AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239352 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0233 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0233 #1 MJ0237 300 arginyl-tRNA synthetase (argS) #2 MJ0238 131 anthranilate synthase component II (trpG) #3 MJ0450 300 inosine monophosphate dehydrogenase isolog #4 MJ0918 70 indole-3-glycerol phosphate synthase/phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) #5 MJ0921 289 conserved hypothetical protein #6 MJ0922 191 conserved hypothetical protein #7 MJ1076 33 M. jannaschii predicted coding region MJ1076 #8 MJ1077 89 seryl-tRNA synthetase (serS) #9 MJ1078 273 M. jannaschii predicted coding region MJ1078 #10 MJ1079 177 conserved hypothetical protein #11 MJ1080 130 M. jannaschii predicted coding region MJ1080 #12 MJ1132 188 conserved hypothetical protein #13 MJ1575 300 GMP synthase (guaA) Motif 1 ATTTAAGTATTTTTTAAATTTTTGTACATATT 3 157 0 AGGGAAAGTATGTTTAAAGTTTCAAGATAAAT 3 266 1 TCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTC 11 69 0 AATGTTTGTTTTTTTAAAATTAACACTAATTT 9 110 0 TGTTTTAAGTTTTTTAAAATTAAAAATGAATG 10 145 0 AAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTAT 13 40 0 GTAATAATAAAGTTTAAAGTTAGTGACAGTGT 10 114 0 TTCTATCATTTATTTAAATTAATAAATTAAAA 1 216 1 ACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGATCAAAA 6 162 0 AAATCCCCAATTTTTAAATTAAATAAAAAATG 1 264 1 ACTATAAAAATCTTAAAAATTTAGTACAAAAA 2 31 0 TCTCAATCCTAATTAAAAGTTATCGTTGGAAA 9 175 1 ATAATTAAAGTATTTAAAAATATCTATTAGGT 0 16 0 TTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACATTGA 9 200 1 GTTATCACTTTAAATATTAAGCAAAGAA 12 170 0 ACCACCAAAGTTTTTATAGTTTTTTGCAAAGT 12 13 1 ACCCATTGGGTTTTTATATTTTCCATAGTAAA 1 122 1 GAATAATCCATATTTATAGTTTAAGTATTCAA 10 24 0 GAATAGTTATAATTTATAGTTATAATTTAATA 11 99 1 AATGTGTTACTATTTAATATTTAACCAAACTA 6 87 1 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTG 7 3 1 CTTTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAATAAT 13 69 1 AAAGATAATATATTAAAAATATATTAAAAATG 9 249 0 TTCTTAGCCAATTTTAATATTAATCTTATTCT 12 142 1 ATATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATAATG 5 11 0 TATGTCTTATATTTTAATGTTAGGATGGGACA 2 89 1 ATATAATTGGAGTTAAAAATAATTAAGAAATC 3 223 1 AAAAAGAAGGTATTTAAAGAAAATCCCCAATT 1 244 1 ACCCAATGGGTTTTTAAATAAATTTAATTACA 1 101 0 AGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATAG 9 19 1 TAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGAGGT 0 41 1 TTTCTGTAGTTTTTTATAATATCATCTTTGAT 5 76 1 ATTTTTAAGATTTTTATAGTAAAAGGTGATTA 2 43 1 TATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 11 113 1 GTTGGGCATAATTTTATACATATTATCAAAAA 9 67 1 TATACCGAAAAGTTTATATATAAGTTACACAT 3 104 0 CGCAATACCCAATTAAATTTTTGATATGTTTT 11 21 1 GATGTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTACTA 2 10 1 TTAAATACCTTCTTTTTAATTTATTAATTTAA 1 229 0 CTTATACTATTATTTTATTTTATCCTACCTTT 4 13 1 TAATAGAAAATATTTTATATTACATTTGGACT 6 40 0 AAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAGTAG 9 131 1 GCAGAGGTAAATTTTATTATTTTTTATTATCA 5 235 0 CCTTAATAAATTTTATTACTTTGCAAAAAACT 12 30 0 AAATAGCAATTCTTTTTATTAAATGTGATAAT 4 48 1 AATATGCAAATATTTATTATAATACTATAAGA 3 186 1 * ****** *** MAP Score: 45.3614 Motif 2 ATAAGACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAATAGTTA 11 65 1 AATCATAATAAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCTTTCAAAGT 13 36 1 TTTTTAAATAAATTTAATTACATACCTAAACTTTGATGATTGA 1 80 0 TATTATCAAAAATTGATTTAGATAAATTAGTGTTAATTTTAAA 9 87 1 AAAAATTTAAAAAATACTTAAATATGCAAATATTTATTATAAT 3 166 1 TATAACACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGATCAAAAATTTT 6 157 0 TAATATATTAAAAATATATTAAAAATGCATCTTTTAATTCTAA 9 233 0 ATGTTTTTGAAAGATACTAATAAAATATAAGGTGATAAA 13 271 1 ATCGTTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACATTGATTTAGAA 9 196 1 ATTAAAAATGAATGTAATAATAAAGTTTAAAGTTAGTGACAGT 10 116 0 AAGTTGTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTGAACGCTCT 13 75 1 TATTTAACCAAACTAAGTTATATAATAGTTCTTAAATAATGTA 6 104 1 ATAAGATATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATAATGC 5 5 0 AAAACACAATAAAAAACATAAATACCTAATTATCAATTCAATA 8 27 1 TTTAGTACAAAAAATAATTAAATAATTTTACATC 2 1 0 AAGTATGTGTAACTTATATATAAACTTTTCGGTATAATCGATA 3 100 1 TTTTATCCTAAAATGTTTTGCAAAAAACTATATATATTTCTTA 12 105 1 ACTACTGCAAAAAATAATAAAAAATGTTTGTTTTTTTAAAATT 9 121 0 TTAGTCTACGAACGTTCTATCAAAGATGATATTATAAAAAACT 5 83 0 AATTATGCCCAACGATATAACAAAAGAAACTATTGTTCTTTTA 9 37 0 ATTAAAATATAAGACATAATTATAAAGGATAATAATCACCTTT 2 64 0 TTATCACATCAAATCAAAAACATATCAAAAATTTAATTGGGTA 11 26 0 AAGGTAGGATAAAATAAAATAATAGTATAAGCTC 4 1 0 ATTGGAGTTAAAAATAATTAAGAAATCCAAAATCTTAAAGGGA 3 228 1 TTTATATCTCAATCCTAATTAAAAGTTATCGTTGGAAAATCTT 9 169 1 TATTTAGTCCAAATGTAATATAAAATATTTTCTATTACCTTCT 6 35 1 TTATCACTTTAAATATTAAGCAAAGAATAAGATTAATATTAAA 12 154 0 ATTTTTGATGAACCTTTTACTAAAAGGTTCTTTCAAAATGTTT 13 234 1 GACTTTATAAAAGAATAATCCATATTTATAGTTTAAGTATTCA 10 25 0 TTAGGATAAAAAGGTATTTATGAACGCCTTCCTTTTGGAAGGC 12 73 0 TTTGCAAAGTAATAAAATTTATTAAGGAAAGTTTAAACGCCTT 12 35 1 ACTAATAAAAAAGGAATATCATAATCACACTGTCACTAACTTT 10 88 1 TACTATACCAAATTTAAATATGTACAAAAATTTAAAAAATACT 3 141 1 ATTAAACTGTATTTCTAAAAACACAATAAAAAACATA 8 4 1 TGGAATAACTAAGGCATTAATGAACACCTCCCTATAGGAGAGC 13 113 0 CATTTATTTAAATTAATAAATTAAAAAGAAGGTATTTAAAGAA 1 222 1 GAAAATCCCCAATTTTTAAATTAAATAAAAAATGAGAGAGGGA 1 262 1 ** * ** *** * * MAP Score: 41.4658 Motif 3 TATTTAAGTATTTTTTAAATTTTTGTACATATTTAAATTTG 3 149 0 ACACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGATCAAAAATTTTTA 6 155 0 CAATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAACGATAACTTT 9 190 0 TAAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATATATTATCTTT 9 240 1 TTTGTACTAAATTTTTAAGATTTTTATAGTAAAAGGTGATT 2 33 1 ATTCATTTTTAATTTTAAAAAACTTAAAACAGAGTGAAACA 10 146 1 TATTAATATTAATTTTAACAACTTTGAAAGACACTATATTT 13 58 0 ACCTAATAGATATTTTTAAATACTTTAATTATGAATTTTTA 0 16 1 TTAAATACCTTCTTTTTAATTTATTAATTTAAATAAATGAT 1 220 0 AAATAGCAATTCTTTTTATTAAATGTGATAAT 4 48 1 TCCCTCTCTCATTTTTTATTTAATTTAAAAATTGGGGATTT 1 264 0 ATACCACCAAAGTTTTTATAGTTTTTTGCAAAGTAATAAAA 12 11 1 ATTGTTCTTTTATTTAAAATCTGTCCCTCTAAGTCCATC 9 8 0 AAAGAATTGCTATTTAAAAAAGGTAGGATAAAATAAAATAA 4 22 0 ACTGTCACTAACTTTAAACTTTATTATTACATTCATTTTTA 10 116 1 AAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTATCCT 13 31 0 ACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAATAGTTATAA 11 70 1 TATCACCTTATATTTTATTAGTATCTTTCAAAAACATTTTG 13 267 0 AATTTTATTATTTTTTATTATCATTATTGTATAGGACGTAA 5 217 0 GTCCTATTTGAATTTTATGAAAATTGTAATAAGATATGAAA 5 35 0 GTAGCAGTGTTCTTATAATATCATCTTCATATATAAACTTT 1 176 1 TCAAAGATGATATTATAAAAAACTACAGAAAGTCCTATTTG 5 66 0 GTTGGGCATAATTTTATACATATTATCAAAAATTGATTTAG 9 67 1 TTTTTTATTGTGTTTTTAGAAATACAGTTTAAT 8 2 0 AAAATGTTTGTTTTTTTAAAATTAACACTAATTTATCTAAA 9 103 0 TTTAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGAGGTGAAGTTA 0 39 1 AGGGAAAGTATGTTTAAAGTTTCAAGATAAATTGGGGAGTT 3 266 1 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTGGTGATAAT 7 8 1 TCCAAATAGAACTTTTTTGTAGTTTAAAACATTAGGTCACT 5 146 0 GATATTCCTTTTTTATTAGTTCTTTACTACACTCTTTAACG 10 67 0 GTTATCACTTTAAATATTAAGCAAAGAATAAGATTAA 12 161 0 GTTCTAAATTATTAAATTATAACTATAAATTATAACT 11 103 0 GCAGTAGTAATGTTTTATATCTCAATCCTAATTAAAAGTTA 9 156 1 GAATAATCCATATTTATAGTTTAAGTATTCAATATAGTTTA 10 15 0 CTCTTTAACGACTTTATAAAAGAATAATCCATATTTATAGT 10 36 0 AAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAGTAGTAATGTTTT 9 131 1 ATAGAAAATATTTTATATTACATTTGGACTAAATAAGTCCA 6 29 0 TATAATTATGTCTTATATTTTAATGTTAGGATGGGACAATT 2 83 1 TTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTGAACGCTCTCCTA 13 81 1 AACCAAACTAAGTTATATAATAGTTCTTAAATAATGTATTT 6 109 1 ACATTAGGTCACTTTTTTGTGCAATGATAAATTTTAGTCTA 5 118 0 TGGATTTCTTAATTATTTTTAACTCCAATTATATTTATATC 3 216 0 CCCAATGGGTTTTTAAATAAATTTAATTACATACCTAAACT 1 91 0 CCCATTGGGTTTTTATATTTTCCATAGTAAATAAGTTTATT 1 123 1 AAAGTAATAAAATTTATTAAGGAAAGTTTAAACGCCTTCCA 12 40 1 ATGTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTACTAAATTTTTAAG 2 11 1 * ****** * * * MAP Score: 40.5713 Motif 4 ATTATCACCTAATAGATATT 0 0 1 GGGATTTTCTTTAAATACCTTCTTTTTAAT 1 241 0 ATAAAGGATAATAATCACCTTTTACTATAA 2 56 0 TATTTGGAACTTTAACACCTTTGTACATCC 5 179 1 TAAAATATTTTCTATTACCTTCTGACTATA 6 55 1 TTATAACACCTAAAAAATTTT 6 180 0 ATTATCACCAAAAGGTTAAA 7 23 0 AATAAAAAACATAAATACCTAATTATCAAT 8 34 1 TTTATCACCAATAACACTCT 8 79 0 TACTACACTCTTTAACGACTTTATAAAAGA 10 54 0 TAAGGAAAGTTTAAACGCCTTCCAAAAGGA 12 57 1 AAAGGTATTTATGAACGCCTTCCTTTTGGA 12 77 0 TAATATTAATTTTAACAACTTTGAAAGACA 13 66 0 TAAGGCATTAATGAACACCTCCCTATAGGA 13 117 0 TCATCAAAAATCTAACACCTCCTCGCTTAC 13 215 0 TTTATCACCTTATATTTTAT 13 290 0 ********** MAP Score: 13.4163 Motif 5 ATAATTAAAGTATTTAAAAATATCTATTAGGTG 0 15 0 CCTCCAAGTTTATTATAAAAATTCATAATTAAA 0 39 0 TTTTTAAATAAATTTAATTACATACCTAAACTT 1 90 0 TCATCAAATAAACTTATTTACTATGGAAAATAT 1 137 0 AATATCATCTTCATATATAAACTTTTCTATCAT 1 192 1 TTAATTTATTAATTTAAATAAATGATAGAAAAG 1 213 0 TTTAAATACCTTCTTTTTAATTTATTAATTTAA 1 229 0 ATTTTTTATTTAATTTAAAAATTGGGGATTTTC 1 262 0 GATGTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTA 2 6 1 ATATAAGACATAATTATAAAGGATAATAATCAC 2 68 0 ACCGAAAAGTTTATATATAAGTTACACATACTT 3 100 0 TACTATACCAAATTTAAATATGTACAAAAATTT 3 141 1 ATATTTAAGTATTTTTTAAATTTTTGTACATAT 3 158 0 TCTTATAGTATTATAATAAATATTTGCATATTT 3 185 0 GATTTTGGATTTCTTAATTATTTTTAACTCCAA 3 229 0 GAGCTTATACTATTATTTTATTTTATCCTACCT 4 10 1 ATTTTATCCTACCTTTTTTAAATAGCAATTCTT 4 29 1 AATAGTTTAATATTTATTAATAATGC 5 3 0 AAAGATGATATTATAAAAAACTACAGAAAGTCC 5 72 0 AACTTTTTTGTAGTTTAAAACATTAGGTCACTT 5 145 0 ACAATAATGATAATAAAAAATAATAAAATTTAC 5 228 1 TCTGCGAAAGTCCTATTTAAATATCACAGGTGA 5 262 1 ATAGAAAATATTTTATATTACATTTGGACTAAA 6 37 0 ATAAATGTGTTACTATTTAATATTTAACCAAAC 6 84 1 ATTTAAGAACTATTATATAACTTAGTTTGGTTA 6 108 0 ATATAATAGTTCTTAAATAATGTATTTAAACCT 6 123 1 ACACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGATCAAA 6 163 0 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTGGTGATA 7 8 1 TATTGTTCTTTTATTTAAAATCTGTCCCTCTAA 9 17 0 TCGTTGGGCATAATTTTATACATATTATCAAAA 9 65 1 AATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACATTTT 9 111 1 CTGCAAAAAATAATAAAAAATGTTTGTTTTTTT 9 127 0 TGCAGTAGTAATGTTTTATATCTCAATCCTAAT 9 155 1 AATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAACGA 9 197 0 TAAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATATA 9 240 1 TGAAAGATAATATATTAAAAATATATTAAA 9 253 0 CTCTTTAACGACTTTATAAAAGAATAATCCATA 10 44 0 ATGATATTCCTTTTTTATTAGTTCTTTACTACA 10 77 0 ACTAACTTTAAACTTTATTATTACATTCATTTT 10 122 1 ATTATTACATTCATTTTTAATTTTAAAAAACTT 10 138 1 ATGTGATAAGACCTTAATTAAATTTTAAATATT 11 60 1 ATAACTATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAAT 11 76 0 GTTCTAAATTATTAAATTATAACTATAAATTA 11 108 0 CTTTGCAAAAAACTATAAAAACTTTGGTGGTAT 12 11 0 TTCCTTAATAAATTTTATTACTTTGCAAAAAAC 12 31 0 AGAATAAGATTAATATTAAAATTGGCTAAGAAA 12 141 0 ATTCTTTGCTTAATATTTAAAGTGATAAC 12 169 1 AAAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTAT 13 40 0 TTTTGAAAGATACTAATAAAATATAAGGTGATA 13 275 1 ** ******* * MAP Score: 2.2423