AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240207
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0081	300	methyl coenzyme M reductase II, subunit beta (mrtB)
#1	MJ0084	261	CODH nickel-insertion accessory protein (cooC)
#2	MJ0085	134	iron transport periplasmic binding protein, putative (ceuE)
#3	MJ0086	36	unspecified methyltransferase
#4	MJ0087	23	hemin permease (hemU)
#5	MJ0090	80	collagenase (prtC)
#6	MJ0091	95	Na+/Ca+ exchanger protein, putative
#7	MJ0118	231	methyl coenzyme M reductase II, operon protein D (mtrD)
#8	MJ0841_MJ0842	219	MJ0841: conserved hypothetical protein, MJ0842: methyl coenzyme M reductase I, subunit beta (mcrB)
#9	MJ0846	131	methyl coenzyme M reductase I, subunit alpha (mcrA)
#10	MJ0847	219	N5-methyl-tetrahydromethanopterin:coenzyme M methyltransferase, subunit E (mtrE)
#11	MJ0849	29	N5-methyl-tetrahydromethanopterin:coenzyme M methyltransferase, subunit C (mrtC)

Motif 1
AAATTTAAATTTTTAATTTTCTTAAAGTAATAT	7	162	1
ATATTATTATTTTAACATTTTTTAGTAATTTTT	0	192	1
ATTATCTTATTTTAAGTTTTATTTTTTGGACTT	1	15	1
AAATTAAAAATTTAAATTTTATTATCTAAATTC	7	148	0
TTAATTTTTATTTAACTTTTTTTTAGTTATAGG	10	116	0
          TTTTTAATTTTTTATAATTTTTA	3	0	1
 ATTCTAAATTTTTTAATTTTTTATTATGTTGA	10	9	1
ATTTTTGAGATTTATAATTTATTTTTGTAGTTT	9	54	0
AATTTTGATTTTTATTTTTTATTTTTCTAAGTT	9	89	0
AATTTTATCATTTTAATATTATTATTTTAACAT	0	177	1
TTGATGTATTTTTAACGATTATTTTTGATAAAC	2	44	1
TTTTTTAAATTTTAAATTATATTTGAAGTATAA	5	49	0
TTTGCTTAAGTTTAAATATTATTGCAGAATATA	6	34	1
TTTTAAAGATTTTAAAGATTTTTTTAATTTTAT	0	152	1
ACTATCACATTTTTTGAATTATT          	4	0	0
         CTTTTTTCTATTTTTTATATAATT	2	1	1
AATTATTGGATTTTATGTTATTTTAATTTTAAA	8	122	0
ATTCTGTTCCTTTAAAATTAATTATAATGTAGT	7	23	1
TTTCGATAAATTTAATATTACTTTAAGAAAATT	7	176	0
GCTTTGCCCATTTAACCTTTATAACTTTCTCCC	9	17	1
CTCAGTCTGATTTAAATTTAATTAAAACCTAAT	1	230	0
TTTATATAATTTTTATGAATATTGATGTATTTT	2	23	1
GTGAATTTGCTTTTTCATTATTTGAGTTTAAGA	7	76	1
TTTTTTGGACTTTATTTTTAATTTTAAAATTTT	1	36	1
TGATGATACTTTTAGGCTTTCTTTATGATTCAA	0	64	1
TGAACAAAAATTTTTAATATCTAATATATATTT	2	84	0
AGAATTTAAGTTTTTGTATTTTACGTTTTAATA	10	54	0
AATTCAATCTTTTTATATTACTACATTATAATT	7	42	0
TAAAGTTTGTTTTTGAATATATTCTGCAATAAT	6	51	0
AAAAACAAACTTTAATTAATTTAGTAGGGATAA	6	70	1
TAATTTAAAATTTAAAAAAATTTCTAA      	5	63	1
CTTTAAAATCTTTAAAAAAATTTTGAATTCCTC	0	136	0
ATTCAAACATTTTATCAAAAGTTTTAGATAAAA	1	90	1
TAGAAAAAGATTTATACTAAATAAGATATTAGG	1	203	1
          *****  *** **
MAP Score: 55.5278

Motif 2
AAATCTTTAAAATCTTTAAAAAAATTTTGAATTCCTCACA	0	133	0
TCACCAAAATAAAAATTATAAAAAATTAAAAA        	3	2	0
AATATAATTTAAAATTTAAAAAAATTTCTAA         	5	59	1
TGGTGAAAAAATCCCTTATAAAATTTTCTATCTGAAATTT	8	157	1
ATTATAATGTAGTAATATAAAAAGATTGAATTGGTGAATT	7	43	1
TATAACTGTTATTTTTAATAAAAAATTTCAGATAGAAAAT	8	179	0
ATGGATTCCTATAACTAAAAAAAAGTTAAATAAAAATTAA	10	109	1
TTAAAATGATAAAATTAAAAAAATCTTTAAAATCTTTAAA	0	153	0
CAACATAATAAAAAATTAAAAAATTTAGAAT         	10	1	0
TGATATTGTTAAGCATATTAAAACGTAAAATACAAAAACT	10	39	1
AATTTTTAGGATAAAATAGAAAATTTTATATACCTATTAC	0	218	1
TTTTAACAGAATCAAATAGAAAACCTTATATATTAACCTA	10	154	1
CATTAATATTATTTTATCTAAAACTTTTGATAAAATGTTT	1	94	0
AGGCTATATGATATGAACAAAAATTTTTAATATCTAATAT	2	90	0
ATATTACTTTAAGAAAATTAAAAATTTAAATTTTATTATC	7	155	0
ATATTCATAAAAATTATATAAAAAATAGAAAAAAG     	2	5	0
GTCTGATTTAAATTTAATTAAAACCTAATATCTTATTTAG	1	219	0
TATCCTAAAAATTACTAAAAAATGTTAAAATAATAATATT	0	191	0
ATATTACTACAGCTATAGAAAATGATAGTAATAGGTATAT	0	245	0
CCAAAAAATAAAACTTAAAATAAGATAATAAAGA      	1	4	0
GCAAAGTTTTAAAATTAAAATAACATAAAATCCAATAATT	8	115	1
AAATTTATCGAAAGTATTATAAAGGTTGAAAGAAATAGTA	7	196	1
ATGTTCCTCCACTTGTTAGAAAAAGATTTATACTAAATAA	1	187	1
CCAGTTTTTCATTTGAACAAAATCGTAACATTTATATAGT	8	54	1
TTTAAATTATATTTGAAGTATAAAATAGCAATAACCAATA	5	32	0
TCCCACTAAAACTACAAAAATAAATTATAAATCTCAAAAA	9	46	1
TCTCAAAAATATAACTTAGAAAAATAAAAAATAAAAATCA	9	77	1
  AATTAATCACCCATTCTATATTGTTAAAT         	11	1	0
GATGAACTGAAAATTTTGCTTAAGTTTAAATATTATTGCA	6	20	1
ACCAACACCAACCTTTTTGTTAATATATTACTACAGCTAT	0	269	0
ATTCAAAAACAAACTTTAATTAATTTAGTAGGGATAAGA 	6	66	1
TTATATTACTACATTATAATTAATTTTAAAGGAACAGAAT	7	23	0
TATTTTTTGGACTTTATTTTTAATTTTAAAATTTTAATTG	1	34	1
TATCAAAAATAATCGTTAAAAATACATCAATATTCATAAA	2	34	0
ATTTTAAAGGAACAGAATCTAATTTTATGAG         	7	1	0
TGATACTTTTAGGCTTTCTTTATGATTCAAAAAAATGCGT	0	67	1
          *    **  ****  **  *
MAP Score: 53.1395

Motif 3
AAAATCTTTAAAATCTTTAAAAAAATTTTGAATTCCTCA	0	135	0
TTAAAGATTTTAAAGATTTTTTTAATTTTATCATTTTAA	0	154	1
CATTTTAATATTATTATTTTAACATTTTTTAGTAATTTT	0	185	1
GTAATAGGTATATAAAATTTTCTATTTTATCCTAAAAAT	0	219	0
          TCTTTATTATCTTATTTTAAGTTTTATTT	1	0	1
TTATTTTAAGTTTTATTTTTTGGACTTTATTTTTAATTT	1	21	1
TTGGACTTTATTTTTAATTTTAAAATTTTAATTGGAGGG	1	40	1
AGGGCATAATAATAGATTCAAACATTTTATCAAAAGTTT	1	75	1
CCATTAATATTATTTTATCTAAAACTTTTGATAAAATGT	1	96	0
  CTTTTTTCTATTTTTTATATAATTTTTATGAATATTG	2	8	1
ATAATTTTTATGAATATTGATGTATTTTTAACGATTATT	2	28	1
AAAATTTTTAATATCTAATATATATTTTTCGGTAGTTTA	2	72	0
        TTTTTAATTTTTTATAATTTTTATTTTGGTG	3	2	1
AATGAGGTCATATTGGTTATTGCTATTTTATACTTCAAA	5	22	1
        TTAGAAATTTTTTTAAATTTTAAATTATATT	5	59	0
  ATACAATATGGATGAACTGAAAATTTTGCTTAAGTTT	6	8	1
TTGCAGAATATATTCAAAAACAAACTTTAATTAATTTAG	6	55	1
TTTATATTACTACATTATAATTAATTTTAAAGGAACAGA	7	25	0
TGAATTTGCTTTTTCATTATTTGAGTTTAAGAGATATAT	7	77	1
TTTATCCGCAAACTTTATTTATGAATTTAGATAATAAAA	7	126	1
ATGAATTTAGATAATAAAATTTAAATTTTTAATTTTCTT	7	146	1
TTAATTTTCTTAAAGTAATATTAAATTTATCGAAAGTAT	7	174	1
ATTGGTTCGATATTAGTTATCGCAGTTTATATATATCCA	8	18	1
TTATTGGATTTTATGTTATTTTAATTTTAAAACTTTGCC	8	114	0
TCAGATAGAAAATTTTATAAGGGATTTTTTCACCAAAAA	8	153	0
GAGATTTATAATTTATTTTTGTAGTTTTAGTGGGAGAAA	9	42	0
GATTTTTATTTTTTATTTTTCTAAGTTATATTTTTGAGA	9	77	0
         ATTCTAAATTTTTTAATTTTTTATTATGTT	10	1	1
AATGTCAGAATTTAAGTTTTTGTATTTTACGTTTTAATA	10	54	0
TAATTTTTATTTAACTTTTTTTTAGTTATAGGAATCCAT	10	109	0
AAAAGTTAAATAAAAATTAAGTGAATTTTAACAGAATCA	10	129	1
          *  *  ** *   * ****
MAP Score: 30.9036