AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944239635
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0030	300	coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit (frcD)
#1	MJ0552	231	cobalamin biosynthesis protein (cbiJ)
#2	MJ0725	168	coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit
#3	MJ1349	232	coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit

Motif 1
GAAGAGACAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTAT	0	99	1
AGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA          	0	280	1
AATTTTTTATTAATTCTTTCTAAAATTTCAGTATGTTACT	1	30	0
AAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGATATTTAT	1	52	1
GTAAATCTTTTATTCTTTTGACATTTTACAATAAAAAATT	1	144	0
TCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAATTGTAAATCTTTTATT	1	170	0
TACGCTCGGCAATGCCTCTTAGAATTTTAAAT        	2	2	0
TTCAACTGTATAAGGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTT	2	106	1
GCTTTATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGT	2	130	1
          AACTTTTAGTAAAAGTTTCATCAAAACTCG	3	0	1
GTTTCATCAAAACTCGTCCATTAAGTTAGACTTTCAGTCC	3	24	1
AAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATTACATTAAGTCGGG	3	165	0
GTTTCTTCTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTA	3	185	0
          **    *   * ** *** *
MAP Score: 15.7933

Motif 2
TTTAAGGGTTTAATTTAAGCTTCCAAAGAAACAGGACT	0	263	0
TAGAGTAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAA	1	27	1
CGAAATTTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAGA	1	141	1
ACAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGC	0	105	1
TTCTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTATTA	3	182	0
CTCCCCGACTTAATGTAATTTAATAGAAATTTTTATCA	3	162	1
TTCAGTATGTTACTCTAACTCTATAAAAATAATC    	1	6	0
AAATAGACTTTTGTATATGCTCAAAAAGTCAAAAAATC	1	192	0
TATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGTGA	2	134	1
CCTTAATCCCTTTTAGAATTTCATAAATATCATCTAAT	1	76	0
TAGAAAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGAT	1	48	1
GGGCTTCGCCTATTGGAATACTCCAGAGTGGGCTTCAC	3	103	0
TCCAAAGTGCATATATAAACTGCGAAAGTCCTGTTTCT	0	237	1
TTCCATTGAATATTTATTCCTGCGAAAGTCCTGTTATG	0	174	0
          ** *  **  *   ****
MAP Score: 11.9962

Motif 3
TTGTATATGCTCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAATT	1	184	0
CTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTATTA	3	182	0
CAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAG	0	106	1
AAATTTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAGA	1	143	1
TAGATGATATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAAGG	1	78	1
TTCGCCTCAATAAAAAAGCTTTAAAGTTTGTCCTTA	1	109	0
CAAAGTGCATATATAAACTGCGAAAGTCCTGTTTCT	0	239	1
         ATTTAAAATTCTAAGAGGCATTGCCGA	2	1	1
TAGAGTAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATA	1	27	1
CATCCAAAGATGTCAAAGTTCCAAAGTGCATATATA	0	218	1
AAAACTATTTAGAAGAAACACCAAAATGAGCCTTAG	3	206	1
TGGAAGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA  	0	276	1
CACAGCAGTATGCTGAAGTCATAATGAGAGCTTATG	0	22	1
GAAAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGAT	1	50	1
GTATAAGGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTTTTG	2	113	1
CACCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTAATTAT	2	135	0
          *  **** *   ****
MAP Score: 7.27902

Motif 4
CTCTCATTATGACTTCAGCATACTGCTGTG	0	22	0
GGCATAACAGGACTTTCGCAGGAATAAATA	0	172	1
ATGGAATATAGACATCCAAAGATGTCAAAG	0	206	1
TGCACTTTGGAACTTTGACATCTTTGGATG	0	218	0
AAAGAAACAGGACTTTCGCAGTTTATATAT	0	247	0
GTTTAATTTAAGCTTCCAAAGAAACAGGAC	0	264	0
          GACTTCACCATAAATAGACT	1	221	0
GGGAGTATAGAGCTTCCGCAACCATAGGGC	3	137	0
          **********
MAP Score: 4.34389

Motif 5
TATAAGCCTCGAGGGGAACCCGAAAGGGAC	0	136	1
AGGGACCCGAGAGGCATAACAGGACTTTCG	0	160	1
CTTTTTTATTGAGGCGAAATTTTTTATTGT	1	127	1
AAAATTCTAAGAGGCATTGCCGAGCGTAGC	2	14	1
CGAGCGTAGCGAGGCAATGCATCCGTGGTA	2	34	1
TTAAAAGTTTGAGGTGATGTATA       	2	155	1
AGTATTCCAATAGGCGAAGCCCTATGGTTG	3	119	1
          **********
MAP Score: 4.14647

Motif 6
TTATAACATTTTTCTAACTTCTATAATCTCTTTTGT	0	105	0
TTCAGTATGTTACTCTAACTCTATAAAAATAATC  	1	8	0
TAGAGTAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATA	1	27	1
TAGATGATATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAAGG	1	78	1
TCTTTTATTCTTTTGACATTTTACAATAAAAAATTT	1	143	0
TTTTTTGACTTTTTGAGCATATACAAAAGTCTATTT	1	194	1
ATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGTG	2	135	1
ATAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAA	3	184	1
          ** ***   * ** **
MAP Score: 3.65949

Motif 7
AGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTCGAGG	0	112	1
TCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATCCAA	0	187	1
      TTTAAGTTTTTTAAGGGTTTAATTTAAGCTTC	0	278	0
AACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAAATTA	1	33	1
ATATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAAGGACAAACTT	1	84	1
CGAAATTTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAGA	1	141	1
AAAGAATAAAAGATTTACAATTAAGAGATTTTTTGACT	1	166	1
TTGCTTCTTCAACTGTATAAGGGTAAAAGAAGCTTTAT	2	99	1
GGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTTTTGCATAATTT	2	119	1
TCTTCTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTAT	3	184	0
          ** * ** ** *   * *
MAP Score: 0.688594

Motif 8
TTATAACATTTTTCTAACTTCTATAATCTCTTTT	0	107	0
ACTTTGACATCTTTGGATGTCTATATTCCATTGA	0	203	0
TATATATGCACTTTGGAACTTTGACATCTTTGGA	0	220	0
AGTCCTGTTTCTTTGGAAGCTTAAATTAAACCCT	0	263	1
AAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA         	0	285	1
TTATTAATTCTTTCTAAAATTTCAGTATGTTACT	1	30	0
TAGATGATATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAA	1	78	1
TAAGGACAAACTTTAAAGCTTTTTTATTGAGGCG	1	109	1
ATCTTTTATTCTTTTGACATTTTACAATAAAAAA	1	146	0
AATCTCTTAATTGTAAATCTTTTATTCTTTTGAC	1	162	0
TTAAGAGATTTTTTGACTTTTTGAGCATATACAA	1	186	1
          ATTTAAAATTCTAAGAGGCATTGC	2	0	1
GAACTTGCTTCTTCAACTGTATAAGGGTAAAAGA	2	95	1
TTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGTGATGTAT	2	143	1
ATAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAG	3	184	1
          **** **  *** *
MAP Score: 0.512259