AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239532
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0499	300	3-isopropylmalate dehydratase (leuC)
#1	MJ1003	101	3-isopropylmalate dehydratase (leuC)
#2	MJ1271	205	3-isopropylmalate dehydratase (leuD)
#3	MJ1277	123	3-isopropylmalate dehydratase (leuD)

Motif 1
         GAAAGGTTCATCATATTAAGTCAG	0	1	1
TCAGCCCCCGTAAGGTTCATCATCCTAAATTAT	0	72	1
ATTATTCATGAAAGATTTTTTATAAACTTTTTT	0	103	1
AGATTTTTTATAAACTTTTTTATATCACTTACA	0	115	1
AGTGCCTTTCAAAACTTATTGAGATAATAAAAG	0	160	1
TTGAGATAATAAAAGGTATTAATGAACGCCTCC	0	178	1
GAAGGCGTTCAAAGTTTAATAATAAGTTTATTA	0	216	1
AGTTTAATAATAAGTTTATTAATTTTGAAAGGC	0	228	1
ATTTTTTGCAAAAAAGTTATTAGGTTATTTGAT	1	20	1
TATTTGATAGAAAATTTGAACACCTTTCTTTGG	1	45	1
CTCCCGAGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAG	2	27	1
AGAAATTAATAAAATTTATTAATGGGTATTATA	2	78	0
TTATCACCACAAAAATATTTTATCTTAATTTTA	2	179	0
TACAGAAAACAAAACTTATTTATTCACTTACTT	3	53	1
          **** ** ** **
MAP Score: 20.5413

Motif 2
AAGATTTTTTATAAACTTTTTTATATCACTTACACTCTAAAA	0	114	1
ATAGTGCCTTTCAAAACTTATTGAGATAATAAAAGGTATTAA	0	158	1
AGGAAGGCGTTCAAAGTTTAATAATAAGTTTATTAATTTTGA	0	214	1
AGTTATTCTTATAAAGACTAATTAAATGGTGAGATT      	0	274	1
TATTTTTTGCAAAAAAGTTATTAGGTTATTTGATAGAAAATT	1	19	1
GATGTTTTGTAAATAAAGTATTTAGGTGATAAA         	1	78	1
TCTCCCGAGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAGTAAATATA	2	26	1
ATACCCATTAATAAATTTTATTAATTTCTGAAAGATACCATA	2	82	1
AATTTCTGAAAGATACCATATTTCCTAAAGAATATTTTTATT	2	104	1
TCAGCTCTTTTGAAATTTAATTTTTAAAATTAAGATAAAATA	2	155	1
TTTAAAATTAAGATAAAATATTTTTGTGGTGATAAGAA    	2	177	1
AATACAGAAAACAAAACTTATTTATTCACTTACTTTTTATTT	3	51	1
TATAATCTACATTAATCATATTCAAAAGGTGAAATA      	3	97	1
          * ***   ****       * *
MAP Score: 14.1831

Motif 3
ACTTAATATGATGAACCTTTC          	0	0	0
ATTTAGGATGATGAACCTTACGGGGGCTGAG	0	71	0
ATTATTATTCATGAAAGATTTTTTATAAACT	0	100	1
TCAATAAGTTTTGAAAGGCACTATACTTTTA	0	151	0
AAAGGTATTAATGAACGCCTCCTAAAGGAAG	0	189	1
TTATTAAACTTTGAACGCCTTCCTTTAGGAG	0	207	0
TTTATTAATTTTGAAAGGCACTATATATCTA	0	242	1
GATAGAAAATTTGAACACCTTTCTTTGGGAT	1	50	1
TTATTAATTTCTGAAAGATACCATATTTCCT	2	99	1
ATATTTTTATTTGAACATTTTCAGCTCTTTT	2	135	1
          ******* ***
MAP Score: 9.53916

Motif 4
ACGGGGGCTGAGAGATTATTTTAATTCCTCGA	0	51	0
ATCTTTCATGAATAATAATTTAGGATGATGAA	0	87	0
ATTATTCATGAAAGATTTTTTATAAACTTTTT	0	103	1
GATTTTTTATAAACTTTTTTATATCACTTACA	0	116	1
TTATTATCTCAATAAGTTTTGAAAGGCACTAT	0	158	0
GGCGTTCATTAATACCTTTTATTATCTCAATA	0	176	0
TTCAAAGTTTAATAATAAGTTTATTAATTTTG	0	223	1
TTATTCTTATAAAGACTAATTAAATGGTGAGA	0	276	1
CAAATAACCTAATAACTTTTTTGCAAAAAATA	1	19	0
TTATCACCTAAATACTTTATTTACAAAACATC	1	78	0
TCAGAATGATAAAAACATTTATTCTCGGGAGA	2	26	0
AAAATTTATTAATGGGTATTATAGGAGTTTCT	2	69	0
AATACCCATTAATAAATTTTATTAATTTCTGA	2	81	1
CATATTTCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACA	2	120	1
TAAAATTAAGATAAAATATTTTTGTGGTGATA	2	179	1
TAAGTGAATAAATAAGTTTTGTTTTCTGTATT	3	51	0
          ***** **** *
MAP Score: 2.12933