AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239744 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0117 231 translation initiation factor aIF-2, subunit alpha (aif2A) #1 MJ0149 65 M. jannaschii predicted coding region MJ0149 #2 MJ0176 282 LSU ribosomal protein L3P (rplC) #3 MJ0177 41 LSU ribosomal protein L4P (rplD) #4 MJ0178 33 LSU ribosomal protein L23P (rplW) #5 MJ0179 59 LSU ribosomal protein L2P (rplB) #6 MJ0180 85 SSU ribosomal protein S19P (rpsS) #7 MJ0189 300 SSU ribosomal protein S13P (rpsM) #8 MJ0190 57 SSU ribosomal protein S4P (rpsD) #9 MJ0191 25 SSU ribosomal protein S11P (rpsK) #10 MJ0262 161 translation initiation factor aIF-2 (infB) #11 MJ0322 67 SSU ribosomal protein S10P (rpsJ) #12 MJ0325 149 translation factor EF-1 alpha, putative #13 MJ0370 273 cell division protein ftsZ #14 MJ0372 155 LSU ribosomal protein L24A #15 MJ0373 97 LSU ribosomal protein L11P (rplK) #16 MJ0460 300 LSU ribosomal protein L22P (rplV) #17 MJ0461 25 SSU ribosomal protein S3P (rpsC) #18 MJ0463 81 conserved hypothetical protein #19 MJ0464 96 conserved hypothetical protein #20 MJ0465 198 SSU ribosomal protein S17P (rpsQ) #21 MJ0466 32 LSU ribosomal protein L14P (rplN) #22 MJ0467 27 LSU ribosomal protein L24P (rplX) #23 MJ0469 22 LSU ribosomal protein L5P (rplE) #24 MJ0470 217 SSU ribosomal protein S8P (rpsH) #25 MJ0471 38 LSU ribosomal protein L6P (rplF) #26 MJ0472 22 LSU ribosomal protein L32E #27 MJ0473 48 LSU ribosomal protein L19E #28 MJ0474 32 LSU ribosomal protein L18P #29 MJ0476 65 LSU ribosomal protein L30P (rpmD) #30 MJ0478 300 protein translocase, subunit SEC61 alpha (secY) #31 MJ0479 142 adenylate kinase (adk) #32 MJ0480 53 conserved hypothetical protein #33 MJ0494 119 conserved hypothetical protein #34 MJ0510 300 LSU ribosomal protein L1P (rplA) #35 MJ0806 81 X-pro aminopeptidase (pepQ) #36 MJ1036 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1036 #37 MJ1037 62 tryptophan synthase beta subunit (trpB) #38 MJ1038 176 tryptophan synthase alpha subunit (trpA) #39 MJ1039 174 DNA-directed RNA polymerase, subunit H (rpoH) #40 MJ1041 85 DNA-directed RNA polymerase, subunit B' (rpoB1) #41 MJ1042 108 DNA-directed RNA polymerase, subunit A' (rpoA1) #42 MJ1043 74 DNA-directed RNA polymerase, subunit A'' (rpoA2) #43 MJ1044 300 LSU ribosomal protein L30E #44 MJ1046 141 SSU ribosomal protein S12P (rpsL) #45 MJ1047 57 SSU ribosomal protein S7P (rpsG) #46 MJ1048 110 translation elongation factor EF-2 #47 MJ1260 300 SSU ribosomal protein S6E #48 MJ1261 205 translation initiation factor aIF-2, subunit gamma (aif2G) #49 MJ1328 300 modification methylase, type II R/M system #50 MJ1335 214 phosphoheptose isomerase (gmhA) #51 MJ1336 67 M. jannaschii predicted coding region MJ1336 #52 MJ1337 238 M. jannaschii predicted coding region MJ1337 #53 MJ1338 76 H(2)-dependent methylenetetrahydromethanopterin dehydrogenase related protein #54 MJ1339 31 protein with ATP/GTP-binding site Motif 1 TTAAATCCCATTTTATATTTTTTTAATATTTT 11 38 1 CCAAGTAATTTTTTATAATTTTTTAATGTTCA 13 19 1 ATAAAAAAAGTTTTATATTTTTAGGGATTAAA 14 78 0 TTCTCTATATTTATATACTTTTTGGATAGGAT 43 121 0 TGTAAGAAGTTTATATACTTTTATTGTTGTTT 16 137 0 ATTTTCACATTTTTATAATTTTAGCTTATAAA 48 115 0 CTTTCGCAGTTTATATATTTTTTAGAATATAT 31 85 0 CAGAAACCATATATAAAATTTTCGGTTGAGTG 34 164 0 TATCTTAGCAATATAAAATTTTTCAAAATTTC 34 197 1 AAGATAGGGTATTTAAATTTTTTGTTA 18 5 0 AGATAATAAAATTTAAATTTTTAATTTTCTTA 0 65 0 CCCAATAAGCTTTTAAACTTTTAACAAATTAA 46 55 1 TTTTTTTCTCATATTTATTTTTTACTTTTATT 39 45 0 GTTTTTGTTGATGTTTAATTTTAATCTTTTCA 40 40 1 ATTTGCTTTTATTTTTACTTTTTATTTTTCTA 41 65 0 ATTCCCTCCTATTTTTATTTTTGTTATTTGTT 47 275 0 AATTTTTAATATCTTTATTTTTTTGTAAAAAA 30 75 0 AAATACTTTATTATTTATTTTTCTTATTATTA 53 29 0 ATTCCTTGTTATTTATTATTTTATCTCCTTTT 52 189 0 ATACCATATTATATATTATTTTCGGTTTTTAG 7 47 0 TTCATTTTTTATATATTCTTTTTATATATTCC 7 106 0 AGAATGGAGTATCTATTTTTTTACAAAAAAAT 30 59 1 TCAATAGCTTTTTTTAACTTTTCCTCATCTTC 50 150 0 CCTCTCTTATTTATTAAGTTTTTGAATAAAAT 6 13 1 ATATCCCCCATTATTAAGTTTTTAATTTTTTA 33 12 1 TATTTATGTAATCTAATGTTTTATAAAATCTT 12 32 1 ACAAAAATTGATTTAATTTTTTGATGTTTTTA 43 90 1 TTTTGGTTTAATCTAATTTTTTAAATCCTAAC 24 160 0 TCCTTATATAATATTTTAAAATAATTT 32 5 1 GCATATAAAGATAAATACTTTTATAAATACTT 44 10 0 GATAACTTGAATTTATAAATTTATTGATATAT 10 109 1 TTTTTACATCTTTTAATTTTTTAAGGTGAGAA 42 49 1 ACTTATAATATTTTATTTTTAGGG 54 2 1 TAATTATGTTATGTTTTGTTTTGATTTTGAGT 44 104 0 ACATAATATTTTAAATAATTTTTGGTTTTAAA 47 38 0 CTAATCACCTTCAATAATTTTTTGTTGAATG 8 36 0 GATGTTTAACTTATATATATTTTATTTGCAAA 10 40 0 ATCATTCACATTATTTTATTTTTGTTAATTTA 36 215 0 ATGGTATCTGATATAAATATTTTACTTAAAAA 34 269 0 ATTTAAATTTATTAAAAATTTTGAAAGAGTTG 45 19 1 TGTTTCAATTATTTAAAAATTTATTTAAT 5 7 0 CTCCATTCTCATCTAAAAATTTATTTACTTCA 30 36 0 AACTTAAATAATAAAAACTTTTGTTAAAAAAT 33 53 1 CTAAATTTTATATTTTATCTTATATT 36 284 0 CTAAACCTCTATTTTATTTTTTAAAATTTATT 14 121 1 CCTTAGTTATTTCAAAAGTTTTGAAAGACACT 2 173 1 ATTCAAAAATTTCAAAACTTTTTCAAAACAAT 42 18 1 AAGTGGCTATTTTAAAACTTTTATTTTAATAA 29 34 1 ATTCTCTATATTTAAATTTATTAAAAATT 45 7 1 TTACTACATTATAATTAATTTTAAAGGAACAG 0 193 1 AAAATAATAGTTATTATTTTTTAATAACAAAA 36 11 0 GAAACTTTATTTATTATGTTTTTTCTGAGTTT 40 12 1 GCGCCACTTCTTTTTATTTTTTAATATCTATT 7 233 1 AAATCAATTTTTGTTTAAATTTTTTAAAGGTC 43 72 0 CTTCATAAATTTTATTAATTTTGAAAGGCACT 16 179 0 TTTTTTCACCTTAATTAGTTTTTAAT 22 4 0 TTTTTTTAAGATTTTAAGATTTATGTTTTATA 30 257 0 TAAAAAATGGAAATAAAATTTTAAT 50 199 1 TATATACCAAATATATTAATTTTATCTACACA 15 32 1 CTTTTAAAAGATTTATTGATTTTATAA 49 5 0 AATCCCTACAATTTATTCATTTTGAGTATTAA 52 91 0 CCTCTCCCTTTAGTAAATTTTTATTAAATTAA 50 10 1 TAAGAGAGATTTTTATTGATTTTGAAAAGATT 40 62 0 CTTAAATTAATTTTATTGATTTTGGAAGACAC 2 108 0 TATAGCTCCTAATTTTATTTTTATTTTATTTA 48 16 1 AAATATTCATATATAATTATTTGGTTAATAGT 13 184 1 ATTGATATCTTTAAAATCTTTTATTTGAGTGT 2 239 0 TATCTCTTTTAATTTAACTTTTTTTGAGATAA 49 253 0 TTCTAAATTAAATTTAAATTTTGAGGTGAGTT 25 15 1 TCTAATTTTTAAATTAACTTTTAAGTTTTGAT 47 238 0 TAAGTTTTTAATTTTTTAATTTAATAAAACTT 33 26 1 AATCTCACCTTAAATAAATTTTAAAAAATAA 14 134 0 GCATCCTTACAAATATTTTTTTCTCATATTTA 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TTAACTCAACAACTAAAAATAAGGTGAAGGGAC 46 87 1 TTATAAGCTAAAATTATAAAAATGTGAAAATACCATA 48 116 1 *** ******* MAP Score: 26.3604 Motif 3 TTGAACGCCTTTAAGGCGTTCATTAATACC 2 145 1 GCCTTCCAAAGGAGGGCGTTCAAACATTCC 16 210 0 GCCCTCCTTTGGAAGGCGTTCATTAGTGCC 16 223 1 CCTTCCTTTGGGAAGGCGTTCAATTTTTCA 35 29 0 CCTTCCCAAAGGAAGGCGTTCATAAGTTCC 35 43 1 ATTCTTACCGGTAGGGAGTTAGGACTTTCG 43 172 1 TTTTTACTCCGGAGGGATTTCTTAGGACTT 43 280 0 ATAAAAGCCCGTAGGGCTTTTATAA 48 190 1 ATGCGTTAGAGAAGGGCGTTTGAAAAAGCT 52 51 1 TTGAGGGCGGTGAATAGCATA 53 1 1 ********** MAP Score: 10.5926 Motif 4 AATACTTTCGATAAATTTAATATTACTTTAAG 0 37 1 TATTACTTTAAGAAAATTAAAAATTTAAATTT 0 57 1 AATTTAGATAATAAAATTTAAATTTTTAATTT 0 70 0 CTACATTATAATTAATTTTAAAGGAACAGAAT 0 196 1 TTATTTGAGGTATAAATTAATAACGGATTAGT 2 27 0 ATATTTATTGATATCTTTAAAATCTTTTATTT 2 245 0 ATAAAATACTTTAAAATAATTGAGAG 3 4 1 ATAAAATAAAAATGCAGAAACA 4 0 1 GAATAAAATTAGATAAAATAAACACAAACAAA 6 36 1 ATATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACA 7 109 1 AAATAGATATTAAAAAATAAAAAGAAGTGGCG 7 234 0 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