AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240069 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0080 300 conserved hypothetical protein #1 MJ0100 226 conserved hypothetical protein #2 MJ0101 93 signal recognition particle, subunit SRP54 #3 MJ0102 300 Phenylacrylic acid decarboxylase #4 MJ0103 300 conserved hypothetical protein #5 MJ0188 300 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase, putative #6 MJ0231 131 pmbA protein (pmbA) #7 MJ0232 71 enolase (eno) #8 MJ0305 89 conserved hypothetical protein #9 MJ0392 81 conserved hypothetical protein #10 MJ0414 108 conserved hypothetical protein #11 MJ0450 300 inosine monophosphate dehydrogenase isolog #12 MJ0549 111 conserved hypothetical protein #13 MJ0556 139 M. jannaschii predicted coding region MJ0556 #14 MJ0558 59 conserved hypothetical protein #15 MJ0611 300 conserved hypothetical integral membrane protein #16 MJ0653 300 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (guaB) #17 MJ0767 84 conserved hypothetical protein #18 MJ0868 119 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase (guaB) #19 MJ0922 191 conserved hypothetical protein #20 MJ0996 57 conserved hypothetical protein #21 MJ1000 202 histidyl-tRNA synthetase (hisS) #22 MJ1001 36 ribosomal protein S6 modification protein 2 (rimK) #23 MJ1002 87 conserved hypothetical protein #24 MJ1003 101 3-isopropylmalate dehydratase (leuC) #25 MJ1004 90 conserved hypothetical protein #26 MJ1225 80 conserved hypothetical protein #27 MJ1232 113 conserved hypothetical protein #28 MJ1404 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1404 #29 MJ1424 202 tRNA intron endonuclease (endA) #30 MJ1425 25 malate dehydrogenase #31 MJ1616 228 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase, (guaB) Motif 1 TAGGTTGTTATATTTATTTTTTTAGATTTATGG 3 212 1 TCGTAAGATTTATATATTATTTTGGCATGATAT 28 75 0 AGAAGAGGGGTATTTATACTTTTTATATGATGC 31 172 0 TTTCATTTTTTATATATTCTTTTTATATATTCC 5 15 1 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