AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240113
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0210	86	succinyl-CoA synthetase, beta subunit
#1	MJ0210.1	43	M. jannaschii predicted coding region MJ0210.1
#2	MJ0399	89	phosphomannomutase (pmmA)
#3	MJ0428	167	UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase
#4	MJ0544	103	dolichyl-phosphate mannose synthase
#5	MJ1054	300	UDP-glucose dehydrogenase, putative
#6	MJ1057	300	glycosyl transferase, putative
#7	MJ1069	120	galactosyltransferase isolog
#8	MJ1100	205	phosphomannomutase (pmmB)
#9	MJ1101	27	glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (strD)
#10	MJ1223	300	M. jannaschii predicted coding region MJ1223
#11	MJ1334	214	UDP-glucose pyrophosphorylase (gtaB)
#12	MJ1505	178	ATP dependent RNA helicase, putative 
#13	MJ1607	167	LPS biosynthesis protein, putative

Motif 1
TTTTTAATGCAAAATTTTAAAATTATCATAT	0	40	0
TTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAA	4	46	1
TTATATCACCAAAATTTAAAAATAGTT    	9	6	0
TAAAACAATAAAAATTTGTAAATGTGAGAAT	2	10	0
  AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGTTAAA	7	8	1
GAAAGACATTAAAATTTTAAAACATTAAGTT	8	63	0
CTTTAAAGAGAAAGTTTTTAAAAATAAAGAA	6	232	1
CAAAAGTATTAAAATTAATAAGGAACACTTG	8	93	1
TATCTTACATAAAATTATAAATCCTTAAACT	3	35	1
TTGTTCTTTAAAAATTATAAAAGTAGCAAAA	12	139	0
TAGATAACTTAAAGTTAATAATCTTTTTGGT	10	229	0
CCACCAAATAAAAGTTATAAATATAATTATC	10	275	0
AAGATGAGGAAAAGTTAAAAAAAGCTATTGA	11	52	0
ATATTTTTGTAAAGTTATAAATTTAATATTC	12	60	1
TTTATCCCCAAAAATTTCTATTTAGATTGAT	3	146	0
AAATGGAAATAAAATTTTAAT          	11	0	0
TATTAATGTTAAAGTTTTAATATAGAAATAT	2	46	1
AATAAAGAACAAAGTTTGTATAGGAATTATT	6	254	1
TGGATGCTAGTAAATTTTTAACAAAATTTTA	4	63	0
AGATTTTTGAAAAAGTTGAAATATTAAAAGA	6	177	1
AATTTAATAAAAATTTACTAAAGGGAGAGG 	11	194	1
ATCAGATATCAATATTTAAAATTT       	2	75	1
GGTAATAAGAAAAAGTAGAAAAATAGGAATT	4	23	0
TAAATCTTAGAAAGGTATAAAAACTATCTAA	13	115	0
ATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATTT	0	21	1
TTTAAAACATTAAGTTTTTATATATATTGTC	8	48	0
ATGCAAACACAAAAGTTCTATTAGATACTAA	12	100	1
TTATTTCCCATAATTTTTTAAT         	1	31	1
TCCCTCACAAAATATTTTTATATCTTACATA	3	15	1
TTAAAAGAAAAATATTTAAATGAGATTTTTG	6	155	1
CATATATCACAATGTTTTTATATTATCTAAT	13	72	1
GTTGATACAATAAGTTACAATCTTTTATAAA	10	77	0
TTAAGTTATCTAAGTTAATATTTAACTGATA	10	248	1
TAACATAAATTAATTTAATAAAAATTTACTA	11	183	1
ATAATTGTATAATATTATTATATTTCTCTTA	5	254	0
AGATTTATACTATATTTAAAAATCTAAATGA	13	139	1
AAATATTGTGAATTTTATAAAGTTATGAAAA	7	56	1
TAAATTAATTTATGTTACAATTATATAGTAT	11	169	0
          ******* ***
MAP Score: 45.3129

Motif 2
    ATTCTCACATTTACAAATTTTTATTGTTTTAT	2	6	1
TATATCACCAAAATTTAAAAATAGTT          	9	0	0
ATTTTATATGATATTTATAAAAGATTGTAACTTATT	10	64	1
ACTTTGTTCTTTATTTTTAAAAACTTTCTCTTTAAA	6	233	0
AATACCTCAATTATTACAAAATGTTTTGATTATTAT	8	151	1
GAAAGACATTAAAATTTTAAAACATTAAGTTTTTAT	8	58	0
TATCTTACATAAAATTATAAATCCTTAAACTTTTTG	3	35	1
TTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAAAAATT	4	46	1
TTTTTATATGATAATTTTAAAATTTTGCATTAAAAA	0	35	1
TATAAGCAATAAAATACAAAAAGTTTAAGGATTTAT	3	51	0
TTTAAATTAGATAATATAAAAACATTGTGATATATG	13	72	0
TGTTCCTTATTAATTTTAATACTTTTGAAAGACATT	8	84	0
TTCAAAAATCTCATTTAAATATTTTTCTTTTAAAAT	6	152	0
AATTTATGTTACAATTATATAGTATTAATATAGTAG	11	158	0
TTATTTATTAATAATTGTATAATATTATTATATTTC	5	259	0
AACATAAATTAATTTAATAAAAATTTACTAAAGGGA	11	184	1
CAAGTAATAGTAAATTCGATACGGTTGTTAGTTGAG	5	52	1
TGAAATATTGTGAATTTTATAAAGTTATGAAAAATA	7	54	1
ATCTGATATTTCTATATTAAAACTTTAACATTAATA	2	46	0
TTGATGAGGGAGATTATTAAAGATATTTTACCTGAA	6	65	1
CCCATGATATTGATTTCAAAAATGATTAATGACAAT	8	18	1
AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGTTAAAGAAAAAG	7	10	1
TTGTATAGGAATTATTTGATAAGGTTGTTTTTGTTT	6	269	1
ATATGACATTAGAATATTAAATTTATAACTTTACAA	12	66	0
ATTTAAAGTATCTATTAGATAGTTTTTATACCTTTC	13	101	1
CAAAATAATTTTTATTTTATATTATTTCCCATAATT	1	10	1
TATGTACATCATAATATAATATTTATTGTTAAAATC	13	40	0
AAAGTTATGAAAAATAACATAAGGATACATAACCTA	7	74	1
AACTAACACCAATATTGCAAAGGCATCCAACTGCAT	10	173	1
ATTAATGACAATATATATAAAAACTTAATGTTTTAA	8	42	1
ATTTTATGTAAGATATAAAAATATTTTGTGAGGGAT	3	14	0
         AAATTTTAAATATTGATATCTGATATT	2	72	0
TCCTCGAAATACTTTTTCATAATCATCACCAAATTA	11	115	1
TTTTTATTGTTTTATTTGATATTAATGTTAAAGTTT	2	27	1
TAACTGATAATTATATTTATAACTTTTATTTGGTGG	10	270	1
AAATTTGGTGATAAATTTATAGGTTTA         	0	1	0
          * ****  ***   **
MAP Score: 39.0841