AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239604
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0682	26	conserved hypothetical protein
#1	MJ0683	29	conserved hypothetical protein
#2	MJ0684	68	aspartate aminotransferase (aspB2)
#3	MJ0782.1	140	conserved hypothetical protein
#4	MJ1054	300	UDP-glucose dehydrogenase, putative
#5	MJ1123	70	conserved hypothetical protein

Motif 1
ATCACCATTAATGTGTTTTTA          	0	0	0
CCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATA	2	16	1
CACTAAAAGGAATTATTATTAATTAATAATA	2	29	0
 GACATCACCATTTATAAACACTAAAAGGAA	2	48	0
AAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGA	3	14	0
ATATATTTAAATGTATTTTCATTAAGTATAT	3	27	1
TATTTTCATTAAGTATATATACCTCTTCAAT	3	40	1
TTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAA	3	65	1
AGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATGA	3	85	1
ATATATGCTGATTTATCTTTATTCATAACTA	3	107	0
        GAATTTATTATCACAAGATTAAA	4	2	1
TTACTTGGAAATCTATTTAAAACCTCTTTAA	4	28	0
TGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATATT	4	148	1
TCCAACAATTAATTGTAAATATAGCATTACT	4	165	0
GATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAA	4	250	1
AATATTATACAATTATTAATAAATAAACTCA	4	269	1
CAAAATTATAAAATATTATCATTGAG     	5	5	0
AAATGTTAGAATTTGTAATAAGGGGGAATAA	5	47	1
          ** ********
MAP Score: 21.0872

Motif 2
TATGCCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATAATTCCTTTTAG	2	12	1
GGTATATATACTTAATGAAAATACATTTAAATATATAAAACTGAAG	3	17	0
TATATACCTCTTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAAACTAT	3	55	1
TCGAAAACTATATATAGTAGTTATGAATAAAGATAAATCAGCATAT	3	90	1
TACTTGGAAATCTATTTAAAACCTCTTTAATCTTGTGATAATAAAT	4	12	0
CGGTTGTTAGTTGAGTAAAAAGCTCCATAATGTTCTACAATTGGGT	4	73	1
TCTGGTATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATATTTACAATT	4	140	1
TAGTTTATTTTGGAGTTTATTTAGCTGTAATTTTATGTCTGAGGGT	4	200	1
CTGAGGGTTATCGATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAATTA	4	238	1
 TTAAATCCCCTGAGTTTATTTATTAATAATTGTATAATATTATTA	4	265	0
         CTCAATGATAATATTTTATAATTTTGTAATATTATAA	5	1	1
          *  *    * *      ****  * *
MAP Score: 15.2321

Motif 3
GCCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATAATTCCTTTTA	2	15	1
    ATTTTCACTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATTTTCA	3	6	1
TCTTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAAACTATATAT	3	63	1
AATCTATTTAAAACCTCTTTAATCTTGTGATAATAAATTC  	4	8	0
AGAGGTTTTAAATAGATTTCCAAGTAATAGTAAATTCGATAC	4	32	1
GGTATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATATTTACAAT	4	143	1
TATCGATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAATTATTAA	4	246	1
TTATAATATTACAAAATTATAAAATATTATCATTGAG     	5	5	0
GTAATATTATAAAAATGTTAGAATTTGTAATAAGGGGGAATA	5	35	1
          *    * **  ** ** *   *
MAP Score: 3.14539

Motif 4
CCACGAAAAGTATTATTAATTAATAATAATTCCTTTTA	2	19	1
TAATTCCTTTTAGTGTTTATAAATGGTGATGTC     	2	45	1
CACATATATATAAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAG	3	72	1
AAAAGCTCCATAATGTTCTACAATTGGGTGAAGTCGTT	4	90	1
CAGCCTCTGGTATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGC	4	135	1
CCCCTGAGTTTATTTATTAATAATTGTATAATATTATT	4	266	0
AACATTTTTATAATATTACAAAATTATAAAATATTATC	5	16	0
          ** * **    ***  **
MAP Score: 0.702178

Motif 5
TTTATGCCACCACGAAAAGTATTATTAATTAATAAT	2	10	1
GAAAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGAAAA	3	11	0
TACCTCTTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAA	3	59	1
ATATAAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATG	3	79	1
TAAATAGATTTCCAAGTAATAGTAAATTCGATACGG	4	40	1
TAACGACTTCACCCAATTGTAGAACATTATGGAGCT	4	93	0
TGGTATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTATAT	4	142	1
TTATAAGTAATGCTATATTTACAATTAATTGTTGGA	4	160	1
TAACCCTCAGACATAAAATTACAGCTAAATAAACTC	4	212	0
GTTATCGATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACA	4	244	1
TATAATAATATTATACAATTATTAATAAATAAACTC	4	263	1
TTATAATATTACAAAATTATAAAATATTATCATTGA	5	11	0
TTACAAATTCTAACATTTTTATAATATTACAAAATT	5	29	0
          * * * ** ** ** *
MAP Score: 0.447072

Motif 6
         TATTAGCCCCTTATAAAGTTTTTGCTTAT   	1	7	0
AAAAGGAATTATTATTAATTAATAATACTTTTCGTGGTGGC	2	15	0
TTAATGAAAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGAAAA	3	11	0
AAATGTATTTTCATTAAGTATATATACCTCTTCAATCCACA	3	35	1
TATATAGTTTTCGAAAACTTTATATATATGTGGATTGAAGA	3	63	0
TATAAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATGAATAAA	3	80	1
AGTTAACGACTTCACCCAATTGTAGAACATTATGGAGCTTT	4	91	0
TCCTCCAACAATTAATTGTAAATATAGCATTACTTATAATT	4	158	0
TACAGCTAAATAAACTCCAAAATAAACTACTCCTCCAACAA	4	188	0
GAGTAGTTTATTTTGGAGTTTATTTAGCTGTAATTTTATGT	4	197	1
TAATAATTGTATAATATTATTATATTTCTCTTACATCGATA	4	246	0
TAAGAGAAATATAATAATATTATACAATTATTAATAAATAA	4	254	1
ATAATATTACAAAATTATAAAATATTATCATTGAG      	5	4	0
TTATTACAAATTCTAACATTTTTATAATATTACAAAATTAT	5	27	0
          *  *     ***** * *  *
MAP Score: 0.444691