AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239579
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0150	65	M. jannaschii predicted coding region MJ0150
#1	MJ0152	256	carbon monoxide dehydrogenase, subunit alpha
#2	MJ0153	239	acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit alpha (cdhA)
#3	MJ0154	43	acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit epsilon (cdhB)
#4	MJ0265	42	carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit CooF-1 (cooF2)
#5	MJ0266	27	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (porB)
#6	MJ0267	21	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (porA)
#7	MJ0269	283	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (porG)
#8	MJ0270	300	M. jannaschii predicted coding region MJ0270
#9	MJ0934	300	polyferredoxin (mvhB)
#10	MJ1351	300	glutamate synthase (gltB)

Motif 1
TTGCCGGGCTTCTTTTTATTTTAGAACAATTA	9	240	1
CACTTCCTCATGTTTTTATTTTTAATCTTTTA	10	273	0
TTATTTTTAATCTTTTAATCTTTGTTTATTTC	10	258	0
CACCAAAAACTATTTTAATTTTAGTAAAAAAA	4	20	0
AAATAGGGCTTTTTTAAATGTTTCTATTTGAT	1	58	0
TAATTCTAAGTATTTAAATATTTTTATGAAAA	8	156	0
CACTAATTTATTTTTTTAAATTAATAGATACT	2	43	1
AAAAAGCCCTATTTTTTATTTTGCAAGTCATA	1	76	1
GTCATAACAAACTTTATATATTAAAGTTTTAA	2	171	1
CCTATCATAAACTTTATATTTTATGCCAACAC	2	14	1
AATCTCCAAAACTTTATATATTACTTTTAATA	7	223	1
GATTTTCCACAGTTTATATATTGAATTTGGAA	8	265	0
TTAAGGTTAGTTTTTAAAACTTTAATATATAA	2	184	0
TTAATCGATAAATTTAAATATTTTTAAAATAT	9	269	1
AAAATTACGCATTTTAAAAATTGTTTTGTAGG	2	89	0
CCATGTAAATTAATTTTATTTTTTCTTATGCC	7	167	1
   ATAATTTTATTTAAATAATTTTTTAAG  	5	7	1
AAAATGATGTTGTATTTATTTTTGAGAATGAC	7	116	0
GCCGCCGGCCACTTTTTATTATTTTAAATTCT	9	105	1
TACAGTAGTCTAATTTTAAGTTTATGCATTAC	1	216	0
         ATTTTTTAAATATCTCTGCTTTT	8	1	1
CTACATTTGTTATATAAATCTTTGACTGT   	0	46	1
TCATGATTAATCATTATAATTTAAGGTTAGTT	2	204	0
TTTATATATTACTTTTAATAATTGTTAATGAT	7	235	1
ACCTAAGCATTAATTAAAAATTTCTATGACTT	1	100	0
ATAAGTTATTTGTATTAAATTTTTCGCAATGC	1	167	1
AACATTTTTGTATATAAAATTTTTCATAAAAA	8	136	1
ATAGATACTCATTTTTAAAAATCCCTACAAAA	2	66	1
ACACTCTTTGAGTATTTAAATTCCAAATTCAA	8	245	1
TCAAAGAGTGTTATTATATAATAAAATATTTC	8	224	0
TTTATTTCCAATTATTTATAATTCTAAGTATT	8	174	0
          * ******* **
MAP Score: 34.7299

Motif 2
    ACAGTCAAAGATTTATATAACAAATGTAGGAT	0	43	0
AAAAAAATCAAATAGAAACATTTAAAAAAGCCCTAT	1	52	1
AGCACAAACCTAAGCATTAATTAAAAATTTCTATGA	1	103	0
CAAATAACTTATTAAAGATTTTAATATCCATGGTAA	1	143	0
TTATATAGTAATGCATAAACTTAAAATTAGACTACT	1	209	1
TGCCAACACTAATTTATTTTTTTAAATTAATAGATA	2	37	1
AAATTAATAGATACTCATTTTTAAAAATCCCTACAA	2	60	1
AAATCCCTACAAAACAATTTTTAAAATGCGTAATTT	2	84	1
TAAAATGCGTAATTTTTTTGTTAAAAGAAAAATTCA	2	105	1
AGTCATAACAAACTTTATATATTAAAGTTTTAAAAA	2	170	1
ACTAACCTTAAATTATAATGATTAATCATGACAATT	2	205	1
    CTCCTAATTCTTTTACTTTAAATTTCTGAAGT	3	6	1
AATTTCTTTTTTTACTAAAATTAAAATAGTTTTTGG	4	14	1
   CTTAAAAAATTATTTAAATAAAATTAT      	5	4	0
GTAATTCAACAATAAAGCTGTTTAAAAATCAAATCG	7	40	1
CGGCTATTATATTGAAGGAGTTAAAAAAGGAACTGC	7	74	1
CTATAGTGTCATTCTCAAAAATAAATACAACATCAT	7	109	1
TAGGCATAAGAAAAAATAAAATTAATTTACATGGAT	7	165	0
AGTTTTTAATAATAGATGAATTAAAAGCAGAGATAT	8	19	0
ATCTATTATTAAAAACTCTGTTAAAAATCCGAGAAG	8	38	1
TTTTGTATATAAAATTTTTCATAAAAATATTTAAAT	8	141	1
ATTATTTATAATTCTAAGTATTTAAATATTTTTATG	8	160	0
AGAATTATAAATAATTGGAAATAAAATAGGACTTTC	8	181	1
TTATATATTGAATTTGGAATTTAAATACTCAAAGAG	8	248	0
TACCTTGAGAATTTAAAATAATAAAAAGTGGCCGGC	9	108	0
TAGAACAATTAATCGATAAATTTAAATATTTTTAAA	9	261	1
GACCTTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAA	10	251	1
          ***     * ******
MAP Score: 5.82702

Motif 3
GGGATGGGTTCGGGTGTGGCCCCCCCGCTAT    	9	6	0
ATCCCGAACTCGGAAGTTAAGCCCCCCAGCGATGC	9	36	1
AAAAAGTGGCCGGCGGCGTCGCCCCTTTCCCGCCA	9	87	0
TACTATGCCCTGGTGGTGTAGCCCGGCCTATCATA	9	155	1
ACCCGAGTCACGGGAGTGACAGTCCCGTATGATAG	9	182	0
GCGCCCTGGCCGGGATTTGAACCCGAGTCACGGGA	9	202	0
          ***  ***   ****
MAP Score: 2.40874

Motif 4
CGAGTTCGGGATGGGTTCGGGTGTGGCCCCCCCGCTAT       	9	3	0
CCGAACCCATCCCGAACTCGGAAGTTAAGCCCCCCAGCGATGCCC	9	28	1
TGCCATCTGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCACTTTTTATT	9	80	1
CTTGGCATTACTATGCCCTGGTGGTGTAGCCCGGCCTATCATACG	9	147	1
CTGTCACTCCCGTGACTCGGGTTCAAATCCCGGCCAGGGCGCCAT	9	195	1
GGTTCAAATCCCGGCCAGGGCGCCATTTGCCGGGCTTCTTTTTAT	9	214	1
          *  *     **       *** ***
MAP Score: 0.673828