AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240309
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0203	120	phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase (purM)
#1	MJ0204	99	amidophosphoribosyltransferase (purF)
#2	MJ0832	259	anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase (nrdD)
#3	MJ0934	300	polyferredoxin (mvhB)
#4	MJ0936	94	conserved hypothetical protein
#5	MJ0937	63	phosphoribosylamine--glycine ligase (purD)
#6	MJ1116	136	asparagine synthetase (asnB)
#7	MJ1264	76	phosphoribosylformylglycinamidine synthase II (purL)
#8	MJ1265	189	nucleoside diphosphate kinase, (ndk)
#9	MJ1416	132	conserved hypothetical protein
#10	MJ1420	100	glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing) (glmS)
#11	MJ1592	300	phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase (purC)
#12	MJ1648	143	phosphoribosylformylglycinamidine synthase I, (purQ)

Motif 1
ATAAATTATCTTTTTAATTTTACTAATTCTT	1	12	1
TTAAACCACTTTTTTACTTTTTTATTATTAC	5	15	1
CTTTGATATATTTTTATTTTTTATTTCACTG	11	69	1
TAAAAACCCTTTTTTAGTTTTTTAGACTTTT	1	76	0
AACTATAAATTTTTTATATTACATTGTAAGT	11	213	1
TATACCTTATTTTTTAATATTAGCTAACACA	6	106	0
ATAATTTTATTTTTTACTATTTTTTGGGTGA	2	234	1
CGCCGGCCACTTTTTATTATTTTAAATTCTC	3	107	1
ACTATAGTTCTTTTTAAAATATTTTGTAATA	11	105	1
AATTTAAATATTTTTAAAATATCTTAAGTAA	3	279	1
ATTTTAAAAATATTTAAATTTATCGATTAAT	3	268	0
ATATGAGCAATATTTAAATTTTTCGAGATAG	8	62	1
AAAAGAGAATTATTTAAAATTAGTATTAATA	10	24	1
CATAATCTTATATTTATAATTTTTAGTTATG	9	106	1
GCCGGGCTTCTTTTTATTTTAGAACAATTAA	3	242	1
TAGGAATGTGTATTTAGTTTTTCAGTAATAA	2	168	0
TTTATTAAGATATTTAAATTAAAATTTTGCA	6	51	1
CCTCTAAGGTTATTTATAATAAATTGATTTA	6	17	1
TTATCGCACTTATTTAAAATATTTAAGCGGA	2	113	1
TAAATGAGAGTTTTAATAATTAAAATTTAAA	11	259	1
TCTCATTTAATTTTTAATCTTTATACTTACA	11	237	0
TATATAAATCTTTTAAATTTTTAGTTACTAT	9	48	1
TGTTTATGGGTTTTAACTATTTATTACTTTA	10	59	1
TAATAAACTTTATTAACATTTGAAAAGAACT	11	186	1
CATTATGGAATATTTAAACTACAGAAAGTCT	0	25	0
AATAATTCTCTTTTAAATATATTATATA   	10	7	0
        ATTTTTAAATATACCTTATTTTT	6	123	0
TTAAAATTAGTATTAATATTATTGTTTATGG	10	37	1
ATACGGAAGTTATTAAAAATAATGATAATAT	8	105	0
GCAATTTCATTTTTTATATATGAGCAATATT	8	45	1
CTTTAGGAGATATTTAGGTTTATCG      	10	85	1
TTCTTCTTTCTTTTTATTTATTTGCTAAAAG	1	50	1
          ****** ****
MAP Score: 48.1944

Motif 2
AAATTGGATGTTTAAAAAATTTTTATTCCTACAA	0	57	1
ATTAGTAAAATTAAAAAGATAATTTATTT     	1	5	0
CTAATTCTTCTTAATTTTCTTCTTTCTTTTTATT	1	34	1
CTTCTTTCTTTTTATTTATTTGCTAAAAGTCTAA	1	52	1
TTAAAAACCCTTTTTTAGTTTTTTAGACTTTTAG	1	74	0
ATTGATAAGGATTAATTTATATTT          	2	0	0
TTTATATTGATTTATTATGTTGAAATATTGATAA	2	26	0
GATTCTTCCATTTATATACTATTTTAAAAGATTA	2	82	1
ATCGCACTTATTTAAAATATTTAAGCGGAAATCC	2	115	1
TTCCGTTAGGTTTATATGTTATTACTGAAAAACT	2	150	1
AATGGATGACTTTATTACTTATCTTAGGAATGTG	2	189	0
AAAGTCATCCATTAAAATCTACAAATAATTTTAT	2	210	1
AAATCTACAAATAATTTTATTTTTTACTATTTTT	2	224	1
CGCCGGCCACTTTTTATTATTTTAAATTCTCAAG	3	107	1
GCCGGGCTTCTTTTTATTTTAGAACAATTAATCG	3	242	1
TAATCGATAAATTTAAATATTTTTAAAATATCTT	3	270	1
TATTTCTCTCATTAAAAAATTGTTATATAAGAGA	4	10	1
AATATTCTCCATTATAAAATATCTTCGAGGCGAT	4	67	1
TTTAAACCACTTTTTTACTTTTTTATTATTACAT	5	14	1
TTACTTTTTTATTATTACATTAATCCAAAAGCAA	5	28	1
TAATAAATTGATTTAATCTTTATTAAGATATTTA	6	33	1
TATTTGCAAAATTTTAATTTAAATATCTTAATAA	6	52	0
ACAACTTAACATTTTATGCTAAATATTTGCAAAA	6	75	0
AATATACCTTATTTTTTAATATTAGCTAACACAA	6	105	0
        ATTTTTAAATATACCTTATTTTTTAA	6	120	0
TATTAGTTAATTAATATTATTTGTGGATATACAA	7	42	0
    TTATTCTTTTAATGGTATCACCTCAAAATG	8	6	1
GGCAATTTCATTTTTTATATATGAGCAATATTTA	8	44	1
ATGAGCAATATTTAAATTTTTCGAGATAGATTTA	8	64	1
AAAAATAATGATAATATTGTTGGTTAAATCTATC	8	88	0
CGCTTTTGATATTATATAATTACTATTATTATTA	8	157	0
TAACTAAAAATTTAAAAGATTTATATATGTCAAT	9	41	0
GGCATCTTCCTTTTAATAGTAACTAAAAATTTAA	9	60	0
ATAATCTTATATTTATAATTTTTAGTTATGGTGA	9	107	1
TAATTCTCTTTTAAATATATTATATA        	10	2	0
AAAATTAGTATTAATATTATTGTTTATGGGTTTT	10	39	1
ACTTTAGGAGATATTTAGGTTTATCG        	10	84	1
   GGCAGTTTTTATAACGTTCTTACGATGTGCC	11	7	1
AATCTTTGATATATTTTTATTTTTTATTTCACTG	11	66	1
ACTATAGTTCTTTTTAAAATATTTTGTAATAACT	11	105	1
GTTAATAAAGTTTATTAATTAAGTTTGAACTCCC	11	169	0
TTAATAAACTTTATTAACATTTGAAAAGAACTAT	11	185	1
ACAATGTAATATAAAAAATTTATAGTTCTTTTCA	11	206	0
CTCATTTAATTTTTAATCTTTATACTTACAATGT	11	233	0
TAAATGAGAGTTTTAATAATTAAAATTTAAAGTT	11	259	1
TCAAACTTCCTTAATAAATTTTATTCACTTTTGA	12	16	0
          *******  **  *
MAP Score: 19.8718

Motif 3
GATGGGTTCGGGTGTGGCCCCCCCGCTAT      	3	4	0
CCGAGTCACGGGAGTGACAGTCCCGTATGATAGGC	3	180	0
TGGCGGGAAAGGGGCGACGCCGCCGGCCACTTTTT	3	87	1
ACGTTCTTACGATGTGCCGAACCCTTTAAGGGAGG	11	23	1
ATGCCCTGGTGGTGTAGCCCGGCCTATCATACGGG	3	159	1
AGCCCGGCAAATGGCGCCCTGGCCGGGATTTGAAC	3	215	0
          ** *** *   ****
MAP Score: 1.08573

Motif 4
AGCCCCCCAGCGATGCCCCGAGTACTGCCA	3	55	1
GCGGCGTCGCCCCTTTCCCGCCAGATGGCA	3	80	0
GGCCAGGGCGCCATTTGCCGGGCTTCTTTT	3	226	1
AACGTTCTTACGATGTGCCGAACCCTTTAA	11	22	1
TCAAAGATTTCGATGTGCCTCCCTTAAAGG	11	45	0
          **********
MAP Score: 0.768468