AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239592
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0682	26	conserved hypothetical protein
#1	MJ0683	29	conserved hypothetical protein
#2	MJ0684	68	aspartate aminotransferase (aspB2)
#3	MJ0782.1	140	conserved hypothetical protein
#4	MJ1054	300	UDP-glucose dehydrogenase, putative
#5	MJ1123	70	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATCACCATTAATGTGTTTTTA          	0	0	0
CCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATA	2	16	1
CACTAAAAGGAATTATTATTAATTAATAATA	2	29	0
 GACATCACCATTTATAAACACTAAAAGGAA	2	48	0
AAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGA	3	14	0
ATATATTTAAATGTATTTTCATTAAGTATAT	3	27	1
TATTTTCATTAAGTATATATACCTCTTCAAT	3	40	1
TTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAA	3	65	1
AGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATGA	3	85	1
ATATATGCTGATTTATCTTTATTCATAACTA	3	107	0
        GAATTTATTATCACAAGATTAAA	4	2	1
TTACTTGGAAATCTATTTAAAACCTCTTTAA	4	28	0
ACCGTATCGAATTTACTATTACTTGGAAATC	4	46	0
TGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATATT	4	148	1
TCCAACAATTAATTGTAAATATAGCATTACT	4	165	0
GATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAA	4	250	1
AATATTATACAATTATTAATAAATAAACTCA	4	269	1
CAAAATTATAAAATATTATCATTGAG     	5	5	0
AAATGTTAGAATTTGTAATAAGGGGGAATAA	5	47	1
          ** ********
MAP Score: 20.7854

Motif 2
TATGCCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATAATTCCTTTTAG	2	12	1
GGTATATATACTTAATGAAAATACATTTAAATATATAAAACTGAAG	3	17	0
TATATACCTCTTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAAACTAT	3	55	1
TCGAAAACTATATATAGTAGTTATGAATAAAGATAAATCAGCATAT	3	90	1
TACTTGGAAATCTATTTAAAACCTCTTTAATCTTGTGATAATAAAT	4	12	0
CGGTTGTTAGTTGAGTAAAAAGCTCCATAATGTTCTACAATTGGGT	4	73	1
TCTGGTATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATATTTACAATT	4	140	1
TAGTTTATTTTGGAGTTTATTTAGCTGTAATTTTATGTCTGAGGGT	4	200	1
CTGAGGGTTATCGATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAATTA	4	238	1
 TTAAATCCCCTGAGTTTATTTATTAATAATTGTATAATATTATTA	4	265	0
         CTCAATGATAATATTTTATAATTTTGTAATATTATAA	5	1	1
          *  *    * *      ****  * *
MAP Score: 15.2321

Motif 3
ATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATATTTACAATTAAT	4	146	1
   CTCAATGATAATATTTTATAATTTTGTAATATTATAAAAA	5	7	1
TTAGTTGAGTAAAAAGCTCCATAATGTTCTACAATTGGGTGAA	4	79	1
CCACATATATATAAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTAT	3	71	1
GAGAAATATAATAATATTATACAATTATTAATAAATAAACTCA	4	257	1
TACTCAACTAACAACCGTATCGAATTTACTATTACTTGGAAAT	4	47	0
TTGTAATATTATAAAAATGTTAGAATTTGTAATAAGGGGGAAT	5	33	1
GTAGTTATGAATAAAGATAAATCAGCATATATAGNGGGAGCAA	3	106	1
TGCCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATAATTCCTTTTA	2	14	1
ATTTATTATCACAAGATTAAAGAGGTTTTAAATAGATTTCCAA	4	12	1
     ATAAGCAAAAACTTTATAAGGGGCTAATA         	1	5	1
ATTACAGCTAAATAAACTCCAAAATAAACTACTCCTCCAACAA	4	188	0
          * **   *    **   * ** *
MAP Score: 8.76896