AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240221
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0781	40	type II secretion system protein
#1	MJ0782.1	140	conserved hypothetical protein
#2	MJ0891	276	flagellin B1 (flaB1)
#3	MJ0892	82	flagellin B2 (flaB2)
#4	MJ0893	81	flagellin B3 (flaB3)
#5	MJ0894	215	flagella-related protein C, putative
#6	MJ0896	38	flagella-related protein E, putative
#7	MJ0898	105	flagella-related protein G, putative
#8	MJ0904	104	M. jannaschii predicted coding region MJ0904
#9	MJ0905	71	M. jannaschii predicted coding region MJ0905
#10	MJ1287	23	type II secretion system protein, putative
#11	MJ1291	213	M. jannaschii predicted coding region MJ1291

Motif 1
TGATTATGCCAAATAAATTTAAACAAATCCAA	2	34	0
ATAAACACTTACATAAACTTAATGGTGAAGTT	11	189	1
AACATCCAATAAAAAAAATTAAATTAGGGGC 	4	9	0
TTGAAGAGGTATATATACTTAATGAAAATACA	1	38	0
GTATTATGGCATATATATTTAAACATTATTAT	11	51	0
TACTTCTTTATTAAAAAATTAAAGATAAATCT	7	66	1
CACTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATTTTC	1	15	1
ACTACAATAATCAAATAATTAATAAATTTTTT	11	106	1
ACATTACAATATATAAAATTAGGTGTCACATT	11	11	0
AAAAAAAAAGAAAAAAAATTAGATGAAGGACC	5	111	1
GTTTAACTACACAAAAAGTTAGCTAACTATTT	0	17	0
AGGAACTTGAACAAACAGTTAAAGACTTA   	5	196	1
     ATATTATAAATAGTTAGCTAACTTTTT	0	5	1
TATCTTAACTATAAAAAATTTATTAATTATTT	11	118	0
AGTTTAAGTGTAAAACACTTAAATTAAATAGA	5	12	0
ATCTTAAATATCATAAAATTTACTTTATTGCC	11	150	1
AGGATTCACCTTAAAAAGTTTAAGTGTAAAAC	5	28	0
TGAAATTCCATTATATAATTTAGTGATATAAT	4	48	1
TTTATAGTTAAGATAATCTTAAATATCATAAA	11	135	1
CTAAAAAGTGTAATTAACTTAAATATCTTAAA	3	37	1
TTAGATAAGCTTATAATCTTAATAGCATATTT	6	10	0
TCTTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAA	1	63	1
          * ***** ****
MAP Score: 29.0634

Motif 2
AATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAAACT	1	68	1
CACATTACAATATATAAAATTAGGTGTCACA	11	13	0
TCCATTAGTTTATATAAATTTGGATTTGTTT	2	15	1
ACCGCATTTATATTTAAAATATCATACTACA	11	81	1
GTTAATTTGCTATTTAAGATTCGACTATCGT	2	70	1
AATTTTATGATATTTAAGATTATCTTAACTA	11	139	0
ATTGAAGAGGTATATATACTTAATGAAAATA	1	40	0
TCATAACTACTATATATAGTTTTCGAAAACT	1	85	0
AGTATTATTTTATAAAAACTTTTTTAGTGTT	9	30	0
TTATCTTAACTATAAAAAATTTATTAATTAT	11	120	0
TTATTTAAGATATTTAAGTTAATTACACTTT	3	41	0
GTTAGCTAACTATTTATAATAT         	0	1	0
      AAAATATTTATATTATATCACTAAA	4	66	0
ATGGCATATATATTTAAACATTATTATTACA	11	47	0
TACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGAAAA	1	11	0
CATAAACACTTACATAAACTTAATGGTGAAG	11	188	1
AATTTGGATTTGTTTAAATTTATTTGGCATA	2	31	1
GAAATTCCATTATATAATTTAGTGATATAAT	4	49	1
      ATTCTATTTAATTTAAGTGTTTTAC	5	4	1
TTTACTTCTTTATTAAAAAATTAAAGATAAA	7	64	1
          ******** **
MAP Score: 24.1272

Motif 3
          ATATTATAAATAGTTAGCTAA	0	0	1
CTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATTTTCA	1	17	1
GTATATATACTTAATGAAAATACATTTAAAT	1	31	0
TTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAA	1	65	1
GTAGTTATGAATAAAGATAAATCAGCATATA	1	106	1
ACAAATCCAAATTTATATAAACTAATGGATA	2	13	0
ATTATGCCAAATAAATTTAAACAAATCCAAA	2	33	0
CGCAAAAAGAATATATTTTAAGAAAATTACA	2	157	1
AAAAAGTGTAATTAACTTAAATATCTTAAAT	3	39	1
CAAACATCCAATAAAAAAAATTAAATTAGGG	4	12	0
   AAAATATTTATATTATATCACTAAATTA	4	63	0
AATCGCCTCAATAAAAAATAAGATTCCAAAA	5	78	1
AGATTCCAAAATTAAAAAAAAAGAAAAAAAA	5	98	1
TTAATATGAAATAATAATAAATCATGCAGGG	7	20	0
ATTTACTTCTTTATTAAAAAATTAAAGATAA	7	63	1
TATTAAAAAATTAAAGATAAATCTGACTTGG	7	74	1
TGTAGTATTATTTTATAAAAACTTTTTTAGT	9	33	0
GCACATTACAATATATAAAATTAGGTGTCAC	11	14	0
GCATATATATTTAAACATTATTATTACATAG	11	44	0
GTATGATATTTTAAATATAAATGCGGTATTA	11	77	0
TATAAAAAATTTATTAATTATTTGATTATTG	11	110	0
TATAGTTAAGATAATCTTAAATATCATAAAA	11	137	1
ATATCATAAAATTTACTTTATTGCCCATATA	11	157	1
TTTATTGCCCATATACATAAACACTTACATA	11	173	1
AAACACTTACATAAACTTAATGGTGAAGTTT	11	191	1
          ***** *****
MAP Score: 11.8839