AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239462
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0792	300	M. jannaschii predicted coding region MJ0792
#1	MJ0792.1	68	M. jannaschii predicted coding region MJ0792.1
#2	MJ0793	60	M. jannaschii predicted coding region MJ0793
#3	MJ0794	48	M. jannaschii predicted coding region MJ0794
#4	MJ0795	79	M. jannaschii predicted coding region MJ0795
#5	MJ1266	189	high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braC)
#6	MJ1267	96	high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braF)
#7	MJ1268	158	high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braG)
#8	MJ1569	300	cobalamin biosynthesis protein (cbiM)
#9	MJ1571	126	cobalt transport protein (cbiQ)

Motif 1
ATATCACCTAAAAAATATCAAAAAATTATTAAA	1	30	0
TGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTTATTT	6	27	0
          AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGA	6	83	0
ATACTTAAACAAAAATAAAAATAAGTT      	8	4	0
TTTTATTATTAAAAATTCTAATAAGTTAAAAAT	0	91	1
ATCTATCTCGAAAAATTTAAATATTGCTCATAT	5	114	1
ATGTGAATGCAAAAATAGAAAAGGGAAAATTAC	7	86	1
AACACAATTAAATAATACCAAAAGGGTGAAACT	8	277	1
ATTTTTATTGAATAATTATAAAAATTGTAATGT	9	92	1
TACATTTGTGAAAAATGTGGAAAATAATAGGGG	0	186	1
ACATAAAATTAAAATTGACAAAATTGAGATACT	8	157	0
TTATTCAATAAAAATTATCAAAATCTTTAAAAT	9	74	0
          AAAATTCCTAAAACTTTAAATAA	6	0	1
TAGAAATTAAAAAAGTAAAAAAA          	9	0	0
AGTTATTAAAAATAATGATAATATTGTTGGTTA	5	80	1
GCACCATACAAAAAATTAAAGAATAGTTGGCGA	0	218	1
AAATCACTCCAAAAATAATAGAAGATGAATATA	9	31	0
CTAATAAGTTAAAAATTTTAACATATATAATTT	0	108	1
CTGGATTGAAAAATATCTGAAAATATTACAATG	8	58	0
CTTTAAACAAAAAAGTTTAAATAGTATTATCAA	8	228	1
AAAAAATTATTAAAATTAAAAAAGAAAAACATT	1	11	0
TTTTTTGATATAAAATTATAAAATAGTTAAAAA	0	31	1
ATACTATATTAAAAATTCCATTAAAATAATATT	8	123	1
ATTTTAATATAATAATTTTAAAGATTTTGATAA	9	60	1
GATAAAAGTAAAAAATCTAAACGCTGGTTATGG	7	33	1
TATACTATACAATAATGATGATAAAATAAATAA	2	15	1
ACAATCATTGAAAAATCTAATAG          	3	35	1
CTGGTTATGGAAAATTGCAGATACTATTTGATG	7	56	1
AAGTATTAGTAATAATAATAGTAATTATATAAT	5	28	0
ATAGTAATTATATAATATCAAAAGCGGGATAGT	5	11	0
CTCATATATAAAAAATGAAATTGCCATAACATT	5	140	1
ATAGTATTTGAAAAATATAAGATTCAGTGATAT	8	97	0
      TCAAAATAATTACATTACAATTTTTAT	9	109	0
   CGTTTTTAAAAATGTGGATTTTCCACTACC	7	138	0
TTTTATATCAAAAAATGAAATATAACATAATCA	0	13	0
CATTTTTCACAAATGTAATAATACAAAACCTCT	0	170	0
CCTTGGTGATTAATATGATAAAAGTAAAAAATC	7	17	1
TGTCTTGAGCTAATATAAAAAAATGTTACATAA	8	184	0
    GATTTAAATAGTTGAAGTAACAAATACAA	3	6	1
GAATAAAATTTATAATCTTAGAACTTGCATATC	6	52	0
AAAGTTACTATAAAATGAGGGAAAAAG      	4	62	1
          ******   ****
MAP Score: 61.346

Motif 2
TTATAATTTTATATCAAAAAATGAAATATAACATAAT	0	15	0
TTTGATATAAAATTATAAAATAGTTAAAAATAATTTA	0	34	1
AAACAATTATAACTTTAAAAAAGTAAATTATTTTTAA	0	57	0
TAGAATTTTTAATAATAAAACAATTATAACTTTAAAA	0	74	0
ATTATTAAAAATTCTAATAAGTTAAAAATTTTAACAT	0	95	1
ATTTTTCACAAATGTAATAATACAAAACCTCTATATA	0	165	0
AAAAATTATTAAAATTAAAAAAGAAAAACATTT    	1	6	0
CCATTATATCACCTAAAAAATATCAAAAAATTATTAA	1	31	0
CTATACAATAATGATGATAAAATAAATAATAACTTTA	2	19	1
TGAAGTAACAAATACAATCATTGAAAAATCTAATAG 	3	22	1
TAATAATAGTAATTATATAATATCAAAAGCGGGATAG	5	12	0
TACTATTATTATTACTAATACTTTAAAGCTTTTTGAT	5	38	1
TACGGAAGTTATTAAAAATAATGATAATATTGTTGGT	5	74	1
GGTTAAATCTATCTCGAAAAATTTAAATATTGCTCAT	5	108	1
AATATTGCTCATATATAAAAAATGAAATTGCCATAAC	5	133	1
       AAAATTCCTAAAACTTTAAATAACTCTTTT	6	3	1
GAACTTGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTTATT	6	28	0
TGCAAGTTCTAAGATTATAAATTTTATTCTTTAAACT	6	56	1
      AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGAATAAAATT	6	75	0
CTTGGTGATTAATATGATAAAAGTAAAAAATCTAAAC	7	18	1
ATTTGATGTGAATGCAAAAATAGAAAAGGGAAAATTA	7	81	1
TTTATACTTAAACAAAAATAAAAATAAGTT       	8	3	0
TTAATATAGTATTTGAAAAATATAAGATTCAGTGATA	8	98	0
CTATATTAAAAATTCCATTAAAATAATATTTAGTATC	8	126	1
TCTTGAGCTAATATAAAAAAATGTTACATAAAATTAA	8	178	0
AATAAACTTTAAACAAAAAAGTTTAAATAGTATTATC	8	222	1
ATGATAACACAATTAAATAATACCAAAAGGGTGAAAC	8	272	1
TGAATATAGAAATTAAAAAAGTAAAAAAA        	9	2	0
CAAAATCTTTAAAATTATTATATTAAAATCACTCCAA	9	52	0
AATTTTAAAGATTTTGATAATTTTTATTGAATAATTA	9	73	1
TTTATTGAATAATTATAAAAATTGTAATGTAATTATT	9	95	1
          **    **** *  ***
MAP Score: 43.0971

Motif 3
TATCAAAAAATGAAATATAACATAATCAATA     	0	5	0
CATTTTTTGATATAAAATTATAAAATAGTTAAAAAT	0	29	1
TTAAAAATAATTTACTTTTTTAAAGTTATAATTGTT	0	57	1
TTATTAGAATTTTTAATAATAAAACAATTATAACTT	0	79	0
TATTAAAAATTCTAATAAGTTAAAAATTTTAACATA	0	97	1
CCTCTATATATATTATGATTTAAAGTTAAATAGTAA	0	139	0
CCACATTTTTCACAAATGTAATAATACAAAACCTCT	0	170	0
ATTATTAAAATTAAAAAAGAAAAACATTT       	1	3	0
CTAAAAAATATCAAAAAATTATTAAAATTAAAAAAG	1	20	0
ACAATAATGATGATAAAATAAATAATAACTTTAACA	2	23	1
      GGTTTCACAATTGTTAAAGTTATTATTTAT	2	40	0
AAGTAACAAATACAATCATTGAAAAATCTAATAG  	3	24	1
 CTGCACTAATTCCAACAGTTATATTTGGTTTGTAT	4	9	1
CCTCATTTTATAGTAACTTTAATACACTGTATAGTT	4	46	0
GTAATAATAATAGTAATTATATAATATCAAAAGCGG	5	17	0
ACTTCCGTATCAAAAAGCTTTAAAGTATTAGTAATA	5	47	0
CGGAAGTTATTAAAAATAATGATAATATTGTTGGTT	5	76	1
TAAATCTATCTCGAAAAATTTAAATATTGCTCATAT	5	111	1
ATTGCTCATATATAAAAAATGAAATTGCCATAACAT	5	136	1
    AAAATTCCTAAAACTTTAAATAACTCTTTTTT	6	6	1
CTTGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTTATTTA	6	26	0
GATATGCAAGTTCTAAGATTATAAATTTTATTCTTT	6	52	1
   AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGAATAAAATTTA	6	73	0
GTGATTAATATGATAAAAGTAAAAAATCTAAACGCT	7	22	1
TTGATGTGAATGCAAAAATAGAAAAGGGAAAATTAC	7	83	1
TAGTGGAAAATCCACATTTTTAAAAACG        	7	140	1
TCACTGAATCTTATATTTTTCAAATACTATATTAAA	8	100	1
ATTATTTTAATGGAATTTTTAATATAGTATTTGAAA	8	117	0
TTACATAAAATTAAAATTGACAAAATTGAGATACTA	8	156	0
AACTTTTTTGTTTAAAGTTTATTAAAAATGTCTTGA	8	209	0
AAACTTTAAACAAAAAAGTTTAAATAGTATTATCAA	8	225	1
TTAAATAATACCAAAAGGGTGAAACT          	8	284	1
ATATAGAAATTAAAAAAGTAAAAAAA          	9	0	0
TTTGGAGTGATTTTAATATAATAATTTTAAAGATTT	9	51	1
AATTATTCAATAAAAATTATCAAAATCTTTAAAATT	9	73	0
ATAATTACATTACAATTTTTATAATTATTCAATAAA	9	95	0
          *  ***  ** *** *
MAP Score: 17.1013