AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239484 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0534 163 flavoprotein (fprA) #1 MJ0732 78 flavoprotein (fprA) #2 MJ0733 35 M. jannaschii predicted coding region MJ0733 #3 MJ0734 39 rubrerythrin (rr) #4 MJ0735 89 rubredoxin 1 (rd1) #5 MJ0736 75 alkyl hydroperoxide reductase #6 MJ0737 39 rubredoxin-like non-heme iron protein #7 MJ0738 25 conserved hypothetical protein #8 MJ0739 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0739 #9 MJ0740 171 rubredoxin 2 (rd2) #10 MJ0748 212 flavoprotein (fpaA) Motif 1 AATAAAAACCAATAAAACTTAAATAAACAAAAGATA 5 27 1 TACTACTTACACAATAAAATAAATAACTGATAATAA 10 156 1 TAAATAACTGATAATAAAATAACTAATAACTACAAA 10 175 1 CTCAAAAAACAATTACAATTAATTAAAAAGATTTAG 4 55 0 ATTTAAGTAAAATAACAACTAAGTAATCTTTATAAA 0 48 0 AAATAAAATTAAAACAATTTATATAAATCTTTAAGT 10 32 1 ATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAACTAAAAACTA 9 16 1 GGATAAATATAAAAACAGATTAGTAA 1 0 0 AAAGTCAGTTTATTAAAGGTGATTA 7 0 1 AAAACTAATAACTTGCATATAAAAAATCACAAATAC 9 45 1 TGTTAATCAAACTAAAACATTTATAAAGATTACTTA 0 29 1 TAAATGTCCAATGTTAATTTAAGTAAAATAACAACT 0 64 0 AATCCCATTTTTATAAAGTAAAAAAT 9 0 1 TTGTTTTAATTGATTAAATTAATTAAAT 2 2 0 TACCTCTAACTGACTAAGATAAATAATGACAAAAAT 9 136 1 TGTAAGTAGTATAAGAACTTAACTATTCGAATTTCA 10 131 0 GTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAATAAATA 1 42 0 TTTCAATGAAATTACTATATATTTAACACATATTAT 4 13 1 TCACAATATAAATAAAATTTACTTAAAGATTTATAT 10 52 0 GTATATGTCTATATGTAAGTATGTAAATAGTTCATG 8 31 1 AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAA 5 3 1 CTCACCAAAAAGTTTAATTAAAATAATTTTATTATT 6 10 0 AATTTCGCATAATATAATGAAATTAAAGACGATTAT 9 82 0 TTAAAAATTTTATTCAACATATTTAACATTTCATTA 3 10 1 AACTATTCGAATTTCAACATATCTATTTAAATACCT 10 111 0 TAACTAATAACTACAAATATAATTAAAG 10 194 1 TTCTGGCGATAGTAATATATAATAAATGTCCAATGT 0 86 0 TTCCAATATACACATATTTGAAAAATAAAATTA 10 7 1 * * ** *** *** MAP Score: 37.038 Motif 2 CTCAAAAAACAATTACAATTAATTAAAAAGATTTAGAAA 4 52 0 TCACAATATAAATAAAATTTACTTAAAGATTTATATAAA 10 49 0 AGTAGTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAATAAAT 1 43 0 AAAAATATTAATTATAAGAACCCAAAACT 0 144 0 AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAA 5 0 1 AATAAAAACCAATAAAACTTAAATAAACAAAAGATAAAA 5 27 1 AATTTCGCATAATATAATGAAATTAAAGACGATTATCGT 9 79 0 TTTTCAAATTTAGCAGAGGTATTTAAATAGATATGTTGA 10 95 1 ATAAGAACTTAACTATTCGAATTTCAACATATCTATTTA 10 118 0 ATTTAATTAATTTAATCAATTAAAACAAATTATAA 2 8 1 TGTCTCACCAAAAAGTTTAATTAAAATAATTTTATTAT 6 11 0 ACTAAAAACTAATAACTTGCATATAAAAAATCACAAATA 9 41 1 CAATAAAATAAATAACTGATAATAAAATAACTAATAACT 10 167 1 TAAATATAGATAGGATAAATATAAAAACAGATTAGTAA 1 9 0 TTCCAATATACACATATTTGAAAAATAAAATTAA 10 5 1 TGAAAAATAAAATTAAAACAATTTATATAAATCTTTAAG 10 28 1 TATATACCTCTAACTGACTAAGATAAATAATGACAAAAA 9 132 1 ACTTAGTTGTTATTTTACTTAAATTAACATTGGACATTT 0 60 1 GCTGTTAATCAAACTAAAACATTTATAAAGATTACTTAG 0 27 1 CCAAAACTCTAAAGATTACAACATTAAATATTCTGGCGA 0 113 0 TAAAATAACTAATAACTACAAATATAATTAAAG 10 189 1 TAAGTTCTTATACTACTTACACAATAAAATAAATAACTG 10 146 1 AATCCCATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAACTA 9 6 1 AGAGGTATATATCATTAATCACTTAAATTTCGCATAATA 9 104 0 AGAAATTTATAATATGTGTTAAATATATAGTAATTTCAT 4 18 0 ** * * * ** ** * MAP Score: 34.0267 Motif 3 TAAGTAATCTTTATAAATGTTTTAGTTTGATTAACAG 0 28 0 TTATAAAGATTACTTAGTTGTTATTTTACTTAAATTA 0 49 1 CATTGGACATTTATTATATATTACTATCGCCAGAATA 0 87 1 CGCCAGAATATTTAATGTTGTAATCTTTAGAGTTTTG 0 114 1 ATCTTTAGAGTTTTGGGTTCTTATAATTAATATTTTT 0 136 1 TTACTAATCTGTTTTTATATTTATCCTATCT 1 4 1 CTATCTATATTTATTCTATATTTATTTTTATATTATT 1 35 1 TTATAATTTGTTTTAATTGATTAAATTAATTAAAT 2 8 0 AACTTTCAATGAAATTACTATATATTTAACA 4 4 1 TATTATAAATTTCTAAATCTTTTTAATTAATTGTAAT 4 43 1 GGTTTTTATTTTATATTTGCTTTTCTT 5 0 0 TTTATTTAAGTTTTATTGGTTTTTATTTTATATTTGC 5 17 0 CCTTTTTATTTTATCTTTTGTTTATTTAAGTTTTATT 5 37 0 AATAATAAAATTATTTTAATTAAACTTTTTGGTGAGA 6 10 1 GTTTATTATTTTTTACTTTATAAAAATGGGATT 9 6 0 TATATGCAAGTTATTAGTTTTTAGTTTATTATTTTTT 9 29 0 ATTATCGTATTTGTGATTTTTTATATGCAAGTTATTA 9 50 0 GATAATCGTCTTTAATTTCATTATATTATGCGAAATT 9 81 1 TGTGCTATTTTTGTCATTATTTATCTTAGTCAGTTAG 9 141 0 TTTATATAAATTGTTTTAATTTTATTTTTCAAATATG 10 22 0 AATCTTTAAGTAAATTTTATTTATATTGTGAAATAGT 10 57 1 AGTTATTTTATTATCAGTTATTTATTTTATTGTGTAA 10 162 0 ATTATATTTGTAGTTATTAGTTATTTTATTATCAGTT 10 180 0 ** * ** *** ** MAP Score: 29.5226 Motif 4 GAATAAATATAGATAGGATAAATATAAAAACAGATTAGTAA 1 7 0 AATCCCATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAACTAAAAAC 9 6 1 ATATACCTCTAACTGACTAAGATAAATAATGACAAAAATAGCAC 9 133 1 ATTTAATTAATTTAATCAATTAAAACAAATTATA 2 0 1 GTATTTTCAAATTTAGCAGAGGTATTTAAATAGATATGTTGAAA 10 92 1 AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAATAAAA 5 0 1 TAAAATAAAAACCAATAAAACTTAAATAAACAAAAGATAAAATA 5 24 1 CTAAAAACTAATAACTTGCATATAAAAAATCACAAATACGATAA 9 42 1 TCCAATATACACATATTTGAAAAATAAAATTAAAACAATTTATA 10 11 1 TCACACCTTTACATGAACTATTTACATACTTACATATAGACATA 8 34 0 CACCTCAAAAAACAATTACAATTAATTAAAAAGATTTAGAAATT 4 50 0 AAATTAAAACAATTTATATAAATCTTTAAGTAAATTTTATTTAT 10 37 1 ACTGATAATAAAATAACTAATAACTACAAATATAATTAAAG 10 181 1 TAATAATGAAATGTTAAATATGTTGAATAAAATTTTTAA 3 7 0 GAGTAGTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGAATAAATATAG 1 39 0 GAAATTTATAATATGTGTTAAATATATAGTAATTTCATTGAAAG 4 12 0 TTTATTGTGTAAGTAGTATAAGAACTTAACTATTCGAATTTCAA 10 130 0 ATTTCGCATAATATAATGAAATTAAAGACGATTATCGTATTTGT 9 73 0 TATATAATAAATGTCCAATGTTAATTTAAGTAAAATAACAACTA 0 63 0 TGTCTCACCAAAAAGTTTAATTAAAATAATTTTATTATT 6 5 0 * * * ** * ** * * MAP Score: 23.8734 Motif 5 CTATGCTGTTAATCAAACTAAAACATTTATAAAGATTACTTAG 0 23 1 GTCCAATGTTAATTTAAGTAAAATAACAACTAAGTAATCTTTA 0 52 0 AAAAATATTAATTATAAGAACCCAAAACTCTAAAGAT 0 136 0 AAATAAATATAGAATAAATATAGATAGGATAAATATAAAAACA 1 19 0 CTTTTGAGTAGTGGTAAATAATATAAAAATAAATATAGA 1 49 0 AGAAATTTATAATATGTGTTAAATATATAGTAATTTCATTGAA 4 14 0 AAACAATTACAATTAATTAAAAAGATTTAGAAATTTATAATAT 4 42 0 AAGAAAAGCAAATATAAAATAAAAACCAATAAAACTTAAATA 5 9 1 CAATAAAACTTAAATAAACAAAAGATAAAATAAAAAGGAGGGG 5 36 1 TGTCTCACCAAAAAGTTTAATTAAAATAATTTT 6 16 0 ATTTTTATAAAGTAAAAAATAATAAACTAAAAACTAATAACTT 9 16 1 ATCACTTAAATTTCGCATAATATAATGAAATTAAAGACGATTA 9 83 0 GACTAAGATAAATAATGACAAAAATAGCACAAAG 9 147 1 CAATATACACATATTTGAAAAATAAAATTAAAACAATTTATAT 10 13 1 ATACTATTTCACAATATAAATAAAATTTACTTAAAGATTTATA 10 53 0 AAAATAAATAACTGATAATAAAATAACTAATAACTACAAATAT 10 171 1 * * *** * * *** MAP Score: 2.51725