AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons009_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240258 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0047 189 putative mRNA 3'-end processing factor 1 #1 MJ0189 300 SSU ribosomal protein S13P (rpsM) #2 MJ0190 57 SSU ribosomal protein S4P (rpsD) #3 MJ0191 25 SSU ribosomal protein S11P (rpsK) #4 MJ0193 77 LSU ribosomal protein L18E #5 MJ0194 31 LSU ribosomal protein L13P (rplM) #6 MJ0196 57 DNA-directed RNA polymerase, subunit N (rpoN) #7 MJ0198 200 M. jannaschii predicted coding region MJ0198 #8 MJ0232 71 enolase (eno) #9 MJ0403 178 conserved hypothetical protein #10 MJ0982 119 SSU ribosomal protein S2P #11 MJ1081 130 conserved hypothetical protein #12 MJ1083 69 iron-sulfur flavoprotein (isf) #13 MJ1084 88 shikimate 5-dehydrogenase (aroE) #14 MJ1085 25 M. jannaschii predicted coding region MJ1085 #15 MJ1597 226 serine hydroxymethyltransferase (glyA) Motif 1 CTATATAAAGAATAAATGACAATTTTAAATTA 9 120 1 GTTATAATTTAATAATTTAGAAC 11 1 0 ATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACACG 1 111 1 GTATTGTGGGAATATATAAAAAGAATATATAA 1 98 1 AAATATTTAATAAATTTAATAGA 14 1 1 TTTATTAATAAATATTTGACAATAAATATTTA 15 100 0 TATAACAATTAATATTTTATAAAAAGTATTTA 0 120 1 GAAGGTAAAAAATAAATATCAAATAACACAAA 13 16 0 CAAACCTTATAATAATTATAAAAGGTTTGAAG 4 37 1 TATCTTTATCAATATATTTGAATATAACAATT 0 98 1 GGCATAAACAATTAAATTATAATTATTTTTTA 7 162 1 AATAGATATTAAAAAATAAAAAGAAGTGGCGC 1 233 0 TCTCACCCAAAATAAAAGAAAAGATAATATCT 6 32 0 AGTTTATTATAAAAATTCATAATTAAAGTATT 8 25 1 AAAAACCGAAAATAATATATAATATGGTATCC 1 49 1 TTTGAAAGACACTATATAAAAAAGTTTTTGGT 15 17 0 TAAGACCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACT 11 52 0 TTAATTATCTTATAAATTAAAAGCA 0 3 0 AAATTATAACTATAAATTATAACTATTCAAGT 11 23 1 CATATGTGTAAAAATATAAAAACTTTTCGGTT 9 53 1 ATAAACTTTAATTAATTTTGAAGACAGTATAG 15 127 1 AATTAGTTTTTATAATTAAAAATTGTAAATTA 13 54 0 GGAAACAACCACTAATTTTTAAATCCCCGACA 10 57 1 ATATCTTTCCAAAAATTGTAAAATAAAT 6 6 0 TTTCATTCTAATTATTTGTCAAACCTTATAAT 4 18 1 AAATATAAATTAAAGGTGAAACA 3 1 1 AAAGATAACAACTATTTTTAAAGGTGGAAAAT 10 97 1 ATCCACCTCAATTAAAAAATAATTATAATTTA 7 174 0 GCTGATTTTAATTAAAACAGAATCCCATTCCG 0 48 0 AAAGATAAAAACAAAATAACAATAAGCTGATT 0 73 0 ACATATGTGTATTATTAGAAAAAAATGATTAG 9 28 0 TTTAATAGCAAAAATAACAGAAATTAAAAATT 0 148 1 AATATACCGTATTAATACTTAAAAATATCTTT 15 162 0 CATTCAACAAAAAATTATTGAAGGTGATTAG 2 36 1 ******* * ** MAP Score: 41.4016 Motif 2 CACCTCAATTAAAAAATAATTATAATTTAATT 7 171 0 TTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTCTTATC 11 54 1 AAGAGAAGGTAAAAAATAAATATCAAATAACA 13 20 0 AATATTTGACAATAAATATTTAAATGCCTTCC 15 90 0 AATATTTTATAAAAAGTATTTAATAGCAAAAA 0 130 1 TTTATTTTTTAATATCTATTTACTATAAAACA 1 245 1 AAATATTTAATAAATTTAATAGA 14 1 1 AATAGATATTAAAAAATAAAAAGAAGTGGCGC 1 233 0 TACATACACAAATAACTATATAAAGAATAAAT 9 105 1 CATAACATTCAACAAAAAATTATTGAAGGTGA 2 31 1 ATTGATAAAATTTATATACTCCCTTATA 10 6 1 ATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACACG 1 111 1 GTATTGTGGGAATATATAAAAAGAATATATAA 1 98 1 CATATGTGTAAAAATATAAAAACTTTTCGGTT 9 53 1 GAAAAACTATTAAAACCTATTTC 12 1 1 TGTAATTTACAATTTTTAATTATAAAAACTAA 13 52 1 ACTTCAACATCAAATTAATAACTATCC 1 5 1 TTTTAATTATAAAAACTAATTTAATGTGATAA 13 65 1 TTTATTGTCAAATATTTATTAATAAACTTTAA 15 106 1 TGATAAAGATAAAAACAAAATAACAATAAGCT 0 77 0 CAAACCTTATAATAATTATAAAAGGTTTGAAG 4 37 1 AGAAGGCATAAACAATTAAATTATAATTATTT 7 158 1 TCAAAAAGATAACAACTATTTTTAAAGGTGGA 10 93 1 ATTTGAATATAACAATTAATATTTTATAAAAA 0 113 1 AACCGAAAATAATATATAATATGGTATCCATT 1 52 1 ATTAAATTATAACTATAAATTATAACTATTCA 11 20 1 AAATATAAATTAAAGGTGAAAC 3 0 1 AATAAATGACAATTTTAAATTAGGTTTAATGT 9 130 1 TACTGTCTTCAAAATTAATTAAAGTTTATTAA 15 124 0 ATTTTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTATTTT 0 158 0 GTTCTAAATTATTAAATTATAACTATAA 11 6 1 TAGAAATAGAAACAATAAATATACCGTATTAA 15 179 0 ** ** ****** MAP Score: 37.2998 Motif 3 AATTGTTTAAAACATTAAACCTAATTTAAAATTGTCATTTA 9 132 0 TAAATTATTAAATTATAACTATAAATTATAACTATTCAAGT 11 14 1 AAAAATTGTAAATTACAAAGAGAAGGTAAAAAATAAATATC 13 28 0 ATTTAATAGCAAAAATAACAGAAATTAAAAATTGAATAAAA 0 147 1 TATATTGATAAAGATAAAAACAAAATAACAATAAGCTGATT 0 73 0 ATTAACGTTTAATAGAAATAGAAACAATAAATATACCGTAT 15 182 0 TTTTATAGTAAATAGATATTAAAAAATAAAAAGAAGTGGCG 1 234 0 TATTAAATGAAACACTTAGCATAACATTCAACAAAAAATTA 2 12 1 GAATATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACACGTTTCA 1 107 1 ATTATTTGTCAAACCTTATAATAATTATAAAAGGTTTGAAG 4 28 1 TACATACACAAATAACTATATAAAGAATAAATGACAATTTT 9 105 1 CTTTTTATAAAATATTAATTGTTATATTCAAATATATTGAT 0 105 0 CAATATTCAAAAAGATAACAACTATTTTTAAAGGTGGAAAA 10 87 1 TTATCACATCAAATCAAAAACATATCAAAAATTTAATTGGG 11 81 1 TGTTTCCCCTAAAGGATAGAAATAAGTATAAGGGAGTATAT 10 23 0 ATACCGTATTAATACTTAAAAATATCTTTAAACTATACTGT 15 150 0 AAATATAAATTAAAGGTGAAACACT 3 0 1 CCTTAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAATAGTTATAAT 11 38 0 TTTCTCACCCAAAATAAAAGAAAAGATAATATCTTTCCAAA 6 25 0 AAATACTTTAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGAGGTG 8 17 0 CCTTACTAAAAACCGAAAATAATATATAATATGGTATCCAT 1 42 1 GGTTTTTAGTAAGGTTAAAGGATAGTTATTAATTTGATGTT 1 15 0 TGTAATTTACAATTTTTAATTATAAAAACTAATTTAATGTG 13 52 1 ** ** ** ** ** MAP Score: 25.6621 Motif 4 TTAATTATCTTATAAATTAAAAGCA 0 4 0 GTTATATTCAAATATATTGATAAAGATAAAA 0 95 0 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CTAATCACCTTCAATAATTTTTTGT 2 42 0 AGTGTTTCACCTTTAATTTATATTT 3 8 0 TTATTTGTCAAACCTTATAATAATTATAAA 4 29 1 TTTTCCTTCAAACCTTTTATAATTATTATA 4 44 0 AGAAGGCATAAACAATTAAATTATAATTAT 7 158 1 ATTATCACCTCATATTTTCTAATCA 9 5 1 TAGGGGAAACAACCACTAATTTTTAAATCC 10 53 1 ATTTTCCACCTTTAAAAATAGTTGTT 10 103 0 TTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTCTTA 11 54 1 AAGGTCTTATCACATCAAATCAAAAACATA 11 75 1 AAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTGC 11 98 1 ATTATCACATTAAATTAGTTTTTAT 13 73 0 ATTTATTAATAAACTTTAATTAATTTTGAA 15 119 1 TAGAAATAGAAACAATAAATATACCGTATT 15 181 0 CCCTCTTATTAACGTTTAATAGAAATAGAA 15 200 0 ********** MAP Score: 3.7354 Motif 7 AACGGTCTGATTTTAATTATCTTATAAATTAAAAGCA 0 10 0 CAGCTTATTGTTATTTTGTTTTTATCTTTATCAATAT 0 76 1 CTATTAAATACTTTTTATAAAATATTAATTGTTATAT 0 119 0 ATACCACCATTTTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTAT 0 161 0 CAACATCAAATTAATAACTATCCTTTAACCTTACTAA 1 14 1 AAATAATATATAATATGGTATCCATTAATCATAACGT 1 58 1 CGTGTTTCATTTTTTATATATTCTTTTTATATATTCC 1 106 0 GCCACTTCTTTTTATTTTTTAATATCTATTTACTATA 1 235 1 CCTTCAATAATTTTTTGTTGAATGTTATGCTAAGTGT 2 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