AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239563
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0153	239	acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit alpha (cdhA)
#1	MJ0154	43	acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit epsilon (cdhB)
#2	MJ0265	42	carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit CooF-1 (cooF2)
#3	MJ0266	27	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (porB)
#4	MJ0267	21	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (porA)
#5	MJ0269	283	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (porG)
#6	MJ0934	300	polyferredoxin (mvhB)
#7	MJ1351	300	glutamate synthase (gltB)

Motif 1
CCTATCATAAACTTTATATTTTATGCCAACACT	0	14	1
TGCCAACACTAATTTATTTTTTTAAATTAATAG	0	37	1
TAAAATGCGTAATTTTTTTGTTAAAAGAAAAAT	0	105	1
ATAAGGACTGAATTTTTCTTTTAACAAAAAAAT	0	116	0
GTCATAACAAACTTTATATATTAAAGTTTTAAA	0	171	1
      TTAAAATTTCTTTTTTTACTAAAATTA	2	4	1
CACCAAAAACTATTTTAATTTTAGTAAAAAAAG	2	19	0
   ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTAAG   	3	7	1
CATGTAAATTAATTTTATTTTTTCTTATGCCTA	5	168	1
AATCTCCAAAACTTTATATATTACTTTTAATAA	5	223	1
TTTATATATTACTTTTAATAATTGTTAATGATT	5	235	1
GCCGCCGGCCACTTTTTATTATTTTAAATTCTC	6	105	1
TTGCCGGGCTTCTTTTTATTTTAGAACAATTAA	6	240	1
TTAATCGATAAATTTAAATATTTTTAAAATATC	6	269	1
AATCTTTTAATCTTTGTTTATTTCCAAGGTCTT	7	249	0
TCATGTTTTTATTTTTAATCTTTTAATCTTTGT	7	265	0
          ***** * * ***
MAP Score: 23.9318

Motif 2
GTATCTATTAATTTAAAAAAATAAATTAGTGTTGG	0	39	0
AAATTAATAGATACTCATTTTTAAAAATCCCTACA	0	60	1
TTAACAAAAAAATTACGCATTTTAAAAATTGTTTT	0	94	0
AGTCATAACAAACTTTATATATTAAAGTTTTAAAA	0	170	1
ATTATAATTTAAGGTTAGTTTTTAAAACTTTAATA	0	189	0
ACTAACCTTAAATTATAATGATTAATCATGACAAT	0	205	1
    CTCCTAATTCTTTTACTTTAAATTTCTGAAG	1	6	1
ATTTTAGTAAAAAAAGAAATTTTAA          	2	0	0
          ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTA	3	0	1
      ATGAAAGCTGGGAGATTAAGATTTATGAC	5	4	1
TTTATTGTTGAATTACTGTCATAAATCTTAATCTC	5	21	0
GTAATTCAACAATAAAGCTGTTTAAAAATCAAATC	5	40	1
CGGCTATTATATTGAAGGAGTTAAAAAAGGAACTG	5	74	1
CTATAGTGTCATTCTCAAAAATAAATACAACATCA	5	109	1
AGACTATGTAATCCATGTAAATTAATTTTATTTTT	5	155	1
ACAATTATTAAAAGTAATATATAAAGTTTTGGAGA	5	225	0
TTAAACTGTCATTATCAATCATTAACAATTATTAA	5	249	0
TACCTTGAGAATTTAAAATAATAAAAAGTGGCCGG	6	109	0
AGAACAATTAATCGATAAATTTAAATATTTTTAAA	6	262	1
CAATATCTCCATTCATAAAGATTAAACCTTGAGGA	7	45	0
TCTTAACTTAATTCTATCTGTTAAACCAAACATTG	7	92	0
GACCTTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAA	7	251	1
CAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAACATGAGGA	7	266	1
          **  * * * *****
MAP Score: 20.2282

Motif 3
      ATAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCATCCC	6	4	1
CCATCCCGAACTCGGAAGTTAAGCCCCCCAGCGATGC	6	34	1
CCCTTTCCCGCCAGATGGCAGTACTCGGGGCATCGCT	6	63	0
ATAAAAAGTGGCCGGCGGCGTCGCCCCTTTCCCGCCA	6	87	0
ATTACTATGCCCTGGTGGTGTAGCCCGGCCTATCATA	6	153	1
GCCTATCATACGGGACTGTCACTCCCGTGACTCGGGT	6	180	1
ACTCCCGTGACTCGGGTTCAAATCCCGGCCAGGGCGC	6	200	1
AAATCCCGGCCAGGGCGCCATTTGCCGGGCTTCTTTT	6	219	1
          *  ** ***    ****
MAP Score: 7.57149

Motif 4
      ATAGCGGGGGGGCCACACCCGAACCCATCCC	6	4	1
GGGCATCGCTGGGGGGCTTAACTTCCGAGTTCGGGAT	6	36	0
GTACTGCCATCTGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGG	6	76	1
TTACTATGCCCTGGTGGTGTAGCCCGGCCTATCATAC	6	154	1
ACCCGAGTCACGGGAGTGACAGTCCCGTATGATAGGC	6	180	0
ACTCCCGTGACTCGGGTTCAAATCCCGGCCAGGGCGC	6	200	1
AATCCCGGCCAGGGCGCCATTTGCCGGGCTTCTTTTT	6	220	1
          **** *    *  ****
MAP Score: 4.1087

Motif 5
GATGGGTTCGGGTGTGGCCCCCCCGCTAT      	6	4	0
GCATCGCTGGGGGGCTTAACTTCCGAGTTCGGGAT	6	36	0
TGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCACTTTTT	6	87	1
ATGATAGGCCGGGCTACACCACCAGGGCATAGTAA	6	154	0
CTATCATACGGGACTGTCACTCCCGTGACTCGGGT	6	182	1
TCCCGTGACTCGGGTTCAAATCCCGGCCAGGGCGC	6	202	1
ATCCCGGCCAGGGCGCCATTTGCCGGGCTTCTTTT	6	221	1
          ****   * * ****
MAP Score: 2.16135

Motif 6
GTTCGGGATGGGTTCGGGTGTGGCCCCCCCGCTAT      	6	4	0
AAAAGTGGCCGGCGGCGTCGCCCCTTTCCCGCCAGATGGCA	6	80	0
GGCATTACTATGCCCTGGTGGTGTAGCCCGGCCTATCATAC	6	150	1
TTGAACCCGAGTCACGGGAGTGACAGTCCCGTATGATAGGC	6	180	0
TTCAAATCCCGGCCAGGGCGCCATTTGCCGGGCTTCTTTTT	6	216	1
          ***   ** *       ****
MAP Score: 2.05909

Motif 7
GCCAACACTAATTTATTTTTTTAAATTAATAGATACT	0	38	1
AATTAATAGATACTCATTTTTAAAAATCCCTACAAAA	0	61	1
AAATCCCTACAAAACAATTTTTAAAATGCGTAATTTT	0	84	1
AAACTTTATATATTAAAGTTTTAAAAACTAACCTTAA	0	179	1
TTAAAAACTAACCTTAAATTATAATGATTAATCATGA	0	199	1
  CTCCTAATTCTTTTACTTTAAATTTCTGAAGTTGG	1	8	1
ATTTCTTTTTTTACTAAAATTAAAATAGTTTTTGGTG	2	15	1
         ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTAAG 	3	1	1
CAAAACTTTATATATTACTTTTAATAATTGTTAATGA	5	229	1
GCCGGCCACTTTTTATTATTTTAAATTCTCAAGGTAA	6	108	1
GAACAATTAATCGATAAATTTAAATATTTTTAAAATA	6	263	1
     TTACTTAAGATATTTTAAAAATATTTAAATTT	6	278	0
ATGTTTTTATTTTTAATCTTTTAATCTTTGTTTATTT	7	259	0
          *     * ******* *
MAP Score: 1.21918