AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239106
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG062	300	PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA)
#1	MG063	94	1-phosphofructokinase (fruK)
#2	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#3	MG431	59	triosephosphate isomerase (tpiA)
#4	MG432	85	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAGTTTGTTCTAAAAAACAATTAGCTACAGC	0	43	0
TTAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAAA	0	104	1
TGAATAAAAATAAAAAACAGACCCTGATGGT	0	127	1
CTTCCGCCATTAAATATCCAACAGACCATCA	0	151	0
TATAATAAATTTAACAACAAACTGGGAGCGT	0	254	0
AAATTTATTATAAATATGCAACTAATTAGCG	0	273	1
TAAATCAACATAATAATCAATTGCGCAAGCG	1	13	0
TATGTTGATTTAAACAAGCAAAAAAATAGTG	1	32	1
TTAGAACTAATAAAATTCCAAAAACAACTAA	2	38	0
AAGCTCAAAATAAAAATCCTAGTCCAATTAG	2	65	0
GTGAAATTTTTAAAGCTCAAAATAAAAATCC	2	77	0
AAATTTCACTTAAAGAACAAAAGAAAGGTCA	2	99	1
TGATGAAAAAGAAACAACAAATTAGTTTTAT	2	188	1
CTACTAAATTTTATTAACCAAACAGCTTAGG	2	272	0
        CTTAATGATCAATTAGTTGGAAA	3	2	1
TTATAAGTTTTCAAAAACCATTTTCTTTTCC	3	28	0
AATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTAATTA	4	34	1
TAAGAAATTATTAATTACCAAAATTATTAAA	4	48	1
        AGTTAAGAACAATTATTTTAATA	4	72	0
          **** ******
MAP Score: 24.2905

Motif 2
TAATTGTTTTTTAGAACAAACTGAATCAAA	0	51	1
TAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAAA	0	105	1
AAATTGAATAAAAATAAAAAACAGACCCTG	0	123	1
ATAATAAATTTAACAACAAACTGGGAGCGT	0	254	0
TATTATAAATATGCAACTAATTAGCGCTTT	0	278	1
TGATTTAAACAAGCAAAAAAATAGTGTTTT	1	37	1
TGTTGCATGCAAACAACATATGCTCTTTTA	2	11	1
AAAATTCCAAAAACAACTAAAAGAGCATAT	2	28	0
AGTCCAATTAGAACTAATAAAATTCCAAAA	2	46	0
AATTTCACTTAAAGAACAAAAGAAAGGTCA	2	100	1
GATGAAAAAGAAACAACAAATTAGTTTTAT	2	189	1
GCAAGCAAAAATAAAACTAATTTGTTGTTT	2	199	0
CCTAGCATTAAAAAAACTATTGCAAGCAAA	2	220	0
      TTTAAAACTACTAAATTTTATTAA	2	286	0
ACTAAGCTTAATATTACTAATAAGATAGTA	4	16	1
          **********
MAP Score: 10.5643