AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240404 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0233 71 M. jannaschii predicted coding region MJ0233 #1 MJ0237 300 arginyl-tRNA synthetase (argS) #2 MJ0238 131 anthranilate synthase component II (trpG) #3 MJ0450 300 inosine monophosphate dehydrogenase isolog #4 MJ0667 91 thymidine phosphorylase (deoA) #5 MJ0918 70 indole-3-glycerol phosphate synthase/phosphoribosylanthranilate isomerase (trpC) #6 MJ0921 289 conserved hypothetical protein #7 MJ0922 191 conserved hypothetical protein #8 MJ1036 300 M. jannaschii predicted coding region MJ1036 #9 MJ1037 62 tryptophan synthase beta subunit (trpB) #10 MJ1038 176 tryptophan synthase alpha subunit (trpA) #11 MJ1076 33 M. jannaschii predicted coding region MJ1076 #12 MJ1077 89 seryl-tRNA synthetase (serS) #13 MJ1078 273 M. jannaschii predicted coding region MJ1078 #14 MJ1079 177 conserved hypothetical protein #15 MJ1080 130 M. jannaschii predicted coding region MJ1080 #16 MJ1132 188 conserved hypothetical protein #17 MJ1575 300 GMP synthase (guaA) Motif 1 ATAGAAAATATTTTATATTACATTTGGACT 7 40 0 ATATATTTTCTTTAATATTACTTCTCATTG 4 18 0 CTTAGCCAATTTTAATATTAATCTTATTCT 16 144 1 TCTATTAAATTTTTATATTTTCTAAACTTT 4 48 0 CCCATTGGGTTTTTATATTTTCCATAGTAA 1 123 1 TTTATTTAAGTTATATATTAGAAAATCTAA 8 41 1 CTAAATTTTATATTTTATCTTATAT 8 285 0 TAATTAAATTTTAAATATTAAACTTGAATA 15 74 1 TTTCTAAACTTTATATATTTTCTTTAATAT 4 30 0 GTTATCACTTTAAATATTAAGCAAAGAAT 16 169 0 ATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATAATG 6 11 0 TGTGTTACTATTTAATATTTAACCAAACTA 7 89 1 AATCCCCAATTTTTAAATTAAATAAAAAAT 1 265 1 CAATTTGAATTTTTAAATTAACAAAAATAA 8 202 1 TATACTATTATTTTATTTTATCCTACCTTT 5 15 1 TGTTTGTTTTTTTAAAATTAACACTAATTT 13 110 0 TTTTAAGTTTTTTAAAATTAAAAATGAATG 14 145 0 TTTAAGTATTTTTTAAATTTTTGTACATAT 3 158 0 TAATTATGTCTTATATTTTAATGTTAGGAT 2 85 1 TTTATCACCTTATATTTTATTAGTATCTT 17 281 0 ATTCACATTATTTTATTTTTGTTAATTTAA 8 214 0 GACACTATATTTTAAAATTTCTTTTATTAT 17 40 0 ATCCAAAACTTTTAAAATTTTTTAGGTGTT 7 167 1 TATGTGTAACTTATATATAAACTTTTCGGT 3 103 1 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTG 11 5 1 TATAAAAATCTTAAAAATTTAGTACAAAAA 2 31 0 AATACCTTCTTTTTAATTTATTAATTTAAA 1 228 0 AAGATGCATTTTTAATATATTTTTAATATA 13 243 1 TTAATATATTTTTAATATATTATCTTTCA 13 254 1 CAATACCCAATTAAATTTTTGATATGTTTT 15 23 1 CCCAATGGGTTTTTAAATAAATTTAATTAC 1 102 0 GAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATA 13 20 1 AAAACAAACATTTTTTATTATTTTTTGCAG 13 130 1 ATGATATTCCTTTTTTATTAGTTCTTTACT 14 80 0 AATTTTATTATTTTTTATTATCATTATTGT 6 228 0 TAATTTATAGTTATAATTTAATAATTTAGA 15 108 1 ACTTGAATAGTTATAATTTATAGTTATAAT 15 95 1 TAACTATTATTTTTATTTAAGTTATATATT 8 30 1 AACTTTAAACTTTATTATTACATTCATTTT 14 125 1 ATAATTGGAGTTAAAAATAATTAAGAAATC 3 225 1 TTAACTCCAATTATATTTATATCTTATAGT 3 209 0 ATTAAAGTATTTAAAAATATCTATTAGGTG 0 15 0 GTAAAATTATTTAATTATTTTTTGTACTAA 2 13 1 ATTATTATCCTTTATAATTATGTCTTATAT 2 71 1 CTTTCTGTAGTTTTTTATAATATCATCTTT 6 75 1 CTATCATTTATTTAAATTAATAAATTAAAA 1 218 1 GGGATACCCATTTAAATTAAGATTTTGATC 10 113 1 ATAATAGTTATTATTTTTTAATAACAAAAT 8 10 0 CACCTCCAAGTTTATTATAAAAATTCATAA 0 44 0 TATGCAAATATTTATTATAATACTATAAGA 3 188 1 TTCAAAGTTGTTAAAATTAATATTAATAAT 17 71 1 ********** MAP Score: 54.919 Motif 2 AATATGTACAAAAATTTAAAAAATACTTAAA 3 157 1 ATAATAAAAGAAATTTTAAAATATAGTGTCT 17 40 1 AACACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGATC 7 166 0 TAAGTTTTTTAAAATTAAAAATGAATGTAAT 14 141 0 AGAAAATATAAAAATTTAATAGATAAAGAAA 4 55 1 ATACTATACCAAATTTAAATATGTACAAAAA 3 140 1 ATTTATAGTTATAATTTAATAATTTAGAAC 15 110 1 AGATATGAAAATAGTTTAATATTTATTAATA 6 14 0 ATCACCTGTGATATTTAAATAGGACTTTCGC 6 265 0 AGTACAAAAAATAATTAAATAATTTTACATC 2 10 0 AATTTAAAAAATACTTAAATATGCAAATATT 3 169 1 TTTACTATGGAAAATATAAAAACCCAATGGG 1 123 0 ACTTTGCAAAAAACTATAAAAACTTTGGTGG 16 14 0 AATATAAGATAAAATATAAAATTTAG 8 284 1 ATTCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAG 15 72 0 TTACTATAAAAATCTTAAAAATTTAGTACAA 2 34 0 AATTAGTGTTAATTTTAAAAAAACAAACATT 13 111 1 TTTCCTTAATAAATTTTATTACTTTGCAAAA 16 34 0 TCGCAGAGGTAAATTTTATTATTTTTTATTA 6 238 0 CACTAACTTTAAACTTTATTATTACATTCAT 14 121 1 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TTAATTTATTAATTTAAATAAATGATAGAAA 1 215 0 TAAGTTACACATACTTTAATTTCGCTTGTGG 3 85 0 TTGAATACTTAAACTATAAATATGGATTATT 14 24 1 ATACAATTTGAATTTTTAAATTAACAAAAAT 8 199 1 GAATAAGATTAATATTAAAATTGGCTAAGAA 16 142 0 AGAGGGACAGATTTTAAATAAAAGAACAATA 13 19 1 GTTTTGCAAAAAACTATATATATTTCTTAGC 16 119 1 *** ******* MAP Score: 53.1714 Motif 3 TACAATAATGATAATAAAAAATAATAAAATTTACC 6 227 1 TATTAAAAATATATTAAAAATGCATCTTTTAATTC 13 236 0 ACTGCAAAAAATAATAAAAAATGTTTGTTTTTTTA 13 126 0 CAATGTTGGTATTTTTAAAAAGATTTTCCAACGAT 13 196 0 CTCCAAGTTTATTATAAAAATTCATAATTAAAGTA 0 36 0 TATTGTTCTTTTATTTAAAATCTGTCCCTCTAAGT 13 15 0 ATTATCACATTTAATAAAAAGAATTGCTATTTAAA 5 45 0 ATTTTGTTATTAAAAAATAATAACTATTATT 8 6 1 ATCAAAGATGATATTATAAAAAACTACAGAAAGTC 6 73 0 ATATTTAAGTATTTTTTAAATTTTTGTACATATTT 3 156 0 AAGTTTTTTAAAATTAAAAATGAATGTAATAATAA 14 136 0 ACACCTAAAAAATTTTAAAAGTTTTGGATCAAAAA 7 161 0 TTAAACTTGAATAGTTATAATTTATAGTTATAATT 15 91 1 AATATAAGACATAATTATAAAGGATAATAATCACC 2 67 0 GTTAAAATTAATATTAATAATGGATATTTGAACGC 17 80 1 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TAAATTAACAAAAATAAAATAATGTGAATGATATT 8 215 1 GAAAATCTAATAACTATAAATGACTATAAATATGA 8 61 1 GTCCAAATGTAATATAAAATATTTTCTATTACCTT 7 41 1 AACTCCAATTATATTTATATCTTATAGTATTATAA 3 202 0 ATGTGTAACTTATATATAAACTTTTCGGTATAATC 3 104 1 TTTTTGATAATATGTATAAAATTATGCCCAACGAT 13 64 0 ATTTCTTTAATTTTTTAACCTTTTGG 11 1 1 AGTTTTAGCTTTTGTATAATTGCTTCATGGGCATA 8 126 1 TCAAGTTTAATATTTAAAATTTAATTAAGGTCTTA 15 66 0 AAACATATCAAAAATTTAATTGGGTATTGCGGATA 15 17 0 TGTTGGAATATTATTAATATAAGATAAAATATAAA 8 269 1 TTTTAATATATTTTTAATATATTATCTTTCA 13 252 1 *** ****** * MAP Score: 34.085