AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all017_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239131
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG249	44	RNA polymerase sigma-43 factor (rpoD)
#1	MG254	175	DNA ligase
#2	MG418	37	ribosomal protein L13 (rpL13)
#3	MG422	37	conserved hypothetical protein
#4	MG424	188	ribosomal protein S15 (rps15)

Motif 1
AATTTTAGCTTATATAACTT          	0	0	0
TGCGACTAGCATTATAATTTTAGCTTATAT	0	15	0
TATTTAGTATATTTTAACTTGC        	1	2	0
GCGTTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTT	1	17	0
TCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAA	1	110	1
AGTCAGGATTTTTCTTATTTATAGTA    	1	159	1
CGCATTCTATTTTAATATTA          	2	0	0
AAGATTAGCAATTAAAATTTGAAAGGTAC 	3	18	1
GTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATG	4	12	1
ATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATAAAAA	4	64	1
CTCCTACTTACTTATTACTTATAATAAATA	4	97	0
AGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACCTTGG	4	119	1
AATGAGCCGTTTTCTAATTTTGTTATAATT	4	150	1
ATTCAACGTGTTTATTAATTA         	4	177	1
          **********
MAP Score: 14.4285

Motif 2
ATATAAGCTAAAATTATAATGCTAGTCGCATTGAGCTAA  	0	15	1
        GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAACA	1	2	1
CTAAATATTAAAGTAACAACGCAGATATAGTTCAATGGTAG	1	25	1
AACCTTGCCAAGGTTAAGATGCGGGTTCGATTCCCGTTATC	1	71	1
TTTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGATAACGGGAATC	1	99	0
    TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTAGTTGATACC	1	148	0
        TAATATTAAAATAGAATGCGGTTTTGTATCTAA	2	2	1
 GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAATCTTTAAGGTAC   	3	7	0
CATCTAAACAAATTAACAAAGCCATTTAACTT         	4	1	0
TTAGATGTATAGATTTAAATATCGAAAATATCGAGAGAATT	4	35	1
TTTATTAATAAAAATAAAAACTATATTTATTATAAGTAATA	4	74	1
CCAAGGTTAGAAGTAATAAATTCTCCTACTTACTTATTACT	4	108	0
AATTATAACAAAATTAGAAAACGGCTCATTGCCAAGGTTAG	4	139	0
         TAATTAATAAACACGTTGAATTATAACAAAAT	4	166	0
          ****** ***          *
MAP Score: 8.72612

Motif 3
     GCAAGTTAAAATATACTAAATATTAAAGTAAC	1	5	1
GCAGATATAGTTCAATGGTAGAACATAACCTTGCCAA	1	45	1
TCGATTCCCGTTATCTGCTCCAAATTAAAACTTCTTT	1	97	1
TTGTAAAATCCTGATTGGTATCAACTAAGTCAGGATT	1	132	1
         TACTATAAATAAGAAAAATCCTGACTTA	1	157	0
     GTACCTTAAAGATTAGCAATTAAAATTTGAAA	3	5	1
GATATTTAAATCTATACATCTAAACAAATTAACAAAG	4	21	0
GATGTATAGATTTAAATATCGAAAATATCGAGAGAAT	4	38	1
AAATATAGTTTTTATTTTTATTAATAAATTCTCTCGA	4	65	0
CTACTTACTTATTACTTATAATAAATATAGTTTTTAT	4	87	0
GTTAGAAGTAATAAATTCTCCTACTTACTTATTACTT	4	107	0
AATAAACACGTTGAATTATAACAAAATTAGAAAACGG	4	156	0
          ** * *  **  ** **
MAP Score: 4.87173

Motif 4
CAAGGTTAAGATGCGGGTTCGATTCCCGTTATC	1	79	1
CTCCAAATTAAAACTTCTTTGTAAAATCCTGAT	1	114	1
TCTTTGTAAAATCCTGATTGGTATCAACTAAGT	1	129	1
TTAAAATAGAATGCGGTTTTGTATCTAAATAT 	2	15	1
     AAGTTAAATGGCTTTGTTAATTTGTTTA	4	5	1
TGGCTTTGTTAATTTGTTTAGATGTATAGATTT	4	18	1
          ** *** ** ***
MAP Score: 0.700835

Motif 5
ATATAAGCTAAAATTATAATGCTAGTCGCA	0	15	1
TTGTTACTTTAATATTTAGTATATTTTAAC	1	14	0
GTAACAACGCAGATATAGTTCAATGGTAGA	1	37	1
TTTACAAAGAAGTTTTAATTTGGAGCAGAT	1	109	0
        TAATATTAAAATAGAATGCGGT	2	2	1
          ATATTTAGATACAAAACCGC	2	27	0
GTACCTTTCAAATTTTAATTGCTAATCTTT	3	17	0
TTAGATGTATAGATTTAAATATCGAAAATA	4	35	1
AAATATCGAGAGAATTTATTAATAAAAATA	4	60	1
TAATAAATATAGTTTTTATTTTTATTAATA	4	76	0
ATTTATTATAAGTAATAAGTAAGTAGGAGA	4	98	1
AGTAAGTAGGAGAATTTATTACTTCTAACC	4	115	1
AATTCAACGTGTTTATTAATTA        	4	176	1
          **********
MAP Score: 0.172744