AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240236 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0781 40 type II secretion system protein #1 MJ0782.1 140 conserved hypothetical protein #2 MJ0891 276 flagellin B1 (flaB1) #3 MJ0892 82 flagellin B2 (flaB2) #4 MJ0893 81 flagellin B3 (flaB3) #5 MJ0894 215 flagella-related protein C, putative #6 MJ0896 38 flagella-related protein E, putative #7 MJ0898 105 flagella-related protein G, putative #8 MJ0903 194 M. jannaschii predicted coding region MJ0903 #9 MJ0904 104 M. jannaschii predicted coding region MJ0904 #10 MJ0905 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0905 #11 MJ1287 23 type II secretion system protein, putative #12 MJ1291 213 M. jannaschii predicted coding region MJ1291 Motif 1 ATTATGCCAAATAAATTTAAACAAATCCAAA 2 33 0 CTTCTTTATTAAAAAATTAAAGATAAATCTG 7 68 1 CATCCAATAAAAAAAATTAAATTAGGGGC 4 8 0 CTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATTTTCA 1 17 1 ATTATGGCATATATATTTAAACATTATTATT 12 50 0 GTAGTTATGAATAAAGATAAATCAGCATATA 1 106 1 AAACACTTACATAAACTTAATGGTGAAGTTT 12 191 1 GATTCACCTTAAAAAGTTTAAGTGTAAAACA 5 27 0 TATAAAAATGAAAAAATGAAAATACAAATTA 8 128 1 TTTAAGTGTAAAACACTTAAATTAAATAGAA 5 11 0 GAACTTGAACAAACAGTTAAAGACTTA 5 198 1 TTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAA 1 65 1 TTTATTGCCCATATACATAAACACTTACATA 12 173 1 CGCAAAAAGAATATATTTTAAGAAAATTACA 2 157 1 TATAGTTAAGATAATCTTAAATATCATAAAA 12 137 1 GAAGAGGTATATATACTTAATGAAAATACAT 1 37 0 TACAATAATCAAATAATTAATAAATTTTTTA 12 108 1 CCACCTCACTATAAACTGTAATTTTCTTAAA 2 173 0 CCAAAATTAAAAAAAAAGAAAAAAAATTAGA 5 103 1 TCCACATCCTAAAAAGTGTAATTAACTTAAA 3 29 1 TTAATATGAAATAATAATAAATCATGCAGGG 7 20 0 ACCTAATTTTATATATTGTAATGTGCTATGT 12 19 1 AGATAAGCTTATAATCTTAATAGCATATTT 6 9 0 AATACCGCATTTATATTTAAAATATCATACT 12 78 1 ***** ***** MAP Score: 27.811 Motif 2 TAAATTTGGATTTGTTTAAATTTATTTGGCATAATC 2 29 1 TTATATGGTGTTAATCAAAGTTTATTGTTATAGTTC 8 92 1 CAGGAGGTCCTTCATCTAATTTTTTTTCTTTTTTTT 5 112 0 TAGTATTATTTTATAAAAACTTTTTTAGTGTTGTAG 10 26 0 AAACTGTAATTTTCTTAAAATATATTCTTTTTGCGT 2 156 0 AATATATTCTTTTTGCGTAATTTATTGCGTAGTCAA 2 138 0 AAATGCGGTATTATGGCATATATATTTAAACATTAT 12 54 0 GCCCCTAATTTAATTTTTTTTATTGGATGTTTGG 4 8 1 CAAGTCAGATTTATCTTTAATTTTTTAATAAAGAAG 7 68 0 ATTATCTTAACTATAAAAAATTTATTAATTATTTGA 12 116 0 NCTATATATGCTGATTTATCTTTATTCATAACTACT 1 105 0 TGATTTATTATTATTTCATATTAATTACTTCATCAC 7 27 1 ATTTTCACTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATT 1 8 1 TATATATAGTTTTCGAAAACTTTATATATATGTGGA 1 70 0 AATCCCTCAATTGCTTGTAGTATTTTCCTCCCCCAC 2 229 0 TGTATTTTCATTTTTTCATTTTTATAGAACTATAAC 8 118 0 ATTCTATTTAATTTAAGTGTTTTACACTTAAAC 5 7 1 ACATGTGTTCCTGTAGGTATTTTATTTCCTAATACA 9 56 0 TTTTTTTTAATTTTGGAATCTTATTTTTTATTGAGG 5 83 0 ACTAAATTCATTATAATTTGTATTTTCATTTTTTCA 8 136 0 GTTTATCCATTAGTTTATATAAATTTGGATTTGTT 2 9 1 TTAAATGTATTTTCATTAAGTATATATACCTCTTCA 1 33 1 GATTGTGAAATTCCATTATATAATTTAGTGATATAA 4 43 1 AGAAATTGATTTGTGCTAAATGATTTATATGGTGTT 8 68 1 CACCATTAAGTTTATGTAAGTGTTTATGTATATGGG 12 180 0 ** ** ****** MAP Score: 23.1154 Motif 3 AGTTTTCGAAAACTTTATATATATGTGGATT 1 68 0 TGTGACACCTAATTTTATATATTGTAATGTG 12 13 1 AAACAAATCCAAATTTATATAAACTAATGGA 2 15 0 TGTAGTATGATATTTTAAATATAAATGCGGT 12 81 0 ACGATAGTCGAATCTTAAATAGCAAATTAAC 2 70 0 TAGTTAAGATAATCTTAAATATCATAAAATT 12 139 1 TATTTTCATTAAGTATATATACCTCTTCAAT 1 40 1 AGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATGA 1 85 1 AAAGTGTAATTAACTTAAATATCTTAAATAA 3 41 1 ATATTATAAATAGTTAGCTAAC 0 1 1 TTTAGTGATATAATATAAATATTTT 4 66 1 AACACTAAAAAAGTTTTTATAAAATAATACT 10 30 1 ATAATTAATAAATTTTTTATAGTTAAGATAA 12 120 1 TTTTCACTTCAGTTTTATATATTTAAATGTA 1 11 1 CTTCACCATTAAGTTTATGTAAGTGTTTATG 12 188 0 ATTATATCACTAAATTATATAATGGAATTTC 4 49 0 TATGCCAAATAAATTTAAACAAATCCAAATT 2 31 0 GTAAAACACTTAAATTAAATAGAAT 5 4 0 TGTAATAATAATGTTTAAATATATATGCCAT 12 47 1 TTTATCTTTAATTTTTTAATAAAGAAGTAAA 7 64 0 ** ******** MAP Score: 21.3969 Motif 4 GTATGATATTTTAAATATAAATGCGGTATTA 12 77 0 TAAGATTATCTTAACTATAAAAAATTTATTA 12 125 0 AAATACATTTAAATATATAAAACTGAAGTGA 1 14 0 TTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAAA 1 65 1 AATAATCAAATAATTAATAAATTTTTTATAG 12 111 1 TTATAGAACTATAACAATAAACTTTGATTAA 8 102 0 TATATAGTAGTTATGAATAAAGATAAATCAG 1 100 1 TTAATATGAAATAATAATAAATCATGCAGGG 7 20 0 ATTATATCACTAAATTATATAATGGAATTTC 4 49 0 TGTATTTTCATTAAGTATATATACCTCTTCA 1 38 1 ATAATAATGTTTAAATATATATGCCATAATA 12 51 1 TATTAAAAAATTAAAGATAAATCTGACTTGG 7 74 1 AAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTAT 1 83 1 TTATATAAACTAATGGATAAAC 2 1 0 ATAAGATTCCAAAATTAAAAAAAAAGAAAAA 5 95 1 AAACAAATCCAAATTTATATAAACTAATGGA 2 15 0 GATTATAAGCTTATCTAAAAAATT 6 24 1 AATTTAGTGATATAATATAAATATTTT 4 64 1 AAATTACGCAAAAAGAATATATTTTAAGAAA 2 151 1 ATTATGCCAAATAAATTTAAACAAATCCAAA 2 33 0 AAATTAAAAAAAAAGAAAAAAAATTAGATGA 5 106 1 ACTGTAGTATTATTTTATAAAAACTTTTTTA 10 35 0 ATTTACTTCTTTATTAAAAAATTAAAGATAA 7 63 1 AGTTCTATAAAAATGAAAAAATGAAAATACA 8 123 1 CATCCAATAAAAAAAATTAAATTAGGGGC 4 8 0 CTTATGGGGTTAAAAGATATAATCGCCTCAA 5 58 1 GTAAAACACTTAAATTAAATAGAAT 5 4 0 **** ****** MAP Score: 19.5908 Motif 5 TTTTCACTTCAGTTTTATATATTTAAATGTATTTTC 1 11 1 TGTGGATTGAAGAGGTATATATACTTAATGAAAATA 1 40 0 TACCTCTTCAATCCACATATATATAAAGTTTTCGAA 1 59 1 AAAGTTTTCGAAAACTATATATAGTAGTTATGAATA 1 83 1 CCCNCTATATATGCTGATTTATCTTTATTCATAACT 1 108 0 AAACAAATCCAAATTTATATAAACTAATGGATAAAC 2 10 0 TGATTATGCCAAATAAATTTAAACAAATCCAAATTT 2 30 0 CGAATCTTAAATAGCAAATTAACGTAATGATTATGC 2 57 0 GATAAAATTGACTACGCAATAAATTACGCAAAAAGA 2 131 1 AAATTACGCAAAAAGAATATATTTTAAGAAAATTAC 2 151 1 TCCTCAATCCACCTCACTATAAACTGTAATTTTCTT 2 176 0 ACATCCTAAAAAGTGTAATTAACTTAAATATCTTAA 3 32 1 AACATCCAATAAAAAAAATTAAATTAGGGGC 4 5 0 GGATTGTGAAATTCCATTATATAATTTAGTGATATA 4 42 1 AAAATATTTATATTATATCACTAAATT 4 64 0 TTTTTTATTGAGGCGATTATATCTTTTAACCCCATA 5 60 0 AATTTTTTAGATAAGCTTATAATCTTAATAGCATAT 6 12 0 AGTAATTAATATGAAATAATAATAAATCATGCAGGG 7 20 0 TTTATCTTTAATTTTTTAATAAAGAAGTAAATGTGA 7 59 0 ATTTAGCCATATTTAACAATAACTAAGTATTCAGGT 8 20 1 GTTTATTGTTATAGTTCTATAAAAATGAAAAAATGA 8 111 1 AAAAAATGAAAATACAAATTATAATGAATTTAGTGT 8 138 1 TAATGAATTTAGTGTCAATTAAAATAGTCTTAGAAA 8 159 1 CAGTTGATGTATTAGGAAATAAAATACCTACAGGAA 9 49 1 ACAACACTAAAAAAGTTTTTATAAAATAATACTACA 10 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