AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239093
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#1	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#2	MG309	53	lipoprotein, putative
#3	MG377	46	conserved hypothetical protein
#4	MG378	28	arginyl-tRNA synthetase (argS)
#5	MG425	188	ATP-dependent RNA helicase (deaD)
#6	MG470	43	soj protein (soj)

Motif 1
ATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTAT	0	28	1
TTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTAG	0	46	1
TGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAA	0	70	1
TGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATTTT	0	98	0
AGTCAAATCATTAGTAATTTGACCTTTCTTTT	0	117	0
AACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCC	0	183	0
AAACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAA	0	199	1
TTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAA	0	220	1
TTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA        	0	286	1
AAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTA	1	42	1
        GCTGTGTAATTTTACATTATGCAG	1	96	0
AAAATTTATATTTTTATTATTACCAC      	2	4	0
TTTTAGAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATA	3	22	0
GTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGGCAA	5	56	0
TCCTACTTACTTATTACTTATAATAAATATAG	5	82	1
ATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATT	5	104	1
TTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTAT	5	163	0
     GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATATT	6	5	1
          ** *** *****
MAP Score: 21.5474

Motif 2
TTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTG	0	42	1
AAAACTACTAAATTTTATTAACCAAACAGC	0	277	0
TATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTC	5	109	1
TAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC   	2	7	0
GTTATTATCGAGTTTTATTGA         	1	1	0
AATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATAA	5	92	0
TTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAA	0	69	1
ACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAA	0	201	1
GCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACG	5	23	0
TGTTTATAACAATATTATTGCAGTTTTACT	1	68	1
ATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTAAA	3	23	1
TGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAA	0	222	1
GTAAGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCT	5	62	0
TATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGA	2	26	1
ACTTTAAATTATATTTAATGATGCAAA   	4	7	0
ATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTAA	1	79	1
          **********
MAP Score: 19.9027

Motif 3
TAATAAAATTCCAAAAACAACTAAAAGAGCATATGT	0	26	0
CCTAGTCCAATTAGAACTAATAAAATTCCAAAAACA	0	43	0
TTTTTAAAGCTCAAAATAAAAATCCTAGTCCAATTA	0	66	0
ATAACTCACTTAAAAATGAAGTTCCTAGAGGGAGTT	0	153	1
AGGGAGTTGATGAAAAAGAAACAACAAATTAGTTTT	0	181	1
CTATTGCAAGCAAAAATAAAACTAATTTGTTGTTTC	0	198	0
CTATTCCTAGCATTAAAAAAACTATTGCAAGCAAAA	0	219	0
TACTAAATTTTATTAACCAAACAGCTTAGGAAGGGA	0	266	0
         TTTAAAACTACTAAATTTTATTAACCA	0	283	0
AATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAAACCACAAAA	1	51	0
      GTGGTAATAATAAAAATATAAATTTTAAAA	2	4	1
AATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTGT	2	24	1
ATATAGGAATTAAAATTTAATAAGTTTCTAAAAAT 	3	21	1
 TTTGCATCATTAAATATAATTTAAAGTA       	4	9	1
      TAATTAATAAACACGTTGAATTATAACAAA	5	4	1
ACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAACGGCTCA	5	20	1
ATTGCCAAGGTTAGAAGTAATAAATTCTCCTACTTA	5	55	1
TTATTATAAGTAATAAGTAAGTAGGAGAATTTATTA	5	72	0
TACTTATTACTTATAATAAATATAGTTTTTATTTTT	5	89	1
CGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTT	5	106	0
AATCTATACATCTAAACAAATTAACAAAGCCATTTA	5	158	1
AATATTTCTTTAATACTAAAAAAATAC         	6	1	0
TAAAGAAATATTATAATCATTTAAATAT        	6	25	1
          * ****  **  ** *
MAP Score: 18.5715

Motif 4
ACATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTTA	0	26	1
GTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTA	0	44	1
TAATTTGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAA	0	102	0
TAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCCCTCT	0	179	0
AACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAGTT	0	203	1
TTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAATA	0	221	1
GGTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA       	0	284	1
GTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTAT	1	13	0
AACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTA	1	75	1
AAAATTTATATTTTTATTATTACCAC       	2	3	0
ATTTCAATAATTTTAAAATTTATATTTTTATTA	2	17	0
ACTTATTAAATTTTAATTCCTATATGCGTGAAG	3	13	0
       TACTTTAAATTATATTTAATGATGCA	4	12	0
CCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGTT	5	19	0
AAGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGGCA	5	57	0
CCTACTTACTTATTACTTATAATAAATATAGTT	5	83	1
ATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTC	5	104	1
       GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATAT	6	3	1
          ***** ** ** *
MAP Score: 10.3169

Motif 5
TTAGTTGTTTTTGGAATTTTATTAGTTCTAATT	0	38	1
CTAATTGGACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTA	0	65	1
GATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAATTTCACTTA	0	78	1
AGAAACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCA	0	197	1
CACCTATTCCTAGCATTAAAAAAACTATTGCAA	0	225	0
TCCTAAGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGT	0	271	1
TAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA          	0	287	1
TTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATT	1	12	0
AACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAATGTA	1	75	1
AAATTTATATTTTTATTATTACCAC        	2	2	0
ATAATAAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAA	2	16	1
       TACTTTAAATTATATTTAATGATGCA	4	12	0
AATAAACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAA	5	15	1
TTGCCAAGGTTAGAAGTAATAAATTCTCCTACT	5	56	1
CCTACTTACTTATTACTTATAATAAATATAGTT	5	83	1
TTATAATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATA	5	99	1
TATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAACT	5	112	0
CTCTCGATATTTTCGATATTTAAATCTATACAT	5	136	1
    GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATATTAT	6	6	1
   ATATTTAAATGATTATAATATTTCTTTAAT	6	23	0
          *** * ***** *
MAP Score: 9.30643

Motif 6
GACTAGGATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAATTTCACTT	0	72	1
TGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATTTTTAAAGC	0	92	0
AACTTCATTTTTAAGTGAGTTATTGGAAGTCAAATCAT	0	138	0
ATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATCAACTCCCT	0	181	0
AACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGCAATAGTTTTTTT	0	203	1
CTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGGAATAGGTGGACT	0	224	1
GCTTTTAGTTATTATCGAGTTTTATTGA          	1	0	0
CCATAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTAT	1	37	1
TAAAACTGCAATAATATTGTTATAAACAAGCTAAAAAC	1	58	0
TTTAAAATTTATATTTTTATTATTACCAC         	2	1	0
AAAAATATAAATTTTAAAATTATTGAAATTTTTGACTG	2	21	1
TTAGAAACTTATTAAATTTTAATTCCTATATGCGTGAA	3	14	0
AATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATTCAACGTGT	5	20	0
GGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGGCAATGAGCCGTT	5	47	0
ATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTCTCG	5	104	1
GCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTATAGATTTAAATATC	5	150	0
       GTATTTTTTTAGTATTAAAGAAATATTATAA	6	3	1
TATTAAAGAAATATTATAATCATTTAAATAT       	6	22	1
          *** ** * *  **   *
MAP Score: 6.82485