AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239447
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0792	300	M. jannaschii predicted coding region MJ0792
#1	MJ0792.1	68	M. jannaschii predicted coding region MJ0792.1
#2	MJ0793	60	M. jannaschii predicted coding region MJ0793
#3	MJ0794	48	M. jannaschii predicted coding region MJ0794
#4	MJ0795	79	M. jannaschii predicted coding region MJ0795
#5	MJ1268	158	high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braG)
#6	MJ1571	126	cobalt transport protein (cbiQ)

Motif 1
ATATCAAAAAATGAAATATAACATAATCAATA    	0	6	0
TCATTTTTTGATATAAAATTATAAAATAGTTAAAAA	0	28	1
TAATAAAACAATTATAACTTTAAAAAAGTAAATTAT	0	63	0
ATTATTAAAAATTCTAATAAGTTAAAAATTTTAACA	0	95	1
TAAGTTAAAAATTTTAACATATATAATTTACTATTT	0	112	1
ACCTCTATATATATTATGATTTAAAGTTAAATAGTA	0	140	0
TTTTTCACAAATGTAATAATACAAAACCTCTATATA	0	165	0
TAGGGGCACCATACAAAAAATTAAAGAATAGTTGGC	0	213	1
AATTATTAAAATTAAAAAAGAAAAACATTT      	1	4	0
CCTAAAAAATATCAAAAAATTATTAAAATTAAAAAA	1	21	0
ATTATCACCCATTATATCACCTAAAAAATATCAAAA	1	40	0
TACAATAATGATGATAAAATAAATAATAACTTTAAC	2	22	1
         GATTTAAATAGTTGAAGTAACAAATAC	3	1	1
GAAGTAACAAATACAATCATTGAAAAATCTAATAG 	3	23	1
TAAAGTTACTATAAAATGAGGGAAAAAG        	4	61	1
GGTGATTAATATGATAAAAGTAAAAAATCTAAACGC	5	21	1
TTTGATGTGAATGCAAAAATAGAAAAGGGAAAATTA	5	82	1
GAATATAGAAATTAAAAAAGTAAAAAAA        	6	2	0
AGTGATTTTAATATAATAATTTTAAAGATTTTGATA	6	56	1
TAATTATTCAATAAAAATTATCAAAATCTTTAAAAT	6	74	0
TTATTGAATAATTATAAAAATTGTAATGTAATTATT	6	96	1
          **  *** *   ****
MAP Score: 38.2258

Motif 2
TAGAAATTAAAAAAGTAAAAAAA          	6	0	0
AAAAATTATTAAAATTAAAAAAGAAAAACATTT	1	10	0
ATGTGAATGCAAAAATAGAAAAGGGAAAATTAC	5	86	1
TTTTTGATATAAAATTATAAAATAGTTAAAAAT	0	32	1
TTAATATGATAAAAGTAAAAAATCTAAACGCTG	5	26	1
GCACCATACAAAAAATTAAAGAATAGTTGGCGA	0	218	1
TTATTCAATAAAAATTATCAAAATCTTTAAAAT	6	74	0
ATATCACCTAAAAAATATCAAAAAATTATTAAA	1	30	0
AAATCACTCCAAAAATAATAGAAGATGAATATA	6	31	0
TTTATTATTAAAAATTCTAATAAGTTAAAAATT	0	92	1
TAATAAGTTAAAAATTTTAACATATATAATTTA	0	109	1
TAGAAAAGGGAAAATTACCACAGTTGTTGGACC	5	101	1
TAGAATTTTTAATAATAAAACAATTATAACTTT	0	78	0
CAAAATCTTTAAAATTATTATATTAAAATCACT	6	56	0
ACAATCATTGAAAAATCTAATAG          	3	35	1
TTTTTATTGAATAATTATAAAAATTGTAATGTA	6	93	1
AAAATAAATAATAACTTTAACAATTGTGAAACC	2	37	1
TAAAACAATTATAACTTTAAAAAAGTAAATTAT	0	63	0
ACAGTGTATTAAAGTTACTATAAAATGAGGGAA	4	52	1
TCAAAAAATGAAATATAACATAATCAATA    	0	6	0
TATTATGATTTAAAGTTAAATAGTAAATTATAT	0	132	0
          **** ** ** **
MAP Score: 37.9458

Motif 3
TATAATTTTATATCAAAAAATGAAATATAACATAATCAATA     	0	5	0
TTTAAAAAAGTAAATTATTTTTAACTATTTTATAATTTTATATCAA	0	35	0
TGTTAAAATTTTTAACTTATTAGAATTTTTAATAATAAAACAATTA	0	85	0
AACCTCTATATATATTATGATTTAAAGTTAAATAGTAAATTATATA	0	131	0
CCTATTATTTTCCACATTTTTCACAAATGTAATAATACAAAACCTC	0	171	0
       AAATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATAATTTTTTGATAT	1	3	1
TTTAATAATTTTTTGATATTTTTTAGGTGATATAATGGGTGATAAT	1	30	1
TTCCAACAGTTATATTTGGTTTGTATCAACTATACAGTGTATTAAA	4	19	1
ATAACCAGCGTTTAGATTTTTTACTTTTATCATATTAATCACCAAG	5	18	0
         TTTTTTTACTTTTTTAATTTCTATATTCATCTTCTAT	6	1	1
ATATTCATCTTCTATTATTTTTGGAGTGATTTTAATATAATAATTT	6	32	1
AATAAAAATTATCAAAATCTTTAAAATTATTATATTAAAATCACTC	6	55	0
ATAATTACATTACAATTTTTATAATTATTCAATAAAAATTATCAAA	6	85	0
          *     *  **   *  *   *** *
MAP Score: 6.18232