AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions006_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239544
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0499	300	3-isopropylmalate dehydratase (leuC)
#1	MJ1000	202	histidyl-tRNA synthetase (hisS)
#2	MJ1001	36	ribosomal protein S6 modification protein 2 (rimK)
#3	MJ1002	87	conserved hypothetical protein
#4	MJ1003	101	3-isopropylmalate dehydratase (leuC)
#5	MJ1266	189	high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braC)
#6	MJ1267	96	high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braF)
#7	MJ1268	158	high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braG)
#8	MJ1269	32	high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braD)
#9	MJ1270	21	high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braE)
#10	MJ1271	205	3-isopropylmalate dehydratase (leuD)
#11	MJ1277	123	3-isopropylmalate dehydratase (leuD)
#12	MJ1279	181	M. jannaschii predicted coding region MJ1279

Motif 1
AAAAATTTATAAAGATTTAAATTGGGG     	2	5	0
AAACTAATATAAAATTTTAAATTTTTAAGCAA	12	51	1
ATCTATCTCGAAAAATTTAAATATTGCTCATA	5	114	1
 AAAATTCCTAAAACTTTAAATAACTCTTTTT	6	9	1
CACAAAACCGAAAGGTTTATATAGAATTTCAT	1	53	0
TTAAATATACAAATTTTTATATTTAAAACTAA	12	26	1
AATACAGTAGAAATTTTTATATAGTTGAATGG	12	91	1
TTGCCATAATAAAATTTTTAATACTTTAAACT	12	159	0
CAATAACTGTAAATATATAAATACTTATATCT	1	102	1
TCCGTATCAAAAAGCTTTAAAGTATTAGTAAT	5	48	0
AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGAATAAAATTT	6	74	0
TGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTTATT	6	28	0
GATTTTTTATAAACTTTTTTATATCACTTACA	0	116	1
TCCCGAGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAG	10	28	1
TTTAAAGAATAAAATTTATAATCTTAGAACTT	6	59	0
TGAGATAATAAAAGGTATTAATGAACGCCTCC	0	179	1
GAAATTAATAAAATTTATTAATGGGTATTATA	10	78	0
CTGATGAAACAAAGATTTATAAGATAGCTTTG	1	146	1
       CCCAAAAATAAAAATTTATAAAGAT	2	21	0
ATTTTCACCTATATATTTAAATATACAAATTT	12	10	1
ACAGAAAACAAAACTTATTTATTCACTTACTT	11	54	1
TTTAATATGAAAATCTAAATATAAGAAAATAG	11	18	0
GAAGGCGTTCAAAGTTTAATAATAAGTTTATT	0	216	1
TTAATATGATAAAAGTAAAAAATCTAAACGCT	7	26	1
TACCTAATAAATACTTTAAAATTATTTCTATA	12	124	1
TTTTTTGCAAAAAAGTTATTAGGTTATTTGAT	4	21	1
ACAAAAAACAAAACGTATTTAAGG        	1	188	1
AGTGCCTTTCAAAATTAATAAACTTATTATTA	0	232	0
ACCAAAACGGATATATTAAAAGGAGCTTTCAT	3	25	0
          ***  *******
MAP Score: 46.2839

Motif 2
TCATGAAAGATTTTTTATAAACTTTTTTATATCACTTA	0	108	1
GTGCCTTTCAAAATTAATAAACTTATTATTAAACTTTG	0	225	0
ATCTACAGTTATTCTTATAAAGACTAATTAAATGGTGA	0	268	1
ATGTTAATGAAATTCTATATAAACCTTTCGGTTTTGTG	1	47	1
CAACATCAATAACTGTAAATATATAAATACTTATATCT	1	96	1
CCAAAAATAAAAATTTATAAAGATTTAAATTGGGG   	2	7	0
CCACCACTACAACTTTACATAATTCAATTCGGTATAAC	3	55	0
TATTAGTAATAATAATAGTAATTATATAATATCAAAAG	5	20	0
TATTATTACTAATACTTTAAAGCTTTTTGATACGGAAG	5	44	1
AATATTGCTCATATATAAAAAATGAAATTGCCATAACA	5	133	1
       AAAATTCCTAAAACTTTAAATAACTCTTTTT	6	3	1
TAGAACTTGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTTAT	6	29	0
TGCAAGTTCTAAGATTATAAATTTTATTCTTTAAACTT	6	56	1
       AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGAATAAAATT	6	75	0
TTAATATGATAAAAGTAAAAAATCTAAACGCTGGTTAT	7	26	1
ATGTGAATGCAAAAATAGAAAAGGGAAAATTACCACAG	7	86	1
    GGTATAATTTTTATAAAACCTAATGAACACAT  	8	6	1
TTTACTTCAGAATGATAAAAACATTTATTCTCGGGAGA	10	26	0
TCTGAAGTAAATATATAGAAACTCCTATAATACCCATT	10	53	1
GAAATTAATAAAATTTATTAATGGGTATTATAGGAGTT	10	72	0
AAAGAGCTGAAAATGTTCAAATAAAAATATTCTTTAGG	10	127	0
ATTTTATCTTAATTTTAAAAATTAAATTTCAAAAGAGC	10	158	0
TGAAAATCTAAATATAAGAAAATAGAAATAACA     	11	5	0
AATAAAAAGTAAGTGAATAAATAAGTTTTGTTTTCTGT	11	54	0
TTTAGTTATAATCTACATTAATCATATTCAAAAGGTGA	11	91	1
TTTCACCTATATATTTAAATATACAAATTTTTATATTT	12	12	1
TTAAAAATTTAAAATTTTATATTAGTTTTAAATATAAA	12	41	0
TATACCTGAATACAGTAGAAATTTTTATATAGTTGAAT	12	83	1
AGTTGAATGGATACCTAATAAATACTTTAAAATTATTT	12	113	1
ACTTTAAACTATTTATAGAAATAATTTTAAAGTATTTA	12	131	0
AAATAGTTTAAAGTATTAAAAATTTTATTATGGCAA  	12	155	1
          **   ** ***    ***
MAP Score: 17.0502

Motif 3
TTATTCATGAAAGATTTTTTATAAACTTTTT	0	104	1
ATTTTTTATAAACTTTTTTATATCACTTACA	0	117	1
GGCGTTCATTAATACCTTTTATTATCTCAAT	0	177	0
TAAATATATAAATACTTATATCTTACAAAAT	1	111	1
 CCCCAATTTAAATCTTTATAAATTTTTATT	2	9	1
TTATCACCTAAATACTTTATTTACAAAACAT	4	79	0
TATTATTACTAATACTTTAAAGCTTTTTGAT	5	44	1
 AAAATTCCTAAAACTTTAAATAACTCTTTT	6	9	1
     GGTATAATTTTTATAAAACCTAATGA	8	5	1
CCCGAGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAG	10	29	1
TTTCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACATTT	10	124	1
ATACCTAATAAATACTTTAAAATTATTTCTA	12	123	1
TAAAATTTTTAATACTTTAAACTATTTATAG	12	151	0
          ** ********
MAP Score: 1.76711

Motif 4
CTAAAAGTATAGTGCCTTTCAAAACTTATTGAG	0	150	1
GGCGTTCATTAATACCTTTTATTATCTCAATAA	0	175	0
GTAGATATATAGTGCCTTTCAAAATTAATAAAC	0	241	0
AGGGGATGAAAGCTCCTTTTAATATATCCGTTT	3	20	1
AGAAAATTTGAACACCTTTCTTTGGGATGTTTT	4	53	1
AACTTTAAATAACTCTTTTTTAAATTTTTAAGA	6	21	1
AATATATAGAAACTCCTATAATACCCATTAATA	10	62	1
GAACATTTTCAGCTCTTTTGAAATTTAATTTTT	10	147	1
          *** ***** * *
MAP Score: 0.742584