AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239302 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0217 39 H+-transporting ATP synthase, subunit A (atpA) #1 MJ0219 103 H+-transporting ATP synthase, subunit C (atpC) #2 MJ0220 56 H+-transporting ATP synthase, subunit E (atpE) #3 MJ0221 103 H+-transporting ATP synthase, subunit K (atpK) #4 MJ0223 88 M. jannaschii predicted coding region MJ0223 #5 MJ0224 300 conserved hypothetical protein #6 MJ0885 38 DNA polymerase B1 #7 MJ0888 88 conserved hypothetical protein #8 MJ0891 276 flagellin B1 (flaB1) #9 MJ0892 82 flagellin B2 (flaB2) #10 MJ0893 81 flagellin B3 (flaB3) #11 MJ0894 215 flagella-related protein C, putative #12 MJ0896 38 flagella-related protein E, putative #13 MJ0898 105 flagella-related protein G, putative #14 MJ1036 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1036 #15 MJ1037 62 tryptophan synthase beta subunit (trpB) #16 MJ1038 176 tryptophan synthase alpha subunit (trpA) #17 MJ1039 174 DNA-directed RNA polymerase, subunit H (rpoH) #18 MJ1041 85 DNA-directed RNA polymerase, subunit B' (rpoB1) #19 MJ1042 108 DNA-directed RNA polymerase, subunit A' (rpoA1) #20 MJ1043 74 DNA-directed RNA polymerase, subunit A'' (rpoA2) #21 MJ1287 23 type II secretion system protein, putative #22 MJ1291 213 M. jannaschii predicted coding region MJ1291 #23 MJ1422 30 activator 1 (replication factor C), 35 KD subunit #24 MJ1423 202 vanadium nitrogenase-associated protein N Motif 1 TCACCAACTAAAAAGTATAAATTATAAATAA 7 63 0 ATAGGACAATAAAAGTAAAAAATAAATATGA 17 38 1 ATATTTTTAGAAAAATAAAAAGTAAAAATAA 19 58 1 ATAAGATTCCAAAATTAAAAAAAAAGAAAAA 11 95 1 AATATAACAATAAAATATAAAAACAAAAAAT 3 45 1 TATAAATAAATAAAGTATAAATATTGTTAAA 7 41 0 TAATATAAGATAAAATATAAAATTTAG 14 283 1 TATTATTACCTAAAATAAAAATGGTGCAGGG 5 61 1 AAATTAAAAAAAAAGAAAAAAAATTAGATGA 11 106 1 CACGAAACCGAAAAGTATATATATGAGTTCA 5 194 0 TCTCACCTTAAAAAATTAAAAGATGTAAAAA 20 49 0 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