AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MG/MG_sum_all019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239158
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG070	110	ribosomal protein S2 (rpS2)
#1	MG221	243	conserved hypothetical protein

Motif 1
CAAAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGA	0	20	0
TAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATA	0	40	1
AAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACTGTCATCA	1	20	1
AGGGTTACAGGTTCGATTCCTGTTGGTGACGCCATT	1	92	1
AAGCCTACCAGTTATTTAACTGATAGGCAAATAAAG	1	130	0
TAAATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGTT	1	148	1
CTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGTTAATT	1	163	1
          *** * *  *** * *
MAP Score: 9.15028

Motif 2
ACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGT	0	18	0
ACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTATAAC	0	44	1
GTTTATAACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATA	0	69	1
TAAAAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACTGT	1	17	1
GCTCAATAGGACAGAGTATCAGCTTGCGGAGCTG	1	58	1
CTTGCGGAGCTGAGGGTTACAGGTTCGATTCCTG	1	80	1
ATTAACTTTATTTGCCTATCAGTTAAATAACTGG	1	125	1
AAACAATAAAAAAGCCTACCAGTTATTTAACTGA	1	143	0
AGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGT	1	160	1
   TTTTATCTTAGCATAAAAATTTCTTTTTGTC	1	222	0
          * **  ** *****
MAP Score: 9.14712

Motif 3
GTTTTATGGCTTTTAGTTATTATCGAGTTT	0	16	0
AACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTT	0	43	1
AACAATATTATTGCAGTTTTACTGCATAAT	0	75	1
ACTTTGGCACTTTTAGATTTAG        	1	2	0
GTTAAATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTT	1	146	1
TTTTATTGTTTTGTAGTTTATCAAGGGTTA	1	166	1
TTAATTTAAGTTGTAGTCATTTCATTTTGG	1	193	1
          **********
MAP Score: 6.00214

Motif 4
ACAAAACCAAGGTTTTATGGCTTTTAGTTATTATC	0	22	0
ATAAAACCTTGGTTTTGTGGTTTTTAGCTTGTTTA	0	39	1
AAAGTGCCAAAGTTTTATAATTGATCAACTGTCAT	1	19	1
GAGGGTTACAGGTTCGATTCCTGTTGGTGACGCCA	1	91	1
AAAGCCTACCAGTTATTTAACTGATAGGCAAATAA	1	132	0
ATAACTGGTAGGCTTTTTTATTGTTTTGTAGTTTA	1	151	1
          **** * *  *** *
MAP Score: 5.71776