AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions003_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239376 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0881 300 ornithine carbamoyltransferase (argF) #1 MJ1019 132 carbamoyl-phosphate synthase, small (or glutamine) subunit (carA) #2 MJ1378 184 carbamoyl-phosphate synthase, medium subunit (carB1) #3 MJ1381 124 carbamoyl-phosphate synthase, large subunit (carB2) #4 MJ1490 153 dihydroorotase (pyrC) #5 MJ1581 260 aspartate carbamoyltransferase catalytic chain (pyrB) Motif 1 AAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGA 0 240 1 TGAATGAAATTAAATAAATAAGGGCAATATT 0 159 0 AAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATTA 3 102 1 TAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTAC 0 85 1 CAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAATA 0 18 1 AAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAA 2 74 1 TGATAGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAA 5 207 0 AATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATAT 2 146 1 GGCTCATGATAATATAAAATAGTTTTTAATA 0 262 1 TAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCATC 4 92 0 TTCCCATAGCTATATAAAATACTTCTGCATT 4 24 1 TTCATAAATATTTTGGGATTG 3 0 1 TAGTTTTGTATTAATAAATTAAGATGTGATA 4 130 1 ATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAA 5 194 0 AGACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAGTTGAG 3 62 1 AAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAA 4 106 0 TCTTTATTCAATCATAAAATTTTATTTCTGT 5 79 1 TAAAAATAGATAAATTCCCATAG 4 2 1 ATTATTAACAACCATAAATTATAAAATGCAT 1 30 1 AAAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTAAAA 0 33 1 ** ******** MAP Score: 21.2291 Motif 2 TATGTGATAGTTTATAGGTATTTTGGTGAAATAT 1 108 1 TGAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTG 3 89 1 TTTTATACTATTAAAAACTATTTTATATTATCATGAGCCA 0 261 0 CTCCAAAATTTTTATAAATCTTTTTTATAAATACTCTATC 5 197 1 AGTTAAGGTTTTTAAAGTTAATGGTAGGTAAATGGTGATA 2 12 0 GACAAAGGACTTTACAGCTTTTTATACCATATAAGGAATT 5 24 1 CATTATGCATTTTATAATTTATGGTTGTTAATAATTGATG 1 25 0 TCAAATATTATTAATAGTTAATTGTTAATTCCCATAAATA 0 123 1 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAA 0 4 1 CTAAAAGCAGTAGATAGATGATTATCCCAATCATATATAT 1 69 1 TATAAGTTTTTTAAGAACTGTTTTATTATTGTATTTTTTA 0 32 0 TTCATAAATATTTTGGGATTGATTATATCC 3 0 1 AATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTATTGTGGT 2 146 1 TTTAAAAACCTTAACTGATTATTAGGAAAAGGATACTTAA 2 36 1 AATATTTTTATTTAATACTTTTTATTTTTATTAGTTTTGT 4 99 1 ATTTGATGTTTTTGTAATTCTTTTTATTTATTAACTTTGT 0 89 0 GAGGTGTAAATTAGCAAATTATTATCTTGAAAGACACACA 5 150 1 TTATGCAATTTTAAAAGCTCATCCTCAATATTAAGATAAT 2 97 1 ** * ** * *** * MAP Score: 19.9655 Motif 3 TTTATCACCTTTTATACTATTAAAAACTATTTT 0 277 0 TTTACCTACCATTAACTTTAAAAACCTTAACTGATTATTA 2 20 1 AAATAAAGAAAGAAGTTGAGATAGTTTTAAAAGATATTGA 3 73 1 TTGCATAACTACCAGCCTCTAAACTCTTAAAGATGGTTAA 4 61 1 AAGAATTACAAAAACATCAAATATTATTAATAGTTAATTG 0 107 1 ATAGCACTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAA 0 69 1 ATTAACAACCATAAATTATAAAATGCATAATGTCCTCTAA 1 33 1 CAAAATACCTATAAACTATCACATATATATATGATTGGGA 1 93 0 CTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAATTTTAA 2 71 1 TACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATAT 4 100 0 TAAAAATAGATAAATTCCCATAGCTATATAAAATACTTC 4 9 1 TAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAA 2 133 1 GTCCTCTAAAAGCAGTAGATAGATGATTATCCCAATCATA 1 64 1 TCATTACGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCA 0 228 1 GAAGGATATAATCAATCCCAAAATATTTATGAA 3 3 0 CAATATCCACCACAATAATATTTTACAATAT 2 163 0 ATTTCATTCAATAACCACATAAACGTGTAATTTTGCAAAT 0 180 1 GTCTATTCACCATTTCATCAATTATTAACAACCATAAA 1 8 1 CTATTGACAAAGGACTTTACAGCTTTTTATACCATATAAG 5 19 1 AACCTCATATATATGCTTTAATAGGGATAATT 5 238 1 TGTATTTTTTATAATAAATTAACTGTTTAAGAA 0 3 0 GACACACAATATTTTCTCCAAAATTTTTATAAATCTTTTT 5 182 1 ATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATTA 3 93 1 * * ** * * **** MAP Score: 19.0154 Motif 4 TATTAATAGTTAATTGTTAATTCCCATAAATATTGCCCTTAT 0 131 1 ACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAA 4 97 0 AAGAATTACAAAAACATCAAATATTATTAATAGTTAATTGTT 0 107 1 ACCAGCCTCTAAACTCTTAAAGATGGTTAATATTTTTATTTA 4 71 1 CACTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTA 0 73 1 TGGCTCATGATAATATAAAATAGTTTTTAATAGTATAAAAGG 0 261 1 GAAGTTGAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAG 3 84 1 ATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTATTGTGGT 2 144 1 TAAAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTAAAAAACTTATAGC 0 32 1 CGTCTATCATTACGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGG 0 222 1 AAAAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCA 2 62 1 TTATGTGGTTATTGAATGAAATTAAATAAATAAGGGCAATAT 0 160 0 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAA 0 5 1 ATTTAACTATTATTATTCAGATTATCTTAATATTGAGGATGA 2 115 0 TAGCAAATTATTATCTTGAAAGACACACAATATTTTCTCCAA 5 161 1 GATAGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAA 5 195 0 ATAAATTATAAAATGCATAATGTCCTCTAAAAGCAGTAGATA 1 43 1 TCTTCCAAAGAAGGATATAATCAATCCCAAAATATTTATGAA 3 10 0 TTGGCATCAAAATTCCTTATATGGTATAAAAAGCTGTAAAGT 5 32 0 ** * ** * **** MAP Score: 17.8698 Motif 5 TATAGCACTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGA 0 68 1 TTAATAAATAAAAAGAATTACAAAAACATCAAATATTATTAAT 0 95 1 AGTATTAAATAAAAATATTAACCATCTTTAAGAGTTTAGAGGC 4 75 0 ATGATAATATAAAATAGTTTTTAATAGTATAAAAGGTGATAAA 0 267 1 ATCTTTTTTATAAATACTCTATCAAACCTCATATATATGCTTT 5 214 1 GAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATTA 3 90 1 GATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAA 2 131 1 TTCATAAATATTTTGGGATTGATTATATCCTTCTTTG 3 4 1 TACAATAATAAAACAGTTCTTAAAAAACTTATAGCACTGAAAA 0 39 1 AAGTAACATAAATATAGTTATGCAATTTTAAAAGCTCATCCTC 2 80 1 TTTCACAGAAATAAAATTTTATGATTGAATAAAGATGCCTTTG 5 71 0 GTTTTTAAAGTTAATGGTAGGTAAATGGTGATAAT 2 2 0 GTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATATTG 5 188 0 ATCATTACGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATG 0 227 1 ATAGTTAAAGAAGACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAGTTGAGA 3 51 1 GATTATTAGGAAAAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATAT 2 52 1 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAAT 0 5 1 TTTATGGGAATTAACAATTAACTATTAATAATATTTGATGTTT 0 118 0 AAATTAGCAAATTATTATCTTGAAAGACACACAATATTTTCTC 5 157 1 TTTCACCAAAATACCTATAAACTATCACATATATATATGATTG 1 96 0 TCTTAATTTATTAATACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTA 4 111 0 **** * ** * * * MAP Score: 17.4564 Motif 6 AATAGTTTTTAATAGTATAAAAGGTGATAAA 0 279 1 AATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTATTGTG 2 143 1 TTTCACCAAAATACCTATAAACTATCACATATATATATGAT 1 98 0 CAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAA 4 97 0 CACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTACAAAAACATCAAAT 0 88 1 TATATTTTTCAGTGCTATAAGTTTTTTAAGAACTGTTTTAT 0 46 0 AAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGATAATATA 0 237 1 AAGTTGAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAG 3 85 1 TTGATAGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGA 5 198 0 ACCTACCATTAACTTTAAAAACCTTAACTGATTATTAGGAA 2 23 1 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CTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCATCTTT 4 89 0 ACATCTTAATTTATTAATACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTAT 4 113 0 TCAAAATTCCTTATATGGTATAAAAAGCTGTAAAGTCCTTTGTC 5 24 0 TGTTAGGGTATCACAGGACTTTCACAGAAATAAAATTTTATGAT 5 89 0 AATTAGCAAATTATTATCTTGAAAGACACACAATATTTTCTCCA 5 158 1 GTTTGATAGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAG 5 197 0 * * * * * * * *** MAP Score: 15.8027 Motif 8 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAA 0 3 1 CTATAAGTTTTTTAAGAACTGTTTTATTATTGTATTTTTTA 0 32 0 TTTTTATTTATTAACTTTGTGTTATATTTTTCAGTGCTATA 0 68 0 AAAAAGAATTACAAAAACATCAAATATTATTAATAGTTAAT 0 104 1 ATGAAATTAAATAAATAAGGGCAATATTTATGGGAATTAAC 0 146 0 CACATAAACGTGTAATTTTGCAAATATCGTCTATCATTACG 0 195 1 TATATTATCATGAGCCATTATTTATATTGTTGTAGTTTCTT 0 237 0 TTTATACTATTAAAAACTATTTTATATTATCATGAGCCATT 0 259 0 TTTATCACCTTTTATACTATTAAAAACTATT 0 279 0 GATGAGCTTTTAAAATTGCATAACTATATTTATGTTACTTA 2 79 0 TTTTACAATATTTATATATTTAACTATTATTATTCAGATTA 2 133 0 TAAAACTATCTCAACTTCTTTCTTTATTTTAGGAACGTCTT 3 61 0 CTCTAAACTCTTAAAGATGGTTAATATTTTTATTTAATACT 4 77 1 ATATTTTTATTTAATACTTTTTATTTTTATTAGTTTTGTAT 4 100 1 GCCCGGAGGTGTAAATTAGCAAATTATTATCTTGAAAGACA 5 145 1 ATTATTATCTTGAAAGACACACAATATTTTCTCCAAAATTT 5 167 1 AAATACTCTATCAAACCTCATATATATGCTTTAATAGGGAT 5 225 1 * ** * **** ** MAP Score: 4.37723