AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239616
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ1420	100	glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing) (glmS)
#1	MJ1572.1	109	M. jannaschii predicted coding region MJ1572.1
#2	MJ1574	300	ATP-dependent RNA helicase, eIF-4A family, putative

Motif 1
ACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTAT	2	62	1
AGAGAATTATTTAAAATTAGTATTAATATTATTGT	0	27	1
TTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAATAATGGATA	2	25	0
 AGGAGAGCGTTCAAATATCCATTATTAATATTAA	2	9	1
ATATAATATATTTAAAAGAGAATTATTTAAAATTA	0	11	1
TCCAAATTTATTGAAGTCAGTTTTATAATCATATT	2	99	1
TTTTTTAACGTTTAAGTGCTTTTTAACTCTATTT 	1	9	0
TATTTCCCAGTATAAATAACGTTTATGGAAAAGAT	2	256	1
GCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAAA	2	237	1
ATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATCA	2	212	1
TCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGCTACCGCTC	2	153	0
GTTTATGGGTTTTAACTATTTATTACTTTAGGAGA	0	60	1
CACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAAAGGTTGA	1	26	1
TATTTATTACTTTAGGAGATATTTAGGTTTATCG 	0	76	1
TTATTTAAATTTTAAATGATTTCACCAGTTTACCC	2	169	1
          ** ****    ****
MAP Score: 20.3714

Motif 2
TTAGTGTCTTTTTTAACGTTTAAGTGCTTTTT	1	20	0
GGAAATAAATTTTTAATGATTAATGCTAAATA	2	231	0
TGTTTATGGGTTTTAACTATTTATTACTTTAG	0	59	1
AAAAGAGAATTATTTAAAATTAGTATTAATAT	0	24	1
CTTTAGGAGATATTTAGGTTTATCG       	0	85	1
AGCTTATGGTTATTTAAATTTTAAATGATTTC	2	160	1
TCAATAAGCTTTTTTATCTTATAGGTTAGCTC	1	62	0
AATAATTCTCTTTTAAATATATTATATA    	0	6	0
AAATATCCATTATTAATATTAATTTTAACAAC	2	22	1
TTAAAATTAGTATTAATATTATTGTTTATGGG	0	37	1
GTTTAAGTGCTTTTTAACTCTATTT       	1	3	0
TTAATATTAATTTTAACAACTTTGAAAGACAC	2	34	1
TAATCTTGGATATTTAATATTGGGTAAACTGG	2	193	0
AAAATTTCTTTTATTATGATTATCCTCCAAAT	2	74	1
ATAAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCTTTCA	2	56	0
GAAGTCAGTTTTATAATCATATTTCCTTTTAT	2	111	1
TCATATTTCCTTTTATGGATATTATAGAGCGG	2	127	1
          ******  ****
MAP Score: 16.2694

Motif 3
     TATATAATATATTTAAAAGAGAATTATTTAAAAT	0	5	1
ACCGCTCTATAATATCCATAAAAGGAAATATGATTATAA	2	121	0
TTTGGAGGATAATCATAATAAAAGAAATTTTAAAATATA	2	66	0
AAAAGCACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAAAGGTTG	1	21	1
ACGTTTATGGAAAAGATTCAATAGAAGATGATTGTC   	2	274	1
TATTAATTTTAACAACTTTGAAAGACACTATATTTTAAA	2	38	1
AAAGACACTAAAAAGGTTGAAGAGCTAACCTATAAGATA	1	41	1
TGTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTGAACGCTCT	2	13	0
ACCCATAAACAATAATATTAATACTAATTTTAAATAATT	0	31	0
         AAATAGAGTTAAAAAGCACTTAAACGTTAA	1	1	1
GAGCTAACCTATAAGATAAAAAAGCTTATTGATAGCAAA	1	62	1
AATATCTCCTAAAGTAATAAATAGTTAAAACCCATAAAC	0	60	0
          ** *   * ** **  * *
MAP Score: 10.7027

Motif 4
TTAAATAATTCTCTTTTAAATATATTATATA       	0	3	0
TTAAAAGAGAATTATTTAAAATTAGTATTAATATTATT	0	22	1
AATAGTTAAAACCCATAAACAATAATATTAATACTAAT	0	42	0
      AAATAGAGTTAAAAAGCACTTAAACGTTAAAA	1	4	1
AAAGCACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAAAGGTTG	1	22	1
TTGAAGAGCTAACCTATAAGATAAAAAAGCTTATTGAT	1	57	1
     AGGAGAGCGTTCAAATATCCATTATTAATATTA	2	5	1
TAATTTTAACAACTTTGAAAGACACTATATTTTAAAAT	2	41	1
TATTATGATTATCCTCCAAATTTATTGAAGTCAGTTTT	2	85	1
GCTCTATAATATCCATAAAAGGAAATATGATTATAAAA	2	119	0
GAAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGCTACCGCT	2	154	0
TAAATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATCA	2	209	1
TTTAGCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAA	2	233	1
          * * ** ***   * * *
MAP Score: 4.23855