AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239144
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG077	233	oligopeptide ABC transporter, permease protein (oppB)
#1	MG081	55	ribosomal protein L11 (rpl11)
#2	MG087	28	ribosomal protein S12 (rpS12)
#3	MG090	51	ribosomal protein S6 (rpS6)
#4	MG094	49	replicative DNA helicase (dnaB)
#5	MG096	182	conserved hypothetical protein
#6	MG097	56	uracil DNA glycosylase (ung)
#7	MG098	99	Glu-tRNA amidotransferase subunit gatC-related protein

Motif 1
TTCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAA	0	20	0
GCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTT	0	60	1
TTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTATAAAT	0	83	1
TGAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATC	0	100	1
ATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGA	0	116	1
AACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAA	0	174	1
        ATTTTGTTAGAATACTTCAGTTGTCTA	2	2	1
   ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATGA	3	7	1
CTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT        	3	34	1
        TTTTAAATATGCAAATGATAGCAACAT	4	2	1
     CAATTTTAGCCATTCAGTTTTGAAAAGAAA	5	5	1
TAATGAATAATTTTACCATTAATTTAAACTTTTCT	5	35	0
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAG	5	50	1
TTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAA	5	81	1
ACTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGAAATACAA	5	104	0
AAAAAGACAATTAAATAACATATTTTAAAGATCTA	5	141	0
TTAAGAAATTTTTGATCAGTTACTTTTACCTAGAT	6	14	1
TCAGTTACTTTTACCTAGATAAATTTAAAGTTTAT	6	29	1
          TTAAAAACAAAGCTGTAGTTGACAC	7	0	1
TAATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTG	7	58	0
TAACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG  	7	76	1
          ***  **   *****
MAP Score: 13.4015

Motif 2
TCTTGATTATTTTATAAAAAAATGATACTAATAACGATTACTAG	0	10	0
TTATGTTTGGTTTCAAATGAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTA	0	83	1
ACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACCTGAAAAAAACAGGT	0	175	1
         TTACTAAATAGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTT	0	208	0
         ATAGACAACTGAAGTATTCTAACAAAAT       	2	3	0
         ATACTTAATAAAAATATAACTTTACTCAATGAGTT	3	1	1
   TTTTAAATATGCAAATGATAGCAACATTGAACGTGCTGAAA	4	7	1
GCCATTCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTAAAATT	5	18	1
AAACTACAACTAACAAGGAAAGTTTAATGAATAATTTTACCATT	5	50	0
CTACGAATTTTTTAAAATGAACTTCGAAATACAAACAGTATTGA	5	94	0
    ACAATTTATGAAATTAAAAAAGACAATTAAATAACATATT	5	152	0
CAGTTACTTTTACCTAGATAAATTTAAAGTTTATTT        	6	30	1
GTTTTTCTAATCAATAAACAAGTGTCAACTACAGCTTTGTTTTT	7	12	0
GTTTATTGATTAGAAAAACAACAACCTTGTAAAATTATTTAACT	7	37	1
AAAGTGCAATTAAGTAATAATCACTTAGTTAAATAATTTTACAA	7	63	0
          **   **  **     *   * **
MAP Score: 10.3502

Motif 3
ATTAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAG	0	22	1
          TCTATTAAGAAATTTTTGATC	6	0	1
         ATTTTGTTAGAATACTTCAGTT	2	1	1
CAAACATAAATTTAGTGATAAAGATCATGTG	0	61	0
    AAAAACTTTTTGGAAAAACTCATTGAG	3	34	0
TTTAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGCT	5	17	0
AGCTCCCACATTTTTGGAAAATTTTAAA   	1	7	0
TTTAAATTTATCTAGGTAAAAGTAACTGATC	6	27	0
AAGTTATATTTTTATTAAGTAT         	3	1	0
TTGACACTTGTTTATTGATTAGAAAAACAAC	7	28	1
TTTTTTTATTTCTATTTAGTAA         	0	221	1
CAAGGAAAGTTTAATGAATAATTTTACCATT	5	50	0
TAAAGTGCAATTAAGTAATAATCACTTAGTT	7	77	0
ATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGT	5	108	1
GGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTACTGGTT	0	174	0
TTTAATTGTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT	5	161	1
          ****** ****
MAP Score: 10.2065

Motif 4
CAGCACATGATCTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGA	0	58	1
CAAATGAAGTTGGATTATAAATCCTGCTTTATTGTAATCATGCTT	0	96	1
AAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCAGTTTTTTGGAAATGGTAC	0	179	0
TGAAAAAAACAGGTTCTTTTTTTATTTCTATTTAGTAA       	0	205	1
TTGGAAAAACTCATTGAGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT   	3	7	0
AGCACGTTCAATGTTGCTATCATTTGCATATTTAAAA        	4	2	0
AATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTAGTTGTAGTTTT	5	50	1
TGTTAGTTGTAGTTTTCAATACTGTTTGTATTTCGAAGTTCATTT	5	79	1
TATTTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTCTAGATCTTTAA	5	107	1
TAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTAAT	5	135	1
AACAAAGCTGTAGTTGACACTTGTTTATTGATTAGAAAAACAACA	7	15	1
ACTTAGTTAAATAATTTTACAAGGTTGTTGTTTTTCTAATCAATA	7	40	0
TTTAACTAAGTGATTATTACTTAATTGCACTTTAG          	7	74	1
          *  **   *     *   * *** *
MAP Score: 9.08813

Motif 5
   TTTAAAATTTTCCAAAAATGTGGGAGCT	1	7	1
CTCAATGAGTTTTTCCAAAAAGTTTTT    	3	34	1
AACCAGTACCATTTCCAAAAAACTGAGAACC	0	174	1
TTCGAAGTTCATTTTAAAAAATTCGTAGTTC	5	110	1
TAAACTTTTCTTTTCAAAACTGAATGGCTAA	5	15	0
TAGTATCATTTTTTTATAAAATAATCAAGAA	0	24	1
CTGATCAAAAATTTCTTAATAGA        	6	2	0
GTCTTTTTTAATTTCATAAATTGT       	5	168	1
AGGTTGTTGTTTTTCTAATCAATAAACAAGT	7	33	0
TTTAAAATGAACTTCGAAATACAAACAGTAT	5	97	0
TAGTTCTAGATCTTTAAAATATGTTATTTAA	5	135	1
          ***** *****
MAP Score: 8.65761

Motif 6
CTCATTGAGTAAAGTTATATTTTTATTAAGTAT    	3	6	0
TCAGTTTTGAAAAGAAAAGTTTAAATTAATGGTAAAA	5	23	1
CTTTATCACTAAATTTATGTTTGGTTTCAAATGAAGT	0	69	1
AGAAATAAAAAAAGAACCTGTTTTTTTCAGGTTCTCA	0	197	0
TTACCTAGATAAATTTAAAGTTTATTT          	6	39	1
TAGATCTTTAAAATATGTTATTTAATTGTCTTTTTTA	5	141	1
TGATTACAATAAAGCAGGATTTATAATCCAACTTCAT	0	99	0
AACAAGTGTCAACTACAGCTTTGTTTTTAA       	7	3	0
TGCTTTATTGTAATCATGCTTTAGATTTAGAAGCTGG	0	120	1
ATTAATGGTAAAATTATTCATTAAACTTTCCTTGTTA	5	47	1
          ****     ***  ***
MAP Score: 3.4527