1
CGATAATAACTAAAAGCCATAAAACCTTGGTTTT	0	21	1
ATAAACAAGCTAAAAACCACAAAACCAAGGTTTT	0	41	0
TTTAGCTTGTTTATAACAATATTATTGCAGTTTT	0	61	1
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAA	1	4	1
AATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACT	1	24	1
TTCTTCACGCATATAGGAATTAAAATTTAATAAG	2	11	1
 TTTGCATCATTAAATATAATTTAAAGTA     	3	9	1
ACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAACGGCT	4	20	1
ATTGCCAAGGTTAGAAGTAATAAATTCTCCTACT	4	55	1
TACTTATTACTTATAATAAATATAGTTTTTATTT	4	89	1
GAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTA	4	105	0
GTATAGATTTAAATATCGAAAATATCGAGAGAAT	4	133	0
AATATTTCTTTAATACTAAAAAAATAC       	5	3	0
TAAAGAAATATTATAATCATTTAAATAT      	5	25	1
          *** *   ******
MAP Score: 15.7893

Motif 2
ATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATT	4	104	1
AAAATTTATATTTTTATTATTACCAC      	1	4	0
     GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATATT	5	5	1
GTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTA	0	14	0
        GCTGTGTAATTTTACATTATGCAG	0	96	0
TAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATG	0	74	1
          TTTGCATCATTAAATATAATTT	3	0	1
TCTCTCGATATTTTCGATATTTAAATCTATAC	4	135	1
TCCTACTTACTTATTACTTATAATAAATATAG	4	82	1
AAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTA	0	42	1
        TACTTTAAATTATATTTAATGATG	3	14	0
ATTGCCAAGGTTAGAAGTAATAAATTCTCCTA	4	55	1
TTTAGAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATAT	2	21	0
ATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATT	1	18	0
TTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGTGCA 	1	32	1
TAATTCAACGTGTTTATTAATTA         	4	1	0
TTAATAAACACGTTGAATTATAACAAAATTAG	4	13	1
TAAAGAAATATTATAATCATTTAAATAT    	5	25	1
          **** * *****
MAP Score: 15.2183

Motif 3
TAAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAA	0	14	1
TTTAGCTTGTTTATAACAATATTATTGCAGT	0	61	1
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTT	1	4	1
AATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAA	1	18	1
TTCACGCATATAGGAATTAAAATTTAATAAG	2	14	1
 TACTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA  	3	8	0
          TAATTAATAAACACGTTGAAT	4	0	1
TCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGTTTATT	4	15	0
ATTGCCAAGGTTAGAAGTAATAAATTCTCCT	4	55	1
ACTATATTTATTATAAGTAATAAGTAAGTAG	4	84	0
TTAATAAAAATAAAAACTATATTTATTATAA	4	99	0
TCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACT	4	112	0
TTTTCGATATTTAAATCTATACATCTAAACA	4	145	1
ATTTCTTTAATACTAAAAAAATAC       	5	3	0
          ****** ****
MAP Score: 8.31397

Motif 4
AAAACTCGATAATAACTAAAAGCCATAAAAC	0	15	1
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTT	1	4	1
ATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAAT	1	19	1
ATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTAAAA	2	23	1
AAACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAA	4	18	1
CTTACTTATTACTTATAATAAATATAGTTTT	4	87	1
CGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTA	4	111	0
AATATTTCTTTAATACTAAAAAAATAC    	5	6	0
AGTATTAAAGAAATATTATAATCATTTAAAT	5	20	1
          ***** *****
MAP Score: 4.02208