AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons011_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240357 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0302 117 phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase (hisIE) #1 MJ0303 44 riboflavin synthase beta chain (ribH) #2 MJ0304 89 ferripyochelin binding protein (fbp) #3 MJ0406 154 ribokinase (rbsK) #4 MJ0408 118 conserved hypothetical protein #5 MJ0409 62 M. jannaschii predicted coding region MJ0409 #6 MJ0411 41 imidazoleglycerol-phosphate synthase, cyclase subunit (hisF) #7 MJ0507 142 transcription initiation factor IID, TATA-box binding protein #8 MJ0508 126 LSU ribosomal protein L12A (P1) #9 MJ0509 25 LSU ribosomal protein L10E #10 MJ0510 300 LSU ribosomal protein L1P (rplA) #11 MJ0697 68 fibrillarin (fib) #12 MJ0698 167 imidazoleglycerol-phosphate dehydrogenase/histidinol-phosphatase (hisB) #13 MJ0703 24 phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA2) #14 MJ0955 48 histidinol-phosphate aminotransferase (hisC) #15 MJ1204 21 ATP phosphoribosyltransferase (hisG) #16 MJ1206 300 conserved hypothetical protein #17 MJ1424 202 tRNA intron endonuclease (endA) #18 MJ1425 25 malate dehydrogenase #19 MJ1427 97 M. jannaschii predicted coding region MJ1427 #20 MJ1430 88 phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase (hisIE) #21 MJ1456 77 histidinol dehydrogenase (hisD) #22 MJ1479 259 putative aminotransferase #23 MJ1530 178 ribosomal protein S18 alanine acetyltransferase #24 MJ1532 34 phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA1) Motif 1 TATGTAATATTTAAAAGTATTTATATATAAAGTA 7 71 1 GCTTCAAACTTTTTATTTTTTGTTGT 19 2 1 TCAGGAAATTTTGAAAAATTTTATATTGCTAAGA 10 199 0 TTCAATTTCATAAAAATTTTTTATAATTTTAGAA 0 14 0 AGTATTTATATATAAAGTATTTATATATGGGGTT 7 86 1 TAAATTTATCTAAAAAAGCTTTATCCTTCCCAAA 12 124 0 TTAGTATTATTTTAAATTCTTTTTATAGAGTCTT 23 73 0 CTTTTACTTCAAAGGATTTTTGTTATTTCTA 1 23 0 TTAGATAAATTTAAAATTATTTTTTAGTAAAA 12 145 1 AGAAATCTTATTTAAAATATTTTTGGTTAAAAAT 14 23 1 AGTTACTCTATATAAACAATTTTTGCTAATCTAC 3 51 1 GGCGTCAAAATAAAAATAATTTTTTATACTTTGA 16 207 1 TGTTATTATCTTTAAAACCTTAATAATGGTGAGA 19 71 1 ATATTTATTTTAAAGACTTAATAATTATCTTA 5 8 1 AAGACATTAATTAAAATATTTAATACAATAAAAC 16 159 0 GAGGCTATTTTATAAATCTTTAATAGCAAATTTC 10 231 0 CCACAATAAATTTTAAGATTTTATAAATAATAAC 17 177 1 TTATTTTTTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGA 19 22 1 AGATTTTTAATTGACAAAGTTTATATATAGTCAG 21 53 0 ATTAAAATTATTCAAAGGCTTTACTAAAGGTTAA 23 146 1 AAAAGTTCATTAATAAATTTTTATTTTTTGAAAG 4 13 0 TTAAGTTAAATATACAAATTTTATGTAATATTTA 7 50 1 CATAGTGTCTTTCAAAACATTTTGTAATAACTAA 0 79 0 TATAGAGTCTTTTAAAACATTTTGAAATACTAAG 23 50 0 ATATAAAGGGTTCAAACAGTTATTGTTCTAATAC 3 86 1 TGGTATCTGATATAAATATTTTACTTAAAAAAGA 10 266 0 AAAAATAACATAAAAAACTTTTTGGTGAAATA 2 67 1 GTTCAATTTATTCAAATCATTAAGTTATTCTTAA 3 125 1 TCAGAACTACTATAAATACTTTTCGGTTTTATTG 16 134 1 CTAAAAATCTTTAAGTAGTAGTTCA 3 1 1 ACAGTTATTGTTCTAATACTTAATGTTCAATTTA 3 101 1 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8 1 GAAATATAATAAAAAGTAAGTAT 6 2 1 TGTAATATTTAAAAATAAAAAAAGAAAGTAG 7 15 0 AATTTTATGTAATATTTAAAAGTATTTATAT 7 66 1 CCGAAAAATATAAATAACTAATTA 8 3 1 GTAATATCTAAACAATATTAATTTGAAGTAG 8 54 0 GGTTAAAACAAATAAATAAAACACAAAGGAG 8 85 1 TTTGCTATTAAAGATTTATAAAATAGCCTCA 10 235 1 AATCTAATGCAATATAAATAATAACTTATAT 11 27 0 TTATCACCAAAAAATAATAAATCTAATGCAA 11 46 0 TTTACTAAAAAATAATTTTAAATTTATCTAA 12 145 0 TTTAACCAAAAATATTTTAAATAAGATTTCT 14 23 0 GACATTAATTAAAATATTTAATACAATAAAA 16 160 0 TAGGCGTCAAAATAAAAATAATTTTTTATAC 16 205 1 TATGTTATTTAACAAAATTAATGAATGAATT 17 121 0 AATTTTGTTAAATAACATAAACCATATGTTA 17 133 1 TATTGTGGATAATAAAATAAATAACATATGG 17 154 0 TATTATTTATAAAATCTTAAAATTTATTGTG 17 178 0 TATCCCTCCAAAAATTTTTAATT 18 2 0 ATTTACAACAAAAAATAAAAAGTTTGAAGC 19 9 0 TTTTGTTGTAAATATTTATAATTTATAGAAC 19 27 1 TTTTAAAGATAATAACAATAACAACCAGATG 19 57 0 TTTTTAAGGTAAGAATATAAAAGTCTTTGGT 22 57 1 TAACACTTCAAACATATAAAAAAATAGAACT 22 146 1 ACTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAA 23 76 1 AAAGCCTTTGAATAATTTTAATCAATGAATG 23 137 0 ** ******** MAP Score: 42.6222 Motif 4 AGGCATTCAATTTCATAAAAATTTTTTATAATTTTAGAAGAC 0 11 0 AAATACTTTATATATAAATACTTTTAAATATTACATAAAATT 7 66 0 TTATAGAGTCTTTTAAAACATTTTGAAATACTAAGGACCAAT 23 43 0 TAAAAGACTCTATAAAAAGAATTTAAAATAATACTAAAATTA 23 70 1 TCACTTAACCTTTAGTAAAGCCTTTGAATAATTTTAATCAAT 23 142 0 TTAAATCACCTATATGAATAAGTAATGATATTGT 24 2 0 GAAATATAATAAAAAGTAAGTATAATAAAAATAGGG 6 4 1 TAGGCGTCAAAATAAAAATAATTTTTTATACTTTGATTTGTT 16 205 1 TCGGTTTTATTGTATTAAATATTTTAATTAATGTCTTGAATT 16 156 1 AACAACCAGATGTTCTATAAATTATAAATATTTACAACAAAA 19 27 0 TAGGACTTTCAGTCCTAATTAATATCCATATTTAGGTGATTT 20 55 1 CAATTCACTATTTATAATTAGTTATTTATATTTTTCGG 8 6 0 AGATTTTTAATTGACAAAGTTTATATATAGTCAGTGCTTAT 21 46 0 CCATATTATATGGTATCTGATATAAATATTTTACTTAAAA 10 270 0 ACAATAACATACTCAGAACTACTATAAATACTTTTCGGTTTT 16 122 1 ATAAAGTCAGAATAGAATTATTTTCCTATAATCTTATAAAAT 10 79 1 CTTTTTTAAATGTTATATGTAGTTTGTATAAAGATAAATATC 2 24 1 ATATAAGATAATTATTAAGTCTTTAAAATAAATAT 5 3 0 CTTTTACTTCAAAGGATTTTTGTTATTTCTATTTAGT 1 17 0 AAAAATAATAAATCTAATGCAATATAAATAATAACTTATATG 11 26 0 TTATATATGGTTTCTGATATCTTAGCAATATAAAATTTTTCA 10 180 1 TTGTGTAATTTATTAAATTCTATTTTAATTTTAGTATTATTT 23 95 0 GAGACTTTATTCTACTATTTAATTCTCATTTTCACTCAACCG 10 132 1 GATAAAGCTTTTTTAGATAAATTTAAAATTATTTTTTAGTAA 12 133 1 TTCTTTTTTTATTTTTAAATATTACATTTATTAAGTTAAATA 7 20 1 TACTTTGATTTGTTTTATTAGATTATGTTAGATATTGTGAGA 16 233 1 CAGAAATCTTATTTAAAATATTTTTGGTTAAAAATT 14 22 1 TGTCTTTCAAAAAATAAAAATTTATTAATGAACT 4 2 1 AGTTATTATTTATAAAATCTTAAAATTTATTGTGGATAAT 17 172 0 TAGAATAAAGTCTCAAAATCCGTAGATTTTATAAGATTATAG 10 104 0 CCATAGTGTCTTTCAAAACATTTTGTAATAACTAAGGCACTA 0 72 0 AAAACCAAAGACTTTTATATTCTTACCTTAAAAATTGCAGTT 22 49 0 * * ** ** *** * MAP Score: 36.4756 Motif 5 TGTCTTCTAAAATTATAAAAAATTTTTATGAAATT 0 7 1 ATAACATTTAAAAAAGTATAAAAAATGTGA 2 2 0 TGTAGTTTGTATAAAGATAAATATCTAAAAATAACATA 2 41 1 AAATATCTAAAAATAACATAAAAAACTTTTTGGTGAAA 2 59 1 ATAGAGTAACTTTAAAGTTAAAATTATTGAACTACTAC 3 24 0 TGTCTTTCAAAAAATAAAAATTTATTAATGAACT 4 6 1 GAAATATAATAAAAAGTAAGTATAATAAA 6 1 1 AAAAAGTAAGTATAATAAAAATAGGGATAGG 6 20 1 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