AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons009_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240272 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0047 189 putative mRNA 3'-end processing factor 1 #1 MJ0189 300 SSU ribosomal protein S13P (rpsM) #2 MJ0190 57 SSU ribosomal protein S4P (rpsD) #3 MJ0191 25 SSU ribosomal protein S11P (rpsK) #4 MJ0193 77 LSU ribosomal protein L18E #5 MJ0194 31 LSU ribosomal protein L13P (rplM) #6 MJ0196 57 DNA-directed RNA polymerase, subunit N (rpoN) #7 MJ0197 140 DNA-directed RNA polymerase, subunit K (rpoK) #8 MJ0198 200 M. jannaschii predicted coding region MJ0198 #9 MJ0232 71 enolase (eno) #10 MJ0403 178 conserved hypothetical protein #11 MJ0982 119 SSU ribosomal protein S2P #12 MJ0983 134 LSU ribosomal protein L15E (rpl15) #13 MJ1081 130 conserved hypothetical protein #14 MJ1083 69 iron-sulfur flavoprotein (isf) #15 MJ1084 88 shikimate 5-dehydrogenase (aroE) #16 MJ1085 25 M. jannaschii predicted coding region MJ1085 #17 MJ1597 226 serine hydroxymethyltransferase (glyA) Motif 1 TAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAATAGT 13 44 0 TTTACAATTTTTAATTATAAAAACTAATTTAA 15 57 1 AAGGTAAAAAATAAATATCAAATAACACAAAA 15 15 0 AAACCTTATAATAATTATAAAAGGTTTGAAGG 4 38 1 GTTCTAAATTATTAAATTATAACTAT 13 4 1 CTGAAATATATAAAATATCAAATGGTGGGGCC 7 108 0 GAAAAACTATTAAAACCTATTTCT 14 2 1 ACATATGTGTAAAAATATAAAAACTTTTCGGT 10 52 1 AAAGAATATATAAAAAATGAAACACGTTTCAG 1 117 1 AAATAGATATTAAAAAATAAAAAGAAGTGGCG 1 234 0 GGAGAAGGCATAAACAATTAAATTATAATTAT 8 156 1 AAAGATATTTTTAAGTATTAATACGGTATATT 17 162 1 TTTAAATACTTTAATTATGAATTTTTATAATA 9 29 0 TTATTAAATTATAACTATAAATTATAACTATT 13 18 1 ATACTTTTTATAAAATATTAATTGTTATATTC 0 117 0 TTAATATCTATTTACTATAAAACACGAAATTA 1 253 1 CACCTCCAAGTTTATTATAAAAATTCATAATT 9 17 1 CCTCTATTAAATTTATTAAATATTT 16 5 0 TTTAATTATCTTATAAATTAAAAGCA 0 4 0 AAATATAAATTAAAGGTGAAACAC 3 2 1 CATCCCCTTTTATAATATCAAAGCTTTAGAGT 12 77 0 AATAACTATATAAAGAATAAATGACAATTTTA 10 115 1 ACTGTCTTCAAAATTAATTAAAGTTTATTAAT 17 123 0 ATATTTGACAATAAATATTTAAATGCCTTCCT 17 89 0 TTGACAAATAATTAGAATGAAAATGGTTTT 4 8 0 ATATTTTATAAAAAGTATTTAATAGCAAAAAT 0 131 1 AATAATAAGTTTAAAAATCTAA 7 0 0 TTATTGTCAAATATTTATTAATAAACTTTAAT 17 107 1 TATTGTTTCTATTTCTATTAAACGTTAATAAG 17 194 1 CAATAAGCTGATTTTAATTAAAACAGAATCCC 0 54 0 ATTATTAAATGAAACACTTAGCAT 2 2 1 TAAAGTATTTAAAAATATCTATTAGGTGATAA 9 48 1 AGAAATTAAAAATTGAATAAAAATGGTGGTAT 0 166 1 GACAACTATTATATTAATTTAACGGTTATTTG 12 34 0 TTTAATGTTTTAAACAATTTATTAGAGGGGTA 10 154 1 AAAAACCGAAAATAATATATAATATGGTATCC 1 49 1 GGAGTATATAAATTTTATCAAT 11 0 0 **** *** *** MAP Score: 42.4379 Motif 2 GTATTGTGGGAATATATAAAAAGAATATATA 1 98 1 CAAACCTTATAATAATTATAAAAGGTTTGAA 4 37 1 TCACCTCTGAAATATATAAAATATCAAATGG 7 115 0 TCAATTAAAAAATAATTATAATTTAATTGTT 8 168 0 ATATAAAAAGAATATATAAAAAATGAAACAC 1 111 1 AAAGGATAGAAATAAGTATAAGGGAGTATAT 11 23 0 ATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAG 13 47 1 TTTGACAATAAATATTTAAATGCCTTCCTTT 17 87 0 TACATACACAAATAACTATATAAAGAATAAA 10 105 1 TTTATTGTCAAATATTTATTAATAAACTTTA 17 106 1 AGTATTTAAAAATATCTATTAGGTGATAAT 9 51 1 AAATATTTAATAAATTTAATAG 16 1 1 AACCGAAAATAATATATAATATGGTATCCAT 1 52 1 TTTATTTTTTAATATCTATTTACTATAAAAC 1 245 1 CATATGTGTAAAAATATAAAAACTTTTCGGT 10 53 1 ATTGATAAAATTTATATACTCCCTTAT 11 6 1 AATAGATATTAAAAAATAAAAAGAAGTGGCG 1 234 0 TTTAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGA 9 21 0 AAGAGAAGGTAAAAAATAAATATCAAATAAC 15 21 0 ATAACCGTTAAATTAATATAATAGTTGTCTA 12 37 1 AACAACCACTAATTTTTAAATCCCCGACAAT 11 60 1 GAAAAACTATTAAAACCTATTT 14 1 1 GTTCTAAATTATTAAATTATAACTATA 13 6 1 AATATTTTATAAAAAGTATTTAATAGCAAAA 0 130 1 AAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTGCG 13 98 1 TTTTAATTATAAAAACTAATTTAATGTGATA 15 65 1 TTTCACCTTTAATTTATATTT 3 0 0 AATACTTAAAAATATCTTTAAACTATACTGT 17 150 0 ATTTTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTATTT 0 159 0 TGTAATTTACAATTTTTAATTATAAAAACTA 15 52 1 TGAATATAACAATTAATATTTTATAAAAAGT 0 116 1 ATCTTTCCAAAAATTGTAAAATAAAT 6 5 0 TAAAAAGAATAATAAGTTTAAAAATCTAA 7 8 0 AATCACCTTCAATAATTTTTTGTTGAATGTT 2 34 0 CTGTCTTCAAAATTAATTAAAGTTTATTAAT 17 123 0 TGGTTACTTCAAAATGTTTTTGAAAGACACT 17 36 0 AGACAGCACCAAAAACTTTTTTATATAGTGT 17 10 1 CCCCTCTAATAAATTGTTTAAAACATTAAAC 10 153 0 AGATATTTTTAAATACTTTAATTATGAATTT 9 37 0 ***** ***** MAP Score: 39.9212 Motif 3 TCCGCGCCACTTCTTTTTATTTTTTAATATCTATTT 1 230 1 TCCCTTATACTTATTTCTATCCTTTAGGGGAAACAA 11 29 1 TTATTTTCGGTTTTTAGTAAGGTTAAAGGATAGTTA 1 28 0 AACAATTAAATTATAATTATTTTTTAATTGAGGTGG 8 168 1 TGTCAAATATTTATTAATAAACTTTAATTAATTTTG 17 111 1 TTGTCATTTATTCTTTATATAGTTATTTGTGTATGT 10 106 0 TAGTTATAATTTATAGTTATAATTTAATAATTTAGA 13 12 0 TATTGTTATTTTGTTTTTATCTTTATCAATATATTT 0 81 1 CCCAATTAAATTTTTGATATGTTTTTGATTTGATGT 13 86 0 GTGTTTCATTTTTTATATATTCTTTTTATATATTCC 1 106 0 CACCATTTGATATTTTATATATTTCAGAGGTGAGAT 7 113 1 CACATTAAATTAGTTTTTATAATTAAAAATTGTAAA 15 57 0 ACCTCCAAGTTTATTATAAAAATTCATAATTAAAGT 9 18 1 ATTATCACCTAATAGATATTTTTAAATACTTTAAT 9 46 0 CTCTAATAAATTGTTTAAAACATTAAACCTAATTTA 10 145 0 CCTTTAAAAATAGTTGTTATCTTTTTGAATATTGTC 11 85 0 AAATATTTAATAAATTTAATAGAGG 16 3 1 TTGTTTCTATTTCTATTAAACGTTAATAAGAGGGAT 17 196 1 ATGGATACCATATTATATATTATTTTCGGTTTTTAG 1 47 0 AATTTAACGGTTATTTGAAAAGTTGTAATCACAAGT 12 15 0 ATTAAATACTTTTTATAAAATATTAATTGTTATATT 0 118 0 TATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTCT 13 46 1 ACAGTATAGTTTAAAGATATTTTTAAGTATTAATAC 17 150 1 ATGGTATCCATTAATCATAACGTTGAGTATTGTGGG 1 72 1 TCCCCTTTTATAATATCAAAGCTTTAGAGTAAATAA 12 71 0 AGCTACTGGTTACTTCAAAATGTTTTTGAAAGACAC 17 37 0 TTAGATTTTTAAACTTATTATTCTTTTTAACGGG 7 8 1 TACCACCATTTTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTAT 0 161 0 AACCGTTAAATTAATATAATAGTTGTCTATAGTTAT 12 39 1 TAGCATAACATTCAACAAAAAATTATTGAAGGTGAT 2 28 1 TGAAAGACACTATATAAAAAAGTTTTTGGTGCTGTC 17 11 0 ** ** *** ** * MAP Score: 39.6655 Motif 4 TCCGAAACGGTCTGATTTTAATTATCTTATAAATTAA 0 15 0 ATCAGCTTATTGTTATTTTGTTTTTATCTTTATCAAT 0 74 1 ACAATTAATATTTTATAAAAAGTATTTAATAGCAAAA 0 124 1 ACCATTTTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTATTTTTG 0 156 0 GTGTTTCATTTTTTATATATTCTTTTTATATATTCCC 1 105 0 GCCACTTCTTTTTATTTTTTAATATCTATTTACTATA 1 235 1 TTTTGTTGAATGTTATGCTAAGTGTTTCATTTAATAA 2 11 0 AGTGTTTCACCTTTAATTTATATTT 3 4 0 AAAACCATTTTCATTCTAATTATTTGTCAAACCTT 4 8 1 CCTTCAAACCTTTTATAATTATTATAAGGTTTGACAA 4 33 0 ATCACCGTGTTTTAATCCAGTTTATAT 5 0 0 ATTTATTTTACAATTTTTGGAAAGATAT 6 1 1 GGCCCCACCATTTGATATTTTATATATTTCAGAGGTG 7 108 1 GCATAAACAATTAAATTATAATTATTTTTTAATTGAG 8 163 1 TTTTAAATACTTTAATTATGAATTTTTATAATAAACT 9 25 0 TCACCTCATATTTTCTAATCATTTTTTTCTAATAATA 10 14 1 AATTTAAAATTGTCATTTATTCTTTATATAGTTATTT 10 114 0 TTAGGTTTAATGTTTTAAACAATTTATTAGAGGGGTA 10 149 1 ATTGATAAAATTTATATACTCCCTTAT 11 0 1 ACCCAATTAAATTTTTGATATGTTTTTGATTTGATGT 13 86 0 TTTTGTGTTATTTGATATTTATTTTTTACCTTCTCTT 15 15 1 ACCTTCTCTTTGTAATTTACAATTTTTAATTATAAAA 15 42 1 CACCAAAAACTTTTTTATATAGTGTCTTTCAAAAACA 17 16 1 TTAATAAATATTTGACAATAAATATTTAAATGCCTTC 17 91 0 AATACGGTATATTTATTGTTTCTATTTCTATTAAACG 17 181 1 *** ** * * * * * MAP Score: 27.1149 Motif 5 AGCCTAGCCCGGCCAAGGCGTGGGACTGGAGA 1 158 1 CATGGGGCTTTGCCCCGCGGGGGTTCAAATCC 1 193 1 AAAAAGAAGTGGCGCGGAGGGGGGGATTTGAA 1 216 0 TCTTTTTAACGGGGCCGTGGGGTAGCCTGGAT 7 31 1 GGATATCCTGTGCGCTTGGGGGGCGTGCGACC 7 59 1 ATCAAATGGTGGGGCCGCCGGGACTTGAACCC 7 92 0 GTATAGTAATCGCCCATGGGCGAGTAATGAAA 8 58 1 TATTATAAAAGGGGATGTGGCGGCAATGCTGA 12 92 1 ***** * **** MAP Score: 6.69037 Motif 6 TGCTTTTAATTTATAAGATAATTAA 0 3 1 CTTATTGTTATTTTGTTTTTATCTTTATCAAT 0 79 1 TTATAAAATATTAATTGTTATATTCAAATATA 0 110 0 ATTAAATACTTTTTATAAAATATTAATTGTTA 0 122 0 TTCTGTTATTTTTGCTATTAAATACTTTTTAT 0 138 0 GGATACCATATTATATATTATTTTCGGTTTTT 1 49 0 TTATATATTCTTTTTATATATTCCCACAATAC 1 98 0 CGTGTTTCATTTTTTATATATTCTTTTTATAT 1 111 0 GCGCCACTTCTTTTTATTTTTTAATATCTATT 1 233 1 TGTTTCACCTTTAATTTATATTT 3 1 0 CTTCAAACCTTTTATAATTATTATAAGGTTTG 4 37 0 ATTTATTTTACAATTTTTGGAAAGATAT 6 6 1 AGATATTATCTTTTCTTTTATTTTGGGTGAGA 6 32 1 TTAGATTTTTAAACTTATTATTCTTTTTA 7 7 1 GGCCCCACCATTTGATATTTTATATATTTCAG 7 108 1 ATAATTATAATTTAATTGTTTATGCCTTCTCC 8 156 0 CACCTCCAAGTTTATTATAAAAATTCATAATT 9 17 1 CCGAAAAGTTTTTATATTTTTACACATATGTG 10 51 0 AAAATTGTCATTTATTCTTTATATAGTTATTT 10 114 0 TTAAATTAGGTTTAATGTTTTAAACAATTTAT 10 144 1 ACTCTAAAGCTTTGATATTATAAAAGGGGATG 12 77 1 ATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 13 4 0 ATAGTTATAATTTATAGTTATAATTTAATAAT 13 17 0 ACTATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTA 13 44 1 GAAATAGGTTTTAATAGTTTTTC 14 1 0 AACACTTTTGTGTTATTTGATATTTAT 15 5 1 CTCTTTGTAATTTACAATTTTTAATTATAAAA 15 47 1 TCACATTAAATTAGTTTTTATAATTAAAAATT 15 62 0 TAAAAACTAATTTAATGTGATAAT 15 74 1 AAATATTTAATAAATTTAATAGAGG 16 6 1 GCACCAAAAACTTTTTTATATAGTGTCTTTCA 17 15 1 AAGGAAGGCATTTAAATATTTATTGTCAAATA 17 88 1 TTAATTAAAGTTTATTAATAAATATTTGACAA 17 110 0 ATTAATAAACTTTAATTAATTTTGAAGACAGT 17 123 1 GACAGTATAGTTTAAAGATATTTTTAAGTATT 17 149 1 ATATACCGTATTAATACTTAAAAATATCTTTA 17 161 0 ATACGGTATATTTATTGTTTCTATTTCTATTA 17 182 1 **** * ***** MAP Score: 5.47333 Motif 7 TGCTTTTAATTTATAAGATAATTAAAATCAGACCGTTTCGGA 0 10 1 AATACTTTTTATAAAATATTAATTGTTATATTCAAATATATT 0 108 0 ACCATTTTTATTCAATTTTTAATTTCTGTTATTTTTGCTATT 0 151 0 ACTTCAACATCAAATTAATAACTATCCTTTAACC 1 2 1 CTTTTTATTTTTTAATATCTATTTACTATAAAACACGAAATT 1 242 1 CCTTCAAACCTTTTATAATTATTATAAGGTTTGACAAATAAT 4 28 0 TTAGATTTTTAAACTTATTATTCTTTTTAACGGGGCCG 7 6 1 GCATAAACAATTAAATTATAATTATTTTTTAATTGAGGTGGA 8 163 1 TTTTAAATACTTTAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGAG 9 20 0 AATTAAAGTATTTAAAAATATCTATTAGGTGATAAT 9 45 1 CATTTATTCTTTATATAGTTATTTGTGTATGTATATGACACT 10 96 0 TGTTTAAAACATTAAACCTAATTTAAAATTGTCATTTATTCT 10 128 0 GTTTAATGTTTTAAACAATTTATTAGAGGGGTATT 10 153 1 ATTGATAAAATTTATATACTCCCTTATACTTATTTC 11 4 1 ATTATATTAATTTAACGGTTATTTGAAAAGTTGTAATCACAA 12 17 0 TTCTAAATTATTAAATTATAACTATAAATTATAACTATTCAA 13 11 1 ATTATAACTATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGT 13 38 1 GAAAAACTATTAAAACCTATTTCTGATAAAATACATTAGG 14 8 1 AAGGTAAAAAATAAATATCAAATAACACAAAAGTGTT 15 5 0 ATTTTTAATTATAAAAACTAATTTAATGTGATAAT 15 63 1 AGGAAGGCATTTAAATATTTATTGTCAAATATTTATTAATAA 17 89 1 ATATTTATTAATAAACTTTAATTAATTTTGAAGACAGTATAG 17 117 1 TAAAGATATTTTTAAGTATTAATACGGTATATTTATTGTTTC 17 161 1 TATCCCTCTTATTAACGTTTAATAGAAATAGAAACAATAAAT 17 191 0 ** ** *** ** * MAP Score: 4.84245