AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons011_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240337 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0302 117 phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase (hisIE) #1 MJ0408 118 conserved hypothetical protein #2 MJ0409 62 M. jannaschii predicted coding region MJ0409 #3 MJ0411 41 imidazoleglycerol-phosphate synthase, cyclase subunit (hisF) #4 MJ0507 142 transcription initiation factor IID, TATA-box binding protein #5 MJ0698 167 imidazoleglycerol-phosphate dehydrogenase/histidinol-phosphatase (hisB) #6 MJ0703 24 phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA2) #7 MJ0955 48 histidinol-phosphate aminotransferase (hisC) #8 MJ1204 21 ATP phosphoribosyltransferase (hisG) #9 MJ1206 300 conserved hypothetical protein #10 MJ1424 202 tRNA intron endonuclease (endA) #11 MJ1425 25 malate dehydrogenase #12 MJ1427 97 M. jannaschii predicted coding region MJ1427 #13 MJ1430 88 phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase (hisIE) #14 MJ1456 77 histidinol dehydrogenase (hisD) #15 MJ1479 259 putative aminotransferase #16 MJ1530 178 ribosomal protein S18 alanine acetyltransferase #17 MJ1532 34 phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA1) Motif 1 ACTCAGAACTACTATAAATACTTTTCGGTTTTATTGTAT 9 132 1 TAGGCGTCAAAATAAAAATAATTTTTTATACTTTGATTT 9 205 1 TGCCTTAGTTATTACAAAATGTTTTGAAAGACACTATGG 0 75 1 AAATACTTTATATATAAATACTTTTAAATATTACATAAA 4 69 0 TTTAAATTTATCTAAAAAAGCTTTATCCTTCCCAAACTC 5 121 0 TAAAAGACTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAAAA 16 70 1 CTTCTAAAATTATAAAAAATTTTTATGAAATTGAATGCC 0 13 1 TCAAAAGTTCATTAATAAATTTTTATTTTTTGAAAGACA 1 10 0 CAGAAATCTTATTTAAAATATTTTTGGTTAAAAATT 7 22 1 ATATAAGATAATTATTAAGTCTTTAAAATAAATAT 2 6 0 AATCTCACCATTATTAAGGTTTTAAAGATAATAACAAT 12 69 0 GGTCCTTAGTATTTCAAAATGTTTTAAAAGACTCTATAA 16 46 1 TTATCCCAGTAGTATATAAACTTTACTCTTAAAATAGAG 15 175 0 ACTTTTAAATATTACATAAAATTTGTATATTTAACTTAA 4 50 0 TCGGTTTTATTGTATTAAATATTTTAATTAATGTCTTGA 9 156 1 TGATTAAAATTATTCAAAGGCTTTACTAAAGGTTAAGTG 16 144 1 GTGCCTTTTCTATAGTAAGTTTTTTGTAACGCACTATAA 15 95 1 AAGCACTGACTATATATAAACTTTGTCAATTAAAAATCT 14 48 1 CCTTTAGGCATCTAAATACCTTTTTAATATAAAAACTGC 10 69 1 ATCCACAATAAATTTTAAGATTTTATAAATAATAACT 10 175 1 TTTTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAACATCTGGTT 12 27 1 CTATTTTTATTATACTTACTTTTTATTATATTTC 3 5 0 AATTAAAAATTTTTGGAGGGATATA 11 0 1 TTTTAGATAAATTTAAAATTATTTTTTAGTAAAA 5 143 1 GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGTAAATATTTAT 12 7 1 * ** *** *** * MAP Score: 34.7596 Motif 2 TCATAAAAATTTTTTATAATTTTAGAAGACA 0 9 0 TAAAAATAATTTTTTATACTTTGATTTGTTTT 9 217 1 TTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAACATC 12 29 1 CATTAATAAATTTTTATTTTTTGAAAGACA 1 8 0 GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGTAAATA 12 9 1 GCACTGACTATATATAAACTTTGTCAATTAAA 14 50 1 ATCCCAGTAGTATATAAACTTTACTCTTAAAA 15 180 0 TTACATAAAATTTGTATATTTAACTTAATAAA 4 46 0 ATACAAATTTTATGTAATATTTAAAAGTATTT 4 61 1 CTACTTTCTTTTTTTATTTTTAAATATTACAT 4 15 1 ACCAAAGACTTTTATATTCTTACCTTAAAAAT 15 56 0 TAGTAAAGCCTTTGAATAATTTTAATCAATGA 16 140 0 ATACTTTATATATAAATACTTTTAAATATTAC 4 74 0 AAACCCCATATATAAATACTTTATATATAAAT 4 89 0 TCAGAACTACTATAAATACTTTTCGGTTTTAT 9 134 1 ATATGGGGTTTTTATATAATATCTAAGTTAGT 4 110 1 TTAGTATTATTTTAAATTCTTTTTATAGAGTC 16 75 0 TATAAAAAATTATTTTTATTTTGACGCCTATT 9 203 0 TTATACTTACTTTTTATTATATTTC 3 3 0 AACCATATGTTATTTATTTTATTATCCACAAT 10 152 1 AGAAATCTTATTTAAAATATTTTTGGTTAAAA 7 23 1 TATTAAATTCTATTTTAATTTTAGTATTATTT 16 95 0 ATAAGTGCCTTTTCTATAGTAAGTTTTTTGTA 15 91 1 AACTTCGCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTT 10 82 0 GGTTTTATTGTATTAAATATTTTAATTAATGT 9 158 1 TATACTTTGATTTGTTTTATTAGATTATGTTA 9 231 1 ATATTTATTTTAAAGACTTAATA 2 1 1 CCTATCCCTATTTTTATTATACTTACTTTT 3 21 0 AGTTATTATTTATAAAATCTTAAAATTTATTG 10 180 0 ACTTAATAATTATCTTATATTAGATAAAGGAT 2 25 1 TAAAAAATAATTTTAAATTTATCTAAAAAAGC 5 139 0 AGTTCTATTTTTTTATATGTTTGAAGTGTTAT 15 145 0 ACAATATCATTACTTATTCATATAGG 17 4 1 TAAAATAGAATTTAATAAATTACACAACATTC 16 110 1 TTATCGTGCTTTTCAAAATTAACTGCAATTTT 15 29 1 ATTCATTAATTTTGTTAAATAACATAAACCAT 10 126 1 *** **** *** MAP Score: 34.721 Motif 3 AAAGTAAGTATAATAAAAATAGGGATAGG 3 22 1 CCAGAAATCTTATTTAAAATATTTTTGGTT 7 21 1 TTCAAGACATTAATTAAAATATTTAATACA 9 166 0 AATTAAAAATTTTTGGAGGG 11 0 1 AAACTTTGTCAATTAAAAATCT 14 65 1 GTCTTTCAAAAAATAAAAATTTATTAATGA 1 11 1 ATAGGCGTCAAAATAAAAATAATTTTTTAT 9 204 1 TAATAAAAAATCCAGAAATC 7 0 1 CTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAAAA 16 79 1 TTTTTAGATAAATTTAAAATTATTTTTTAG 5 142 1 ATAAATGTAATATTTAAAAATAAAAAAAGA 4 21 0 GCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTTAGAT 10 78 0 AATAATACTAAAATTAAAATAGAATTTAAT 16 96 1 GAAATATAATAAAAAGTAAGTATAAT 3 6 1 TTTTATGTAATATTTAAAAGTATTTATATA 4 68 1 CTTCTAAAATTATAAAAAATTTTTATGAAA 0 13 1 CAAATCAAAGTATAAAAAATTATTTTTATT 9 215 0 CTTTCAGTCCTAATTAATATCCATATTTAG 13 60 1 TTACAACAAAAAATAAAAAGTTTGAAGC 12 8 0 TAAGTCTTTAAAATAAATAT 2 0 0 ACTTCAAACATATAAAAAAATAGAACTCTA 15 150 1 TGAAAGACACTAATAAATAGTGATATT 1 101 1 ACTTAGATATTATATAAAAACCCCATATAT 4 108 0 GTGGATAATAAAATAAATAACATATGGTTT 10 151 0 ATTAAAATAGAATTTAATAAATTACACAAC 16 108 1 TTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAACA 12 29 1 TCTTATACAGTAAATAATATAAGCACTGAC 14 28 1 TTAAGGTAAGAATATAAAAGTCTTTGGTTT 15 60 1 TAAATAATAATTTAGAGGGAA 6 1 1 AGTTATTATTTATAAAATCTTAAAAT 10 186 0 TTTAAAGACTTAATAATTATCTTATATTAG 2 18 1 CTTCTCACGTAATTATTATAT 8 2 0 ********** MAP Score: 30.9895 Motif 4 CTTAATAATTATCTTATATTAGATAAAGGATAT 2 26 1 AACTTCGCAGTTTTTATATTAAAAAGGTATTTA 10 81 0 CATATGGTTTATGTTATTTAACAAAATTAATGA 10 128 0 AAATATACAAATTTTATGTAATATTTAAAAGTA 4 57 1 ACTAACTTAGATATTATATAAAAACCCCATATA 4 109 0 AAATCCAGAAATCTTATTTAAAATATTTTTGGT 7 17 1 ATATTTATTTTAAAGACTTAATAA 2 1 1 GTTGTTATTGTTATTATCTTTAAAACCTTAATA 12 63 1 CTACTTTCTTTTTTTATTTTTAAATATTACATT 4 15 1 AATAATTTTAAATTTATCTAAAAAAGCTTTATC 5 133 0 AGTTATTATTTATAAAATCTTAAAA 10 187 0 TGTCTTCTAAAATTATAAAAAATTTTTATGAA 0 9 1 TTGACGCCTATTCTTATAATTCAAGACATTAAT 9 182 0 GATAAATTTAAAATTATTTTTTAGTAAAA 5 148 1 TCTCACCTTGATTTTTTCTTATACAGTAAATAA 14 12 1 ATACTTTGATTTGTTTTATTAGATTATGTTAGA 9 232 1 TATTTAAAAGTATTTATATATAAAGTATTTATA 4 78 1 GTTTCCCTCTAAATTATTATTTA 6 0 0 TTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAACATCT 12 29 1 AAAAAATAAAAATTTATTAATGAACTTTTGAAC 1 18 1 TTATTTTAAATTCTTTTTATAGAGTCTTTTAAA 16 68 0 GTATTTCAAAATGTTTTAAAAGACTCTATAAAA 16 54 1 ATAAATTTTTATTTTTTGAAAGACA 1 2 0 TTATTACAAAATGTTTTGAAAGACACTATGGAT 0 83 1 CCTATCCCTATTTTTATTATACTTACTTTTT 3 20 0 ATTGTATTAAATATTTTAATTAATGTCTTGAAT 9 164 1 GTTATCCAAGAAGTTTTGAAAGACACTAATAAA 1 85 1 TTATACTTACTTTTTATTATATTTC 3 2 0 GAAAGACCACATATTATGTTTGTTGGAGTTTGG 5 96 1 TTATAAAAAATTTTTATGAAATTGAATGCCTTC 0 22 1 AACCATATGTTATTTATTTTATTATCCACAATA 10 152 1 AATGTTGTGTAATTTATTAAATTCTATTTTAAT 16 108 0 AAAGTATAAAAAATTATTTTTATTTTGACGCCT 9 206 0 TAGAGTTCTATTTTTTTATATGTTTGAAGTGTT 15 147 0 GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGTAAA 12 6 1 ** **** *** * MAP Score: 29.0136 Motif 5 ACTAAGGCACTAATGAACACCTTTCTTTGGAAGGCATTCA 0 44 0 CCATTTGCACTAACGAACGTCTTCCTTTGGAAGGCGTTCA 1 46 0 CTATCCCTATTTTTATTATACTTACTTTTTATTATATTTC 3 10 0 TCTCCAACCATAGGAGGAGACCTCCTATTGGGATACCTCC 5 58 0 GGTATCCCAATAGGAGGTCTCCTCCTATGGTTGGAGAAAG 5 61 1 AAAAAATTATTTTTATTTTGACGCCTATTCTTATAATTCA 9 192 0 AAATGATTTATTGAATAATGATGCCTTTAGGCATCTAAAT 10 46 1 GGTATACCAATAGGAGGTTTCCTCCTATGG 13 0 0 CCATAGGAGGAAACCTCCTATTGGTATACCACC 13 3 1 TTATAGTGCGTTACAAAAAACTTACTATAGAAAAGGCACT 15 94 0 * * ****** * * MAP Score: 5.10169 Motif 6 TTATGAAATTGAATGCCTTCCAAAGAAAGGTGTTCATT 0 35 1 AGGCACTAATGAACACCTTTCTTTGGAAGGCATTCAAT 0 42 0 ATGAACTTTTGAACGCCTTCCAAAGGAAGACGTTCGTT 1 37 1 TTGCACTAACGAACGTCTTCCTTTGGAAGGCGTTCAAA 1 44 0 CCTCCTATTGGGATACCTCCCGTCCATTAAGTTGGGGC 5 40 0 AACCATAGGAGGAGACCTCCTATTGGGATACCTCCCGT 5 55 0 CCATAGGAGGAAACCTCCTATTGGTATACCACCCGT 13 8 1 CCCCCTTTATGAAAGCGTTCAAAATTCA 16 0 0 * * ****** * * MAP Score: 2.30292