AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239625
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ1420	100	glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing) (glmS)
#1	MJ1572.1	109	M. jannaschii predicted coding region MJ1572.1
#2	MJ1574	300	ATP-dependent RNA helicase, eIF-4A family, putative

Motif 1
ACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTAT	2	62	1
AGAGAATTATTTAAAATTAGTATTAATATTATTGT	0	27	1
TTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAATAATGGATA	2	25	0
 AGGAGAGCGTTCAAATATCCATTATTAATATTAA	2	9	1
ATATAATATATTTAAAAGAGAATTATTTAAAATTA	0	11	1
TCCAAATTTATTGAAGTCAGTTTTATAATCATATT	2	99	1
TTTTTTAACGTTTAAGTGCTTTTTAACTCTATTT 	1	9	0
GTTTATGGGTTTTAACTATTTATTACTTTAGGAGA	0	60	1
TATTTCCCAGTATAAATAACGTTTATGGAAAAGAT	2	256	1
TCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGCTACCGCTC	2	153	0
GCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAAA	2	237	1
ATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATCA	2	212	1
CACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAAAGGTTGA	1	26	1
TATTTATTACTTTAGGAGATATTTAGGTTTATCG 	0	76	1
          ** ****    ****
MAP Score: 20.906

Motif 2
TATATAATATATTTAAAAGAGAATTATTTAAAATT	0	10	1
AAAGAGAATTATTTAAAATTAGTATTAATATTATT	0	25	1
    AAATAGAGTTAAAAAGCACTTAAACGTTAAA	1	6	1
TCAAATATCCATTATTAATATTAATTTTAACAACT	2	20	1
AGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATT	2	60	1
TTGAAGTCAGTTTTATAATCATATTTCCTTTTATG	2	109	1
TGGTGAAATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGC	2	161	0
AATATCCAAGATTACAAATCTATTTAGCATTAATC	2	211	1
AGCATTAATCATTAAAAATTTATTTCCCAGTATAA	2	236	1
TTTATTTCCCAGTATAAATAACGTTTATGGAAAAG	2	254	1
          **** ****    **
MAP Score: 8.42704

Motif 3
TAATTCTCTTTTAAATATATTATATA        	0	2	0
ATATTAATACTAATTTTAAATAATTCTCTTTTAA	0	22	0
AAAATTAGTATTAATATTATTGTTTATGGGTTTT	0	39	1
AAAAAGCACTTAAACGTTAAAAAAGACACTAAAA	1	20	1
TATAAGATAAAAAAGCTTATTGATAGCAAAGACG	1	71	1
TTAATATTAATAATGGATATTTGAACGCTCTCCT	2	10	0
ATATCCATTATTAATATTAATTTTAACAACTTTG	2	24	1
CACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTAT	2	63	1
ATAAAAGGAAATATGATTATAAAACTGACTTCAA	2	109	0
ATATTTCCTTTTATGGATATTATAGAGCGGTAGC	2	129	1
GAGCGGTAGCTTATGGTTATTTAAATTTTAAATG	2	153	1
TTTTAATGATTAATGCTAAATAGATTTGTAATCT	2	219	0
ACTGGGAAATAAATTTTTAATGATTAATGCTAAA	2	233	0
ATCTTTTCCATAAACGTTATTTATACTGGGAAAT	2	257	0
          ****  *****  *
MAP Score: 3.76901

Motif 4
ATTAATACTAATTTTAAATAATTCTCTTTTA	0	23	0
ATTTAAAATTAGTATTAATATTATTGTTTAT	0	35	1
TATCTCCTAAAGTAATAAATAGTTAAAACCC	0	66	0
TGTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTG	2	21	0
TATTAATATTAATTTTAACAACTTTGAAAGA	2	32	1
TAATAAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCTT	2	59	0
TATTGAAGTCAGTTTTATAATCATATTTCCT	2	107	1
AATCATTTAAAATTTAAATAACCATAAGCTA	2	159	0
GTAATCTTGGATATTTAATATTGGGTAAACT	2	195	0
TGCTAAATAGATTTGTAATCTTGGATATTTA	2	209	0
AAATCTATTTAGCATTAATCATTAAAAATTT	2	226	1
TTTATTTCCCAGTATAAATAACGTTTATGGA	2	254	1
          * *********
MAP Score: 2.2656