AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons012_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240384 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0233 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0233 #1 MJ0238 131 anthranilate synthase component II (trpG) #2 MJ0450 300 inosine monophosphate dehydrogenase isolog #3 MJ0667 91 thymidine phosphorylase (deoA) #4 MJ0918 70 indole-3-glycerol phosphate synthase/phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) #5 MJ0921 289 conserved hypothetical protein #6 MJ1036 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1036 #7 MJ1037 62 tryptophan synthase beta subunit (trpB) #8 MJ1038 176 tryptophan synthase alpha subunit (trpA) #9 MJ1076 33 M. jannaschii predicted coding region MJ1076 #10 MJ1077 89 seryl-tRNA synthetase (serS) #11 MJ1078 273 M. jannaschii predicted coding region MJ1078 #12 MJ1132 188 conserved hypothetical protein #13 MJ1575 300 GMP synthase (guaA) Motif 1 AAATATTTGCATATTTAAGTATTTTTTAAAT 2 170 0 ATCACCTGTGATATTTAAATAGGACTTTCGC 5 265 0 ATACTATACCAAATTTAAATATGTACAAAAA 2 140 1 ATATGTACAAAAATTTAAAAAATACTTAAAT 2 158 1 CCTAATAGATATTTTTAAATACTTTAATTAT 0 17 1 CAATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAA 11 200 0 AGTACAAAAAATAATTAAATAATTTTACATC 1 10 0 TTCAAATTGTATAATTAATTAATATTTGTAG 6 180 0 TTATTAATAAATATTAAACTATTTTCATATC 5 13 1 AATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACATT 11 111 1 TATTAATATTAATTTTAACAACTTTGAAAGA 13 68 0 ACCACAAGCGAAATTAAAGTATGTGTAACTT 2 84 1 GGAGTTAAAAATAATTAAGAAATCCAAAATC 2 231 1 ATGAGAAGTAATATTAAAGAAAATATATAAA 3 20 1 TTATCACCTTATATTTTATTAGTATCTTTCA 13 278 0 AAAGGTTAAAAAATTAAAGAAAT 9 2 0 TTTCCTTAATAAATTTTATTACTTTGCAAAA 12 34 0 TCGCAGAGGTAAATTTTATTATTTTTTATTA 5 238 0 GAAAGACACTATATTTTAAAATTTCTTTTAT 13 43 0 AGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATA 11 19 1 GCATTATTAATAAATATTAAACT 5 2 1 AAAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAG 11 129 1 AATAGTTATTATTTTTTAATAACAAAAT 6 7 0 TGTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTG 13 79 1 TAAATTAACAAAAATAAAATAATGTGAATGA 6 215 1 AAGGTAGGATAAAATAAAATAATAGTATAAG 4 13 0 TACAATAATGATAATAAAAAATAATAAAATT 5 227 1 TTTAATTATGAATTTTTATAATAAACTTGGA 0 39 1 AAAAATCTTAAAAATTTAGTACAAAAAATAA 1 27 0 AGAAAATATAAAAATTTAATAGATAAAGAAA 3 55 1 ATCAAAGATGATATTATAAAAAACTACAGAA 5 77 0 ATTATCACATTTAATAAAAAGAATTGC 4 53 0 TAAATATGCAAATATTTATTATAATACTATA 2 184 1 TGAAAGATAATATATTAAAAATATATT 11 256 0 TAATATATTAAAAATATATTAAAAATGCATC 11 245 0 TCCAACGATAACTTTTAATTAGGATTGAGAT 11 174 0 AATATAAGATAAAATATAAAATTTAG 6 284 1 TCCCATCCTAACATTAAAATATAAGACATAA 1 88 0 TTCTAAAAACACAATAAAAAACATAAATACC 10 22 1 ******** ** MAP Score: 46.3357 Motif 2 TTTTTTGTACTAAATTTTTAAGATTTTTATAGTAA 1 30 1 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTGGTGATAA 9 7 1 AAAAAATGTTTGTTTTTTTAAAATTAACACTAATT 11 111 0 CGTTCAAATATCCATTATTAATATTAATTTTAACA 13 79 0 AGCTAAAACTTTGGTTATTAATGTTAATTTCTGAC 6 101 0 CTTTATCTATTAAATTTTTATATTTTCTAAACTTT 3 48 0 AAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAGTAGTA 11 130 1 TTTTAAAATTTCTTTTATTATGATTATCCTCCAAA 13 26 0 AATTTTATTATTTTTTATTATCATTATTGTATAGG 5 223 0 TTATACAATTTGAATTTTTAAATTAACAAAAATAA 6 197 1 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