AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240124 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0210 86 succinyl-CoA synthetase, beta subunit #1 MJ0210.1 43 M. jannaschii predicted coding region MJ0210.1 #2 MJ0399 89 phosphomannomutase (pmmA) #3 MJ0428 167 UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase #4 MJ0544 103 dolichyl-phosphate mannose synthase #5 MJ0547 165 cell division inhibitor minD #6 MJ0548 111 conserved hypothetical protein #7 MJ1054 300 UDP-glucose dehydrogenase, putative #8 MJ1057 300 glycosyl transferase, putative #9 MJ1069 120 galactosyltransferase isolog #10 MJ1071 21 M. jannaschii predicted coding region MJ1071 #11 MJ1072 166 M. jannaschii predicted coding region MJ1072 #12 MJ1073 108 conserved hypothetical protein #13 MJ1074 64 M. jannaschii predicted coding region MJ1074 #14 MJ1076 33 M. jannaschii predicted coding region MJ1076 #15 MJ1077 89 seryl-tRNA synthetase (serS) #16 MJ1078 273 M. jannaschii predicted coding region MJ1078 #17 MJ1079 177 conserved hypothetical protein #18 MJ1080 130 M. jannaschii predicted coding region MJ1080 #19 MJ1100 205 phosphomannomutase (pmmB) #20 MJ1101 27 glucose-1-phosphate thymidylyltransferase (strD) #21 MJ1223 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1223 #22 MJ1334 214 UDP-glucose pyrophosphorylase (gtaB) #23 MJ1505 178 ATP dependent RNA helicase, putative #24 MJ1607 167 LPS biosynthesis protein, putative Motif 1 TTTTATATGATAATTTTAAAATTTTGCATT 0 36 1 AAATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACA 16 110 1 CATTCATTTTTAATTTTAAAAAACTTAAAA 17 145 1 TATTTGATATTAATGTTAAAGTTTTAATAT 2 39 1 AAATTTAAAATAATGTTAAAGAAAAAGTTG 9 19 1 GACAGCTCTATAATTTTTAATATTTTAAAA 12 87 0 AGACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACT 18 68 1 GCTACTTTTATAATTTTTAAAGAACAATTG 23 143 1 AATGTAATAATAAAGTTTAAAGTTAGTGAC 17 119 0 TCGTTGGGCATAATTTTATACATATTATCA 16 65 1 AATTTGGTGATAAATTTATAGGTTTA 0 6 0 ATTAGAATATTAAATTTATAACTTTACAAA 23 65 0 TTTACAACACTAAAGTTATAGTTAAGTTAA 5 123 0 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTGGT 14 7 1 TTATTTCCCATAATTTTTTAAT 1 31 1 TGGATGCTAGTAAATTTTTAACAAAATTTT 4 64 0 CTCCCTTTAGTAAATTTTTATTAAATTAAT 22 191 0 TTTGCAGTAGTAATGTTTTATATCTCAATC 16 153 1 TATAAAAACTTAATGTTTTAAAATTTTAAT 19 57 1 AAGCGTGTCCTAATATTAAACCGAAGAGTA 5 88 1 TTATCTAAGTTAATATTTAACTGATAATTA 21 253 1 TCAATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCC 16 202 0 AGATTTATACTATATTTAAAAATCTAAATG 24 139 1 AACTATTTTTAAATTTTGGTGAT 20 3 1 CTTTGTTCTTTATTTTTAAAAACTTTCTCT 8 238 0 ATATAATATTTATTGTTAAAATCTGAAATT 24 33 0 ATATCTTACATAAAATTATAAATCCTTAAA 3 34 1 AGAAATATAATAATATTATACAATTATTAA 7 258 1 AATCCATATTTATAGTTTAAGTATTCAATA 17 22 0 CTTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTT 4 45 1 ATTAAAATTTTATTTCCATTTT 22 2 1 CCTCACAAAATATTTTTATATCTTACATAA 3 17 1 AACTGATAATTATATTTATAACTTTTATTT 21 271 1 AGTTATAATTTATAGTTATAATTTAATAAT 18 103 1 GCATTTTTAATATATTTTTAATATATTATC 16 248 1 TACAAATTTTTATTGTTTTATTTGATATTA 2 21 1 AAATTTTAAATATTGATATC 2 79 0 AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGTTAA 9 8 1 GAAGATGAGGAAAAGTTAAAAAAAGCTATT 22 54 0 CTTTAAATCATATTATTTAATTTTTTTGCT 13 31 0 ATAAAATACAAAAAGTTTAAGGATTTATAA 3 49 0 ATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATT 0 21 1 GAAAAAGTTGAAATATTAAAAGAGGTTGAT 8 185 1 AAAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTG 18 23 0 TTTAAAAGAAAAATATTTAAATGAGATTTT 8 154 1 ATTAAACTTGAATAGTTATAATTTATAGTT 18 90 1 ********** MAP Score: 51.6421 Motif 2 TTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATTTT 0 22 1 TTAAAACATTAAGTTTTTATATATATTGTCA 19 47 0 ACAGCTCTATAATTTTTAATATTTTAAAATC 12 85 0 ATTAATGTTAAAGTTTTAATATAGAAATATC 2 47 1 TTTAAAGAGAAAGTTTTTAAAAATAAAGAAC 8 233 1 TTTTAATGCAAAATTTTAAAATTATCATATA 0 39 0 TATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAAA 4 47 1 AAAGACATTAAAATTTTAAAACATTAAGTTT 19 62 0 GCACAGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAA 12 73 1 CCCTCACAAAATATTTTTATATCTTACATAA 3 16 1 ATCATCACCAAATTATTTATACCTACTATAT 22 136 1 ATATATCACAATGTTTTTATATTATCTAATT 24 73 1 ATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAG 18 72 0 TTATATCACCAAAATTTAAAAATAGTT 20 6 0 AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGTTAAA 9 8 1 ATCAGATATCAATATTTAAAATTT 2 75 1 AATATTATACAATTATTAATAAATAAACTCA 7 269 1 TCGTTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACA 16 197 1 TTTAAAAGAAAAATATTTAAATGAGATTTTT 8 154 1 TGTCTTTCAAAAGTATTAAAATTAATAAGGA 19 86 1 GAAAAAGTTGAAATATTAAAAGAGGTTGATT 8 185 1 ATCTATTAGATAGTTTTTATACCTTTCTAAG 24 110 1 ATTTTTAATATATTTTTAATATATTATCTTT 16 250 1 TCCCTTTAGTAAATTTTTATTAAATTAATTT 22 189 0 TCACATTTACAAATTTTTATTGTTTTATTTG 2 14 1 ATCGTTGGGCATAATTTTATACATATTATCA 16 64 1 GCTACTTTTATAATTTTTAAAGAACAATTGA 23 143 1 TTCCAACGATAACTTTTAATTAGGATTGAGA 16 175 0 ATTTATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 18 110 1 AAATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACAT 16 110 1 CATTCATTTTTAATTTTAAAAAACTTAAAAC 17 145 1 TATTTCCCATAATTTTTTAAT 1 32 1 TTACTTGGAAATCTATTTAAAACCTCTTTAA 7 28 0 TGTAAAGTTATAAATTTAATATTCTAATGTC 23 67 1 ATTAAAATTTTATTTCCATTTTTT 22 3 1 AAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTGCG 18 21 0 AGATTTATACTATATTTAAAAATCTAAATGA 24 139 1 TACAATTATATAGTATTAATATAGTAGGTAT 22 154 0 ATTGCCAATAAATTATTTATTCATTACGAGA 23 17 0 AAATTTGGTGATAAATTTATAGGTTTA 0 6 0 TTATTCAAGCATTAATTTATATAATTCATTA 11 37 0 TTAAAAATGCATCTTTTAATTCTAAATCAAT 16 227 0 TTAAATATTTTTCTTTTAAAATCCAATCTGC 8 143 0 CAAAATAATTTTTATTTTATATTATT 1 5 1 CTTGAATAGTTATAATTTATAGTTATAATTT 18 96 1 TAACTGATAATTATATTTATAACTTTTATTT 21 270 1 CTACTCCTCCAACAATTAATTGTAAATATAG 7 172 0 TTTAAATCATATTATTTAATTTTTTTGCTAT 13 29 0 CTATTGTTCTTTTATTTAAAATCTGTCCCTC 16 20 0 AACACTCTTATTGTTTTTATTGAATTGATAA 15 56 0 CATCATAATATAATATTTATTGTTAAAATCT 24 39 0 TAACAAATATTACTATTTAATAACTAATATA 6 34 1 AATGATAAATTTCTTTTTAATGCAAAATTTT 0 53 0 ** ******** MAP Score: 46.7032 Motif 3 AAGAACTAATAAAAAAGGAATATCATAATCACACTGTCA 17 84 1 TTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTCTTATCA 18 63 0 GTTATAATTTATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 18 104 1 ATTAACTTAGATAACTTAAAGTTAATAATCTTTTTGGTT 21 228 0 TTGTAAAGTTATAAATTTAATATTCTAATGTCATATGCA 23 66 1 CTATCACCTTAAATGATAAATTTCTTTTTAATGCAAAAT 0 56 0 GGGAAATAATATAAAATAAAAATTATTTTG 1 1 0 TCGATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAATTATTA 7 248 1 GAAAGATAATATATTAAAAATATATTAAAAATGCATCTT 16 243 0 TAAGACAGGCACAGGATGAAGATTTTAAAATATTAAAAA 12 65 1 AAATTTTAAATATTGATATCTGATATTTC 2 70 0 ATCCAACTGCATACTTCCAACCTCTTTTTATAACCAAAA 21 197 1 TTTCTATATTAAAACTTTAACATTAATATCAAATAAAAC 2 35 0 GTTAATTTTAAAAAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTG 16 118 1 ATGTCTTTCAAAAGTATTAAAATTAATAAGGAACACTTG 19 85 1 ATCAAATAAAACAATAAAAATTTGTAAATGTGAGAAT 2 8 0 ATTGGATTTTAAAAGAAAAATATTTAAATGAGATTTTTG 8 147 1 AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGTTAAAGAAAAAGTT 9 9 1 TATCTAATAGATACTTTAAATTAGATAATATAAAAACAT 24 83 0 ATTAATGACAATATATATAAAAACTTAATGTTTTAAAAT 19 42 1 ATTTATTATCACAAGATTAAAGAGGTTTTAAATAGATTT 7 12 1 TTGATGAGGGAGATTATTAAAGATATTTTACCTGAAGAG 8 65 1 GTTCTATTAGATACTAAAAACTATTTTTTGCTACTTTTA 23 114 1 ACCTATAAATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATTT 0 13 1 TTTTTCATAATCATCACCAAATTATTTATACCTACTATA 22 127 1 AATCTTTTTAAAAATACCAACATTGATTTAGAATTAAAA 16 206 1 AATAAGTTAAAGATAAAGAAAAAGCTAAAAAATACTCCA 11 63 1 ATTTCTAAAAACACAATAAAAAACATAAATACCTAATTA 15 20 1 GGATGCTAGTAAATTTTTAACAAAATTTTAAAATTTTAT 4 54 0 ACACTGTCACTAACTTTAAACTTTATTATTACATTCATT 17 114 1 TTATATCACCAAAATTTAAAAATAGTT 20 6 0 TTTTAAAAATAAAGAACAAAGTTTGTATAGGAATTATTT 8 247 1 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TTTCAGATTTTAACAATAAATATTATATTATGATGTACA 24 35 1 ACATTCATTTTTAATTTTAAAAAACTTAAAACAGAGTGA 17 144 1 CTAATTTTAACAGATATAACAATCATTATTTACATTAG 21 9 1 TGTTAAAATCTGAAATTGAAATTGCTTTAAAGGGGTAAT 24 11 0 TAATTTTATGTAAGATATAAAAATATTTTGTGAGGGATT 3 13 0 ACCTTTGCTATAATCATTAAAGATAATAATCAAAACATT 19 170 0 GTTGATACAATAAGTTACAATCTTTTATAAATATCATAT 21 69 0 CATAGTCCTAAAGTTCAATAAGCAAATGTTGTTAGAT 5 8 1 GCTACTTTTATAATTTTTAAAGAACAATTGAAGAGTAGG 23 143 1 * * * ** * **** MAP Score: 43.187 Motif 4 TAAACCTATAAATTTATCACCAAA 0 2 1 ATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAATTTT 0 21 1 TTTAATGCAAAATTTTAAAATTATCATATAAA 0 37 0 CAAAATAATTTTTATTTTATATTATT 1 4 1 TATTAATGTTAAAGTTTTAATATAGAAATATC 2 46 1 ATCAGATATCAATATTTAAAATTT 2 75 1 TCCCTCACAAAATATTTTTATATCTTACATAA 3 15 1 TATCTTACATAAAATTATAAATCCTTAAACTT 3 35 1 TAACTCACCTATTATATATAAACTGCTAATAA 3 102 1 TTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTGTTAAA 4 46 1 AGTTATAGTTAAGTTAAATATATACTCTTCGG 5 108 0 GTTTATTTTCAAACTAACAAATATTACTATTT 6 20 1 ATTATCGTTAATCTTATATATTAGTTATTAAA 6 49 0 AAGATTAACGATAATAATAATACTAACTAATA 6 66 1 ATTACTTGGAAATCTATTTAAAACCTCTTTAA 7 28 0 CCAACAATTAATTGTAAATATAGCATTACTTA 7 163 0 ATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAATT 7 251 1 ATATTATACAATTATTAATAAATAAACTCAGG 7 270 1 CAGGTAAAATATCTTTAATAATCTCCCTCATC 8 67 0 TTTTAAAAGAAAAATATTTAAATGAGATTTTT 8 153 1 CTTTAAAGAGAAAGTTTTTAAAAATAAAGAAC 8 232 1 AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGTTAAAGA 9 9 1 GAATTTTATAAAGTTATGAAAAATAACATAAG 9 65 1 TCTATAATGAATTATATAAATTAATGCTTGAA 11 33 1 GAATAAGTTAAAGATAAAGAAAAAGCTAAAAA 11 62 1 GATAAAGAAAAAGCTAAAAAATACTCCAAAAT 11 74 1 GGAGGGGATAATCATAATTAAAAAACTAATTG 12 27 1 ATAATTTTTAATATTTTAAAATCTTCATCCTG 12 76 0 TATAGCAAAAAAATTAAATAATATGATTTAAA 13 28 1 TTATCACCAAAAGGTTAAAAAATTAAAGAAAT 14 10 0 TAACACTCTTATTGTTTTTATTGAATTGATAA 15 56 0 AGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATAG 16 19 1 AATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACATTT 16 111 1 ACTGCAAAAAATAATAAAAAATGTTTGTTTTT 16 129 0 TTATATCTCAATCCTAATTAAAAGTTATCGTT 16 170 1 ATCGTTGGAAAATCTTTTTAAAAATACCAACA 16 196 1 TAAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATAT 16 240 1 TGAAAGATAATATATTAAAAATATATTAAA 16 253 0 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AGATTTATACTATATTTAAAAATCTAAATGAT 24 139 1 ** ******** MAP Score: 17.4687 Motif 5 CTATAAATTTATCACCAAATTTTTTATATGATAAT 0 15 1 AAATTTTGCATTAAAAAGAAATTTATCATTTAAGG 0 54 1 GAAATAATATAAAATAAAAATTATTTTG 1 3 0 TAAGCAATAAAATACAAAAAGTTTAAGGATTTATA 3 50 0 AATAATCAATCTAAATAGAAATTTTTGGGGATAAA 3 142 1 ACTTTTTCTTATTACCATAAAATTTTAAAATTTTG 4 38 1 TGCTAGTAAATTTTTAACAAAATTTTAAAATTTTA 4 55 0 AGGTAATCACAATATAAATTGGATGCTAGT 4 83 0 GGACACGCTTATCTTCAAAAACATTACATCATTAA 5 63 0 TATATTTAACTTAACTATAACTTTAGTGTTGTAAA 5 118 1 ATATATAAGATTAACGATAATAATAATACTAACTA 6 60 1 GAATTTATTATCACAAGATTAAAGAGGTTTT 7 6 1 TCTGGTATTGATAACGAAAATTATAAGTAATGCTA 7 140 1 ATGTAAGAGAAATATAATAATATTATACAATTATT 7 251 1 CAGATTGGATTTTAAAAGAAAAATATTTAAATGAG 8 144 1 TTTGTTCTTTATTTTTAAAAACTTTCTCTTTAAAG 8 232 0 AAATTAAGAAAATTTAAAATAATGT 9 0 1 CCTTATGTTATTTTTCATAACTTTATAAAATTCAC 9 63 0 AGATTTTAAAATATTAAAAATTATAGAGCTGTCA 12 84 1 AAATGGTTTTATAGCAAAAAAATTAAATAATATGA 13 19 1 AATTTCACCAAATCTTTAAATCATATTA 13 46 0 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTG 14 0 1 ATTATCACCAAAAGGTTAAAAAATTAAA 14 15 0 AATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAACGATA 16 195 0 AAAAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATATATTA 16 241 1 TATAAAAGAATAATCCATATTTATAGTTTAAGTAT 17 28 0 TTTAAACTTTATTATTACATTCATTTTTAATTTTA 17 128 1 TTCATTTTTAATTTTAAAAAACTTAAAACAGAGTG 17 147 1 CATGATATTGATTTCAAAAATGATTAATGACAATA 19 20 1 AAAATGATTAATGACAATATATATAAAAACTTAAT 19 36 1 TACCTCAATTATTACAAAATGTTTTGATTATTATC 19 153 1 ACCTCTTTTTATAACCAAAAAGATTATTAACTTTA 21 216 1 TATTTAACTGATAATTATATTTATAACTTTTATTT 21 266 1 GCATTAAAAAATGGAAATAAAATTTTAAT 22 4 0 TTTCATAATCATCACCAAATTATTTATACCTACTA 22 129 1 AACTCTCGTAATGAATAAATAATTTATTGGCAATA 23 14 1 TATTGGCAATATGTCGATATCCATATTTTTGTAAA 23 38 1 ATTTCAGATTTTAACAATAAATATTATATTATGAT 24 34 1 ATGATGTACATATATCACAATGTTTTTATATTATC 24 64 1 ** ** * ** *** MAP Score: 0.687508