AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239404 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0881 300 ornithine carbamoyltransferase (argF) #1 MJ1019 132 carbamoyl-phosphate synthase, small (or glutamine) subunit (carA) #2 MJ1378 184 carbamoyl-phosphate synthase, medium subunit (carB1) #3 MJ1379 196 conserved hypothetical protein #4 MJ1381 124 carbamoyl-phosphate synthase, large subunit (carB2) #5 MJ1487 109 conserved hypothetical protein #6 MJ1489 98 cell division control protein 47 (cdc47) #7 MJ1489.1 112 M. jannaschii predicted coding region MJ1489.1 #8 MJ1490 153 dihydroorotase (pyrC) #9 MJ1581 260 aspartate carbamoyltransferase catalytic chain (pyrB) Motif 1 AAGAACTGTTTTATTATTGTATTTTTTATA 0 30 0 GTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTAT 2 150 1 TCATTTGAGATAAATATTGTTTAGGGAGCA 5 87 1 TTAAAGATGGTTAATATTTTTATTTAATAC 8 87 1 TTCATAAATATTTTGGGATTGATT 4 4 1 ATTTTTAGCATTAAAATTTTATTCTATACT 5 13 1 TGAGCCATTATTTATATTGTTGTAGTTTCT 0 238 0 AAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATA 9 191 0 ATTTTAATGCTAAAAATTTT 5 0 0 TATTTAATACTTTTTATTTTTATTAGTTTT 8 107 1 AATCACCTATTTTTTATTTTCAATATCTTT 4 102 0 AAAGTTAGCTTTATTATTGATACTGCATTA 7 74 0 AAAATTAATATATTTATTTTGGTTTCTTTT 3 24 0 TCAGATTATCTTAATATTGAGGATGAGCTT 2 111 0 AAAGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAA 5 52 1 TTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAATTT 2 78 1 CTTTTAATCTTAATTATATTATTTAGTAGT 6 37 0 ATATTGTAAAATATTATTGTGGTGGATATT 2 163 1 AAAATAAATATATTAATTTTGATGAATCTT 3 34 1 TCTATGTAATATATTATTTTATCGTTCATG 7 44 0 AATTTTGGAGAAAATATTGTGTGTCTTTCA 9 177 0 ATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATA 2 132 1 TTATGGTTGTTAATAATTGATGAAATGGTG 1 17 0 ATTATGCATTTTATAATTTATGGTTGTTAA 1 34 0 AATTAACTATTAATAATATTTGATGTTTTT 0 116 0 TTTGTAATTCTTTTTATTTATTAACTTTGT 0 89 0 ATATTGCCCTTATTTATTTAATTTCATTCA 0 160 1 TTATTCAATCATAAAATTTTATTTCTGTGA 9 82 1 ATAAAATAGTTTTTAATAGTATAAAAGGTG 0 275 1 TAAAAATAGATAAATTCCCA 8 0 1 TCATGATAATATAAAATAGTTTTTAATAGT 0 265 1 ********** MAP Score: 26.3381 Motif 2 AGATTCATCAAAATTAATATATTTATTTTGG 3 32 0 CATGAACGATAAAATAATATATTACATAGAT 7 44 1 TATAAAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTA 0 30 1 AATATCCACCACAATAATATTTTACAATATT 2 162 0 AAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAAT 2 75 1 GAACAACTACTAAATAATATAATTAAGATTA 6 32 1 TTTAAAGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTT 5 49 1 ATAATGGCTCATGATAATATAAAATAGTTTT 0 257 1 ATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATT 2 147 1 ATCTCATTTGAGATAAATATTGTTTAGGGAG 5 84 1 TACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAA 8 109 0 AAAGTATTAAATAAAAATATTAACCATCTTT 8 89 0 TAATGCAGTATCAATAATAAAGCTAACTTTA 7 74 1 CTTATAGCACTGAAAAATATAACACAAAGTT 0 66 1 CAATTAACTATTAATAATATTTGATGTTTTT 0 116 0 ATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAAT 0 82 1 AACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGAT 0 241 1 TTCATAAATATTTTGGGATTGA 4 1 1 TAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATAT 2 128 1 TGTGTCTTTCAAGATAATAATTTGCTAATTT 9 157 0 TAATTTATGGTTGTTAATAATTGATGAAATG 1 20 0 TTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGA 4 99 1 TATTAGTTTTGTATTAATAAATTAAGATGTG 8 127 1 CTCATCCTCAATATTAAGATAATCTGAATAA 2 114 1 GGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATAT 3 164 1 AAAAATTTTGGAGAAAATATTGTGTGTCTTT 9 179 0 GACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAGTTGAGA 4 63 1 AGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATT 9 203 0 GGGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAA 3 11 1 * ********* MAP Score: 25.758 Motif 3 ATGCAGTATCAATAATAAAGCTAACTTTAATAACTTAATAAC 7 76 1 ATAGCACTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGA 0 69 1 AAGAATTACAAAAACATCAAATATTATTAATAGTTAATTGTT 0 107 1 ACCAGCCTCTAAACTCTTAAAGATGGTTAATATTTTTATTTA 8 71 1 CAATATAAATAATGGCTCATGATAATATAAAATAGTTTTTAA 0 249 1 ACAACTACTAAATAATATAATTAAGATTAAAAGCAAAATTTC 6 34 1 TAAAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTAAAAAACTTATAGC 0 32 1 ATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTATTGTGGT 2 144 1 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAA 0 5 1 GATTCCTTTAAAAGCTAAAGTATAGAATAAAATTTTAATGCT 5 19 0 AAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCA 8 94 0 ATAAATTATAAAATGCATAATGTCCTCTAAAAGCAGTAGATA 1 43 1 TTGGCATCAAAATTCCTTATATGGTATAAAAAGCTGTAAAGT 9 32 0 ATTTAACTATTATTATTCAGATTATCTTAATATTGAGGATGA 2 115 0 TCACATCTTAATTTATTAATACAAAACTAATAAAAATAAAAA 8 117 0 TGGGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAA 3 8 1 TATTAATAGTTAATTGTTAATTCCCATAAATATTGCCCTTAT 0 131 1 TAAATGACAGAATAGATAAATAGAACAACTAC 6 0 1 GGAAGATAGTTAAAGAAGACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAG 4 46 1 TTATGTGGTTATTGAATGAAATTAAATAAATAAGGGCAATAT 0 160 0 TTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAGATAAATATTGTTTAGGG 5 71 1 AGTAACATAAATATAGTTATGCAATTTTAAAAGCTCATCCTC 2 81 1 AAATAGATAAATTCCCATAGCTATATAAAATACTTCTGCATT 8 13 1 TAATGCCAATAATCCATTAATTACACATATAATTCCAACTAA 3 118 0 GAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATT 4 90 1 CCATTTCATCAATTATTAACAACCATAAATTATAAAATGCAT 1 19 1 TAATGCTACAAATATAAGATTCATCAAAATTAATATATTTAT 3 37 0 TGATAGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGA 9 196 0 *** * * ***** MAP Score: 25.0032 Motif 4 CTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTACA 0 75 1 ATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAA 2 132 1 TATCATTACGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCA 0 226 1 ACAATATAAATAATGGCTCATGATAATATAAAATAGTTTTTA 0 248 1 TTCACAGAAATAAAATTTTATGATTGAATAAAGATGCCTTTG 9 71 0 GAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATT 4 90 1 AGTTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAGATAAATATTGTTTAG 5 69 1 CTTAATTTATTAATACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTA 8 111 0 TTAAAGCCAATAATGTTAATGCTACAAATATAAGATTCATCA 3 53 0 TTAATGCCAATAATCCATTAATTACACATATAATTCCAACTA 3 119 0 AAATAGTTTTTAATAGTATAAAAGGTGATAAA 0 278 1 GTTTATGTGGTTATTGAATGAAATTAAATAAATAAGGGCAAT 0 162 0 TTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTG 3 157 1 TAAATGACAGAATAGATAAATAGAACAACTAC 6 0 1 TAAAAATAGATAAATTCCCATAGCTATATAAAATACTTCTGC 8 10 1 AAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATATTGTGTGTCTTT 9 179 0 AAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGA 3 14 1 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATA 0 4 1 CTTTGGCATCAAAATTCCTTATATGGTATAAAAAGCTGTAAA 9 34 0 TGATTCCTTTAAAAGCTAAAGTATAGAATAAAATTTTAATGC 5 20 0 CATCAATTATTAACAACCATAAATTATAAAATGCATAATGTC 1 25 1 AAAAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCA 2 62 1 AATAACCACATAAACGTGTAATTTTGCAAATATCGTCTATCA 0 189 1 TTCACCAAAATACCTATAAACTATCACATATATATATGATTG 1 96 0 AAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTAAAAAACTTATAGCAC 0 34 1 CTAAATAATATAATTAAGATTAAAAGCAAAATTTCAACTATT 6 41 1 GGAAGATAGTTAAAGAAGACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAG 4 46 1 *** * * ***** MAP Score: 24.5313 Motif 5 CTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTAC 0 75 1 ATGTGGTTATTGAATGAAATTAAATAAATAAGGGCAATATT 0 159 0 ATTACATAGATAATGCAGTATCAATAATAAAGCTAACTTTA 7 64 1 TACAAAAACATCAAATATTATTAATAGTTAATTGTTAATTC 0 113 1 TCCTCAATATTAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATAT 2 118 1 ATTCACCATTTCATCAATTATTAACAACCATAAATTATAAA 1 14 1 ATATGAGGTTTGATAGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAA 9 207 0 ATTTTAGAGAAATTTTAAAACGAAAAATAGTTGA 6 74 0 AGAAAGAAGTTGAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAA 4 79 1 ACTAAATAATATAATTAAGATTAAAAGCAAAATTTCAACTA 6 40 1 ATTGTGATGCTCATGAACGATAAAATAATATATTACATAGA 7 33 1 ACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCAT 8 93 0 GATTCCTTTAAAAGCTAAAGTATAGAATAAAATTTTAATGC 5 20 0 CTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAATAAAAC 0 12 1 ATTATTGGCATTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATAT 3 147 1 TAGGAAAAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTT 2 58 1 AGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTATTGTGGTGGAT 2 149 1 ATAAATATAGTTATGCAATTTTAAAAGCTCATCCTCAATAT 2 87 1 CATGATAATATAAAATAGTTTTTAATAGTATAAAAGGTGAT 0 266 1 TGGGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAA 3 0 1 TGGGAAATGCAGAAGTATTTTATATAGCTATGGGAATTTAT 8 19 0 GAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTGTGAAACC 3 172 1 AATAAAAATATTAACCATCTTTAAGAGTTTAGAGGCTGGTA 8 70 0 * * * * ** ** ** MAP Score: 23.3602 Motif 6 GGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAA 2 66 1 ATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTG 3 16 1 GAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAA 9 194 0 TAATTTATTAATACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATT 8 112 0 GAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTAC 0 77 1 GTGGTTATTGAATGAAATTAAATAAATAAGGGCAATATT 0 159 0 CTCAATATTAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATAT 2 120 1 AATAGTTAATTGTTAATTCCCATAAATATTGCCCTTATT 0 135 1 ACAATATTTATCTCAAATGAGATAATTAACAAAAAACTA 5 68 0 ATAGAACAACTACTAAATAATATAATTAAGATTAAAAGC 6 29 1 TAATTTATTATAAAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTA 0 22 1 GATTATTGGCATTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAA 3 146 1 TAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATTA 4 94 1 GATAATTAACAAAAAACTATATTAATGATTCCTTTAAAA 5 48 0 TCACATATATATATGATTGGGATAATCATCTATCTACTG 1 76 0 TTCCTTTAAAAGCTAAAGTATAGAATAAAATTTTAATGC 5 20 0 AATGCTACAAATATAAGATTCATCAAAATTAATATATTT 3 39 0 ATATCCTTCTTTGGAAGATAGTTAAAGAAGACGTTCCTA 4 34 1 AAGAAGACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAGTTGAGATAG 4 58 1 AATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCATC 8 92 0 GCATTTTATAATTTATGGTTGTTAATAATTGATGAAATG 1 20 0 TACGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGA 0 232 1 * ** ***** ** MAP Score: 20.3783 Motif 7 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACA 0 1 1 TGCTATAAGTTTTTTAAGAACTGTTTTATTATTGTATTTTTT 0 33 0 TCTTTTTATTTATTAACTTTGTGTTATATTTTTCAGTGCTAT 0 69 0 ATAAAAAGAATTACAAAAACATCAAATATTATTAATAGTTAA 0 102 1 AAATAATGGCTCATGATAATATAAAATAGTTTTTAATAGTAT 0 255 1 TTTATCACCTTTTATACTATTAAAAACTATTTT 0 277 0 GTCTATTCACCATTTCATCAATTATTAACAACCAT 1 3 1 ATCTACTGCTTTTAGAGGACATTATGCATTTTATAATTTATG 1 42 0 TACCATTAACTTTAAAAACCTTAACTGATTATTAGGAAAAGG 2 26 1 TATTTTACAATATTTATATATTTAACTATTATTATTCAGATT 2 134 0 GGTTTCACACTATATACTATATTTCTTATTCTTCTTTAACCC 3 164 0 TTTAAAACTATCTCAACTTCTTTCTTTATTTTAGGAACGTCT 4 62 0 AAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATTAT 4 102 1 AGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAG 5 54 1 TTAATTATATTATTTAGTAGTTGTTCTATTTATCTATTCTGT 6 16 0 ATTAAGATTAAAAGCAAAATTTCAACTATTTTTCGTTTTAAA 6 53 1 GATACTGCATTATCTATGTAATATATTATTTTATCGTTCATG 7 44 0 TAAATAAAAATATTAACCATCTTTAAGAGTTTAGAGGCTGGT 8 71 0 TTTACAGCTTTTTATACCATATAAGGAATTTTGATGCCAAAG 9 34 1 TGAAAGACACACAATATTTTCTCCAAAATTTTTATAAATCTT 9 177 1 * * * * * ***** MAP Score: 20.3686 Motif 8 TTCTTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAATA 0 7 1 TAAAAAATACAATAATAAAACAGTTCTTAAAAAACTTATAGC 0 32 1 AATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTACAAAAACA 0 81 1 TTAACAATTAACTATTAATAATATTTGATGTTTTTGTAATTC 0 109 0 TTAATAGTTAATTGTTAATTCCCATAAATATTGCCCTTATTT 0 133 1 AAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGATAATATAA 0 237 1 CACCTTTTATACTATTAAAAACTATTTTATATTATCATGAGC 0 263 0 CATTTCATCAATTATTAACAACCATAAATTATAAAATGCATA 1 20 1 ACCTACCATTAACTTTAAAAACCTTAACTGATTATTAGGAAA 2 23 1 TTGCATAACTATATTTATGTTACTTAACTTTAAGTATCCTTT 2 63 0 AATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATTATTGTGG 2 143 1 CAAAATTAATATATTTATTTTGGTTTCTTTTTTCATAATTTC 3 13 0 TTATATTTGTAGCATTAACATTATTGGCTTTAATAACTGGAA 3 62 1 AGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTGTGAAAC 3 163 1 TCTTCCAAAGAAGGATATAATCAATCCCAAAATATTTATGAA 4 10 0 AAGTTGAGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGG 4 85 1 AAAATTTTTAGCATTAAAATTTTATTCTATACTTTAGCTTT 5 9 1 ATTAACAAAAAACTATATTAATGATTCCTTTAAAAGCTAAAG 5 41 0 TCCCTAAACAATATTTATCTCAAATGAGATAATTAACAAAAA 5 72 0 ACTAAATAATATAATTAAGATTAAAAGCAAAATTTCAACTAT 6 40 1 ATTTTAGAGAAATTTTAAAACGAAAAATAGTTGAAATTTTGC 6 66 0 TATTAAAGTTAGCTTTATTATTGATACTGCATTATCTATGTA 7 66 0 TAATAAAGCTAACTTTAATAACTTAATAACTTAT 7 88 1 ACTCTTAAAGATGGTTAATATTTTTATTTAATACTTTTTATT 8 83 1 AATACTTTTTATTTTTATTAGTTTTGTATTAATAAATTAAGA 8 112 1 ACAGAAATAAAATTTTATGATTGAATAAAGATGCCTTTGGCA 9 68 0 TATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATATTGTGTG 9 184 0 * **** * ** ** MAP Score: 18.9452 Motif 9 TTAAACAGTTAATTTATTATAAAAAATACAATAATAAAACAG 0 13 1 AATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTACAAAAACA 0 81 1 TTATTTATTTAATTTCATTCAATAACCACATAAACGTGTAAT 0 169 1 ATTACGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGAT 0 230 1 AAGGATACTTAAAGTTAAGTAACATAAATATAGTTATGCAAT 2 64 1 AATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATA 2 134 1 AAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGA 3 14 1 AAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATAGTGTG 3 159 1 GATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAAAATAGGTGATTAT 4 92 1 TAAATGACAGAATAGATAAATAGAACAACTAC 6 0 1 TAAATAATATAATTAAGATTAAAAGCAAAATTTCAACTATTT 6 42 1 ATTTTAGAGAAATTTTAAAACGAAAAATAGTTGAAATTTTG 6 67 0 TGAACGATAAAATAATATATTACATAGATAATGCAGTATCAA 7 46 1 AATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCATCTTT 8 89 0 TTAGCAAATTATTATCTTGAAAGACACACAATATTTTCTCCA 9 160 1 GAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATA 9 191 0 *** ** * * * * * MAP Score: 14.5105 Motif 10 CTTATAGCACTGAAAAATATAACACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATT 0 66 1 TTTATGGGAATTAACAATTAACTATTAATAATATTTGATGTTTTTGTA 0 113 0 TACAACAATATAAATAATGGCTCATGATAATATAAAATAGTTTTTAAT 0 244 1 TCATCAATTATTAACAACCATAAATTATAAAATGCATAATGTCCTCTA 1 24 1 ACCATTAACTTTAAAAACCTTAACTGATTATTAGGAAAAGGATACTTA 2 27 1 TTATGCAATTTTAAAAGCTCATCCTCAATATTAAGATAATCTGAATAA 2 97 1 TAAGATAATCTGAATAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATA 2 128 1 TGGGAAATTATGAAAAAAGAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGATG 3 10 1 TTATTGGCATTAAAGAGGGTTAAAGAAGAATAAGAAATATAGTATATA 3 148 1 GGAAGATAGTTAAAGAAGACGTTCCTAAAATAAAGAAAGAAGTTGAGA 4 46 1 AATGATTCCTTTAAAAGCTAAAGTATAGAATAAAATTTTAATGCTAAA 5 16 0 AAAGGAATCATTAATATAGTTTTTTGTTAATTATCTCATTTGAGATAA 5 52 1 ACAGAATAGATAAATAGAACAACTACTAAATAATATAATTAAGATTAA 6 16 1 TATATTACATAGATAATGCAGTATCAATAATAAAGCTAACTTTAATAA 7 61 1 ACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATAAAAATATTAACCATCT 8 91 0 AGAGTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATATTGTG 9 186 0 * ** * * **** * MAP Score: 2.35317