AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239323 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0233 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0233 #1 MJ0238 131 anthranilate synthase component II (trpG) #2 MJ0450 300 inosine monophosphate dehydrogenase isolog #3 MJ0918 70 indole-3-glycerol phosphate synthase/phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) #4 MJ0921 289 conserved hypothetical protein #5 MJ1076 33 M. jannaschii predicted coding region MJ1076 #6 MJ1077 89 seryl-tRNA synthetase (serS) #7 MJ1078 273 M. jannaschii predicted coding region MJ1078 #8 MJ1132 188 conserved hypothetical protein #9 MJ1575 300 GMP synthase (guaA) Motif 1 CAATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAA 7 200 0 ATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACATTT 7 112 1 AGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATA 7 19 1 ATTATCACATTTAATAAAAAGAATTGC 3 53 0 ATATGTACAAAAATTTAAAAAATACTTAAAT 2 158 1 TATTAATATTAATTTTAACAACTTTGAAAGA 9 68 0 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185 0 AAGGTAGGATAAAATAAAATAATAGTATAAG 3 13 0 ******** ** MAP Score: 45.2267 Motif 2 TTTTTTAAATTTTTGTACATATTTAAATTTGGTATAG 2 143 0 AGATTTTGGATTTCTTAATTATTTTTAACTCCAATTA 2 226 0 CCACCAAAGTTTTTATAGTTTTTTGCAAAGTAATAAA 8 14 1 TTGTACTAAATTTTTAAGATTTTTATAGTAAAAGGTG 1 34 1 AAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATATATTATC 7 241 1 AGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTAT 9 34 0 TGTACAAAAATTTAAAAAATACTTAAATATGCAAATA 2 161 1 ATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATAATGC 4 4 0 AGAGGTAAATTTTATTATTTTTTATTATCATTATTGT 4 228 0 TTGGGCATAATTTTATACATATTATCAAAAATTGATT 7 68 1 TGTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTACTAAATTTTT 1 12 1 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTGGTG 5 1 1 AACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAGTAGTAATGT 7 132 1 AATCTTATTCTTTGCTTAATATTTAAAGTGATAAC 8 163 1 ATATAGTGTCTTTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAA 9 60 1 GTATTTATGTTTTTTATTGTGTTTTTAGAAATACAGT 6 15 0 TGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAACGATAACTT 7 191 0 CACCTTATATTTTATTAGTATCTTTCAAAAACATTTT 9 268 0 TCAAAAACATTTTGAAAGAACCTTTTAGTAAAAGGTT 9 244 0 ATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGAGGTGAAGTTA 0 43 1 TATTTTATTTTATCCTACCTTTTTTAAATAGCAATTC 3 23 1 CTTATAGTATTATAATAAATATTTGCATATTTAAGTA 2 180 0 AAATAGGACTTTCTGTAGTTTTTTATAATATCATCTT 4 67 1 ACGCCTTCCTTTTGGAAGGCGTTTAAACTTTCCTTAA 8 56 0 ATTAAACTATTTTCATATCTTATTACAATTTTCATAA 4 25 1 AATTAAAGTATTTAAAAATATCTATTAGGTGATAAT 0 9 0 GGTGTTAGATTTTTGATGAACCTTTTACTAAAAGGTT 9 226 1 AAAATGTTTGTTTTTTTAAAATTAACACTAATTTATC 7 107 0 AAAGGGAAAGTATGTTTAAAGTTTCAAGATAAATTGG 2 264 1 *** ** * *** * MAP Score: 44.9237 Motif 3 ATTATACCGAAAAGTTTATATATAAGTTACACATA 2 103 0 TGAAAGATAATATATTAAAAATATATT 7 256 0 TACTACTGCAAAAAATAATAAAAAATGTTTGTTTT 7 130 0 AAGTATGTTTAAAGTTTCAAGATAAATTGGGGAGT 2 271 1 GCAAAGTAATAAAATTTATTAAGGAAAGTTTAAAC 8 38 1 AATATGTACAAAAATTTAAAAAATACTTAAATATG 2 157 1 GAATTTTATGAAAATTGTAATAAGATATGAAAATA 4 32 0 CAATTTTCATAAAATTCAAATAGGACTTTCTGTAG 4 50 1 GATGTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTAC 1 5 1 TCTTTGATAGAACGTTCGTAGACTAAAATTTATCA 4 100 1 GTACATATTTAAATTTGGTATAGTATCGATTATAC 2 131 0 AAAATCTTAAAAATTTAGTACAAAAAATAATTAAA 1 22 0 GATACCACCAAAGTTTTTATAGTTTTTTGCAAAG 8 9 1 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GGTAAATTTTATTATTTTTTATTATCATTATTGT 4 228 0 TAAAAAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAG 7 126 1 GAATTAAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAAT 7 236 1 TTTAAATAGCAATTCTTTTTATTAAATGTGATAA 3 45 1 ATTTTATCCTACCTTTTTTAAATAGCAATTCTTT 3 29 1 TACTTTAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGA 0 36 1 ACTTAGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAAT 7 15 1 TTTTCCAACGATAACTTTTAATTAGGATTGAGAT 7 174 0 TATCGTTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACAT 7 195 1 TTATCACCTTATATTTTATTAGTATCTTTCAAAA 9 275 0 AAAATAGTTTAATATTTATTAATAATGC 4 4 0 GACTTTCTGTAGTTTTTTATAATATCATCTTTGA 4 73 1 TAAATTTTTAAGATTTTTATAGTAAAAGGTGATT 1 40 1 AACTTTCCTTAATAAATTTTATTACTTTGCAAAA 8 34 0 TATATTTCTTAGCCAATTTTAATATTAATCTTAT 8 137 1 TATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTATCCT 9 31 0 GCGTTCAAATATCCATTATTAATATTAATTTTAA 9 81 0 GATGTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTAC 1 6 1 TAAATATGCAAATATTTATTATAATACTATAAGA 2 184 1 GGTGATTATTATCCTTTATAATTATGTCTTATAT 1 67 1 ATTTATCTAAATCAATTTTTGATAATATGTATAA 7 80 0 CAAAGTTTTTATAGTTTTTTGCAAAGTAATAAAA 8 18 1 AGAAATATATATAGTTTTTTGCAAAACATTTTAG 8 112 0 AAAGTGACCTAATGTTTTAAACTACAAAAAAGTT 4 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* ** ***** MAP Score: 4.43674