AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239138
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG096	182	conserved hypothetical protein
#1	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#2	MG098	99	Glu-tRNA amidotransferase subunit gatC-related protein

Motif 1
TACCATTAATTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTG	0	24	0
AAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTA	0	57	1
CTAGATAAATTTAAAGTTTATTT          	1	43	1
TTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTC	0	138	1
TACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGAAATACAA	0	104	0
AATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGTT	2	56	0
AAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCA	0	151	1
AGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	0	83	1
      TCTATTAAGAAATTTTTGATCAGTTAC	1	4	1
AAGTGTCAACTACAGCTTTGTTTTTAA      	2	4	0
          ***** * * ***
MAP Score: 13.5779

Motif 2
TAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTA	0	16	1
CAAGGAAAGTTTAATGAATAATTTTACCAT	0	51	0
AATACAAACAGTATTGAAAACTACAACTAA	0	81	0
GAACTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGA	0	111	0
TTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTA	0	148	1
TTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTG	0	161	1
TGATCAAAAATTTCTTAATAGA        	1	2	0
TATTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTA	1	12	1
TGACACTTGTTTATTGATTAGAAAAACAAC	2	29	1
CCTTGTAAAATTATTTAACTAAGTGATTAT	2	61	1
TAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG 	2	80	1
          **********
MAP Score: 11.3297

Motif 3
TCCTTGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTT	0	75	1
TCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTT	0	94	1
TTTAAAAAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAA	0	122	1
TGTTATTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATA	0	156	1
AACTACAGCTTTGTTTTTAA          	2	0	0
TAGTTGACACTTGTTTATTGATTAGAAAAA	2	25	1
TACAAGGTTGTTGTTTTTCTAATCAATAAA	2	38	0
          **********
MAP Score: 4.89192