AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_fusions010_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239651 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0030 300 coenzyme F420-reducing hydrogenase, delta subunit (frcD) #1 MJ0552 231 cobalamin biosynthesis protein (cbiJ) #2 MJ0553 300 M. jannaschii predicted coding region MJ0553 #3 MJ0725 168 coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit #4 MJ0726 123 coenzyme F420-reducing hydrogenase, gamma subunit #5 MJ0727 45 coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit #6 MJ0728 219 carbon monoxide dehydrogenase, catalytic subunit (cooS) #7 MJ1349 232 coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit #8 MJ1350 114 formylmethanofuran dehydrogenase, subunt C (tungsten) #9 MJ1351 300 glutamate synthase (gltB) Motif 1 GTTATAGTTAAAGATGAAGAGACAAAAGAGATTAT 0 84 1 TAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAA 1 32 1 AAAAAGCTTTAAAGTTTGTCCTTAATCCCTTTTAG 1 98 0 TTTACAATAAAAAATTTCGCCTCAATAAAAAAGCT 1 125 0 TTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAGATTT 1 147 1 AAAAGAATAAAAGATTTACAATTAAGAGATTTTTT 1 165 1 AGAGTGCAGTAAAATCTGGAATTAAAGAGGGAATT 2 39 0 CACTCTTAATAAACTCATAACTTAACCATAAAACG 2 68 1 AATTTCAATTAAAATTAGCATTAAAATATAATAAA 2 176 1 AAATATAATAAAAATCTTTCTAAAATTATTATTCT 2 199 1 AGGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTTTTGCATA 3 118 1 ACATCACCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTA 3 140 0 CGTTTTGGTCAAGCTTTTACTAAAAGGTTGAGGGT 4 92 1 AAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 5 5 0 TACAATAGCAAAATTTTTGCATGAAAAAATAATTA 6 41 0 ATTAAAATAGAAGATTTGAATTAATAAATTATAAA 6 77 0 AATCGTCTTTAAGTTTTGCAATGAAAACGATATTC 6 114 0 AGTTTTGATGAAACTTTTACTAAAAGTT 7 3 0 ATTAGGACTGAAAGTCTAACTTAATGGACGAGTTT 7 33 0 AAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATTACATTAAG 7 170 0 TCTAAATTCCAAAATCAGCATATAAACTGTGAAAG 8 61 1 TAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTCACAGT 8 86 0 GTTTATTTCCAAGGTCTTGCTATAACAGGCATTCC 9 232 0 CAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAACATGAGGA 9 266 1 *** *** * * ** MAP Score: 34.2403 Motif 2 GAAGAGACAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTAT 0 99 1 AAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGATATTTAT 1 52 1 AGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 0 280 1 GTTTCTTCTAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTA 7 185 0 AATATAATAAAAATCTTTCTAAAATTATTATTCTGCATAC 2 200 1 GCTTATATCCTAATAGTTACATAAATAAAAAATTATTTGA 2 246 1 GCTTTATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGT 3 130 1 CCACCTTTTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTA 5 11 0 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATT 8 1 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTC 8 91 0 TACGCTCGGCAATGCCTCTTAGAATTTTAAAT 3 2 0 TTGTAAAAAGAATCAATCCAATAACTATCATGGTGAGAAT 2 107 1 AAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATTACATTAAGTCGGG 7 165 0 GTTTCATCAAAACTCGTCCATTAAGTTAGACTTTCAGTCC 7 24 1 TCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAATTGTAAATCTTTTATT 1 170 0 AATTTTTTATTAATTCTTTCTAAAATTTCAGTATGTTACT 1 30 0 TTGCATGAAAAAATAATTATAGAATTATTGAGCAGTAATA 6 20 0 GTGAATATCGTTTTCATTGCAAAACTTAAAGACGATTTCC 6 112 1 TTAATCCCTTTTAGAATTTCATAAATATCATCTAATTTAT 1 72 0 GCTTGACCAAAACGTGTCCATTAAGTTAGGGCTTTCAACC 4 66 0 CTATTGTATTTTATAATTTATTAATTCAAATCTTCTATTT 6 68 1 AACTTTTAGTAAAAGTTTCATCAAAACTCG 7 0 1 ** ** * ** * * * MAP Score: 26.176 Motif 3 AGAAAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTA 1 49 1 GACATTTTACAATAAAAAATTTCGCCTCAAT 1 134 0 ATGTCAAAAGAATAAAAGATTTACAATTAAG 1 160 1 AAGATTTACAATTAAGAGATTTTTTGACTTT 1 175 1 TTGTATGCAGAATAATAATTTTAGAAAGATT 2 211 0 TAGTTACATAAATAAAAAATTATTTGACGAG 2 259 1 TTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGTGATGT 3 144 1 TCAAGCTTTTACTAAAAGGTTGAGGGTGATT 4 100 1 TTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATT 5 13 0 GAAGATTTGAATTAATAAATTATAAAATACA 6 72 0 TTCACATTAAAATAGAAGATTTGAATTAATA 6 86 0 AACTTTTAGTAAAAGTTTCATCAAAACT 7 7 1 AATGTAATTTAATAGAAATTTTTATCAATTT 7 173 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAAC 8 95 0 ATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAA 9 261 1 * ********* MAP Score: 21.5613 Motif 4 AGTAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAAAT 1 30 1 TTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAGATTTACAATTAAGA 1 153 1 TAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 5 3 0 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACT 8 94 0 GAAGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 0 278 1 TAAATAGTTTTAAAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATT 7 178 0 TTGTATATGCTCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAATTGTA 1 181 0 AAATTAGCATTAAAATATAATAAAAATCTTTCTAAAATT 2 187 1 AGCAAGACCTTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAA 9 246 1 ATGATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTGGTGAT 6 186 1 CCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTAATTATAAAGC 3 130 0 AGTATGTTACTCTAACTCTATAAAAATAATC 1 2 0 AAAGTGCATATATAAACTGCGAAAGTCCTGTTTCTTTGG 0 240 1 AAAATCAGCATATAAACTGTGAAAGTTCTATTTAAATTT 8 71 1 AAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTCG 0 108 1 TCTTCAACTGTATAAGGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAA 3 104 1 AAGGGTTTAATTTAAGCTTCCAAAGAAACAGGACTTTCG 0 259 0 TATGAAATTCTAAAAGGGATTAAGGACAAACTTTAAAGC 1 89 1 ATAGTTAAAGATGAAGAGACAAAAGAGATTATAGAAGTT 0 87 1 GGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATCCAAAGATGT 0 192 1 AAAGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGATATTT 1 51 1 CAATAGCAGTTGGAACTCCTCAAGGTTTAATCTTTATGA 9 29 1 TAACCATAAAACGAATATTGTAAAAAGAATCAATCCAAT 2 90 1 TTTTTGCATGAAAAAATAATTATAGAATTATTGAGCAGT 6 24 0 * ** ***** ** MAP Score: 20.376 Motif 5 TATCATAAGCTCTCATTATGACTTCAGCATACTGCTGTGGA 0 20 0 ATCTCTTTTGTCTCTTCATCTTTAACTATAACGTGTGTTGC 0 75 0 TTTAAGTTTTTTAAGGGTTTAATTTAAGCTTCCAAAG 0 273 0 TTATCTAATTTTTTATTAATTCTTTCTAAAATTTCAGTATG 1 35 0 AATCTTTTATTCTTTTGACATTTTACAATAAAAAATTTCGC 1 140 0 AATTAAGAGATTTTTTGACTTTTTGAGCATATACAAAAGTC 1 184 1 ATATTCGTTTTATGGTTAAGTTATGAGTTTATTAAGAGTGC 2 67 0 TCCTCACCATTATGTTGCTAATTTCAATTAAAATTAGCATT 2 157 1 TTAGAAAGATTTTTATTATATTTTAATGCTAATTTTAATTG 2 181 0 AAAAAGCTTATATCCTAATAGTTACATAAATAAAAAATTAT 2 241 1 AAAGAAGCTTTATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTT 3 124 1 ATGGACACGTTTTGGTCAAGCTTTTACTAAAAGGTTGAGGG 4 85 1 CTTTTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 5 6 0 TCAATAATTCTATAATTATTTTTTCATGCAAAAATTTTGCT 6 29 1 TGCTATTGTATTTTATAATTTATTAATTCAAATCTTCTATT 6 66 1 TATTCGTTAATATATTAATGATTATCGTAAAACAAGTTAAA 6 169 1 ATGGACGAGTTTTGATGAAACTTTTACTAAAAGTT 7 4 0 TAATAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAA 7 182 1 CTCATGTTTTTATTTTTAATCTTTTAATCTTTGTTTATTTC 9 258 0 * * * * *** * ** MAP Score: 19.7397 Motif 6 AGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTCGAGGGGAACCCG 0 119 1 TCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATCCAAA 0 187 1 GTGCATATATAAACTGCGAAAGTCCTGTTTCTTTGGAAG 0 243 1 AGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 0 280 1 TAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAAATTA 1 32 1 AGAATTAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGATATTTAT 1 53 1 GATATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAAGGACAAACTT 1 83 1 GGATTAAGGACAAACTTTAAAGCTTTTTTATTGAGGCGA 1 105 1 TTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAGATTTACAA 1 147 1 TATATGCTCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAATTGTAAAT 1 178 0 CATAAAACGAATATTGTAAAAAGAATCAATCCAATAACT 2 94 1 AATTAGCATTAAAATATAATAAAAATCTTTCTAAAATTA 2 188 1 AAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 5 1 0 AAACTTTTAAAACATTTTAAAAAGGTGGAATT 5 23 1 TTGCATGAAAAAATAATTATAGAATTATTGAGCAGTAAT 6 21 0 ATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTGGTGATAGG 6 189 1 AAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACAC 7 188 1 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATTGAAGGGTG 8 10 1 ATCAGCATATAAACTGTGAAAGTTCTATTTAAATTTTTT 8 74 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTC 8 91 0 TGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAACA 9 256 1 *** * **** * * MAP Score: 19.519 Motif 7 TTTTTATTATATTTTAATGCTAATTTTAATTGAAAT 2 177 0 AACTTTTAGTAAAAGTTTCATCAAAACT 7 2 1 TATTTTTAATCTTTTAATCTTTGTTTATTTCCAAGG 9 253 0 CAGAATAATAATTTTAGAAAGATTTTTATTATATTT 2 199 0 TTTAATAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTT 7 180 1 CACCAAACATATTTTTAACTTGTTTTACGATAATCA 6 187 0 AATTCCACCTTTTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAA 5 21 0 AAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTCACAGTTTAT 8 82 0 CTAATTCCCTCTTTAATTCCAGATTTTACTGCACTC 2 37 1 ATATCATCTAATTTATCTAATTTTTTATTAATTCTT 1 52 0 TTAAATTCTTTTTAAACTTTTAAAACATTT 5 4 1 CTGCTCAATAATTCTATAATTATTTTTTCATGCAAA 6 25 1 TAAATCTTTTATTCTTTTGACATTTTACAATAAAAA 1 147 0 ATTTTTCTAACTTCTATAATCTCTTTTGTCTCTTCA 0 98 0 GTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTTTTGCATAATTT 3 121 1 AGGCATCACCCTTCAATAAAGTATTTTTATTTGTGA 8 19 0 CAAATCTTCTATTTTAATGTGAATATCGTTTTCATT 6 94 1 TTGCTATTGTATTTTATAATTTATTAATTCAAATCT 6 65 1 ACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAAATT 1 34 1 ATAATTTTTTATTTATGTAACTATTAGGATATAAGC 2 246 0 TATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAAGGACAAACT 1 85 1 TATTGGATTGATTCTTTTTACAATATTCGTTTTATG 2 94 0 AATTATAAAGCTTCTTTTACCCTTATACAGTTGAAG 3 105 0 ****** * *** MAP Score: 18.3443 Motif 8 TCTTCAACTGTATAAGGGTAAAAGAAGCTTTATAATTAATTTTTG 3 104 1 TCGTTTTCATTGCAAAACTTAAAGACGATTTCCAAACCGTTAATG 6 119 1 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATTGAAGGGTGATGCC 8 9 1 AACAGGACTTTCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAGACATC 0 177 1 TCCAAAGATGTCAAAGTTCCAAAGTGCATATATAAACTGCGAAAG 0 220 1 GCCTTTGGCATCTAAATTCCAAAATCAGCATATAAACTGTGAAAG 8 51 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTCACAGT 8 86 0 TTAAATTCTTTTTAAACTTTTAAAACATTTTAAAAAGGTGGAATT 5 10 1 AAATTAGCATTAAAATATAATAAAAATCTTTCTAAAATTATTATT 2 187 1 TAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACACCAA 7 185 1 TTGTATATGCTCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAATTGTAAATCTT 1 175 0 AATTATAAAATACAATAGCAAAATTTTTGCATGAAAAAATAATTA 6 41 0 TTTTGACATTTTACAATAAAAAATTTCGCCTCAATAAAAAAGCTT 1 124 0 AGAGTTAGAGTAACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAA 1 22 1 TAGTTAAAGATGAAGAGACAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAA 0 88 1 ATCCTAATAGTTACATAAATAAAAAATTATTTGACGAGTATAATA 2 252 1 CCTGTTTCTTTGGAAGCTTAAATTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 0 266 1 AAATCTTGTTTCAGATTCTCTAATTCCCTCTTTAATTCCAGATTT 2 18 1 ATACATCACCTCAAACTTTTAAATTATGCAAAAATTAATTATAAA 3 132 0 TAGAATTAAGTTAAGACCATTAATTGCAGCTGAAAAGGATGATAT 9 111 1 * ** *** * * ** MAP Score: 13.7185 Motif 9 TTCATGTGCAACACACGTTATAGTTAAAGATG 0 68 1 TAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTCGAGG 0 118 1 TTTCGCAGGAATAAATATTCAATGGAATATAG 0 185 1 TCCAAAGATGTCAAAGTTCCAAAGTGCATATA 0 220 1 TTAAACCCTTAAAAAACTTAAA 0 288 1 GGGATTAAGGACAAACTTTAAAGCTTTTTTAT 1 104 1 TTTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAATAAAAG 1 146 1 AAATATAATAAAAATCTTTCTAAAATTATTAT 2 199 1 TCTGCATACAAAAAAGCTTATATCCTAATAGT 2 231 1 GTTACATAAATAAAAAATTATTTGACGAGTAT 2 261 1 TAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 5 10 0 TAAACTTTTAAAACATTTTAAAAAGGTGGAAT 5 22 1 ATATTACTGCTCAATAATTCTATAATTATTTT 6 19 1 ATTTTATAATTTATTAATTCAAATCTTCTATT 6 75 1 CGTTTTCATTGCAAAACTTAAAGACGATTTCC 6 120 1 ATTTATTCGTTAATATATTAATGATTATCGTA 6 166 1 GATTATCGTAAAACAAGTTAAAAATATGTTTG 6 188 1 AACTTTTAGTAAAAGTTTCATCAAAACTCGT 7 9 1 TAAAAATTGATAAAAATTTCTATTAAATTACA 7 175 0 AATAGAACTTTCACAGTTTATATGCTGATTTT 8 71 0 TTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTC 8 91 0 ATCTCCATTCATAAAGATTAAACCTTGAGGAG 9 44 0 TTGGAAATAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAA 9 255 1 ***** ***** MAP Score: 4.111 Motif 10 GGCATAACAGGACTTTCGCAGGAATAAATATTCAATGGA 0 172 1 GAAAGTCCTGTTTCTTTGGAAGCTTAAATTAAACCCTTA 0 260 1 AACATACTGAAATTTTAGAAAGAATTAATAAAAAATTAG 1 33 1 AAATTAGATGATATTTATGAAATTCTAAAAGGGATTAAG 1 74 1 TATTGAGGCGAAATTTTTTATTGTAAAATGTCAAAAGAA 1 133 1 AAAGAATAAAAGATTTACAATTAAGAGATTTTTTGACTT 1 166 1 TTAAAAAATCTTGTTTCAGATTCTCTAATTCCCTCTTTA 2 13 1 TTTTAGAAAGATTTTTATTATATTTTAATGCTAATTTTA 2 185 0 TATAATAAAAATCTTTCTAAAATTATTATTCTGCATACA 2 202 1 CTTTATAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGT 3 131 1 CTTTTTAAAATGTTTTAAAAGTTTAAAAAGAATTTAA 5 8 0 ATTCTATAATTATTTTTTCATGCAAAAATTTTGCTATTG 6 35 1 TTTGCTATTGTATTTTATAATTTATTAATTCAAATCTTC 6 64 1 TTTAATAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGA 7 180 1 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATTGA 8 4 1 AGTTCTATTTAAATTTTTTAATTTTTAAAG 8 94 1 CAAGGTTTAATCTTTATGAATGGAGATATTGAGAAAGAC 9 49 1 CAACAATGTTTGGTTTAACAGATAGAATTAAGTTAAGAC 9 89 1 CCTCATGTTTTTATTTTTAATCTTTTAATCTTTGTTTAT 9 261 0 * *** * * **** MAP Score: 3.79736 Motif 11 AACACACGTTATAGTTAAAGATGAAGAGACAAAAGAGATTATAGAA 0 77 1 ACAAAAGAGATTATAGAAGTTAGAAAAATGTTATAAGCCTCGAGGG 0 105 1 TAATAAAAAATTAGATAAATTAGATGATATTTATGAAATTCTAAAA 1 58 1 TAAATAGACTTTTGTATATGCTCAAAAAGTCAAAAAATCTCTTAAT 1 185 0 ATTCCAGATTTTACTGCACTCTTAATAAACTCATAACTTAACCATA 2 52 1 TAATTAATTTTTGCATAATTTAAAAGTTTGAGGTGATGTATA 3 136 1 TTAAATTCTTTTTAAACTTTTAAAACATTTTAAAAAGGTGGAAT 5 8 1 AATAGCAAAATTTTTGCATGAAAAAATAATTATAGAATTATTGAGC 6 27 0 AATAGAAATTTTTATCAATTTTTAAAACTATTTAGAAGAAACACCA 7 183 1 ATAGAACTTTCACAAATAAAAATACTTTATTGAAGGGTGATGC 8 7 1 CTTTAAAAATTAAAAAATTTAAATAGAACTTTCACAG 8 87 0 TAAACAAAGATTAAAAGATTAAAAATAAAAACATGAGGAAGTGAAA 9 262 1 ** * * * ** * ** MAP Score: 2.09106 Motif 12 AAAGAATCAATCCAATAACTATCATGGTGA 2 113 1 GGTGAGAATATCCATAAAGTCCTCACCATT 2 138 1 ATTATACTCGTCAAATAATTTTTTATTTAT 2 266 0 TTTTAAATTATGCAAAAATTAATTATAAAG 3 131 0 CCAAAACGTGTCCATTAAGTTAGGGCTTTC 4 70 0 AAGATTTGAATTAATAAATTATAAAATACA 6 72 0 TCAAAACTCGTCCATTAAGTTAGACTTTCA 7 30 1 TCTATTAAATTACATTAAGTCGGGGAGTAT 7 159 0 GCATCACCCTTCAATAAAGTATTTTTATTT 8 23 0 ********** MAP Score: 0.305454