AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MJ/MJ_operons013_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944240446 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MJ0103 300 conserved hypothetical protein #1 MJ0619 300 conserved hypothetical protein #2 MJ0673 263 SSU ribosomal protein S8E #3 MJ0674 80 pyruvate formate lyase-activating enzyme isolog (pflX) #4 MJ0792 300 M. jannaschii predicted coding region MJ0792 #5 MJ0792.1 68 M. jannaschii predicted coding region MJ0792.1 #6 MJ0793 60 M. jannaschii predicted coding region MJ0793 #7 MJ0794 48 M. jannaschii predicted coding region MJ0794 #8 MJ0795 79 M. jannaschii predicted coding region MJ0795 #9 MJ0800 94 (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator #10 MJ0801 24 M. jannaschii predicted coding region MJ0801 #11 MJ0802 221 conserved hypothetical protein #12 MJ0804 27 pyruvate formate-lyase activating enzyme (act) #13 MJ0807 81 conserved hypothetical protein #14 MJ0808 132 pyruvate-formate-lyase-activating enzyme (act) #15 MJ0824 100 molybdenum cofactor biosynthesis protein (moaA) #16 MJ0825 173 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type rotamase (slyD) #17 MJ0907 89 chondro-6-sulfatase regulatory protein isolog #18 MJ1135 217 molybdenum cofactor biosynthesis protein (moaC) #19 MJ1225 80 conserved hypothetical protein #20 MJ1631 300 glycogen phosphorylase (glgP) Motif 1 ATTGTTAAAGTTATTATTTATTTTATCATCA 6 30 0 CCAATTTAATATTTATATAGTAATGA 9 78 0 GCTTAATTAATTATGATTTATTATAATATTT 16 38 1 ATATACTTCATTAATATTTAACTGTTTAGTT 1 15 0 TCTATATATATTATGATTTAAAGTTAAATAG 4 142 0 ATTATATATGTTAAAATTTTTAACTTATTAG 4 108 0 TATTTTTGTTTTATTATTTTTCGAAAGACAT 1 103 0 ATAATTGTTTTTAATATTTTTTAACTGGATT 2 229 0 ATTATAATATTTAAAATTTTTCGTTTTTGTT 16 57 1 TTGGTAAATTTTATTATTTTTGTTTTATTAT 1 117 0 TATCTTTAGTTTATTATTTAATTTATCATCT 17 43 1 TTTATGTGGTTTATTTTTTAT 20 0 0 TTTAACTATTTTATAATTTTATATCAAAAAA 4 31 0 GATTTCTTTCTTATTATTTTATTATTTCCAT 2 202 0 GTTAAGTTAATTAAGATTTTATTTAATATAA 17 10 0 TTTTTCAAGCTTAATTTTTAATTTTTTATAC 3 11 1 ATGAAGTTCTTTATTTTTTAAGTAATGCCTT 20 211 0 CGTAGCTTTTTTATAATTAATTTCCCAATTC 15 42 1 CATAACATACTTATAATTAATTGTTATATAC 1 40 0 TCCCCCAATTTTATTTTTTTAGGATTATTCA 20 274 0 ATGTTAATAGTTAAGTTTTTATATCTCTTGT 2 54 1 TTTTAAAACCTTAATTTTTTAGTAGTGAGTA 15 76 1 CTTTCGCAACTTATATTTTTAAAAAGGTATT 18 65 1 TTATATTGGGTTATTATTATTCTAAAAGAAG 0 225 0 TATAATTGTTTTATTATTAAAAATTCTAATA 4 83 1 TTTTTTAATTTTAATAATTTTTTGATATTTT 5 21 1 CAATTTTTCATTATGAATTTTAATAACTT 13 62 1 TTTTTTTAAATTTTTGGTGGAATT 10 4 1 AGAATTCAAATTTAAATTTAAACTATTGAAA 19 45 1 TTATGTAGTTTTATCTTTATTGCATAGAGTA 1 66 1 TAAAAATTTATTATGAATAATCCTAAAAAAA 20 261 1 TATAAAATAGTTAAAAATAATTTACTTTTTT 4 47 1 AAGTAATGCCTTAAAAATAATATGAACTTAA 20 192 0 CCAACTATTCTTTAATTTTTTGTATGGTGCC 4 217 0 AAATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATA 5 6 1 TCATAATAAATTTTTATTAATTGAAAGACGC 20 246 0 CATTCAAATATTTACATTAATTAAAAACAAT 0 269 0 TATCAAAGTTTTTAAATTAATATGGCACTTA 11 60 1 ACGTAATGATTTTAGATTAATTAAAGTATAT 15 14 0 AATTTATCTATTTAAATTAATTACTCAACTG 3 49 1 TTTTGTTCAGTTATGTTTATATAGGGTTTAT 16 81 1 TTGAAGATATTTATAAATAAACCAAGAATCA 9 12 1 CAAATCCCATTTTAGTTTTTATCAAT 12 5 0 ATGAGAGATGTTTTTATTAAATAATATTATA 1 235 1 TTATATAGGGTTTATATTAAAATTATGAAAG 16 97 1 TAAATCATTTTTATAAATATATTCATATATG 18 25 0 TATATAGAGGTTTTGTATTATTACATTTGTG 4 165 1 AGTATGATTATTAAATATATTACGAAAAATA 20 105 0 ATTTTTATTATAAAAAGTGATA 17 77 0 ACATATATAATTTACTATTTAACTTTAAATC 4 128 1 GATTTATTTCTTTACTTTATAACTTAGGTAT 2 25 1 **** ****** MAP Score: 48.5514 Motif 2 TATACTTCATTAATATTTAACTGTTTAGTT 1 15 0 CATAACATACTTATAATTAATTGTTATATA 1 41 0 GTCTTTCGAAAAATAATAAAACAAAAATAA 1 105 1 AATAAAACAAAAATAATAAAATTTACCAAT 1 119 1 ATGAGAGATGTTTTTATTAAATAATATTAT 1 235 1 ATTCATGCATATATTTTAAATATATCAAAT 1 265 1 AAAGGCATGGAAATAATAAAATAATAAGAA 2 196 1 TCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATTATT 2 231 1 TTTTCAAGCTTAATTTTTAATTTTTTATAC 3 12 1 TTTTGATATAAAATTATAAAATAGTTAAAA 4 33 1 AAAAAGTAAATTATTTTTAACTATTTTATA 4 47 0 TTAGAATTTTTAATAATAAAACAATTATAA 4 82 0 ATATATGTTAAAATTTTTAACTTATTAGAA 4 106 0 AATATCAAAAAATTATTAAAATTAAAAAAG 5 20 0 AGTTGAAGATATTTATAAATAAACCAAGA 9 9 1 ATTACTATATAAATATTAAATTGG 9 80 1 TTTTTTTAAATTTTTGGTGG 10 0 1 TATCAAAGTTTTTAAATTAATATGGCACTT 11 60 1 ATTGGGAAATTAATTATAAAAAAGCTACGT 15 41 0 TTCCCAATTCTATTTTTAAAACCTTAATTT 15 63 1 ATTTTAAATATTATAATAAATCATAATTAA 16 44 0 CAAAAACGAAAAATTTTAAATATTATAATA 16 56 0 TATATAGGGTTTATATTAAAATTATGAAAG 16 98 1 TTATATTAAATAAAATCTTA 17 0 1 ATCTTTAGTTTATTATTTAATTTATCATCT 17 44 1 ATTTTTATTATAAAAAGTGATAAA 17 75 0 TATATGAATATATTTATAAAAATGATTTAT 18 27 1 TTCGCAACTTATATTTTTAAAAAGGTATTT 18 67 1 TTCAATAGTTTAAATTTAAATTTGAATTCT 19 45 0 ATTTTTCGTAATATATTTAATAATCATACT 20 106 1 GTTGGCTGGATTATATTAAATAAACAGTAT 20 143 1 TAAGTTCATATTATTTTTAAGGCATTACTT 20 193 1 TGAAGTTCTTTATTTTTTAAGTAATGCCTT 20 211 0 TCATAATAAATTTTTATTAATTGAAAGACG 20 247 0 ********** MAP Score: 28.5616 Motif 3 CACCAAATATTTTGAGCTTTTTTTAATTTGGAC 0 172 1 TGTTTAAATTGTTTTTAATTAATGTAAATATTT 0 262 1 TAACTAAACAGTTAAATATTAATGAAGTATATA 1 14 1 TAATGAAGTATATAACAATTAATTATAAGTATG 1 33 1 TGTTATGTAGTTTTATCTTTATTGCATAGAGTA 1 64 1 ATTATTTTTGTTTTATTATTTTTCGAAAGACAT 1 103 0 CATTGGTAAATTTTATTATTTTTGTTTTATTAT 1 117 0 GAGAGATGTTTTTATTAAATAATATTATATTCA 1 237 1 ATATTTTAAATATATCAAATTATTATGGTGATG 1 275 1 TATGTTAATAGTTAAGTTTTTATATCTCTTGTA 2 53 1 CTCTTGTATGTTTATTCATTATTCATAGACTCG 2 78 1 ACTGGATTTCTTTCTTATTATTTTATTATTTCC 2 204 0 AAGAAATCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAATT 2 225 1 AAGCTTAATTTTTAATTTTTTATACTTCATATA 3 17 1 TCATATAATTTATCTATTTAAATTAATTACTCA 3 43 1 GATTATGTTATATTTCATTTTTTGATATAAAAT 4 14 1 TTCATTTTTTGATATAAAATTATAAAATAGTTA 4 27 1 AGTAAATTATTTTTAACTATTTTATAATTTTAT 4 40 0 ATTTTTAACTTATTAGAATTTTTAATAATAAAA 4 91 0 TAGTAAATTATATATGTTAAAATTTTTAACTTA 4 112 0 ATATATAGAGGTTTTGTATTATTACATTTGTGA 4 164 1 AAATGTTTTTCTTTTTTAATTTTAATAATT 5 7 1 CTTTTTTAATTTTAATAATTTTTTGATATTTTT 5 20 1 TTATTTATTTTATCATCATTATTGTATAGTATA 6 15 0 TTTTTTTAAATTTTTGGTGGAATT 10 2 1 GCCCCCAACTTATAACCAATTATCAAAGTTTTT 11 40 1 ATTATCAAAGTTTTTAAATTAATATGGCACTTA 11 58 1 GTTATCACCAATTATAACACTCTCT 11 206 0 GCAAATCCCATTTTAGTTTTTATCAAT 12 4 0 AATTTTTCATTATGAATTTTAATAACTT 13 63 1 ATTTATATACTTTAATTAATCTAAAA 15 3 1 ACGTAGCTTTTTTATAATTAATTTCCCAATTCT 15 41 1 TGCTTAATTAATTATGATTTATTATAATATTTA 16 37 1 AAACGAAAAATTTTAAATATTATAATAAATCAT 16 50 0 TTATATAGGGTTTATATTAAAATTATGAAAGAT 16 97 1 AGTTAATTAAGATTTTATTTAATATAA 17 4 0 ATATCTTTAGTTTATTATTTAATTTATCATCTT 17 42 1 ATCATCTTTTTATCACTTTTTATAATAAAAAT 17 67 1 TAAACTTACATATATGAATATATTTATAAAAAT 18 17 1 TCCAAATACCTTTTTAAAAATATAAGTTGCGAA 18 67 0 AATAAAATGTTTTATTGAATATTGATGCCTAAA 18 104 0 GCGAAAGTTCTATATAGTTTATTCGGCAATGAT 18 140 1 ATAATTGTAGTATTTGGTTTAATAAAGTAGTGG 18 187 1 TTTTCAATAGTTTAAATTTAAATTTGAATTCTT 19 44 0 CATGAATTAATATCTATTTTATTTATGTGGTTT 20 19 0 TTATTAAATATATTACGAAAAATAAAACTACGA 20 96 0 CCATACTGTTTATTTAATATAATCCAGCCAACA 20 142 0 ATTTCATTAAGTTCATATTATTTTTAAGGCATT 20 186 1 CCAAAATGAAGTTCTTTATTTTTTAAGTAATGC 20 214 0 AATAAAAATTTATTATGAATAATCCTAAAAAAA 20 259 1 *** * ****** MAP Score: 16.487 Motif 4 TTGAACCCGCGAACCCCTACGGGACCAGACC 0 20 0 TCGCGGGTTCAAATCCCGTCCCCCGCACCAA 0 39 1 CCTATGCTTTAAACCCCATCCCCCGCACCAA 0 147 1 AATGAAGTTTGAACGCCTTCCTTTGGAAGGC 1 146 1 AGGCACTCATGAACGCCTTCCAAAGGAAGGC 1 160 0 AGGAACTTATGAACGCCTTCCTTTGGGAAGG 13 27 1 ATGAAAAATTGAACGCCTTCCCAAAGGAAGG 13 42 0 ******* *** MAP Score: 12.87 Motif 5 ACTAATATTGTCCAAATTAAAAAAAGCTCAAAATA 0 179 0 AAAATCTTCTTTTAGAATAATAATAACCCAATATA 0 220 1 TTAAATTGTTTTTAATTAATGTAAATATTTGAATG 0 265 1 TATATAACTAAACAGTTAAATATTAATGAAGTATA 1 10 1 AATATTAATGAAGTATATAACAATTAATTATAAGT 1 28 1 TATTTTTCGAAAGACATTAATTTTACTCTATGCAA 1 85 0 GAAAAATAATAAAACAAAAATAATAAAATTTACCA 1 112 1 AACATCTCTCATGTCAAAAATTATATAGTGTCTTT 1 212 0 ATGCATGAATATAATATTATTTAATAAAAACATCT 1 240 0 AATAATTTGATATATTTAAAATATATGCATGAATA 1 264 0 TCCATCACCATAATAATTTGATATATTT 1 282 0 TAACATACCTAAGTTATAAAGTAAAGAAATAAATC 2 25 0 CAAGAGATATAAAAACTTAACTATTAACATACCTA 2 49 0 TTTACAAAACAAAACTTAAAGTAAAAATTATAGAA 2 132 1 AAGGCATGGAAATAATAAAATAATAAGAAAGAAAT 2 197 1 AAGAAAGAAATCCAGTTAAAAAATATTAAAAACAA 2 221 1 ATTTTTCAAGCTTAATTTTTAATTTTTTAT 3 5 1 AATTAATTTAAATAGATAAATTATATGAAGTATAA 3 36 0 ATTATTTTTAACTATTTTATAATTTTATATCAAAA 4 33 0 TATAACTTTAAAAAAGTAAATTATTTTTAACTATT 4 52 0 TAGAATTTTTAATAATAAAACAATTATAACTTTAA 4 76 0 TAAAAATTCTAATAAGTTAAAAATTTTAACATATA 4 100 1 ATTTAAAGTTAAATAGTAAATTATATATGTTAAAA 4 123 0 TTAACTTTAAATCATAATATATATAGAGGTTTTGT 4 146 1 GCACCATACAAAAAATTAAAGAATAGTTGGCGATG 4 218 1 TTAAAATTAAAAAAGAAAAACATTT 5 0 0 TTTTTCTTTTTTAATTTTAATAATTTTTTGATATT 5 15 1 CACCCATTATATCACCTAAAAAATATCAAAAAATT 5 36 0 CTATACAATAATGATGATAAAATAAATAATAACTT 6 19 1 AAAATAAATAATAACTTTAACAATTGTGAAACC 6 37 1 AGTTGAAGATATTTATAAATAAACCAAGAAT 9 6 1 AAGTTTCATTACTATATAAATATTAAATTGG 9 73 1 TTTTTTTAAATTTTTGGTGGAATT 10 0 1 ATGATTTTAGATTAATTAAAGTATATAAAT 15 5 0 TTCTATTTTTAAAACCTTAATTTTTTAGTAGTGAG 15 70 1 ACAATCTCCCAGTTGCTTAATTAATTATGATTTAT 16 24 1 AAAAATTTTAAATATTATAATAAATCATAATTAAT 16 43 0 TTATATAGGGTTTATATTAAAATTATGAAAGATTT 16 97 1 TCAATGATTAATGAGTTTAAAAAATCTTTCATAAT 16 118 0 TTATATTAAATAAAATCTTAATTAA 17 0 1 TAAAATCTTAATTAACTTAACAATATCTTTAGTTT 17 20 1 ATGATAAATTAAATAATAAACTAAAGATATTGTTA 17 37 0 ACATATATGAATATATTTATAAAAATGATTTATAT 18 24 1 GCATCCAAATACCTTTTTAAAAATATAAGTTGCGA 18 68 0 GGCATCAATATTCAATAAAACATTTTATTCCTGCG 18 108 1 TAAAAAATAAACCACATAAATAAAATAGATATTAA 20 11 1 TATTAAATATATTACGAAAAATAAAACTACGACTA 20 93 0 TGTTGGCTGGATTATATTAAATAAACAGTATGGCA 20 142 1 TTTTTAAGGCATTACTTAAAAAATAAAGAACTTCA 20 206 1 GGCGTCTTTCAATTAATAAAAATTTATTATGAATA 20 245 1 TTATTATGAATAATCCTAAAAAAATAAAATTGGGG 20 268 1 * * **** **** MAP Score: 5.79534 Motif 6 GTTAGAAGAGGCATTGCTTCCATTAGGAAGCAATGTATCC 0 84 1 AATGAAGTTTGAACGCCTTCCTTTGGAAGGCGTTCATGAG 1 146 1 TTAATGGACGGGAGGTATACCAATAGGAGGTTTCCTCCTA 11 148 1 TCTCTTTATAGCATTCGCAACCATAGGAGGAAACCTCCTA 11 171 0 AGGAACTTATGAACGCCTTCCTTTGGGAAGGCGTTCAATT 13 27 1 GAGGCATTGCTTCCTTACGGAAGCAATGCATCC 14 3 1 CAATCCCTCAGAAATATTCACTGTTGCATGAATTAATATC 20 38 0 * * * ** * *** * MAP Score: 4.95437 Motif 7 CCTAATGGAAGCAATGCCTCTTCTAACCCG 0 81 0 TACCCAGGATACATTGCTTCCTAATGGAAG 0 100 0 AATGAAGTTTGAACGCCTTCCTTTGGAAGG 1 146 1 TCATAGACTCGCATGGCCTGACCCGTGTCT 2 100 1 GGTTGTGTAGGCACTGGCTCAGCTCCATAT 4 262 0 AATTGGGGCTGAAAGCCCCCAACTTATAAC 11 26 1 AGGAACTTATGAACGCCTTCCTTTGGGAAG 13 27 1 ATGAAAAATTGAACGCCTTCCCAAAGGAAG 13 43 0 CCGTAAGGAAGCAATGCCTC 14 0 0 NAAAATGGATGCATTGCTTCCGTAAGGAAG 14 19 0 AATTAACATTACAATCCCTCAGAAATATTC 20 59 0 ********** MAP Score: 2.11882