AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons006_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240161
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0069	145	acetylglutamate kinase (argB)
#1	MJ0188	300	inosine-5'-monophosphate dehydrogenase, putative
#2	MJ0429	167	argininosuccinate synthetase (argG)
#3	MJ0502	160	3-phosphoshikimate-1-carboxyvinyltransferase (aroA)
#4	MJ0605	74	M. jannaschii predicted coding region MJ0605
#5	MJ0607	172	M. jannaschii predicted coding region MJ0607
#6	MJ0608	239	exopolyphosphatase (ppx1)
#7	MJ0610	300	conserved hypothetical protein
#8	MJ0721	194	acetylornithine aminotransferase (argD)
#9	MJ0783	140	conserved hypothetical protein
#10	MJ0784	275	H2-forming N5,N10-methylene-tetrahydromethanopterin dehydrogenease (hmd)
#11	MJ0785	221	biotin synthetase, putative (bioB)
#12	MJ1081	130	conserved hypothetical protein
#13	MJ1083	69	iron-sulfur flavoprotein (isf)
#14	MJ1084	88	shikimate 5-dehydrogenase (aroE)
#15	MJ1096	221	N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase (argC)
#16	MJ1097	108	diaminopimelate decarboxylase (lysA)
#17	MJ1098	227	RNA maturase isolog
#18	MJ1099	205	conserved hypothetical protein
#19	MJ1175	65	chorismate synthase (aroC)
#20	MJ1176	121	proteasome regulatory AAA-ATPase
#21	MJ1296_MJ1297	38	MJ1296: biotin synthetase (bioB), MJ1297: 6-carboxyhexanoate-CoA ligase (bioW)
#22	MJ1299	43	dethiobiotin synthetase (bioD)
#23	MJ1454	95	3-dehydroquinate dehydratase (aroD)
#24	MJ1455	77	M. jannaschii predicted coding region MJ1455

Motif 1
ATTTCTAATTTTTTATTTTTTATAAGATAAT	11	59	1
        ACTTTTATATTTTATTTTGCATT	11	208	0
TTATCTATTCTTTTATTTTTTAAACTGAAAA	15	26	1
     ACCTTTTTTATTTTTTGACTATTTTA	19	5	1
ATATTTTGCTTTTTAATTTTTAATTAAATAA	23	54	1
CAGCATAAATTTTTAAATTTTTATATTGTAA	1	268	0
      ATCTTTTTAATTTTTTGTGATACTA	5	4	1
TTTTTGACTATTTTAATTTTTATTTTAAATG	19	21	1
TTCACTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATT	9	116	0
GTGTTTCATTTTTTATATATTCTTTTTATAT	1	12	1
AAATAGATAATTTTATATATTACCAAACATA	10	205	1
ATCTTTAATTTTTTATCTATTCTTTTATTTT	15	14	1
TATATATTCTTTTTATATATTCCCACAATAC	1	25	1
ATCAATGATATTATATTTTTTAATAGCCAAT	10	140	0
AATAATAATTTTTAATATTTTCTGACTTTAA	11	171	0
ATTTTCTGACTTTAATATTTTTAATGTATTT	11	155	0
CGGGCGTTATTTTTATTTTATCATATAAAGA	16	82	1
ATTATAATCATTTTATTTTATTATGGATTAT	20	64	0
CTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAAT	12	47	0
      ATTTTTATAATTTTTAATTTTGTTT	17	4	1
AACTTAATGTTTTAAAATTTTAATGTCTTTC	18	131	0
TAAATGCTTATTTTATTTAATAAAAACTAAA	22	21	0
CCCTTAAAAGTTTTATTTAATTAAAAATTAA	23	66	0
CATTAAGTTTTTATATATATTGTCATTAATC	18	153	1
GGATACCATATTATATATTATTTTCGGTTTT	1	73	1
TTGCATTAAATTTAAAATATTTTGCTTTTTA	23	38	1
TAACTATAAATTATAACTATTCAAGTTTAAT	12	29	1
GTTTGATAAATTTTAAATAATTCCTTTATCC	0	102	1
AAGTAATGCATTATAAGTATTTATATTTTGT	8	127	0
GCTTCTATTATTTAAAGTTATTGTTTGATAA	0	80	1
ATTACTTCCCTTAAAAGTTTTATTTTTAATT	8	151	1
AAAGTTTTATTTTTAATTTTAAAATCATTTT	8	164	1
    AAAACCTTTTAAGTTTATGAGTGGATA	0	128	0
TATTAGCAGTTTATATATAATAGGTGAGTTA	2	54	1
GTTGAAGTATTTATATCTAATCCTTAAAATA	1	136	1
AAACATTAACTTTTAAAATTTA         	21	1	0
ATTCTTATATTTAAATTTTATGT        	20	2	0
TTTCATCTTTTTATAACTAATCTCATAAAAT	5	120	0
AAATCTTAATTTTTATTAATTACCTTAGTTA	0	47	1
TGTTGAGTATTTTAATCATTTTTGATATGGT	8	87	0
ATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC     	12	5	0
TAGTCAGTGCTTATATTATTTACTGTATAAG	24	37	1
AATTTACAATTTTTAATTATAAAAACTAATT	14	55	1
TTTATTTTGATTTAAATTTTACCTATCCCTT	11	13	0
GTTTAAGGATTTATAATTTTATGTAAGATAT	2	122	1
TGGATTCCTTTTAAATCTAATAGATGCTCTT	15	64	0
TAGATGCTCTTTATAATATTTTCAGTTTAAA	15	44	0
TTCAAAAGTATTAAAATTAATAAGGAACACT	18	103	0
AAAAATCTCGTTTTATCTAAAATCTTAATTT	0	28	1
CTCCTACAGCTTTAATGTTAATAATGTTAAA	6	12	0
CTGTAAATTTTTTAATGAATTTTTATAGAAA	11	99	0
AATTATTAAATTATAACTATAAATTATAACT	12	16	1
ATATATCACATTTAAATTATACTCTGTTGAT	3	123	1
AAATTAACATTTATAAATTAAGTAAGT    	3	6	0
         ATTTTAACATTATTAACATTAA	6	1	1
TTTAAATGCCTTTAATAAAATATACAAACTG	1	226	1
CTCTATGCGGTTATATAAAATTTAGCACAAA	6	198	1
TATAAACGAATTATAAATAAATGTGTGGGGG	7	196	0
TTCAAAGGTTTTATAAAAAATCTTAAATTAT	15	197	1
TATCTAATCCTTAAAATAATTTACAATGGAA	1	149	1
TATTATTGTTTTATAACAAATATCACATTTA	7	225	1
GTGAAAGTATTTTTATTAATATTGCTATAAT	8	30	0
ATATAAGAATTTTTATTATAATTCCATATGG	20	23	1
GATTATTATCTTTAATGATTATAGCAAAGGT	18	16	0
AATTTTTATTTTAAATGTAAAACTAAGCAAT	19	35	1
          ****** ****
MAP Score: 66.9102

Motif 2
         AGCCCGGGTCGCCTAGCCAGG	16	1	1
TAAAAATAACGCCCGGGAGGGGATTTGAAC	16	67	0
AAATGATAAAGCCCGGGTCGCCTAGCCAGA	17	130	1
          **********
MAP Score: 1.30493