AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MJ/MJ_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240434
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MJ0103	300	conserved hypothetical protein
#1	MJ0619	300	conserved hypothetical protein
#2	MJ0673	263	SSU ribosomal protein S8E
#3	MJ0674	80	pyruvate formate lyase-activating enzyme isolog (pflX)
#4	MJ0802	221	conserved hypothetical protein
#5	MJ0804	27	pyruvate formate-lyase activating enzyme (act)
#6	MJ0808	132	pyruvate-formate-lyase-activating enzyme (act)
#7	MJ0824	100	molybdenum cofactor biosynthesis protein (moaA)
#8	MJ0907	89	chondro-6-sulfatase regulatory protein isolog
#9	MJ1135	217	molybdenum cofactor biosynthesis protein (moaC)
#10	MJ1225	80	conserved hypothetical protein
#11	MJ1631	300	glycogen phosphorylase (glgP)

Motif 1
TACCTAAGTTATAAAGTAAAGAAATAAATCTG	2	23	0
TAAAAAGATGATAAATTAAATAATAAACTAAA	8	47	0
AAATTAAATAATAAACTAAAGATATTGTTAAG	8	35	0
TCATTGCCGAATAAACTATATAGAACTTTCGC	9	140	0
AAATATTTACATTAATTAAAAACAATTTAAAC	0	263	0
AATAAACCACATAAATAAAATAGATATTAATT	11	16	1
GCTGGATTATATTAAATAAACAGTATGGCAAA	11	147	1
          ATAAAAAATAAACCACATAAAT	11	0	1
GAATTGGGAAATTAATTATAAAAAAGCTACGT	7	41	0
AAAACAAAACTTAAAGTAAAAATTATAGAATT	2	137	1
TTTAGATTAATTAAAGTATATAAAT       	7	3	0
GGCATTACTTAAAAAATAAAGAACTTCATTTT	11	213	1
ATGAAGTATAAAAAATTAAAAATTAAGCTTGA	3	15	0
CTCTCATGTCAAAAATTATATAGTGTCTTTTA	1	210	0
TAAGTGCCATATTAATTTAAAAACTTTGATAA	4	59	0
ACTCTATGCAATAAAGATAAAACTACATAACA	1	64	0
TAAAATCTTAATTAACTTAACAATATCTTTAG	8	20	1
ATGTCTTTCGAAAAATAATAAAACAAAAATAA	1	103	1
ATAATAAAACAAAAATAATAAAATTTACCAAT	1	117	1
CAAATACCTTTTTAAAAATATAAGTTGCGAAA	9	66	0
AAATTAAGGTTTTAAAAATAGAATTGGGAAAT	7	61	0
AAGGCATGGAAATAATAAAATAATAAGAAAGA	2	197	1
GACTAAACTAATTAACATTACAATCCCTCAGA	11	66	0
ATATAATATTATTTAATAAAAACATCTCTCAT	1	235	0
AAGTAATGCCTTAAAAATAATATGAACTTAAT	11	191	0
        TATATAACTAAACAGTTAAATATT	1	2	1
AGAATTCAAATTTAAATTTAAACTATTGAAAA	10	45	1
TGAATAATCCTAAAAAAATAAAATTGGGGGAG	11	274	1
          TTATATTAAATAAAATCTTAAT	8	0	1
TTATCACTTTTTATAATAAAAAT         	8	76	1
AATTTGATATATTTAAAATATATGCATGAATA	1	264	0
AATCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATTATT	2	229	1
ATTTTTCGTAATATATTTAATAATCATACTAT	11	106	1
ACAATTATACAATAACATTATAATCATTGCCG	9	163	0
GGCGTCTTTCAATTAATAAAAATTTATTATGA	11	245	1
CCCGTGTCTCTTTTACAAAACAAAACTTAAAG	2	121	1
          ***** **** *
MAP Score: 37.1215

Motif 2
GCTTCCTAATGGAAGCAATGCCTCTTCTAA	0	85	0
GCTTCCATTAGGAAGCAATGTATCCTGGGT	0	99	1
GCTTCCGTAAGGAAGCAATGCCTC      	6	4	0
GCTTCCTTACGGAAGCAATGCATCCATTTT	6	18	1
          **********
MAP Score: 10.8837

Motif 3
TTATATTGGGTTATTATTATTCTAAAAGAAGATTTTGCAGTTA	0	213	0
AATATTTACATTAATTAAAAACAATTTAAACAATCTTGTTATA	0	251	0
          TATATAACTAAACAGTTAAATATTAATGAAGTA	1	0	1
ATTAATGAAGTATATAACAATTAATTATAAGTATGTTATGTAG	1	31	1
ATTAATGTCTTTCGAAAAATAATAAAACAAAAATAATAAAATT	1	99	1
TATAGTGTCTTTTAAAACTTTTTAGAATAACTAAGGCACTCAT	1	181	0
GAGAGATGTTTTTATTAAATAATATTATATTCATGCATATATT	1	237	1
CATGCATATATTTTAAATATATCAAATTATTATGGTGATGGA 	1	268	1
CATACCTAAGTTATAAAGTAAAGAAATAAATCTGGTGGGGGAG	2	14	0
CCCGTGTCTCTTTTACAAAACAAAACTTAAAGTAAAAATTATA	2	121	1
ATGGAAATAATAAAATAATAAGAAAGAAATCCAGTTAAAAAAT	2	202	1
AGAAATCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATTATTACAGGTGT	2	226	1
TTATATGAAGTATAAAAAATTAAAAATTAAGCTTGAAAAAT  	3	8	0
TATAACCAATTATCAAAGTTTTTAAATTAATATGGCACTTATA	4	50	1
TGCATCCATTTTNATGAAATCGAAGCGTAAGCTTCAAGCTACA	6	36	1
CGTAATGATTTTAGATTAATTAAAGTATATAAAT         	7	1	0
GGGAAATTAATTATAAAAAAGCTACGTAATGATTTTAGATTAA	7	25	0
AATTTCCCAATTCTATTTTTAAAACCTTAATTTTTTAGTAGTG	7	60	1
         TTATATTAAATAAAATCTTAATTAACTTAACAAT	8	1	1
AAAAAGATGATAAATTAAATAATAAACTAAAGATATTGTTAAG	8	35	0
TTATCATCTTTTTATCACTTTTTATAATAAAAAT         	8	65	1
AACTTACATATATGAATATATTTATAAAAATGATTTATATATA	9	19	1
      TTTATACGTTAAATGAAATATTAATATTATGTGTAAG	10	4	1
ACAGGAAATTTTCAATAGTTTAAATTTAAATTTGAATTCTTAC	10	42	0
         ATAAAAAATAAACCACATAAATAAAATAGATATT	11	1	1
TTAGTCGTAGTTTTATTTTTCGTAATATATTTAATAATCATAC	11	92	1
AGTAATGCCTTAAAAATAATATGAACTTAATGAAATCAATCTC	11	179	0
AGGCATTACTTAAAAAATAAAGAACTTCATTTTGGCGTCTTTC	11	212	1
TTTGGCGTCTTTCAATTAATAAAAATTTATTATGAATAATCCT	11	242	1
          **  * * **   *    **  *
MAP Score: 10.7318