AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all016_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239115
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG062	300	PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA)
#1	MG063	94	1-phosphofructokinase (fruK)
#2	MG069	300	PTS system, glucose-specific IIABC component (ptsG)
#3	MG431	59	triosephosphate isomerase (tpiA)
#4	MG432	85	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAGTTTGTTCTAAAAAACAATTAGCTACAGCTT	0	41	0
CTGTTAACAATGAAAGACAATTTCAAATTCTTT	0	78	0
TTAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAAAAA	0	104	1
ACAACAAAATTGAATAAAAATAAAAAACAGACC	0	117	1
CTTCCGCCATTAAATATCCAACAGACCATCAGG	0	149	0
TATAATAAATTTAACAACAAACTGGGAGCGTAC	0	252	0
AAATTTATTATAAATATGCAACTAATTAGCGCT	0	273	1
CTTGTTTAAATCAACATAATAATCAATTGCGCA	1	17	0
TATGTTGATTTAAACAAGCAAAAAAATAGTGTT	1	32	1
CAAAAACAACTAAAAGAGCATATGTTGTTTGCA	2	18	0
TTAGAACTAATAAAATTCCAAAAACAACTAAAA	2	36	0
AAGCTCAAAATAAAAATCCTAGTCCAATTAGAA	2	63	0
AAAATTTCACTTAAAGAACAAAAGAAAGGTCAA	2	98	1
AAAAGAAAGGTCAAATTACTAATGATTTGACTT	2	117	1
CACTTAAAAATGAAGTTCCTAGAGGGAGTTGAT	2	159	1
AGGGAGTTGATGAAAAAGAAACAACAAATTAGT	2	181	1
TTCCTAGCATTAAAAAAACTATTGCAAGCAAAA	2	219	0
AGCTGTTTGGTTAATAAAATTTAGTAGTTTTAA	2	276	1
TTATAAGTTTTCAAAAACCATTTTCTTTTCCAA	3	26	0
AATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTAATTACC	4	34	1
TAAGAAATTATTAATTACCAAAATTATTAAAAT	4	48	1
        AGTTAAGAACAATTATTTTAATAAT	4	70	0
          * ** ****** *
MAP Score: 21.3766

Motif 2
GCTGTAGCTAATTGTTTTTTAGAACAAACT	0	43	1
ATTCTTTGATTCAGTTTGTTCTAAAAAACA	0	55	0
TTTATTCAATTTTGTTGTTAAATGCTGTTA	0	105	0
ACCATCAGGGTCTGTTTTTTATTTTTATTC	0	128	0
ACCCTGATGGTCTGTTGGATATTTAATGGC	0	147	1
ACGCTCCCAGTTTGTTGTTAAATTTATTAT	0	254	1
AAAGCGCTAATTAGTTGCATATTTATAATA	0	278	0
TAAAAGAGCATATGTTGTTTGCATGCAACA	2	11	0
ATATGCTCTTTTAGTTGTTTTTGGAATTTT	2	28	1
TGGAATTTTATTAGTTCTAATTGGACTAGG	2	49	1
TGACCTTTCTTTTGTTCTTTAAGTGAAATT	2	100	0
ATAAAACTAATTTGTTGTTTCTTTTTCATC	2	189	0
AAACAACAAATTAGTTTTATTTTTGCTTGC	2	199	1
TTTGCTTGCAATAGTTTTTTTAATGCTAGG	2	220	1
TTAATAAAATTTAGTAGTTTTAAA      	2	286	1
TAATGATCAATTAGTTGGAAAAGAAAATGG	3	12	1
TATTAAAATAATTGTTCTTAACT       	4	72	1
          **********
MAP Score: 20.0376

Motif 3
ATTCAGTTTGTTCTAAAAAACAATTAGCTACAGCT	0	42	0
TGCTGTTAACAATGAAAGACAATTTCAAATTCTTT	0	78	0
TGTTAACAGCATTTAACAACAAAATTGAATAAAAA	0	102	1
ACAAAATTGAATAAAAATAAAAAACAGACCCTGAT	0	120	1
TTTATAATAAATTTAACAACAAACTGGGAGCGTAC	0	252	0
TATTATAAATATGCAACTAATTAGCGCTTTAG   	0	278	1
GCTTGTTTAAATCAACATAATAATCAATTGCGCAA	1	16	0
TGTTGATTTAAACAAGCAAAAAAATAGTGTTTTAA	1	34	1
   ATGTTGCATGCAAACAACATATGCTCTTTTAG	2	7	1
AACTAATAAAATTCCAAAAACAACTAAAAGAGCAT	2	30	0
ATTTTTAAAGCTCAAAATAAAAATCCTAGTCCAAT	2	68	0
AGTTGATGAAAAAGAAACAACAAATTAGTTTTATT	2	185	1
AAACTATTGCAAGCAAAAATAAAACTAATTTGTTG	2	202	0
TATTCCTAGCATTAAAAAAACTATTGCAAGCAAAA	2	219	0
CCATTTTCTTTTCCAACTAATTGATCATTAAG   	3	7	0
ACTAATAAGATAGTAAATAAGAAATTATTAATTAC	4	31	1
TACCAAAATTATTAAAATAATTGTTCTTAACT   	4	63	1
          **  *** ** ** *
MAP Score: 1.95719