AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions001_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239293
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0217	39	H+-transporting ATP synthase, subunit A (atpA)
#1	MJ0219	103	H+-transporting ATP synthase, subunit C (atpC)
#2	MJ0885	38	DNA polymerase B1
#3	MJ0888	88	conserved hypothetical protein
#4	MJ0898	105	flagella-related protein G, putative
#5	MJ1042	108	DNA-directed RNA polymerase, subunit A' (rpoA1)
#6	MJ1043	74	DNA-directed RNA polymerase, subunit A'' (rpoA2)
#7	MJ1287	23	type II secretion system protein, putative
#8	MJ1291	213	M. jannaschii predicted coding region MJ1291
#9	MJ1422	30	activator 1 (replication factor C), 35 KD subunit
#10	MJ1423	202	vanadium nitrogenase-associated protein N

Motif 1
TAAAATATCATACTACAATAATCAAATAATTAAT	8	95	1
AATAAATGATTTATTGAATAATGATGCCTTTAGG	10	145	0
CCTGCGAAAGTTCTATAATATTGAGGTGAATCT 	10	179	1
AACTTAAGTTTTTAACAATATTTATACTTTATTT	3	31	1
GTAATTAATATGAAATAATAATAAATCATGCAGG	4	21	0
ATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT        	10	2	0
TTATCTTTAATTTTTTAATAAAGAAGTAAATGTG	4	60	0
TTATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGGTT	10	36	1
AAACTTAAGTTAATTAAATTTTCAAATTTATT  	3	8	0
GTAATAATAATGTTTAAATATATATGCCATAATA	8	48	1
AATTAATGAATGAATTAATATAGAACTTCGCAGT	10	85	1
ACAATATTTTTAGAAAAATAAAAAGTAAAAATAA	5	55	1
        AGTTTAAAAATTATTAATCCATAAAA	9	2	1
AATCTTGCCTTATTACAATATTTTTAGAAAAATA	5	41	1
AGTTTTGAAATTTTTGAATTTAGAGAT       	6	3	0
TATTCTCACCTTAAAAAATTAAAAGATGTAAAAA	6	49	0
TATTAATTCATTCATTAATTTTGTTAAATAACAT	10	71	0
GTATAAATTATAAATAAATAAAGTATAAATATTG	3	46	0
AATCAAATAATTAATAAATTTTTTATAGTTAAGA	8	114	1
ATTTATAAAATCTTAAAATTTATTGTGGATAATA	10	17	1
ATCTTAAATATCATAAAATTTACTTTATTGCCCA	8	150	1
GGACAATAGTTTAAATAATTTATTT         	2	1	0
ACTTCGCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTTAGA	10	109	1
          *  ** ****** *
MAP Score: 28.2887

Motif 2
AGTATAAATTATAAATAAATAAAGTATAAATATTGTTAAA	3	41	0
TCATACTACAATAATCAAATAATTAATAAATTTTTTATAG	8	102	1
GATAACTAAGATTACGATAAAACCAATAAAAACGTTAA  	0	11	1
TATCCACAATAAATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT  	10	8	0
ATTATTACATAGCACATTACAATATATAAAATTAGGTGTC	8	16	0
TCATTCATTAATTTTGTTAAATAACATAAACCATATGTTA	10	58	0
TATAGTTAAGATAATCTTAAATATCATAAAATTTACTTTA	8	137	1
     AGTTTAAAAATTATTAATCCATAAAAAATT     	9	5	1
CTTAAAATTTATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGG	10	28	1
AGATGCCTAAAGGCATCATTATTCAATAAATCATTTATTC	10	140	1
TTACTTCTTTATTAAAAAATTAAAGATAAATCTGACTTGG	4	65	1
ATTTTTAGAAAAATAAAAAGTAAAAATAAAAGCAAATCCT	5	60	1
GTAATGTGCTATGTAATAATAATGTTTAAATATATATGCC	8	36	1
     TCTCTCACCAACTAAAAAGTATAAATTATAAATAA	3	63	0
AATGTGATGAAGTAATTAATATGAAATAATAATAAATCAT	4	26	0
CTCACCTTAAAAAATTAAAAGATGTAAAAATTGTTTTGAA	6	39	0
AGGCATCTAAATACCTTTTTAATATAAAAACTGCGAAGTT	10	108	0
AAATATTGTTAAAAACTTAAGTTAATTAAATTTTCAAATT	3	14	0
ATATGCCATAATACCGCATTTATATTTAAAATATCATACT	8	69	1
          *      ** **   *****
MAP Score: 21.8388

Motif 3
         AAATAAATTATTTAAACTATTG	2	1	1
TAAAAACTTAAGTTAATTAAATTTTCAAATT	3	14	0
ATTATAAATAAATAAAGTATAAATATTGTTA	3	43	0
TTTATTTATTTATAATTTATACTTTTTAGTT	3	58	1
AAGTAATTAATATGAAATAATAATAAATCAT	4	26	0
ATTTTTTAATAAAGAAGTAAATGTGATGAAG	4	54	0
TTTTTCTAAAAATATTGTAATAAGGCAAGAT	5	42	0
TAAAAAATTAAAAGATGTAAAAATTGTTTTG	6	41	0
GCTATGTAATAATAATGTTTAAATATATATG	8	43	1
GTATATGGGCAATAAAGTAAATTTTATGATA	8	158	0
TTTATGGATTAATAATTTTTAAACT      	9	4	0
TATTATCCACAATAAATTTTAAGATTTTATA	10	20	0
TATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGG	10	37	1
AAAATTAATGAATGAATTAATATAGAACTTC	10	83	1
CTTTCGCAGGAATAAATGATTTATTGAATAA	10	158	0
          ****** ****
MAP Score: 2.0567

Motif 4
CAATAGTTTAAATAATTTATTT        	2	2	0
        AATAAATTTGAAAATTTAATTA	3	2	1
TAATTAACTTAAGTTTTTAACAATATTTAT	3	26	1
AGTTTTTAACAATATTTATACTTTATTTAT	3	37	1
ATAAATTATAAATAAATAAAGTATAAATAT	3	48	0
TTTATTTATTTATAATTTATACTTTTTAGT	3	58	1
CTGCATGATTTATTATTATTTCATATTAAT	4	22	1
ATTTATCTTTAATTTTTTAATAAAGAAGTA	4	66	0
TTTTTCTAAAAATATTGTAATAAGGCAAGA	5	43	0
AAATAAAAAGTAAAAATAAAAGCAAATCCT	5	70	1
AAAGTTTTGAAATTTTTGAATTTAGAGAT 	6	9	0
TTTTCAAAACAATTTTTACATCTTTTAATT	6	37	1
TACATCTTTTAATTTTTTAAGGTGAGAATA	6	53	1
ATGTGACACCTAATTTTATATATTGTAATG	8	12	1
TTATGGCATATATATTTAAACATTATTATT	8	50	0
ATACCGCATTTATATTTAAAATATCATACT	8	79	1
ACAATAATCAAATAATTAATAAATTTTTTA	8	109	1
AATAATTAATAAATTTTTTATAGTTAAGAT	8	119	1
ATGGATTAATAATTTTTAAACT        	9	2	0
          AATTTTTTATGGATTAATAA	9	20	0
    AGTTATTATTTATAAAATCTTAAAAT	10	6	1
TATCCACAATAAATTTTAAGATTTTATAAA	10	18	0
TTAATGAATGAATTAATATAGAACTTCGCA	10	87	1
          **********
MAP Score: 1.6005

Motif 5
AAGATTACGATAAAACCAATAAAAACGTTAA          	0	18	1
AAATAAAGTATAAATATTGTTAAAAACTTAAGTTAATTAAA	3	24	0
ATATTTATACTTTATTTATTTATAATTTATACTTTTTAGTT	3	48	1
TGTGATGAAGTAATTAATATGAAATAATAATAAATCATGCA	4	23	0
AGATTTATCTTTAATTTTTTAATAAAGAAGTAAATGTGATG	4	57	0
TTTTTACTTTTTATTTTTCTAAAAATATTGTAATAAGGCAA	5	45	0
ATCTCTAAATTCAAAAATTTCAAAACTTTTTCAAAACAATT	6	10	1
TCAAAACAATTTTTACATCTTTTAATTTTTTAAGGTGAGAA	6	40	1
TATATTGTAATGTGCTATGTAATAATAATGTTTAAATATAT	8	30	1
AATACCGCATTTATATTTAAAATATCATACTACAATAATCA	8	78	1
ACTACAATAATCAAATAATTAATAAATTTTTTATAGTTAAG	8	106	1
GTTAAGATAATCTTAAATATCATAAAATTTACTTTATTGCC	8	141	1
ACAATAAATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT        	10	2	0
TCTTAAAATTTATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGG	10	27	1
AACATATGGTTTATGTTATTTAACAAAATTAATGAATGAAT	10	59	1
AACTTCGCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTTAGATGCCTA	10	108	1
          * *      * ****  ** *
MAP Score: 0.893488