AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240144
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0069	145	acetylglutamate kinase (argB)
#1	MJ0188	300	inosine-5'-monophosphate dehydrogenase, putative
#2	MJ0429	167	argininosuccinate synthetase (argG)
#3	MJ0502	160	3-phosphoshikimate-1-carboxyvinyltransferase (aroA)
#4	MJ0605	74	M. jannaschii predicted coding region MJ0605
#5	MJ0607	172	M. jannaschii predicted coding region MJ0607
#6	MJ0610	300	conserved hypothetical protein
#7	MJ0721	194	acetylornithine aminotransferase (argD)
#8	MJ0785	221	biotin synthetase, putative (bioB)
#9	MJ1081	130	conserved hypothetical protein
#10	MJ1083	69	iron-sulfur flavoprotein (isf)
#11	MJ1084	88	shikimate 5-dehydrogenase (aroE)
#12	MJ1096	221	N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase (argC)
#13	MJ1175	65	chorismate synthase (aroC)
#14	MJ1176	121	proteasome regulatory AAA-ATPase
#15	MJ1296_MJ1297	38	MJ1296: biotin synthetase (bioB), MJ1297: 6-carboxyhexanoate-CoA ligase (bioW)
#16	MJ1299	43	dethiobiotin synthetase (bioD)
#17	MJ1454	95	3-dehydroquinate dehydratase (aroD)
#18	MJ1455	77	M. jannaschii predicted coding region MJ1455

Motif 1
TATCTTACATAAAATTATAAATCCTTAAACT	2	121	0
CTAATCTCATAAAATTCTAAATCTATATCTT	5	104	0
TTTATAATTAAAAATTGTAAATTACAAAGAG	11	47	0
TTACAATATAAAAATTTAAAAATTTATGCTG	1	268	1
AGTATCACAAAAAATTAAAAAGAT       	5	3	0
AAATGATTTTAAAATTAAAAATAAAACTTTT	7	163	0
TATTTAATTAAAAATTAAAAAGCAAAATATT	17	53	0
AAATACATTAAAAATATTAAAGTCAGAAAAT	8	155	1
TTAAAGTCAGAAAATATTAAAAATTATTATT	8	171	1
AGACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTT	9	51	0
          TAAATTTTAAAAGTTAATGTT	15	0	1
TATTGTTTGATAAATTTTAAATAATTCCTTT	0	98	1
TTATCTTATAAAAAATAAAAAATTAGAAATT	8	58	0
TTTTTATAGAAAAAATGAAAAATTATCTTAT	8	80	0
AAAATAGTCAAAAAATAAAAAAGGT      	13	4	0
CATTTAAAATAAAAATTAAAATAGTCAAAAA	13	21	0
TATAAGCAATAAAATACAAAAAGTTTAAGGA	2	100	1
AATGCAAAATAAAATATAAAAGT        	8	208	1
ATTAAGCTAAAAAATAGAAAAT         	17	1	0
TATATTGCATTAAATTTAAAATATTTTGCTT	17	34	1
AAGAATAGATAAAAAATTAAAGATTGGA   	12	7	0
TAAAAACTAATAAAATCTAAACGCCTTCCTA	12	127	1
       ACATAAAATTTAAATATAAGAATT	14	3	1
AAGGGATAGGTAAAATTTAAATCAAAATAAA	8	13	1
TTAAACTGAAAATATTATAAAGAGCATCTAT	12	45	1
TTTTCAGTTTAAAAAATAAAAGAATAGATAA	12	26	0
TTATTTAATAAAAACTAAAAAAGAGAAATA 	16	9	0
AAAGAGAAGGTAAAAAATAAATATCAAATAA	11	22	0
GTTATAAAACAATAATATAAACGAATTATAA	6	211	0
AACTTATTAAAATAATCTAAAAATGTCACAT	6	255	0
AAAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTGC	9	97	1
TAAATCAAAATAAATTGTAATTTAACTTAAT	8	30	1
GCCATAATGCAAAATAGTAATATAGCTGTGG	6	95	1
TATCCACTCATAAACTTAAAAGGTTTT    	0	128	1
ATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACAC	1	12	0
GTATTGTGGGAATATATAAAAAGAATATATA	1	25	0
AAAACAACACAAAATATAAATACTTATAATG	7	119	1
AGGTTTTATAAAAAATCTTAAATTATACA  	12	202	1
ATCAACAGAGTATAATTTAAATGTGATATAT	3	123	0
GATAATCCATAATAAAATAAAATGATTATAA	14	63	1
      GTTCTAAATTATTAAATTATAACTA	9	4	1
AAGTGAAGGGAATATTATAATCATTTTATTT	14	77	0
CATATGGAATTATAATAAAAATTCTTATATT	14	22	0
ATAATCAATCTAAATAGAAATTTTTGGGGAT	2	13	0
TCGTTTTATCTAAAATCTTAATTTTTATTAA	0	35	1
TCCCCACTATTAAAATGTTAATCATTTTCTA	6	161	1
AATTAAAAATAAAACTTTTAAGGGAAGTAAT	7	151	0
        GAAAAACTATTAAAACCTATTTC	10	2	1
TTAATTAAATAAAACTTTTAAGGGGAGAGAA	17	73	1
TTTTTAATTATAAAAACTAATTTAATGTGAT	11	64	1
CTGTGGCATAAAAACACTAATAATAAACATA	6	120	1
TTTAAATTTTTATATTGTAATAGAACTTTCG	1	257	0
ATTTTGCATTAATATTAATAATAATTTTTAA	8	187	0
TAATTATAGCAATATTAATAAAAATACTTTC	7	28	1
GATTTTTTCTTATACAGTAAATAATATAAGC	18	45	0
      CCTATATACAATAAATAAACATTAA	15	23	0
          ****** ****
MAP Score: 74.5783

Motif 2
TCTAAAATCTTAATTTTTATTAATTACCTT	0	43	1
TATTGTTTGATAAATTTTAAATAATTCCTT	0	98	1
ATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACA	1	13	0
ATTGTGGGAATATATAAAAAGAATATATAA	1	24	0
CCGAAAATAATATATAATATGGTATCCATT	1	70	0
GGTTAAAGGATAGTTATTAATTTGATGTTG	1	110	1
TTTTAAGGATTAGATATAAATACTTCAACA	1	135	0
TCGCAGTTTGTATATTTTATTAAAGGCATT	1	230	0
GTTCTATTACAATATAAAAATTTAAAAATT	1	262	1
CATCAGCATAAATTTTTAAATTTTTATATT	1	272	0
ACTCACCTATTATATATAAACTGCTAATAA	2	53	0
ATCTTACATAAAATTATAAATCCTTAAACT	2	121	0
AATTTTATGTAAGATATAAAAATATTTTGT	2	136	1
   ACTTACTTAATTTATAAATGTTAATTT	3	7	1
CAACAGAGTATAATTTAAATGTGATATATT	3	122	0
   CACCACTAATTTTTTAATCAACAGAGT	3	143	0
GCTATGGAGCTATATATTTATTGTTAAG  	4	56	1
AGTATCACAAAAAATTAAAAAGAT      	5	4	0
TTTATGAGATTAGTTATAAAAAGATGAAAA	5	122	1
ATAAAAACACTAATAATAAACATAGCTATG	6	127	1
CCCACACATTTATTTATAATTCGTTTATAT	6	198	1
AAAACAACACAAAATATAAATACTTATAAT	7	119	1
CTTCCCTTAAAAGTTTTATTTTTAATTTTA	7	155	1
AAAATGATTTTAAAATTAAAAATAAAACTT	7	165	0
AGGGATAGGTAAAATTTAAATCAAAATAAA	8	14	1
ACTTAATTTCTAATTTTTTATTTTTTATAA	8	54	1
TTTTTTAATGAATTTTTATAGAAAAAATGA	8	93	0
TTTTCCTGTAAATTTTTTAATGAATTTTTA	8	105	0
CTGACTTTAATATTTTTAATGTATTTTTTT	8	151	0
AAAGTCAGAAAATATTAAAAATTATTATTA	8	173	1
     ACTTTTATATTTTATTTTGCATTAA	8	206	0
      GTTCTAAATTATTAAATTATAACT	9	4	1
TTATAATTTATAGTTATAATTTAATAATTT	9	15	0
ATTATAACTATAAATTATAACTATTCAAGT	9	25	1
ATAACTATTCAAGTTTAATATTTAAAATTT	9	41	1
GACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTT	9	51	0
AAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTGC	9	98	1
TGTTATTTGATATTTATTTTTTACCTTCTC	11	20	1
TTAGTTTTTATAATTAAAAATTGTAAATTA	11	54	0
 TCCAATCTTTAATTTTTTATCTATTCTTT	12	9	1
TTTTCAGTTTAAAAAATAAAAGAATAGATA	12	27	0
TTTTAAACTGAAAATATTATAAAGAGCATC	12	43	1
GAGCATCTATTAGATTTAAAAGGAATCCAT	12	66	1
GGAAGGCGTTTAGATTTTATTAGTTTTTAA	12	126	0
AAATAGTCAAAAAATAAAAAAGGT      	13	4	0
TTTAAAATAAAAATTAAAATAGTCAAAAAA	13	20	0
TTCTTATATTTAAATTTTATGT        	14	2	0
TAAATATAAGAATTTTTATTATAATTCCAT	14	20	1
AAGTGAAGGGAATATTATAATCATTTTATT	14	78	0
          TAAATTTTAAAAGTTAATGT	15	0	1
ATGCTTATTTTATTTAATAAAAACTAAAAA	16	19	0
AATTTAATGCAATATAAAATTAAGCTAAAA	17	20	0
TATATTGCATTAAATTTAAAATATTTTGCT	17	34	1
ATTTAATTAAAAATTAAAAAGCAAAATATT	17	53	0
TCTTATACAGTAAATAATATAAGCACTGAC	18	39	0
          **********
MAP Score: 2.39929