AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944239977 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0161 300 acetolactate synthase small subunit (ilvN) #1 MJ0277 183 acetolactate synthase large subunit (ilvB) #2 MJ0278 82 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type rotamase (slyD) #3 MJ0499 300 3-isopropylmalate dehydratase (leuC) #4 MJ0502 160 3-phosphoshikimate-1-carboxyvinyltransferase (aroA) #5 MJ0503 84 2-isopropylmalate synthase (leuA) #6 MJ0616 108 phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, (purE) #7 MJ0663 27 acetolactate synthase large subunit (ilvB) #8 MJ0720 194 3-isopropylmalate dehydrogenase 1 (leuB1) #9 MJ0881 300 ornithine carbamoyltransferase (argF) #10 MJ1000 202 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #11 MJ1001 36 ribosomal protein S6 modification protein 2 (rimK) #12 MJ1002 87 conserved hypothetical protein #13 MJ1003 101 3-isopropylmalate dehydratase (leuC) #14 MJ1019 132 carbamoyl-phosphate synthase, small (or glutamine) subunit (carA) #15 MJ1195 135 2-isopropylmalate synthase (leuA) #16 MJ1196 85 asoB protein #17 MJ1230 22 M. jannaschii predicted coding region MJ1230 #18 MJ1231 255 oxaloacetate decarboxylase alpha chain (oadA) #19 MJ1232 113 conserved hypothetical protein #20 MJ1266 189 high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braC) #21 MJ1267 96 high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braF) #22 MJ1268 158 high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein (braG) #23 MJ1269 32 high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braD) #24 MJ1270 21 high-affinity branched-chain amino acid transport protein (braE) #25 MJ1271 205 3-isopropylmalate dehydratase (leuD) #26 MJ1276 217 dihydroxy-acid dehydratase (ilvD) #27 MJ1277 123 3-isopropylmalate dehydratase (leuD) #28 MJ1279 181 M. jannaschii predicted coding region MJ1279 #29 MJ1378 184 carbamoyl-phosphate synthase, medium subunit (carB1) #30 MJ1379 196 conserved hypothetical protein #31 MJ1381 124 carbamoyl-phosphate synthase, large subunit (carB2) #32 MJ1392 300 2-isopropylmalate synthase (leuA) #33 MJ1404 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1404 #34 MJ1405 47 M. jannaschii predicted coding region MJ1405 #35 MJ1406 89 aspartate carbamoyltransferase regulatory chain (pyrI) #36 MJ1486_MJ1487 109 MJ1486: phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 (purT), MJ1487: conserved hypothetical protein #37 MJ1489 98 cell division control protein 47 (cdc47) #38 MJ1489.1 112 M. jannaschii predicted coding region MJ1489.1 #39 MJ1490 153 dihydroorotase (pyrC) #40 MJ1543 193 ketol-acid reductoisomerase (ilvC) #41 MJ1581 260 aspartate carbamoyltransferase catalytic chain (pyrB) #42 MJ1596 226 3-isopropylmalate dehydrogenase 2 (leuB2) Motif 1 TCAATAACTGTAAATATATAAATACTTATA 10 101 1 CATTCTGAAGTAAATATATAGAAACTCCTA 25 50 1 TTTGTATATTTAAATATATAGGTGAAAAT 28 9 0 TAATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAA 29 142 1 GGCAATAAAATAAATATATACTTATCGATT 19 20 0 TATTTGACAATAAATATTTAAATGCCTTCC 42 126 1 TTTATTGCCATAAATATTTATCATGGATGT 19 41 1 TAAAAATTTATAAAGATTTAAATTGGGG 11 8 0 ATACTCGCATTAAAGATTTAAT 32 2 0 TTGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTT 21 31 0 ATCTCTTACATAAAAATTTAGACCTTTTTG 6 80 1 GTATATTGCTTAAAAATTTAAAATTTTATA 28 58 0 CCCAAAAATAAAAATTTATAAAGATTTA 11 18 0 TCTTTAAATTTAAATTTATAAATTAAGATT 32 132 0 AAGAGTTATTTAAAGTTTTAGGAATTTT 21 8 0 AAGTATAGAATAAAATTTTAATGCTAAAAA 36 85 1 TATTCAATCATAAAATTTTATTTCTGTGAA 41 83 1 ATATTAGTTTTAAATATAAAAATTTGTATA 28 31 0 GCAAATATTCTAAAGATAAAGGACATAATA 0 116 0 ATTTTAAAATTAAAAATAAAACTTTTAAGG 8 25 1 AATTTATTGATAAAAATAAATTCAAAAAGG 26 71 1 TCTTAAAGACTAAAAATAAAAAATAGAATT 1 21 0 ACAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAA 39 109 0 AAATTAATAAAAAATATATAAAATTATT 33 8 0 TTATAAAAGAAAAAGATATATTAAATATTT 16 31 1 ACTTTTTTGCAAAAAATATAACCAAAC 13 7 0 ATAAAATAATAAAAAATATATTATTAAAAT 34 19 0 GATTAGTAATTAAATATTAAATACCAACAC 1 49 1 TGTTAAACTTTAAATATTAAATGTGATATA 33 251 1 ATCTTAATTTTAAAAATTAAATTTCAAAAG 25 161 0 ATTATTTGTTTAAAAATTAATATTTGAGTA 33 126 0 GAAACCAAAATAAATATATTAATTTTGATG 30 28 1 TATAGTGAAATAAATTTAAAACATAAATGT 40 67 0 AATCAATCCCAAAATATTTATGAA 31 4 0 AAACAAAGCAAAAATATTTAATATATCTTT 16 42 0 CAGTATAGTTTAAAGATATTTTTAAGTATT 42 65 0 AATGTTCAAATAAAAATATTCTTTAGGAAA 25 124 0 ATAAAAATGCTAAAAATATTAGAGAAAATT 35 47 1 AAGTATTAAATAAAAATATTAACCATCTTT 39 89 0 GTATTTATAAAAAAGATTTATAAAAATTTT 41 201 0 AGCATTATCCTAAAATTAAATAGT 40 4 0 AATATATTATTAAAATTAAAAGGAA 34 5 0 AAAAATAATAAAAAAATTTATACAGGTAAT 5 55 1 TTTAAAGAATAAAATTTATAATCTTAGAAC 21 61 0 TAGGTTTTATAAAAATTATACC 23 2 0 ATTTCCCACATAAATTTTAAATATACAATA 32 192 1 ACAAAAGCTTTAAATTTTAA 35 79 1 AGATTTCTTTTAAAGATTTTATTCCTGCGA 32 107 0 ATCCTTAGTATAAAAATTTTTATATATGAT 1 118 1 AAAAGATTTATAAAAATTTTGGAGAAAATA 41 191 0 TTTAAAGTATTAAAAATTTTATTATGGCAA 28 161 1 TGGGATGTTATAAAAATTTTACCTAATCAG 15 77 0 TCAAAAATAATAAAAATTTTATAAAGATTA 32 56 1 ATTTTAATGCTAAAAATTTT 36 99 1 TATCTTTATCTAAAATTTAA 16 0 0 ATAAATACTTTAAAATTATTTCTATAAATA 28 130 1 AAAACAACACAAAATATAAATACTTATAAT 8 65 0 AATTACCACCAAAAAATAAAA 26 1 0 CTAAATATAATAGAATTCTCC 25 1 1 AAATTTTAGATAAAGATAATTATAAAAGAA 16 12 1 TAGTAAGATTTAAAAATAATAAAATAGATA 0 271 0 CGGAAGTTATTAAAAATAATGATAATATTG 20 76 1 CTTATCACCAAAAAGATTAATTATAGCAAT 8 173 0 TCTATCTCGAAAAATTTAAATATTGCTCAT 20 115 1 AAATAATGATAAAAGATATTTTAAAATATT 33 149 1 AGATAGTTTTAAAAGATATTGAAAATAAAA 31 91 1 ACGATTTTTTAAAAAATATTATTACTCAAA 33 104 1 CTGGAATTTCAAAAGTTAAAGTTATCGTCT 26 41 0 AAAAATTTTATAAAGATTATTAATAAAGTT 32 67 1 AAGATATTTTAAAATATTTTAAAGTTTTCT 33 161 1 AAATTAAGATAAAATATTTTTGTGGTGATA 25 181 1 TTAAGGTTTTTAAAGTTAATGGTAGGTAAA 29 20 0 AGATTATTAATAAAGTTAATGGGGCTTTCG 32 80 1 AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGAATAAAAT 21 76 0 AGAAATTAATAAAATTTATTAATGGGTATT 25 81 0 TTTTTTGCAAAAAAGTTATTAGGTTATTTG 13 21 1 CAAAATTAATTAAAGTTTATTAATAAATAT 42 99 1 CACTATATAAAAAAGTTTTTGGTGCTGTCT 42 206 1 TATTTTGATTAAAAAATAATAAAAAAATTT 5 44 1 TTTTGTCCATAAAAAATAATAACAAAAAAC 2 19 1 AATCCCTCATAAAAAATAATTTAATGAAAT 32 277 0 TAAATATTGTAAAATATTATTGTGGTGGAT 29 160 1 AGTGATATAAAAAAGTTTATAAAAAATCTT 3 114 0 ********** MAP Score: 77.3486 Motif 2 AAAAATTTATAAAGATTTAAATTGGGG 11 6 0 ATCTATCTCGAAAAATTTAAATATTGCTCAT 20 114 1 TGCATATCTTAAAAATTTAAAAAAGAGTTAT 21 29 0 ATTTGACAATAAATATTTAAATGCCTTCCTT 42 127 1 TATATTGCTTAAAAATTTAAAATTTTATATT 28 56 0 CAAAACTAATAAAAATAAAAAGTATTAAATA 39 107 0 TATTAGTTTTAAATATAAAAATTTGTATATT 28 29 0 CTTAAAGACTAAAAATAAAAAATAGAATTAA 1 19 0 CCCAAAAATAAAAATTTATAAAGA 11 22 0 CAATAACTGTAAATATATAAATACTTATATC 10 102 1 AATAATAGTTAAATATATAAATATTGTAAAA 29 143 1 AATTAATAAAAAATATATAAAATTATT 33 6 0 CCATATCAAAAATGATTAAAATACTCAACAA 8 95 0 ATTAAACCGAAAACCTTAAAATAGTATT 40 175 1 AAAAATGATAAAAAGTTTAAAGAA 21 82 0 TTTACTTCAGAATGATAAAAACATTTATTCT 25 33 0 ATCTTTCAAAAATAATAAAAATTTTATAAAG 32 51 1 TTGATTAAAAAATAATAAAAAAATTTATACA 5 48 1 ATAATAATAAAATAATAAAAAATATATTATT 34 24 0 AAAATTCCTAAAACTTTAAATAACTCTTTT 21 9 1 CGCAGGAATAAAATCTTTAAAAGAAATCTTA 32 108 1 AATATTAAAGAAAACTTTAAAATATTTTAAA 33 168 0 TCCGTATCAAAAAGCTTTAAAGTATTAGTAA 20 49 0 AAATTGAACAAAAGCTTTAAATTTTAA 35 72 1 ATTTTAGAGAAATTTTAAAACGAAAAATAG 37 78 0 ATACCGTATTAATACTTAAAAATATCTTTAA 42 55 1 AAATGATTTTAAAATTAAAAATAAAACTTTT 8 20 1 TAAATAACAGAAAATTAAAAAGTTTTGGTGG 15 110 1 AAAATTAAGTTAAGATTAAAAGAAAATTTTC 0 20 1 AATATATTATTAAAATTAAAAGGAA 34 4 0 ATAATATAATTAAGATTAAAAGCAAAATTTC 37 45 1 ATACCTAATAAATACTTTAAAATTATTTCTA 28 123 1 TAAAATTTTTAATACTTTAAACTATTTATAG 28 151 0 CTTTAAATTTAAATTTATAAATTAAGATTTC 32 130 0 CTTTTTATAGTAAGATTTAAAAATAATAAAA 0 277 0 ATATCACATTTAATATTTAAAGTTTAACAGC 33 249 0 CACAAATAAAAATGCTAAAAATATTAGAGAA 35 42 1 ATAAAATTTTAATGCTAAAAATTTT 36 94 1 ACCAAAACGGATATATTAAAAGGAGCTTTCA 12 26 0 AGATTATAACTAAAATAAAAAGTAAGTGAAT 27 74 0 TTGGGAGAGAAATTCTATAAACTTATGGAAA 26 130 1 TTATAGTGAAATAAATTTAAAACATAAATGT 40 67 0 ATTTTCACCTATATATTTAAATATACAAATT 28 10 1 CATGCCAAAATAATATATAAATCTTACGATT 33 79 1 AATATTGCTCATATATAAAAAATGAAATTGC 20 133 1 AATTGAAATCATATATAAAAATTTTTATACT 1 124 0 CACAAAGTTAATAAATAAAAAGAATTACAAA 9 88 1 TTTGAAATTTAATTTTTAAAATTAAGATAAA 25 163 1 TAATCAGATATATCATTAAAACGCTATAACT 15 53 0 ATCAACAGAGTATAATTTAAATGTGATATAT 4 123 0 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GAAAATCCACATTTTTAAAAACG 22 145 1 ATATTGATATTTTGATTAAAAAATAATAAAA 5 37 1 ATCTACAGTTATTCTTATAAAGACTAATTAA 3 268 1 GGTATAATTTTTATAAAACCTAATGAA 23 6 1 AAATATTTATTTTGATTTAAAAAAGGCACAG 18 221 0 CTTTAAAAAGTTTGATATAAAAAAGTGTTGG 1 72 0 TTATTTATAATTAGTTTTAAAATCTCTTACA 6 59 1 TCATGAAAGATTTTTTATAAACTTTTTTATA 3 108 1 *** ******* MAP Score: 76.2656 Motif 3 ATAATAAGTTTATTAATTTTGAAAGGCACT 3 234 1 AAAATAAATATATTAATTTTGATGAATCTT 30 34 1 ATTACTCAAATATTAATTTTTAAACAAATA 33 124 1 AAAGTATTTTTATTAATATTGCTATAATTA 8 156 1 TTTAAATCTTTATAAATTTTTATTTTTGGG 11 16 1 TTATTACCTGTATAAATTTTTTTATTATTT 5 57 0 GTTCTAAGATTATAAATTTTATTCTTTAAA 21 61 1 TAGTTAAATATATAAATATTGTAAAATATT 29 148 1 TTCCTTTTAATTTTAATAATATAT 34 4 1 CACCAAAACTTTTTAATTTTCTGTTATTTA 15 110 0 AAAGTTTTATTTTTAATTTTAAAATCATTT 8 20 0 ATATCTATTTTATTATTTTTAAATCTTACT 0 270 1 AAAATTAATATATTTATTTTGGTTTCTTTT 30 24 0 ATAAAATTTTTATTATTTTTGAAAGATACT 32 48 0 AGTTTTTTGTTATTATTTTTTATGGACAAA 2 20 0 CCCTCACAAATATTTATTTTGATTTAAAAA 18 229 0 GATAAGTATATATTTATTTTATTGCCATAA 19 24 1 TAAATTTTTTTATTATTTTTTAATCAAAAT 5 45 0 TATATTTAACTATTATTATTCAGATTATCT 29 130 0 CATGAGCCATTATTTATATTGTTGTAGTTT 9 240 0 TTTATTATTTTATTATTATTT 34 36 1 ATATAATTACTATTATTATTACTAATACTT 20 31 1 GCATTATAAGTATTTATATTTTGTGTTGTT 8 63 1 AATATAAAATTTTAAATTTTTAAGCAATAT 28 56 1 GAACAAAAGCTTTAAATTTTAA 35 77 1 ATGAGCAATATTTAAATTTTTCGAGATAGA 20 115 0 ATAACTCTTTTTTAAATTTTTAAGATATGC 21 29 1 GCTGTTAAACTTTAAATATTAAATGTGATA 33 249 1 AAGGAAGGCATTTAAATATTTATTGTCAAA 42 128 0 AATAATTTTATATATTTTTTATTAATTT 33 8 1 GGTATAATTTTTATAAAACCTA 23 2 1 TTAATTCTATTTTTTATTTTTAGTCTTTAA 1 19 1 ATTTAATACTTTTTATTTTTATTAGTTTTG 39 108 1 AATCACCTATTTTTTATTTTCAATATCTTT 31 102 0 TTTTATTTTTTGGTGGTAAT 26 0 1 ATTCACTTACTTTTTATTTTAGTTATAATC 27 74 1 TTAAGAACTGTTTTATTATTGTATTTTTTA 9 32 0 ATAATATATTTTTTATTATTTTATTATTAT 34 25 1 AATATACAAATTTTTATATTTAAAACTAAT 28 29 1 TAATAATCTTTATAAAATTTTTATTATTTT 32 59 0 AGATGGTTAATATTTTTATTTAATACTTTT 39 91 1 TCCTAAAGAATATTTTTATTTGAACATTTT 25 126 1 CATTCAACTATATAAAAATTTCTACTGTAT 28 92 0 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1 AATCTTAAATTTTCTTAATCAATTTTTGATGAGGG 18 118 1 GGCTGTGCCTTTTTTAAATCAAAATAAATATTTGT 18 219 1 AATACTAATGATTATAAATTATAATAGATTATTGA 19 70 0 AATTACTATTATTATTACTAATACTTTAAAGCTTT 20 35 1 ACTTTAAATAACTCTTTTTTAAATTTTTAAGATAT 21 22 1 TATTCTTTAAACTTTTTATCATTTTT 21 80 1 CGAGAATAAATGTTTTTATCATTCTGAAGTAAATA 25 31 1 TCTTTTGAAATTTAATTTTTAAAATTAAGATAAAA 25 160 1 AATTCTTCACATTCTTTTTCAATTTTTTCAACATC 26 168 0 ACTTACTTTTTATTTTAGTTATAATCTACATTAAT 27 78 1 ATTTTCACCTATATATTTAAATATACAAATTTTT 28 9 1 TATACAAATTTTTATATTTAAAACTAATATAAAAT 28 31 1 CACTATATACTATATTTCTTATTCTTCTTTAACCC 30 164 0 ATCACCTATTTTTTATTTTCAATATCTTTTAAAAC 31 96 0 ATCTTTATAAAATTTTTATTATTTTTGAAAGATAC 32 49 0 AATCTTAATTTATAAATTTAAATTTAAAGATGTAT 32 132 1 TATTTGATATTGTATATTTAAAATTTATGTGGGAA 32 194 0 AAATTTAAATACTCATAATGAATCTGATGATAAAA 32 246 0 AATTTTATATATTTTTTATTAATTTGTGTAGGTTA 33 13 1 TGTAGGTTATTATGTATATTATATTACTTATGCAG 33 39 1 AATCGTAAGATTTATATATTATTTTGGCATGATAT 33 75 0 TTCCTTTTAATTTTAATAATATATTTTTTA 34 5 1 TTAATAATATATTTTTTATTATTTTATTATTATTT 34 22 1 TTTTGCTTTTAATCTTAATTATATTATTTAGTAGT 37 37 0 TAAAGTTAGCTTTATTATTGATACTGCATTATCTA 38 70 0 ATGGTTAATATTTTTATTTAATACTTTTTATTTTT 39 93 1 TGGTATTTAAATTCTATGTTATTATTATATGGTTT 40 114 1 AGTATCGATTTCTGAATATCAAATTAAACCGAAAA 40 153 1 TTTTCTCCAAAATTTTTATAAATCTTTTTTATAAA 41 193 1 TTATTAATAAACTTTAATTAATTTTGAAGACAGTA 42 90 0 * * *** * *** * MAP Score: 38.0968 Motif 5 AATTTTCTTTTAATCTTAACTTAATTTTTGGTTTCCT 0 11 0 CAACTTTACGAAAAACTATGAAAATTTTCTTTTAATC 0 33 0 AGTTCTACTAAATATCTATTTTATTATTTTTAAATCT 0 259 1 GTTTGATATAAAAAAGTGTTGGTATTTAATATTTAAT 1 57 0 TAAAATTGAAATCATATATAAAAATTTTTATACTAAG 1 121 0 ATGAGCAATAAAAAGCTGACTTAATATGATGAACCTT 3 12 0 AAAGTTTAATAATAAGTTTATTAATTTTGAAAGGCAC 3 226 1 ATCGGGTATATAGAATTATCATAATTTCATTTGTATT 4 62 1 TTACCTGTATAAATTTTTTTATTATTTTTTAATCAAA 5 47 0 ATTTTTATGTAAGAGATTTTAAAACTAATTATAAATA 6 60 0 TTAATCACCAAAATGATTTTAAAATTAAAAATAAAAC 8 10 1 AAAGATTAATTATAGCAATATTAATAAAAATACTTTC 8 155 0 AAATAAGGGCAATATTTATGGGAATTAACAATTAACT 9 138 0 CGTAAGAAACTACAACAATATAAATAATGGCTCATGA 9 234 1 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